海を漂う樽を、豪華客船レディ・メリィ号の水夫が引き上げた…。アニメーション『ワンピース』は海の上から始まる！ 樽から飛び出たルフィが、アルビダ海賊団の雑用係コビーに勇気を与え、“スベスベの実”を食べる前のイカついアルビダをぶっ飛ばす!! その隙にMissラブ・ダック号から宝を盗むナミがいた。
海賊狩りの異名をとる賞金稼ぎゾロの噂を耳にしたルフィは、彼が仲間に相応しいか会う為、捕らえられているシェルズタウンにコビーの操船で上陸する。海軍基地の塀にのぼり覗くと、ゾロが磔になっていた。そこへおにぎりを持った少女リカ、続いてこの島の暴君モーガン大佐の息子ヘルメッポが現れる。
弾丸を弾き、海賊王になると言ったルフィに心を打たれたゾロが、仲間に！ ２人はモーガンを倒し、町だけでなく島の海兵にも自由をもたらす。ルフィとゾロと友情を深めるコビーだが、彼は海軍入隊志望…。訪ねて来た海兵に２年間も海賊として生活していた事を話し出すルフィを、コビーがぶん殴る!!
大海原を小舟で行くルフィとゾロ。宙に舞った麦わら帽子を追うルフィに、10年前の記憶がよぎる…。フーシャ村の泳ぎの上手い少年ルフィが、山賊ヒグマとの争いを通じて、シャンクスに男を見た！ 少年は海賊王になると宣言する!! ルフィが“ゴムゴムの実”を食べ、ゴム人間になった瞬間も描かれる。
バギーが海軍基地から奪った“偉大なる航路”の海図をオレンジの町で盗んだナミは追われる。すると上空に、怪鳥ピンキーにくわえられたルフィが！ バギーの大砲で落ちたルフィに救われるナミだが、海賊と聞くと激昂!! ルフィをバギーに差し出す！ 奴はナミに“特製バギー玉”でルフィを撃てと命じる!!
ルフィは檻に入ったままバギーから逃れていた。ナミが檻の鍵を盗んで来たが、シュシュという犬が鍵を飲み込んでしまう。町長ブードルが、ケガをしていたゾロを自分の家で寝かせ、シュシュの身の上話を話してくれた。そこへバギー一味の副船長モージが現れ・・・！
自分の町を守るため、単身バギーに敵わぬ戦いを挑もうとするブードルを、ルフィは壁に叩き付け、代わりにバギーに戦いを挑む。挑発されたバギーは怒りを込めて“特製バギー玉”を放つが・・・！？そしてバギー一味No．2の参謀長カバジの剣をゾロが受け・・・！
バギーは、海賊見習い時代、同じ船に乗っていた赤髪のシャンクスとの因縁を語る。シャンクスのせいで“バラバラの実”を食べてしまい、宝の地図も失ったという。だが、上半身だけで宙に舞い上がったバギーが、突然自分の宝を盗みだしたナミに襲い掛かり・・・！？
毎朝、海賊が攻めて来たとウソを叫び、シロップ村を走り抜けるウソップ。バギーのマークを掲げた帆を張るナミの小舟に、子どもと結成したウソップ海賊団は出動する！ パチンコを向けるウソップに「ピストル抜いたからには命賭けろよ」とルフィ…。ルフィはすぐにウソップがヤソップの息子だと見抜く。
病弱なお嬢様カヤを元気づけようと心優しいウソの冒険譚を日課にしていたウソップは、ルフィ達のせいで執事クラハドールに見つかる。奴にヤソップが海賊である事を侮辱され、屋敷から追い出される一同。落ち込むウソップがルフィと海岸で見たのは、ジャンゴとカヤの暗殺を企てるクラハドールだった！
クラハドールは、３年前に処刑されたはずのクロネコ海賊団のクロだった。明日決行される計画を知ったウソップは村へ走り、海賊が攻めて来ると叫ぶ！ だが誰も信じてくれない。カヤからは平手打ちを!! …でも大好きなシロップ村を守る為、ウソップは奴らを迎え撃ち、この件をウソにしようとする。
ウソつきが通そうとする筋を意気に感じたルフィ達は加勢する事に。ウソップは村へ入る唯一の坂道に油をまいて夜明けを待つ。だが朝になってもクロネコ海賊団は現れない。北にも上陸出来る坂道があったのだ！ 急いで向かう４人だが、ゾロは油で滑って坂の下に。ルフィは道が分からず村へ出てしまう。
やっと来たルフィとゾロに一瞬でやられた部下達を、ジャンゴは催眠術で凶暴にする！ しかしルフィにも掛かり奴らは壊滅寸前！ ジャンゴは慌ててルフィを眠らせる。飛び出す切り札ニャーバン兄弟に二刀を奪われ苦戦するゾロに、刀を取ろうとナミが走るが、ジャンゴに斬られる！ そこへクロが現れた!!
なじるクロに我慢出来ず、ニャーバン兄弟が襲い掛かる！ しかしクロの強さは健在！ この場を片付けるのに５分与えられる。必死のニャーバン兄弟だが、ナミのおかげで三刀を得たゾロに一撃で敗れる。脂肪の為生き残ったブチはジャンゴの催眠術で凶暴に！ ルフィはナミに顔を踏まれて目を覚ます。
話しに来たカヤの思い出を傷付けるクロへ、ルフィのパンチが決まる！ ところがウソップ海賊団の３人が奴に連打を浴びせ、一層クロを怒らせてしまった。カヤへ向かうジャンゴに、ウソップは３人の子分へ彼女を守れと命令を下す！ そして３年前、モーガンに偽物を捕らえさせたクロの計画が語られる…。
カヤを連れて３人が逃げ込んだ林の木を切り倒し、追い詰めるジャンゴ。３人は生きる為に戦うと決意する！ ルフィに右手の刀を折られたクロは“杓死”を放った！ 部下も無差別に斬り裂く奴の技に、仲間を大事に思うルフィは怒り、動きも捕らえる!! ついにカヤは、クロへ全財産を譲る遺書を書かされる。
ゾロとの連携でウソップの“火薬星”がジャンゴに命中！ ルフィの“ゴムゴムの鐘”にクロの計画は断たれた!! ウソップは５年間続いたウソップ海賊団を解散！ カヤはルフィ達へゴーイング・メリー号を贈り、ウソップも乗せて海へ出る。ウソップのウソには、彼の母・バンキーナの死が関わっていた。
ルフィが考えていた海賊旗のマークを、ウソップが形にしてメリー号の帆にも描く。伝説の宝島と言われる珍獣の島に麦わらの一味は上陸する。20年前に箱にハマッて取り残された海賊ガイモンに出会う。彼が見つけ守り続けて来た５つの宝箱は全てカラだった。ルフィはガイモンを仲間に誘う。
大砲の練習に沸くルフィ達の横で眠り続けるゾロ…。２話では一瞬だった、くいなとの少年時代が描かれる。道場破りのゾロの相手をしたのは、道場主コウシロウの娘くいな。彼女は強く、ゾロは修行を始める。三刀のうちの「和道一文字」は彼女の刀であり、世界一の剣豪の夢は彼女との約束であった。
殴り込んで来たジョニーはゾロの弟分の賞金稼ぎ。ウソップが大砲を命中させた岩山で、相棒のヨサクを看病していたのだ。ナミの知識でヨサクはライムを口にし回復するが、料理人の必要性を思い知り、一味は海上レストラン『バラティエ』へ行く。その日は副料理長のサンジが料理を運んでいた。
見栄を張った結果スープを粗末し、サンジに蹴り飛ばされた海軍大尉フルボディの所に、クリークの手下を逃がしたと海兵が報告する。その海兵を撃ち、現れる当人ギン。金を持たないギンはパティに殴られ追い出されるが、サンジはタダ飯を食わせてやる。それを見たルフィはサンジを仲間に誘う。
『バラティエ』にクリークが来た！ ギンに支えられ餓死寸前の奴は食わせて欲しいと懇願する。周囲の反対に構わずサンジは飯を食わせるが、息を吹き返したクリークは速攻で恩人をぶちのめす!! しかしサンジは奴の部下100人の飯を用意しようと立つ。腹を空かしてる者には食わせてやるだけと。
『バラティエ』のオーナーが伝説の海賊ゼフと知ったクリークは、“偉大なる航路”を丸一年無傷で渡った記録「航海日誌」を要求する。情報さえ手に入れば大海賊時代の頂点に立つと言う奴の前に、ルフィが出て行く！「海賊王になるのはおれだ」 怒るクリークが売った喧嘩を、ルフィは買う。
ゼフが与えた飯でクリーク海賊団が回復した所に、ミホークが奴らを追って現れる！ その直前、アーロンの手配書を見つめるナミがメリー号を奪って行く！ ルフィの為にナミを追うゾロだったが、ミホークを見て勝負を挑む!! ミホークは黒刀「夜」を抜かず、ペンダントにしていた短刀で受ける。
クリーク海賊団が攻めて来る。ルフィはゴムゴム全開で先制攻撃！ 『バラティエ』は「ヒレ」を開いて備える。出撃した海戦兵器「サバガシラ一号」をクリークは『バラティエ』へ放り投げるがサンジが蹴り守った！ パティとカルネは初めて店へ来た時を振り返り、戦う！ そこへパール登場。
ギンがゼフに銃を突き付け、サンジに船を降りるように言う。拒む無抵抗のサンジをパールが全力で攻撃する！ 意識が遠のく中、ゼフの右足を奪った９年前を思う…。伝説の海“オールブルー”を夢見るサンジがコック見習いとして働く客船オービット号に、ゼフのクック海賊団が襲撃して来た。
ルフィは『バラティエ』を沈めてクリークの目的を奪おうとする！ サンジが死ぬのが最もバカげているからだ。サンジとルフィにとどめを刺そうとするパールの盾を、ギンが鉄球トンファーで砕く！ 恩人の息の根を止めねばならぬのなら、自らの手で葬るのがケジメだと言う。サンジとギンが激突!!
クリークが猛毒ガス弾『ＭＨ５』を発射した！ ルフィとサンジを助ける為、ギンは毒を吸う。仲間を殺そうとしたクリークに怒りが爆発したルフィは、真っ正面から突っ込む!! 奴の飛び道具を避けず怯まず“剣山マント”の上からぶっ飛ばした!! クリークも“大戦槍”を振るいルフィを襲う！
“大戦槍”の刃を折ったルフィと、まだまだ全身に武器を持っているクリークの超絶バトルは続く！ 諦めないルフィのパンチの積み重ねが、遂にクリークが誇るウーツ鋼の鎧を砕いた!! “ゴムゴムの大槌”を決め、ルフィが勝つ。メリー号を奪ったナミは、涙を流し、ベルメールに話し掛けていた。
ルフィはサンジを仲間に誘うが、彼の店に残る意思は固い。しかし“オールブルー”への夢も熱かった。そんなサンジをゼフは見つめる。食堂ではコック全員がサンジのスープがまずいと一芝居。ルフィと行く事にしたサンジに、ゼフと『バラティエ』を始めた頃が甦る。それはゼフも同じだった。
サンジを仲間に引き入れたルフィは、メリー号を奪い“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。ヨサクはルフィに、アーロンが王下七武海の一人で魚人海賊団の頭ジンベエと肩を並べる魚人だと語る。ナミは“アーロンパーク”へ到着。斬り込もうとするゾロを舟に縛るウソップとジョニーは…。
サンジのメシに誘われて出て来た魚牛モームをルフィとサンジがぶっ飛ばす！ アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられていた。“アーロンパーク”へ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたまま海へ飛び込む！
モームに舟を曳かせルフィ達は驀進中！ ウソップはチュウに捕まる。ゾロはアーロンの留守中に“アーロンパーク”に残る一味を全て斬り、ウソップを助けようとはっちゃんに送ってもらいココヤシ村へ。戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”であると認識する。ナミは裏切りの疑惑を払拭する為、ウソップを短剣で刺す！
やっと着いたルフィ達にゾロとジョニーが合流。ナミがウソップを殺したと言うジョニーにルフィは怒る！ するとナミが現れる。彼女を巡りゾロとサンジが一触即発！ 突然、ルフィは寝る。プリンプリン准将率いる海軍が、アーロン一味殲滅を試みるが撃沈。そこへウソップが!! ナミは自分の手を刺して逃がしていたのだ。
興味がないと散歩へ出たルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、８年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。家出をするナミはゲンゾウから、ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったと知らされる。
ナミを迎える夕食の支度の煙で、村はずれのベルメールの家がアーロンに見つかる！ 独身のベルメールの“貢ぎ金”は支払い可能な１人分と判断され、事無きを得た。がしかし、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ない。彼女は娘が２人いると言い、アーロンに撃たれる！
あと少しで１億ベリーまで来た今、アーロンと結託する海軍大佐ネズミが来て、ナミが盗んだ金品を没収すると告げる。ベルメールが残したみかん畑から出て来る、コツコツ貯めた財宝。ナミの８年間が、ふいに…。怒り向かって行くナミを止めようとしたノジコが、ネズミに撃たれる！
“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！ 続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。はっちゃんに呼ばれて現れたモームをつかみ、足を地面の石に突っ込んで固定したルフィは“ゴムゴムの風車”を試す！ ところがその足が抜けなくなる。アーロンは石を切り取りルフィを海へ投げ込む！
ゾロはミホークに受けた傷が深く、立っていられなくなる。サンジも魚人空手40段のクロオビの正拳＜パンチ＞を受け、飛ばされる。ルフィの足の石をゲンゾウとノジコがハンマーで砕こうとするが、浮力で出来ない。精神力で立つゾロは、ミホークに折られた二刀の代わりにヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に！
ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジは、ゲンゾウとノジコがルフィの首を伸ばして頭を水上に出し、人工呼吸をしているのを見る。安心するのも束の間、サンジはクロオビの一撃を食らう！ 水中では奴が圧倒的に有利。だが騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逃れ、地上へ。怒りのまま倒す！
“アーロンパーク”に現れたナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと決意する！ その時ルフィが息を吹き返す。ゾロが包帯を引きちぎられ傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジが海へ飛び込みルフィの石を蹴り砕く！ ルフィが自由になり、元に戻った!!
ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に持って襲い掛かって来る！ ルフィは“歯＜トゥース＞ガム”を奪って自分の口にハメてみる。咬まれたら咬み付き返す！ アーロンは海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。
アーロンの発言、血の染み込んだペンから、奴がナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは悟る。怒ったルフィは測量室を壊し始め、それを見てナミは感謝する。居たくもない居場所は、全部ぶっ壊す!! ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンを沈め“アーロンパーク”を崩壊させる!!!
アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ ルフィは食べ続け、ゾロはDr.ナコーに傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして宴はもう３日目。Dr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。ノジコの刺青は、つらい戦いを一人するナミをねぎらって、入れたものだった。
麦わらの一味になったナミは、新聞から舞い落ちたルフィの手配書を見る。賞金は３千万ベリー！ 海軍本部ではジョン・ジャイアント中将が檄を飛ばし、医者を目指し始めたカヤはルフィの写真に写り込むウソップに喜ぶ。コビー、モーガン、クロ、ゼフも目にし、フルボディは捕らえようと攻め込むが…。
バラバラパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！ 復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと対決する。バギーが密漁者でなく海賊と知り、２人は酒を酌み交わし意気投合！ ところが翌朝出航早々…。
オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！ 寝ぼけて一撃を放ったリッチーが船長になるが、すぐクマテ族に捕まる。
ナミは服を、ウソップは装備を、サンジは美女と食材を、ゾロはミホークに折られた二刀の代わりを求めてローグタウンへ。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。海軍本部からスモーカーへルフィの情報が入り、くいなにそっくりのたしぎに驚くゾロは彼女のメガネを割ってしまう。
処刑台をよじ登るルフィを、スモーカーが逮捕しようと迫る！ ゴムゴムの技をしくじるルフィは吹っ飛んで町のはずれへ。ゾロはたしぎに連れられ海軍で掃除をして働くが、海兵に正体がバレて出て行く。武器屋でゾロは彼女にまた会い、店主のいっぽんマツから妖刀「三代鬼徹」と良業物「雪走」を譲ってもらう。
スナイパーゴーグルを少女キャロルに父の誕生日プレゼントとして先に買われたウソップは、自分が３千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむ。彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、銃使い最強として“東の海＜イーストブルー＞”で常識の賞金稼ぎだ。勝負にならず醜態を晒すウソップに…。
“東の海＜イーストブルー＞”?１コックになる為、評判の腕利き料理人に挑み、勝って来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、彼女はサンジを見つけ挑戦する。市場で初めて目の当たりにした海の宝石エレファント・ホンマグロが、これから始まる年に一度の料理コンテストの賞品になるというのだ。
やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！ 海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとする。助けに来たゾロとサンジも間に合わず、バギーの剣が振り下ろされる瞬間…。
ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。バギー一味とアルビダを一瞬で捕らえ、スモーカーはルフィを追う。先に戻っていたナミとウソップがメリー号を海へ出す。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップがメリー号を降りて加勢する。苦戦するルフィのもとには…。
麦わらの一味を救った嵐。少女アピスもそれを利用して、海軍の船から逃げ出す。打って変り晴れた海にウソップが鳥の大群を見つける。魚を期待したルフィが右腕を伸ばしてつかむと、それはアピスだった。海賊と聞いて萎縮する彼女も徐々にルフィ達と打ち解け、進路を少し変えて故郷の海軍島へ送っていく事にする。
“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号は、超大型海王類の巣窟なのを逆手に取り、奴らのくしゃみで脱出！ 軍艦島へ着くと海軍が来ていて、長老ボクデンの家に。海軍島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、“竜の巣”にセンネンリュウが住むと言われ“竜骨”は不老不死の妙薬と伝えられていた。
海軍艦隊が海軍島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィは一味と行動に移る。木を倒しリュウ爺を乗せる荷車を作ると、ウソップとゾロはメリー号を奪取して岬まで回す。“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。
エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追えば“竜骨”に辿り着けると考え、つける事に。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。メシの大鍋をルフィが盛り上がった頭にひっくり返したショックで、リュウ爺はロストアイランドの位置を思い出す。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。
“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックだ！ ゾロが相手をし、ルフィ達はまたリュウ爺を乗せた荷車で飛び出す。
海軍の船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃！ ボートで近づいたエリックがリュウ爺とアピスを奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピスをボートに叩き付けるエリックを、起き上がったリュウ爺はぶっ飛ばし、吼えて、翼を広げて空を飛ぶ！
沈み行くリュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！ 突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。最期の力で吼えるリュウ爺の呼び声に、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来！ もう一吼えしてリュウ爺は、目を閉じる。
生きていたネルソン提督を切り裂いたエリックは“竜骨”を欲し、不老不死を求める。“竜の巣”を守りたいアピスの意思を叶える為、彼女を守る事がリュウ爺との約束でもあるルフィは戦い、エリックに勝つ！ 出航したメリー号は“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してリヴァース・マウンテンを登る運河に突入する！
リヴァース・マウンテンを“偉大なる航路（グランドライン）”へ向けて一気に下るメリー号の行く手を、巨大なアイランドクジラのラブーンが塞ぐ！ 船首を折ったメリー号はラブーンに丸飲みされるが、胃袋には青空が広がっていた！ 大王イカを仕留めるクロッカスが現れると、ラブーンは暴れ出し…。
ラブーンはルンバー海賊団と双子岬へ来た。世界を一周して“赤い土の大陸（レッドライン）”の裏側から、またリヴァース・マウンテンを越えて戻る間、船長のヨーキがクロッカスにラブーンを預けたのだ。しかし既に、それから50年が過ぎていた。ラブーンは仲間の帰りを信じ、レッドラインに頭をぶつける。
Mr.９とミス・ウェンズデーを乗せてウイスキーピークへ向かうメリー号は、季節・天候・海流・風向き、全てがデタラメに巡るグランドラインに翻弄される！ 何とか乗り切り、恐る恐る島へ。ところが麦わらの一味は、町長のイガラッポイを始め島民に盛大な歓迎を受ける!? だがそれは、バロックワークスの罠だった！
賞金稼ぎたちを、巧みに姿を隠しながら次々と斬って行くゾロ。ローグタウンで手に入れた「雪走」と「三代鬼徹」も試す！ ナミもお宝探しへ。ゾロはミス・マンデーも倒し、イガラッポイと名乗っていたMr.８に迫る。ミス・ウェンズデーは超カルガモのカルーを呼ぶ。するとMr.５とミス・バレンタインが出現し…。
Mr.８はアラバスタ王国護衛隊長イガラムだった。Mr.９もビビを守る。しかしMr.５とミス・バレンタインは強い！ イガラムは、ゾロにビビを無事アラバスタまで送り届けるよう頼み、ナミがその契約に乗る。ミス・マンデーも倒しビビに近づくMr.５とミス・バレンタインの前に、ゾロが契約を守り割って入る！
ルフィとゾロの勝負の邪魔だと、Mr.５とミス・バレンタインは倒される。ついに“武闘”と“剣術”が激突する瞬間、ナミが２人を殴り、戦いは止まる！ビビから“アラバスタ王国の乗っ取り”を企むバロックワークスの社長が、王下七武海の一人クロコダイルであると聞き、ルフィはビビを送り届けると承諾する。
海軍将校になる夢に向かい、コビーはシェルズタウンの基地で雑用係として張り切っていた。モーガン元大佐の息子でルフィを恨むヘルメッポもいた。罪に問われたモーガンを軍法会議に向けて海軍本部へ護送する為、中将のガープが現れる。だがモーガンはガープを斬り、ヘルメッポを人質に取って逃亡する！
モーガンを逃がしたコビーとヘルメッポは、ガープに海軍本部へ連れて行かれる。ルフィも新聞で、コビーがグランドラインへ入ったのを読む。２人はガープのゲンコツを受けながらも、昼は雑用、夜は自主的に始めた特訓を続け、過酷だが充実した日々を送る。しかしコビーがルフィと友達なのをガープに知られ…。
楽しくもたくましく航海を続ける麦わらの一味は、ビビとカルーを乗せ、グランドライン２つ目の島・リトルガーデンに着く。古代植物が生い茂る秘境に上陸をためらうナミとウソップをよそに、ルフィはカルーに乗ったビビと冒険へ出かけ、ブロントザウルスに出くわす。ここは太古の島、巨人族までもが存在するのだ！
メリー号に残るナミとウソップに酒をもらいに来た巨人はブロギー、ブラキオザウルスに飲まれたルフィを救った巨人はドリー。共に客人として一味を迎える。２人の巨人は故郷エルバフの掟に従い、100年も決闘を続けていた。“真ん中山”の噴火を合図にドリーとブロギーは激突する！
ドリーとブロギーが繰り広げる戦士達の誇り高き決闘に、ウソップは感動し憧れる！ 73466戦目も引き分け。ブロギーはナミとウソップからもらった酒をドリーに分けるが、その酒をドリーが飲んだ途端、爆発する！ 麦わらの一味を疑うドリーに、今は理屈が通じないと感じたルフィは挑みかかる。
胃袋をやられたボロボロの体のまま、ドリーはエルバフの戦士として決闘に臨む。止めようとするルフィを巨大な骨の下敷きにして…。決闘の最中、ゾロとナミがジャングルで姿を消す。押されながらも持ち堪えるドリーだが、Mr.３が“ドルドルの実”の能力で放つロウに足元を取られ、ブロギーに攻撃を決められる！
ブロギーの前にMr.３とミス・ゴールデンウィークが、ビビとウソップと身動きの取れないルフィの前にカルーを捕らえたMr.５とミス・バレンタインが姿を現す。ドリーの酒に爆弾を入れたのはMr.５の仕業だった。Mr.３はロウでブロギーを捕らえ、特大キャンドルにビビとゾロとナミをセットする！
ルフィは特大キャンドルの一部を壊すが、却ってゾロ達のロウ人形化が早まることに。“ドルドルの実”の能力を“ゴムゴムの実”の能力で凌駕し、Mr.３をブッ飛ばすルフィだが、突然３人を助けるのを拒否する。ミス・ゴールデンウィークの“カラーズトラップ”にかかったのだ。ウソップとカルーはひとまず逃げ出し…。
ウソップが火炎星で、“カラーズトラップ”のマークごとルフィの服を焼く。そこへMr.３がろうで作った“キャンドルチャンピオン”を駆り襲い来る！ ウソップは油たっぷりのスペシャルロープをカルーに持たせ、特大キャンドルとブロギーに巻き付けて点火！ 炎の中から飛び出すナミとビビは…。
改めてドリーを失った悲しみに号泣するブロギー。しかしドリーが起き上がる！ 100年の戦いでブロギーの戦斧が弱っていて、傷が浅かったのだ。一人メリー号に戻っていたサンジは、仲間に何か起きたと察し、辿り着いたMr.３のアジトで電伝虫を取る。通話相手はMr. ０だった!!
メリー号を阻む巨大金魚“島食い”に、ドリーとブロギーが風穴を開ける！ 巨兵海賊団の頭２人の狩り勝負が、100年に渡り、この先も続くであろう勝負の発端であった…。Mr.２・ボン・クレーがMr.３の抹殺指令を受けた頃、突然ナミが高熱を出して倒れる!! 医者を探しに、メリー号は舵を切る。
雪の中を行くメリー号は、海面に立つチェスを見つける！ そこへ“大型潜水奇襲帆船”ブリキング号が浮上!! ドラム王国を目指すワポル率いるブリキング海賊団に襲われる。“バクバクの実”の能力でメリー号を食べるワポルを、ルフィは吹き飛ばす!! その数日前、スモーカーはサンジとMr.０の会話を傍受する。
島民にメリー号は包囲され、ビビが左腕を撃たれる！ 怒るルフィをビビは止め、医者の紹介を頼み込む。護衛団団長のドルトンはルフィ達を村ビッグホーンへ。サンジとカルーがメリー号に残る。島唯一の医者くれはは一番高いドラムロッキーの頂上にある城に住む。ナミを背負いルフィは、サンジと共に城を目指す！
ルフィ達を大型うさぎラパーンの群れが襲う！ ドラム島を発見し、迫るワポル。くれははとなり町ココアウィードへ降りていて少年を治療。その傍らにチョッパーはいた。メリー号に残るゾロは寒中水泳、カルーも飛び込む。ドルトンはこの島に医者がいないのは、ワポルの悪政の為と語り…。
ラパーンの群れが雪崩を起こす！ ビッグホーンを占拠するワポルに挑むドルトンが、“ウシウシの実”の能力でバイソンに姿を変えて戦う！ だがチェスが島民に放った矢をかばって受け、倒れる。そこへ雪崩が押し寄せて、全てを流す!! 木を使って雪に乗り、ラパーンをしのいだルフィは、親ラパーンを助ける。
ワポルを無視して城へ向かうルフィを、チェスとクロマーリモが襲う。それを阻んだのは、ラパーンだった。ルフィはナミを背負いサンジをくわえて、ほぼ垂直のドラムロッキーを登る！ 雪崩から逃れたビビは、ウソップを起こしゾロと会う。ラパーンはワポルに倒され、ビッグホーンに戻ってしまったビビたちは…。
治療を受けたナミはチョッパーと出会う。病気の原因は、リトルガーデンで刺されたケスチアというダニだった。サンジの骨折もチョッパーが手術。気が付いたルフィとサンジは、チョッパーを食おうと追いかけ回す！ 一方、雪に埋まるドルトンの心臓は止まっていて…。チョッパーは、“ヒトヒトの実”を食べたトナカイだった。
ルフィはチョッパーを気に入り、今度は仲間にしようとして追いかけ回す！ チョッパーの心を開いたヒルルクの事を、くれははナミとサンジに話し始める…。ワポルの“医者狩り”に追われながら、ヒルルクは病人を無償で診ていた。しかし彼は、病人が命の危険を感じて逃げ出す程のやぶ医者だったのだ。
不治の病だったヒルルクが残り10日の命と知ったチョッパーは、アミウダケを万能薬と信じて採って来る。ヒルルクはキズだらけで戻ったチョッパーを受け入れ、アミウダケのスープを飲む。すると30年続けた“冬島”に桜を咲かせる研究が成功。ヒルルクはくれはにそれを託し、チョッパーに医術を教えてほしいと頼む。
城に登って来たワポルを、ルフィは飛び出して殴り飛ばす！ くれははワポルに言う、この城にヒルルクの海賊旗をかかげて彼の墓にしたと。それはチョッパーの願いだった。だが、ルフィがジャケットを取りに行った隙に、チョッパーがワポルに食われてしまう！ サンジは戻って来たルフィを…。
ヒルルクの海賊旗を掲げたまま、ワポルの砲撃を耐え抜くルフィ。ヒルルクの事は知らなくても、海賊旗をかかげた者の思いを尊重する姿に、チョッパーは海賊とは何かということを実感する！ その頃、ビッグホーンでは、ワポル専属の医療団イッシー20がドルトンを救おうとしていた。
城に入ったワポルはナミを捕まえるが、ルフィに見つかり蹴飛ばされる。武器を食べて人間兵器に変わろうとするも、武器庫の鍵は既にナミの手の中にあった。息を吹き返したドルトンは、島民とロープウェイで城へ。ゾロ、ウソップ、ビビも一緒だ。ルフィに追い詰められ、追いつめられたワポルは…。
ナミは武器庫の鍵と引き換えに、くれはから治療代の帳消しと退院許可を得る。ルフィの真っ直ぐな想いがチョッパーの心を開き、彼は仲間になることに。くれはに反対され追いかけられるチョッパーは、ソリを引き、麦わらの一味とビビを乗せて駆けてゆく。くれはは武器庫から大砲を出し…。
“ヒルルクの桜”に見送られ、メリー号ではチョッパーの乗船を祝う大宴会が開かれていた。自分の医療道具がそりに積まれていたのを知り、チョッパーはくれはの愛情を感じる。 “世界会議（レヴエリー）”で10歳のビビに会っていたのを思うドルトンは、エースが“黒ひげ”ティーチを追って上陸していたと報告を受ける。
アラバスタの港町ナノハナで暴れる海賊を、クロコダイルは砂嵐を巻き起こし干からびさせた！ 国王コブラも感謝する英雄、“王下七武海”表の仕事だ。メリー号はホットスポットに突入し、緑の蒸気の中でボン・クレーを釣り上げる。ボン・クレーは、助けられた礼に“マネマネの実”の能力を披露する。
アラバスタの港町・ナノハナに着くなり、ルフィはメシ屋へ駆け出していった。反乱軍の拠点であるユバへ行って、暴動を止めたいビビ。彼女のために、サンジとチョッパーが砂漠を渡るための物資を買いに出る。香水と熱さとでダウンしたチョッパーは、反乱軍の荷車に乗ってしまい…。
ルフィを探す麦わらの一味。同じく彼を捜していた火拳のエースは、たしぎとスモーカーを目撃。レストラン「spice bean」で騒ぎを起こしたところに、スモーカーが現れる。そこに飛び込み、二人を店の外に飛ばしたのはルフィだった！ スモーカーに追われるルフィは一味を見つけ合流、今度はエースに助けられる。
エースがスモーカーを阻み、自然（ロギア）系の能力が激突して渦巻く！ メリー号は買いこんだ物資を積んでエルマルへ…が、ルフィの姿がまたも見えない。路地裏で再会した義兄弟は、腕相撲で勝負。昔話にも花を咲かす。弟ルフィは、エースの「白ひげ海賊団」への誘いを断り、海賊王になるため白ひげと戦うと宣言する。
サンドラ河を上ってエルマルへ行く途中、ビビはカルーに、父である国王コブラへの手紙を託す。手紙を持ち、首都アルバーナへと走るカルー。一方、エースはクロコダイルの国取りに裏があると読んでいた。ルフィはダンスパウダーを使ってコブラを陥れたクロコダイルの策略を知り、怒りを燃え上がらせる。
ユバを目指し、砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。途中、ルフィがワルサギにダマされ、３日分の物資の全てを盗まれてしまう。しかも、巨大な肉食の植物が！ ルフィは食われそうなラクダを救出。それはカトレアでチョッパーを逃がしたラクダで、ナミは「マツゲ」と名前を付ける。
マツゲに乗って先へ行くナミとビビを追って、歩く一味。ルフィが幻覚剤の原料メスカルサボテンを食べて暴れる中、エースだけがはぐれてしまう。砂族バルバル団の砂族船のメインマストをルフィが折ってしまったため、一行はメリアスへ材木を取りに行くことに。ルフィとビビ、砂族のザバとラサは砂ぞりで出発するが…。
水が手に入るとバルバロッサに教えられた「イド」には、弱いカミュたちが反乱軍を騙って巣食っていた。そこへ現れたエースは水と食料をもらい、麦わらの一味と合流。ニセ反乱軍の存在を知ったビビは、カミュたちに村を護る気持ちがあるか確かめようと、「イド」をルフィ達に襲わせる。
砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。ビビとコーザ、二人は幼馴染みだった。コーザは“砂砂団”を組織するリーダー、ビビは副リーダーとして互いを認めていたのだ。チンピラの“砂商団”アゴトギがビビを誘拐しようとした時に、命懸けで彼女を守ったコーザは顔を斬られてしまったのだ。
エースを狙う賞金稼ぎ・スコーピオン。スコーピオンを探す彼の息子・ディップとチップ。実はエース自身も、ユバで黒ひげを倒したと言うスコーピオンに会いたがっていた。エースの前に現れて挑みかかるスコーピオンだが、“黒ひげ”を倒したのは全くの嘘だった。陽炎立つ地での決闘の結末は…。
ルフィがまたも幻覚を見て大暴れ！ 素手で止めようとしたゾロと熱さでやられたチョッパーも加え、一行からはぐれてしまう。地下の古代遺跡に落ち、「歴史の本文（ポーネグリフ）」を見たり空を飛んだり…ゾロとチョッパーは仲間について話し合い、ビビは国のかたちについて思いを巡らせる。
ナミがビブルカードを、ルフィの麦わら帽子のリボンの裏に縫い付ける。その頃、スパイダーズカフェにオフィサーエージェントが集結。クロコダイルが待つレインベースへ向かう。麦わらの一味とビビがようやく着いたユバは、エルマルと変わらない枯れた町。トトが１人、オアシスを掘っていた…。
ユバの宿で眠る麦わらの一味とビビ。レインベースのカジノ・レインディナーズでは、クロコダイルによってユートピア作戦が発令されていた。決行は明日の12時。そこにMr.3が現れ、麦わらの一味とビビが生存していると告げる。クロコダイルは、ビビとコーザの再会阻止を厳命する。
ビビはカトレアからレインべースへ行く先を変更。アルバーナにはカルーが着き、敵がクロコダイルと知ったコブラは、軍をレインべースへと向ける。麦わらの一味はレインべースに着くとすぐに、待っていたスモーカーに追われ、バロックワークスにも見つかってしまう。だが、覚悟を決めるとレインディナーズに突入する！
ルフィと合流したゾロ、ナミ、ウソップは、レインディナーズの中でもスモーカーに追われる。そのままVIPルームへ通されると海楼石で作られた檻の中へ！ クロコダイルが現れ、ミス・オールサンデーがペルを倒してビビを連れて来る。時は12時を回った。恐るべきユートピア作戦が発動する！
国王がアルバーナ宮殿から消えた！ ボン・クレーがコブラに化けてナノハナに現れ、ダンスパウダーで三年間の雨を奪っていたと言う。駆け付けたコーザは撃たれ、Mr.1とミス・ダブルフィンガーが巨大船を町に突っ込ませて火を放つ！ コーザはアルバーナへの総攻撃を決意、チャカは迎え撃つよう命じる！
コーザ率いる反乱軍がアルバーナに着くのは、明日の夜明け。クロコダイルも檻の鍵をバナナワニに食わせてアルバーナへ発とうとする。水没し始める部屋。そこへサンジが子電伝虫を鳴らす！“Mr.プリンス”と名乗り、自分はレインディナーズの正面にいると。サンジはクロコダイルを外へ出し、ビビと再会する！
チョッパーがMr.プリンスを名乗って町へ逃げ、クロコダイルをおびき寄せる。その隙にサンジは、スモーカーが指示したバナナワニにキック。口から出たのはMr.3と鍵だった！ 鍵を投げるMr.3。本物の鍵はまだクロコダイルの手の中。しかしウソップの発案で、サンジはMr.3に鍵を作らせることに。そして…。
チョッパーが用意したヒッコシクラブに乗って、麦わらの一味とビビはアルバーナへ。だが、突然クロコダイルの鉤爪がビビを捕らえる！ ルフィはビビを逃がして先へ急がせ、その場に残って対決。砂になってルフィに殴らせないクロコダイルは、ユバに向けてとどめの砂嵐を発生させる！
トトにもらった水で濡れたクロコダイルの左腕を掴むルフィだが、流砂へ放り込まれてしまう。ナミの踊り娘姿に加速するヒッコシクラブと、サンドラマレナマズを倒すクンフージュゴンに助けられ、サンドラ河を渡るビビ達を迎えたのは、カルー率いる超カルガモ部隊だった。砂に沈んだルフィを救ったのは…。
コーザ率いる反乱軍とチャカが指揮する国王軍は激突間近。ビビ抹殺を狙うオフィサーエージェントの前に、超カルガモに乗ったビビらしき者が、何と6人も現れる！ その中の本物は、カルーと反乱軍の前へ。しかし、国王軍内部に潜入していたバロックワークスが発砲！ ビビの声はコーザに届かず、両軍は激突を始める。
ボン・クレーを逃がしたウソップに、サンジはチョッパーを助けるよう指示し、ビビのもとへ走る。ビビを乗せて飛び、ボン・クレーから逃げるも力尽きるカルーを、超カルガモのイワンＸとカウボーイが救う。ここからはサンジの出番！ 一方、Mr.1とミス・ダブルフィンガーは、ナミを標的に定める。
苦戦中のウソップとチョッパー。モグモグの実のモグラ人間であるミス・メリークリスマスが砂漠に掘るトンネルを駆使。イヌイヌの実の銃ラッスーが野球のボール型の時限爆弾を撃ち出し、それをMr.4が4tバットで打ってくるのだ。ミス・メリークリスマスは、ルフィはクロコダイルに殺されたと言うが…。
ミス・メリークリスマスに高速移動させられるウソップの顔面を、Mr.4が4ｔバットでカッ飛ばす！ それでも立ち上がるウソップ。チョッパーとの連携で、4ｔバットにミス・メリークリスマスの顔面を打たせる。Mr.4にも必殺ウソッチョハンマー彗星が決まり、見事に勝利！ 一方、ボン・クレーに対するサンジは…。
ウソップがチョッパーの治療を終えた頃、スパスパの実の刃物人間Mr.１はゾロに、ミス・ダブルフィンガーはナミに狙いを定めていた。サンジは、ナミの姿ではバレエ拳法を使えないというマネマネの実の弱点を見抜き、ボン・クレーに対して勝機を掴む。宮殿では爆破される寸前、ビビの前にクロコダイルが現れ…。
ミス・ダブルフィンガーのトゲトゲの実の能力に右肩を貫かれたナミは、ウソップ作の新兵器・天候棒（クリマ・タクト）を振るう。宴会芸しか放てず説明書を読む隙に、頭から胸への中心線を貫かれるナミ。その頃、宮殿では、クロコダイルがコブラに「プルトン」のありかを訊ねていた。
「プルトン」がアラバスタに実在するか定かでないと答えるコブラ。クロコダイルは両軍が戦う宮前広場に、30分後の午後４時半、砲弾を撃ち込むと言う。それならば、歴史の本文（ポーネグリフ）が記された場所はどこか？…案内を承諾するコブラ。一方、クリマ・タクトを使いこなし始めたナミは…。
刀の硬度を持つ体のMr.1を、ゾロは斬る事が出来ない。追いつめられたゾロの脳裏に、師匠の語った「何も斬らないが鉄でも斬れる」剣士の話がよぎる。Mr.1に散々斬られるも、ゾロは全ての物に呼吸がある事を感じ、鉄の呼吸に耳を済ます。くいなから譲り受けた、和道一文字１本が走る！
エリート護衛団ツメゲリ部隊の４人が、さらにチャカが、次々にクロコダイルに挑むも歯が立たない。宮前広場爆破25分前。宮殿に着いたコーザは、全ての黒幕がクロコダイルだと知る。国王軍はビビの命令で白旗を掲げ、その中央に立つコーザが反乱軍を鎮める。しかし国王軍に潜入していたバロックワークスがコーザを撃つ！
倒れながらも「戦うな」と、声をふりしぼるコーザ。突然、塵旋風が視界を奪う。両軍に潜入するバロックワークスが撃ち合い、戦いは始まってしまう。それでも諦めないビビを、クロコダイルは宮殿から突き落とす！ その瞬間、ペルに乗ったルフィが現れる。ビビを助け着地したその場所に、麦わらの一味が集結する！
ゾロたちとペルは、10分後の宮前広場砲撃をビビから知らされ、砲撃手を探し始める。ルフィはクロコダイルに大量の水を浴びせるが、全て砂に変えられてしまう。その頃、ミス・オールサンデーは、コブラに歴史の本文（ポーネグリフ）のもとへと案内をさせていた。だが、たしぎが現れ、彼女は賞金首だと海軍に告げる。
干涸びたルフィは、クロコダイルに放つがハズレた水を偶然受けて甦る。地下聖殿で対面したポーネグリフ「プルトン」の文字はないと言うミス・オールサンデーを、クロコダイルは鉤爪で貫く！ コブラが地下聖殿崩壊の仕組みを動かした頃、ビビが大砲の隠し場所をひらめく。仮眠を取ったルフィは地下聖殿へ向かい…。
地下聖殿でクロコダイルと対峙するルフィは、血で濡れた足と拳で戦いを挑む。鉤爪の毒針を使うクロコダイル。その頃、ミス・ファーザーズデーに撃たれたペル以外は、海軍を率いるたしぎの援護で時計台に集結。砲撃30秒前、時計の文字盤が開き、大砲とMr.7、ミス・ファーザーズデーが現れる！
クロコダイルの毒に苦しむルフィ。宮前広場ではナミの発案で、ウソップ、サンジ、ゾロ、チョッパーを発射台にして、ビビを時計台のてっぺんへ飛ばすことになる。ビビは大砲の導火線を切って砲撃を止める。しかし砲弾は時限式！ 爆発まで十数秒…その時、ペルが現れ、砲弾を持って空高く舞い上がる。
砲弾の爆発を見ても戦いを止めない両軍。ルフィはクロコダイルの毒針を折り、ゴムゴムの暴風雨（ストーム）を浴びせる。地下聖殿から岩盤を突き破り、空に舞うクロコダイル。そして雨が降り出し、ビビの声が人々に届く！ 戦いは鎮まり、コブラの礼にルフィは最高の笑顔を返す。
チャカは国王軍に武器を捨てよと命じ、イガラムがカッパに、ナノハナに現れたコブラはニセ者だった事を話させる。コブラからルフィを引き取ったゾロたちは、力尽きて道端で気を失ってしまう。たしぎはクロコダイルを捕らえ、麦わらの一味には手出し無用と命じる。海上にはスモーカーとヒナがいて…。
麦わらの一味は、宮殿の大食堂や大浴場で大騒ぎ。改めて礼を言うコブラ。懸賞金が上がったルフィ、賞金首になったゾロを捕らえる為、ヒナはアラバスタの港を封鎖する。一味は超カルガモ達に乗って、ボン・クレーがメリー号を移したサンドラ河上流へ。旅を続けるなら明日の12時に東の港で、とビビに告げて。
ヒナの黒ヤリの陣に、メリー号とボン・クレーの快速スワンダ号は苦しむ。麦わらの一味に仲間との約束があると知り、ボン・クレーはルフィに化けてヒナを惹きつけ玉砕！ ビビとカルーは立志式を抜けて来るも、別れを告げる。海軍の前で王女と話す訳にはいかない一味は、左腕の仲間の印を全員で掲げる。
ボン・クレーの手下相手に、ヒナがオリオリの実の能力を見せる。復興に向け活気づくアラバスタ全土。カミュもバルバロッサとラサも、そしてペルも無事だった。メリー号では、船室からミス・オールサンデーが現れる！ ポーネグリフにはプルトンの全てが記してあったのに、ウソをついていたのだった。
アラバスタでの激闘を越え、麦わら海賊団は再び海へ。一行は食材豊かな島を発見する。上陸したルフィたちは木の実を取りに、ナミは測量へと向かう。そして船番を任されたチョッパーは、ランブルボールを作りながらDr.くれはのことを思い出していた。チョッパーの初めての患者は、熱病に冒されたくれはだったのだ。
ひょんな事から上質な紙を手に入れたルフィたち。ナミは喜び、これまでの航海を地図にしようと一人で船室へ。一方、甲板の掃除を始めた他のメンバーだったが、ゾロとサンジがケンカになり、ルフィたちは遊んで大はしゃぎする始末。あまりの騒々しさに、遂にナミの怒りが爆発する！
海軍の見習いコック・タジオを助けたルフィたち。彼の夢はオールブルーへ行く事。しかし昼までに美味いカレーを作らなくては船を降ろされてしまうという。自分と同じ夢を持つタジオのため、サンジはルフィと共に海軍船へ潜入。邪魔するフリをしながらもタジオの手助けをする。ところが、ルフィが海軍に見つかってしまい…。
ルフィたちが次に上陸したのは、花火大会で有名な島だった。ウソップは火薬を分けて貰おうと、花火職人の大玉を訪ね、その孫の小玉と出会う。小玉の夢は、両親の夢でもあった二百号玉の打ち上げ。しかし二百号玉は未完成の危険な花火だった。大玉に止められ、小玉は飛び出していってしまう。
時は遡って、ゾロがまだ麦わら海賊団に入る前のお話…。賞金稼ぎとして生きるヨサクとジョニーは、小さな町でゾロに出会った。世界一の剣豪を目指して修行するゾロの姿に、二人は幼い頃の夢を思い出していた。そんな折、町はずれに賞金首・山賊ディックが現れた。人々を守るため、二人はディックに戦いを挑んだ。
濃霧の先で見つけた島に上陸した麦わら一行に、島ヤギの大群が襲いかかる。群れを率いているのは海賊嫌いで小心者の爺さん・ゼニィ。ゼニィを驚かせて気絶させてしまったルフィたちは、お詫びとして彼の身の回りの世話をするハメに。皆が雑用に追われる中、食料を探しに出かけたゾロは…。
若かりし頃のゼニィは海賊相手の金貸しだった。稼いだお金で海に出て、海賊王になる。それがゼニィの夢だったのだ。しかし無人島に一人で流れ着き、海に出られないまま歳を取りすぎてしまった。夢を諦めたゼニィに、歳なんて関係ないとルフィは言う。そこへゼニィの財宝を狙う海軍が現れる。
ゼニィ海賊団、出撃！ 山の上から駆け下りた海賊船で、ついにゼニィが島ヤギの群れと共に海へ出た！ 長年の夢だった海賊として、海軍を相手に大活躍。しかし、あと一歩まで追いつめたところで、病んでいたゼニィの心臓が発作を起こしてしまった。海兵の剣先が、倒れ伏したゼニィの喉元に突きつけられ…。
パスクア少佐率いる海軍の追手を振り切って、ルルカ島へと辿り着いた麦わら海賊団。そこは、何にでも税金を課すウエットン市長が支配する島だった。税金を無視して上陸したルフィたちは、町で虹色の霧を研究する科学者ヘンゾ博士と出会う。時を同じくして、島の港に無人のガレオン船が流れ着いていた。
虹色の霧の向こうには、船の墓場・エイプスコンサートが広がっていた。おまけに不気味な雰囲気の中から現れたのは、なんと幽霊！ しかしルフィが倒してみると、幽霊の正体は5人の子どもたちだった。その姿にヘンゾは驚く。彼らこそ50年前に行方不明になり、今までずっとヘンゾが探し続けていた仲間たちだったのだ。
エイプスコンサートは、どちらへ進んでも元の場所へ戻ってしまう迷路の空間。このままでは永遠にさまよい続けることになってしまう。虹色の霧からの脱出方法を求めて、ルフィたちはパンプキン海賊団と合流することに。だが、リーダーのラバ・ヌイは50年という時の流れを認められず…。
ウソップのお陰で誤解が解け、ヘンゾとラパ・ヌイは涙と共に握手を交わそうとする。だがその瞬間、エイプスコンサートを飛び回っていたルフィがラパ・ヌイと衝突。そのまま二人は空間の狭間へと消えてしまった。一方、外の空間ではナミたちがルフィらの救出作戦を進めていた。しかし、ウエットンの魔の手が迫り…。
レインボータワーを起動させ、エイプスコンサートから財宝を運び出すウエットン。その前に、怒りのルフィが立ちふさがった。追いつめられたウエットンは逃げだし、タワーを爆破させてしまう。その衝撃は空間のバランスを乱し、エイプスコンサートの崩壊を招くのだった。ルフィたちは無事に脱出できるのか!?
巨大ガレオン船が降ってきた！ 空を差すログポースに戸惑うナミをよそに、ルフィは“空島”の地図を発見して大喜び。沈んだガレオン船から情報を得るため、ルフィ、ゾロ、サンジが海底へと向かうが…。
突如来た夜！ 巨大ウミガメから逃れたルフィたちは、巨人族の何十倍もの大怪物の影を目にする。ゴーイングメリー号、必死の逃走！ 同じ頃、宴会でバカ騒ぎのバギー一味の船に、火拳のエースが乗り込んでくる。
港町モックタウン、そこは海賊たちが集う無法地帯。ケンカは日常茶飯事だ。決してケンカしないと、ナミに誓うルフィとゾロ。酒場へ入った彼らの前に、賞金首の海賊“ハイエナのベラミー”が現れた！
夢を見ることを否定し、空島を目指すルフィたちを笑うベラミーたち。だが、ナミとの約束のあるルフィとゾロは、やられっぱなしのされるがまま。傷だらけの２人を連れて店を出たナミの前に、謎の大男が現れる。
空島の情報を探すルフィたちは、夢を語りモックタウンを追い出された男に会いに行く。その男、クリケットは、“ノースブルー”に伝わる童話『うそつきノーランド』の主人公であるモンブラン・ノーランドの子孫だった。
クリケットは、空島があるなら“積帝雲”の中だと語る。そこへ行くには、翌日、南の海に発生する“突き上げる海流”に乗るしかない。ルフィたちは、常に南を向く習性を持つサウスバードを捕まえるため、森へと入ってゆく。
サウスバードを捕らえようと真夜中の森に入ったルフィたちを、巨大なカマキリやテントウ虫、オケラなどが襲う！ クリケットたちはベラミーの“バネバネの実”の能力の前に倒れ、金塊を奪われてしまう。
金塊を取り返しに来たルフィを笑い、“スプリング跳人”を繰り出すベラミー。だが、勝負はルフィのパンチ一発で終わった。聖地マリージョアでは、クロコダイルの後継をめぐって七武海に関する会合が行われる。
ゴーイングメリー号フライングモデル完成！ クリケットに別れを告げ、ルフィたちは南の海へ船を出す。予想以上に早く積帝雲が現れ、引率の猿山連合にも緊張が走る。大荒れの海には、どでかい渦潮が待ち受けていた！
空の海に来たゴーイングメリー号。環境の変化に戸惑うルフィたちを、突如仮面の男が襲う！ 空気が薄くて思うように動けず、倒されてしまうサンジ、ゾロ、ルフィ。男がバズーカを構えた瞬間、鳥に乗った騎士が現れた！
スカイピアに着いたルフィたちは、エンジェルビーチに上陸。ふかふかの地面に、海軍もいない天国のような場所で、リゾート気分を満喫する。さらに天使のような島の住人・コニスと出会い、サンジも大喜びする。
絶対に足を踏み入れてはならない聖地、神の住むアッパーヤード。一人ウェイバーで遊んでいるナミが、そこに入らなければ良いが…。だが、ルフィはすでに、アッパーヤードに入る気満々だった。
スカイピア警察“ホワイトベレー部隊”のマッキンリー隊長が、ルフィたちに不法入国の罪を告げに来る。罰金を払えば済むというが、700万ベリーという法外な金額。怒ったナミは、ウェイバーごと隊長に体当たりする！
第２級犯罪者となったルフィたちへの、天の裁きが始まった。ゴーイングメリー号上のナミたちは、生け贄として超特急エビに連れて行かれてしまう。残ったルフィ、ウソップ、サンジは神の試練に臨むことになる。
仲間のナミたちを助けるためにアッパーヤードへ行こうとするルフィたちは、コニスに案内されてエンジェル島の船着き場へ。そこでコニスは、自分が超特急エビを呼んだのだと明かす。その瞬間、空から“神の裁き”が下った！
ルフィ、ウソップ、サンジはカラス丸に乗って神の島へ。入口を過ぎるとすぐに、巨大な鎌が連続して降りかかる！ 罠をかわしたと思ったら、空ヤツメが襲いかかってくる。さらにその先には、４つの試練への入口が待ち受けていた。
ルフィの勘で、カラス丸は“玉の試練”へ。そこには、無数の島雲の玉があるだけ。ルフィたちは油断するが、それはヘビが出たり爆発したりする“びっくり雲”だった。そして、この試練を司る神官サトリが現れる！
心網で相手の動きを読んで攻撃を避け、手から打撃とは異なる得体の知れない攻撃を繰り出すサトリに、ルフィたちは打ちのめされる。生贄の祭壇で一人船番をするチョッパーの前にも、鳥に乗ったもう一人の神官が出現する！
心網で相手の動きを読んで攻撃を避け、手から打撃とは異なる得体の知れない攻撃を繰り出すサトリに、ルフィたちは打ちのめされる。生贄の祭壇で一人船番をするチョッパーの前にも、鳥に乗ったもう一人の神官が出現する！
ガン・フォール対シュラ。目にも止まらぬ空中戦が繰り広げられる。しかし「紐の試練」にかかったガン・フォールの動きが、突然止まってしまう。その頃、「玉の試練」ではルフィが予想外の行動でサトリの心網を乱していた。
神の島の混乱に乗じ、ワイパーの号令のもと、シャンディアたちが総攻撃を開始する。海に落ちたチョッパーは巨大なサウスバードに救われ、森を探索していたナミたちは、空に浮かぶ大地“神の島”の真実を発見する。
ルフィたちを乗せたカラス丸は、神の社へと急ぐワイパーたちと草原ですれ違う。奥の森ではシャンディアと神官の戦いが始まっていた。おかげで雲の川を難なく抜けたルフィたちは、ついにナミたちと合流する。
ルフィたちは、翌日の黄金探しの作戦会議を始める。ノーランドの昔話をもとにナミが作った400年前のジャヤの地図。そこには黄金のありかが記されていた！ 空ウルフも見事に手なずけて、キャンプファイヤーで前祝いだ！
ルフィたちは探索組と脱出組の二組に分かれ、行動を開始。ワイパーたちシャンディアは、神の島への侵攻を再開する。待ち受けるシュラたち三人の神官。神・エネルが仕掛けた、生き残りへの戦いが始まる！
遺跡を目指すゾロたちを、超どでかい大蛇が襲う！ 猛毒の牙を前に、さすがのゾロも逃げの一手。逃げ回るうちに、四人は離ればなれになってしまう。同じ頃、ゴーイングメリー号では、前“神”であるガン・フォールが、空島の歴史を語り出す。
エネルの首を狙うシャンディアを、“紐の試練”が阻む。一人罠にかからなかったワイパーは、銃も盾も捨ててシュラに立ち向かう。左肩を“熱の槍”で突かれるが、右手に仕込んだ“排撃貝”で必殺の一撃を放つ！
スケート靴型ウェイバーで自在に空を飛ぶブラハム。三刀流の攻撃もよけ、“閃光銃”でゾロを狙う！ 撃つたびに光る銃のせいで間合いがつかめず、足を撃たれるゾロだが、飛ぶ斬撃、一刀流“三十六煩悩鳳”を放つ！
ルフィに砲弾は効かないと知ったワイパーは、武器を“バーンバズーカ”に切り替え、青白い炎を噴射！ 大木をも貫通する破壊力だが、バズーカならルフィも負けてはいない。ゴムゴムのバズーカで真っ向勝負を挑む！
遺跡へ着いたチョッパーを、神官ゲダツが襲う！ ゲダツの操る“沼雲”は、一度触れると抜け出せない危険な雲。ランブルボールを駆使して逃げ回るチョッパーだが、強力なジェットパンチを食らってしまう。
三つ子の兄・サトリの復讐に現れたホトリとコトリ。ウソップとサンジは傷付き、ナミは船を守るためにガン・フォールと共に戦う！ “天候棒”で霧を起こしてホトリの目をくらまし、“衝撃”でとどめをさす！
遺跡を荒らすヤマに、ロビンの怒りが爆発！ “百花繚乱「大飛燕草」”で谷底に落とし、完全に叩きのめす。探索を進めるロビンは、雲の下に遺跡を発見。800年前に突如滅んだ黄金都市・シャンドラは、ここに眠っていたのだ！
チョッパーは“巨大豆蔓”を登り、上層の遺跡にたどり着く。そこには男が一人、人間のもろさを憂いて泣いていた。この男こそ神官オーム。ここは生存率0％と言われる“鉄の試練”のエリアだったのだ。チョッパーの命が危ない！
ゾロ、ガン・フォール、ワイパー、オーム、４人の男たちの生き残りを賭けた戦いが始まった。戦闘の最中、ゾロはオームにやられたチョッパーを発見。駆け寄る彼にも、オームの罠が襲いかかる。倒れた仲間を前に、ゾロの心が熱く燃え上がる！
触れればタダでは済まない白荊のドーム内で、ゾロ、ワイパー、オームたちの、生き残りを賭けた死闘の火ぶたが切って落とされた！ 一方、大蛇の腹の中では、ナミたちがルフィと驚きの再会を果たしていて…。
自在に形を変える“鉄雲”の剣で、ゾロを追い込んでゆくオーム。だがゾロは三刀流“百八煩悩鳳”で鉄雲を弾き飛ばし、オームに勝利する。その頃、シャンドラの遺跡を歩くロビンの前にはエネルが現れ、悠然と語りかけてくる。
エネルの稲妻で上層遺跡が崩壊し、落下してゆく。ナミたちは大蛇から脱出するが、ルフィとアイサが取り残されてしまう。かくしてゾロ、ロビン、ナミ、ワイパー、ガンフォール、そしてエネルが、シャンドラに集結する。
空島の人々を青海に落とそうとするエネルの企みに、ガン・フォールは激怒。だが、圧倒的な雷の力を前に倒れてしまう。ワイパーはシューターに仕込んだ海楼石でエネルの力を封じ、“排撃”を放つ！
自分の心臓を電気マッサージし、復活したエネル。力尽きたワイパーは、もはや反撃さえ出来ない。ゾロさえ一太刀も浴びせられぬまま、倒れてしまった！ やっと大蛇の体内から脱出したルフィは、ボロボロになった仲間の姿を目の当たりにする！
エネルのもとに着いたルフィは、真っ向からケンカをふっかける。雷の力で迎え撃つエネル。だが、ゴム人間のルフィには、どんなに強力な電撃も全く効き目がない。ルフィはエネルにとって、この世にたった一人の天敵だったのだ！
エネルの電熱スピアが、ルフィの体を焼く！ “心綱”で動きを読まれ、苦戦するルフィは、変なアイデアで対抗。“ゴムゴムのボー”で攻撃を避け、“ゴムゴムのたこ花火”を発射！ 壁に跳ね返った拳がエネルに当たった!!
“ゴムゴムの回転弾”で倒れたエネルだが、またしても立ち上がる。ルフィさえいなければ、自分の天下…勝負を避け、ルフィの右腕を巨大な金塊で封じるエネル。空高く上昇するマクシムから、ルフィは金塊ごと落とされてしまう！
サンジとウソップが復活し、ナミを救出するためマクシムに潜入。甲板では、ナミが必死にエネルの電撃をかわしていた。だが、食らってしまうのは時間の問題。もはや逃げ切れないと覚悟した瞬間、仲間の声が響く！
マクシムからの脱出に成功したナミとウソップは、巨大豆蔓へ向かう。そこではちょうど、ロビンが下層の遺跡から負傷者を運び上げたところ。ルフィも来るが、再会もつかの間、そのままエネルめがけて上へと駆け上ってゆく！
その昔、ワイパーの遠い先祖である大戦士カルガラには、親友がいた。その名はモンブラン・ノーランド、今は「うそつきノーランド」として語られている男だ。ある時、ノーランドは嵐の中で美しい鐘の音を聞く。それが二人の出会うきっかけだった。
命の尊さ、進歩の大切さを訴えるノーランドに、カルガラは戒律を破る。「村は救える!!」と答えるノーランドに、涙を見せるカルガラ。そしてノーランドは、見事疫病を治す薬を作って村を救い、カルガラと友情の絆を結んだのだった。
先祖の魂が宿る木々を切ったノーランドたちを、シャンディアは追い出そうとする。だがそれは、恐ろしい病気である“樹熱”から島と人々を救うための処置だった。ノーランド出立の日、誤解に気付いたカルガラは黄金の鐘を響かせる！
方舟マクシムから、巨大な球状の雷雲が発生。莫大なエネルギーをはらんだ雷雲が落ち、エンジェル島は一瞬で跡形もなく消滅してしまう。スカイピアごと消される前に脱出しようと言うナミに、ルフィは断固反対する。
先祖ノーランドの言葉を信じて、黄金郷を探し続けるクリケット。彼の話を聞いて心打たれたワイパーは、巨大豆蔓を倒すのに力を貸す。傾き出した巨大豆蔓！ ナミの最大出力“噴風貝”ウェイバーが、ルフィを乗せ、黄金の鐘めがけて発進する！
巨大豆蔓からウェイバーが飛ぶ！ さらにジャンプして、雷雲の塊に飛び込むルフィ。“ゴムゴムの花火・黄金牡丹”で雷雲を散らし、黄金の鐘を目指す。そして雷神と化して迎え撃つエネルに、“ゴムゴムの黄金回転弾”を放つ！
黄金の鐘の音は、空島だけでなく、遠く青海のノーランドのもとまで鳴り響いた。戦いは終わったのだ。満月の夜に宴の炎が燃えさかり、麦わらの一味を中心に奏で、歌い、踊る、盛大な喜びの時が始まる。
ルフィたちはそれぞれ、空島を発つ準備を始める。ウソップは“貝”を集め、ルフィたちは大蛇の腹の中で財宝をゲット！ 大鐘楼の碑文を読んだロビンは、その横に海賊王ゴール・Ｄ・ロジャーの残した文章を発見する！
“雲の果て”の門を出た途端、ゴーイングメリー号は急速に落下を始める。7000メートル下まで落ちると思った瞬間、空島名物タコバルーンが船体を包み込む。ふわふわと降下を始めた船の上空から、ルフィたちを送る鐘の音が聞こえてきた。
空島からメリー号が落ちた先は、海軍の要塞だった！ ライトで照らされ、何門もの砲台が狙いを定める。だが船には誰もおらず、飲みかけのコーヒーに、消し忘れた煙草が残っているだけ。海兵たちは幽霊船と恐れ始める！
ルフィたちは船を離れ、散り散りに要塞に潜んでいた。変装して食堂へ入ったルフィとサンジは、海軍本部から来たコックと間違えられる。厨房を仕切るのは、誇り高き美人料理長ジェシカ。彼女はサンジに、料理勝負を提案する。
ゾロが要塞の司令官ジョナサンに囚われてしまう。ナミは看護婦に変装して難を逃れ、木箱に隠れたチョッパーは医務室へと連れられて行く。その医務室には、嵐に襲われた船から続々とケガ人が運ばれてきたところだった。
コックに化けていたルフィとサンジだが、ジョナサンに正体を見抜かれ、逃げ出すことに。慎重に要塞を調べるロビンを置いて、ウソップはメリー号奪還に走る！ 海兵に変装してドックへ潜り込むが、あえなく囚われてしまい…。
ゾロとウソップが囚われたと知ったルフィとサンジは、救出に向かう。監獄のある中央島は、人の姿がなくいかにも怪しげ。構わず突入した二人だったが、海楼石を仕込んだ檻と海兵が待ち受けていた。やはり罠だったのだ！
ルフィたち４人は、メリー号のあるドックを目指す。そこへ行くには、中央島から伸びる橋を渡らねばならない。橋には第55部隊、通称“熱風隊”が待ち伏せている。暑苦しい猛攻を突破して、ドックにたどり着くことは出来るのか!?
ゴーイングメリー号のあるドックに着いたルフィたちだったが、そこにも海兵の大部隊が待ち構えていた。倒しても倒しても、敵の数は減らない。ついにはルフィが海楼石入りの網で捕らわれてしまう。麦わら海賊団、万事休す!?
脱出寸前、ナミは船内に黄金がないことに気付く。すかさず、爆煙の中をＵターン！ 廃ドックに身を隠す。奪われた黄金は、ボロボロになったメリー号を修繕するための大切な費用だ。奪還を目指し、再び要塞への上陸を開始する！
ルフィ、ゾロ、ウソップ、ロビンの黄金奪還チームは、保管庫に着く。すんなり侵入できたと思いきや、やはり海兵が待ち伏せていた！ ルフィらが食い止める名か、ウソップが巨大金庫の鍵を開ける。その中に入っていたのは…!?
黄金をエサに、ルフィとナミを自室へおびき寄せたジョナサンは、ついにルフィを捕まえる。だが、ナミが“サンダーボルト・テンポ”で海兵全員を打ち倒した。見事黄金奪回は成功！海軍船に偽装したメリー号で一気に脱出を図る。
夜９時になると起こる引き潮“ナバロンの海の牙”のせいで、メリー号は前進不能に陥り、しかも岩礁に乗り上げてしまう！ ジョナサンは完全に包囲し降伏を勧めてくるが、ルフィたちはウソップの“貝”で起死回生の秘策に打って出る！
ジャヤの街で、七武海の一人ドフラミンゴが“新時代”が来ると叫ぶ！ 修理を終えて着水したメリー号には、シーモンキーが襲来。無事逃げたルフィたちは島を発見。早速上陸するが、そこは木も動物も全てが長い島だった。
トンジットと愛馬シェリーの再会に、感動するルフィたち。そこへ銃声が！ シェリーが倒れる。撃ったのは“銀ギツネ”のフォクシー。怒ったルフィは、人取り合戦であるデービーバックファイトの挑戦を受けてしまう！
第一回戦は、タル船で島を一周するレースだ。麦わら海賊団は三チームに分かれてスタートする。凶器、妨害、何でもありのこのレース。早速ルフィ、ゾロの二チームが、フォクシー海賊団のお色気と宴会の罠にはまってしまう。
サンゴ礁の迷路を難なく抜けたナミたちの船は、“衝撃”で一気に加速してトップに躍り出る。数々の妨害もクリアし、ゴールはもう目の前。勝ったと思った瞬間、フォクシーの手からノロノロビームが放たれた！
チョッパーを取り返すため、ゾロとサンジが「グロッキーリング」に挑む。敵はこのゲーム無敗のグロッキーモンスターズ。巨大な三人組を相手に二人で戦わなければならないのに、ゾロとサンジはケンカばかりで協力できない。
あからさまに凶器を持ち出すグロッキーモンスターズ。だが、審判は見て見ぬふりをして反則を取らない。あまりにも卑怯な攻撃に、立ち上がったゾロとサンジがついに共闘する。審判も奴らも、まとめてＫＯだ！
第三回戦は、「ラン・ローラー・ラウンド」というローラースケートレース。一人少ない“麦わらデンジャーズ”は、ルフィが二回出ることになる。だがローラースケートを履いたことのないルフィは、立つことさえも出来なかった！
五本勝負のローラーレースで、二本先取されて迎えた第三ラウンド。快足のチキチータ相手に大ピンチだったが、監督サンジがマタタビ作戦でコースアウトさせて大逆転！ そしてルフィが、スケート靴で立つことに成功した！
フォクシーの３コインゲーム再戦の要求を、ルフィが受けてしまった。第一回戦は、デービーバックファイトで最古の歴史を持つ「ヒット・アンド・デッドボール」。ルフィたちの猛攻で、残る敵はフォクシー一人になるが…。
第一回戦の敗北でロビンを奪われ、奪還に燃える麦わら海賊団は、第二回戦の「どっち・タッチ・だるまさん」に挑む。スタートと同時に全員が、オニのトンジットめがけて駆け出す！ いち早くオニにタッチできたのは…!?
最終戦に勝てばロビンとチョッパーを取り戻せる。だが、負ければ麦わら海賊団全員、ずっと先の子孫までフォクシー海賊団に忠誠を尽くさねばならない。海賊団全体の命運を賭けた船長対決のゴングが、今鳴らされる！
ノロノロビームを警戒するあまり、ルフィは思うように戦えない。フォクシーを追って船内に入るが、中にはワナがいっぱいだった。フォクシーが開発したゴリラ型マシン「ゴリラパンチャー13号」の猛攻を受け、ルフィは大ピンチに！
倒されても倒されても、仲間のためにルフィは立ち上がる！ 最後の力を振りしぼり、ゴムゴムの銃乱打を放つルフィ。フォクシーもメガトン九尾ラッシュで応戦。すさまじい応酬の中、最後まで立っていたのは…!?
サンゴ礁に囲まれた小島の沖で、夜を過ごすルフィたち。朝起きると、徹夜で本を読んでいたロビン以外、みんなの記憶が無くなっていた。今までの大冒険も、仲間のことも、すっかり忘れてしまっていたのだ！
ロビンから話を聞いたルフィたちは、記憶を失う前に笛の音を聞き、少年の姿を見たことを思い出す。その笛を持つ少年に記憶を奪われてしまったのか!? 船を降りたナミとゾロは、わずかに残った子供の頃の記憶をたどる。
記憶が戻ったルフィは、ナミとゾロを捜しに島へ上陸する。だが島の人々は自分の名前も覚えておらず、情報は得られない。その頃、修行中のゾロの前に笛を持つ少年が。彼は最強を目指すのならルフィと戦えとゾロをけしかける。
記憶を奪った犯人を捜すルフィたちの前に、ゾロが立ちはだかる。野獣のような目つきで迫るゾロ。ルフィが一人残って止めようとするが…。一方、真犯人のタツノオトシゴを見つけたサンジは、怒りを込めて蹴り飛ばす！
村人たちの記憶も戻り、ゾロは操られていた恨みを晴らそうとタツノオトシゴを捕まえる。だが、タツノオトシゴにはまだ奥の手があった。記憶の残像によって金縛りにされたルフィたちは、再び記憶を奪われてしまう！
大嵐の中ルフィは、フォクシーたちを救出する。セクシーフォクシー号を発見し、戻ろうとするフォクシーだったが、船内は元部下のキバガエル海賊団に乗っ取られていた。船と部下を取り戻すため、男フォクシーが立ち上がる！
ルフィたちは、屈辱を晴らそうとするフォクシーの罠にはまってしまう。ゴリラパンチャー13号の燃えるパンチに苦戦するルフィ。そこへナミが雨を降らせて炎を消した。ゴムゴムのコマで、フォクシーを一気に撃破だ！
無人島でルフィたちの前に、海軍本部大将の青キジが現れた！ その姿を見た途端、取り乱すロビン。遭難した人々を協力して島から脱出させ、打ち解けたように見えた青キジとルフィたち。しかし、両者に緊張が走る！
恐るべき“ヒエヒエの実”の能力！ 青キジは、一瞬でロビンを全身氷漬けにしてしまった。凍ったロビンを抱え、ウソップは船へと走る。必死に治療するチョッパー。ルフィはゾロとサンジを退けて、一騎打ちを申し出る！
クロールで泳ぐカエルを追いかけるルフィたちの前に、汽笛を鳴らし煙を吐き、猛然と列車が駆けて来る!! シフト駅の駅長・ココロばあさんとチムニーの話では、“海列車”が島から島へ海の線路を走っているのだという。
ウォーターセブンに上陸したルフィたちは、黄金を換金するため、ヤガラという魚に乗って中心街へ向かう。柔らか～い“水水肉”を食べたり、水のエレベーターに乗ったり。巨大な水上都市には、楽しいことがいっぱいだ!!
黄金を換金すると、３億ベリーに！ これでメリー号を修理できる!! 喜び勇んで造船所へ入ろうとするルフィたちだが、鼻の長い男に止められた。「ガレーラカンパニー」１番ドック“大工職”職長のカクだ！
２億ベリーを盗んだフランキー一家を、“艤装・マスト職”職長・パウリーが、ロープを操り退治した！ しかしそのまま金を持ち逃げしようとする。“木びき・木釘”職長ルッチが、パウリーを連れ戻した時、肩のハトがしゃべりだした！
査定から戻ったカクは、ゴーイングメリー号は直せないと言う。もう死を待つだけの、ただの組み木だと。取り乱すルフィ。ウソップこそ一番ショックを受けそうだが、何と彼は、２億ベリーとともに姿を消していた！
盗まれたのはメリーを直す大事な金！ 一人で取り戻しに行くウソップ。しかし返り討ちにあってしまう！ 倒れるウソップに、ルフィたちの怒りの炎が燃え上がる！ 一味のアジト、フランキーハウスを吹き飛ばせ!!
船を換えるというルフィに、ウソップは激昂！ メリーは、どんな波もいっしょにきりぬけてきた大事な仲間だ!! その想いは、ルフィも同じ。だが、船長として決断は変えられない。対立するウソップは、ひとり船を降りていく。
約束の夜10時、決闘が始まる！ 大マジでルフィを攻めたてるウソップ。ルフィの気付かぬ間に、“風貝”でガスを充満させた“火炎星”！ 大爆発に地面がゆらぎ、波が逆巻く。その波をかぶったメリーの涙から、一筋の涙が流れ落ち…。
アイスバーグが撃たれた事件で、町は大さわぎ！ ルフィとナミは、心配して造船所へ急ぐ。サンジとチョッパーは、行方不明のロビンを捜す。造船所に着いたルフィだが、そこへド派手な音楽に乗って、フランキーが現れた!!
フランキーが炎を吹いた!! 悪魔の実の能力者なのだろうか？ だが、川に飛び込んでも全然へっちゃら。右腕からは強力なロケットパンチが飛び出してくる。フランキーは、全身が兵器のサイボーグだったのだ！
アイスバーグの証言で、ロビンの仲間である麦わら海賊団が、市長を狙う暗殺者として街中から追われる身に!! 犯人は本当にロビンなのか？ 真実を確かめたいルフィは、警戒厳重なガレーラ本社へ、ひとり乗り込んでいく！
“アクア・ラグナ”が近づく中、ガレーラの職人たちは暗殺者・麦わら海賊団を探し回る。チョッパーとサンジは、匂いを頼りにロビンを追う。だが二人の前に現れたロビンは、皆に罪を被せて逃げるつもりだと別れを告げる…。
ゾロは、ロビンの狙いが、今度こそ市長暗殺だと推察する。ロビンは敵なのか？ 味方なのか？ 真相を知るには、ワナと知りつつも現場へ行き、ロビンを捕まえるしかない。ルフィたちは市長宅突入の機会をうかがう！
警戒厳重なアイスバーグ邸で、爆発が起こる！ 同時に、仮面をつけた者たちが現れた。わずか数名で、大勢の船大工をバタバタとなぎ倒していく！ 彼らは闇より現れし世界政府直下の暗躍機関“サイファーポールNo.9”だった！
ＣＰ９が狙っているのは、アイスバーグが持つ古代兵器“プルトン”の設計図だった。その戦艦のあまりに強大な力を恐れた造船技師が、暴走した時の抵抗勢力とすべく設計図を残し、代々受け継がれてきたのだ。
ＣＰ９は設計図を狙い、５年前からガレーラカンパニーに潜伏していた。ルッチの話では、８年前に死んだはずのアイスバーグの唯一の弟弟子、カティ・フラムが今もこの町で生きているという。フランキーと名を変えて！
ＣＰ９の４人は、人体から武器に匹敵する力を引き出す武術“六武”を使う。ルフィの“ゴムゴムの銃乱打”を受けても、びくともしないのだ！ 目に見えぬ速さで動き、空を駆け、蹴りひとつで壁をも斬り裂く、ケタ違いの戦闘力だ！
ルッチは悪魔の実の能力者だった！ “ネコネコの実モデル豹”。その巨大な姿、圧倒的なパワーで、ルフィもゾロもブッ飛ばされてしまう！ ＣＰ９の魔の手は、古代兵器の設計図を持つフランキーのもとへと迫る！
船の解体を勧めるフランキーに、あくまでも抗うウソップ。だが本当は、もうメリー号がダメだと分かっていた。空島で船を修理した影は、クラバウターマンと呼ばれる船の化身だった。あの時ウソップは、メリー号自身の声を聞いていたのだ！
ＣＰ９が、フランキーの秘密基地・橋の下倉庫へ現れる。倉庫の奥には製図室があった。ここは、造船会社トムズワーカーズがあった場所！ フランキーとアイスバーグが、世界一の造船技師トムとともに夢を追い、育った想い出の場所だった。
８年前、トムの“海賊王の船製造の罪”が無罪となる日。フランキーが作った戦艦が、司法船を襲った！ 止めようと駆けつけたトムとアイスバーグにも、砲撃の雨が降りかかる！ トムが持つ設計図を狙うＣＰ５のスパンダムにハメられたのだ！
司法船襲撃犯として捕らえられたトムズワーカーズ。戦艦を造ったことを後悔するフランキーを、トムが初めて殴った！ トムは、襲撃に対する免罪を求め、“海賊王の船製造”の罪で極刑となることを選ぶ。フランキーはトムに命を救われたのだ！
意識を取り戻したアイスバーグが、ナミにロビンの想いを語る。ＣＰ９は“麦わらの一味”に対し、“国家戦争クラス”の軍事力を発動させる権限を持っていた。仲間６人が無事にこの島を出航することを条件に、ロビンはＣＰ９に身を預けたのだ！
エニエス・ロビー行きの海列車に、ＣＰ９のルッチたちが乗船した。この最終便を逃すと、“高潮”のため、島から出る術がなくなってしまう。ナミはロビンを説得するため、駅へ向かい水路を駆ける！ だが無情にも、海列車の汽笛が鳴り響く！
ナミの追走も空しく、出航してしまった海列車。だが駅には、ナミへの手紙が残されていた。サンジからのラブレターには、海列車に乗り込んだと書かれている！ 政府のエージェントを蹴り飛ばし、最後尾の第７車両に突入したのだ！
ルフィとゾロを発見！ だが、今にも“高潮”に飲み込まれようとしている裏町で、ルフィは建物の間に挟まり、ゾロは煙突に突き刺さっていた。猛烈な大波が押し寄せる中、ナミがロビンの想いを、仲間のために一人で犠牲になった彼女の真実を叫ぶ！
ロビンが連行されるエニエス・ロビーは、世界政府の中枢につながる玄関だ。その島へ仲間を連れ戻しに行くなんて、世界政府にケンカを売るようなもの。だが、仲間が待っている！ 奇跡の救出劇に向け、“暴走列車”ロケットマンが走り出す！
水路を飛び出すロケットマン！ フランキー一家を乗せたキングブルも連結。パウリーら、ガレーラの職長３人も合流。町ではケンカもしたが、全員の敵は同じ！ ガッチリと手を組んだ“同志”を乗せ、ロケットマンはフルスロットルで進む！
アクア・ラグナへ向け、ルフィとゾロの超強力合体技“ゴムゴムの三百煩悩攻城砲”発射！ 自然の猛威をもフッ飛ばし、ロケットマンは突き進む！ パッフィング・トムのサンジたちは、ナミから電伝虫でロビンの本心を聞き、救出の決意を固める！
狙撃の島からやってきた!? 謎の男・そげキングが、サンジ、フランキーとともに、ロビン救出作戦に加わった。迫り来るＴボーン大佐率いる海兵、役人たちを、最後尾へ引きつけて車両ごと切り離す。一気に敵を減らすサンジの頭脳プレーは大成功だ！
第４車両を守る、ＣＰ７のお料理格闘家ワンゼは、ラーメン拳法の使い手だ！ 麺でできた戦闘服・麺ズ正装スーツに蹴りが埋まってしまい、サンジは攻撃できない。一方、第３車両の屋根の上では、ＣＰ９の新入り・ネロとフランキーのバトルが始まった！
一流コック・サンジが魅せる別格の包丁さばき！ タマネギの皮を剥くように、ワンゼのスーツを剥ぎ取った！ “四式使い”のネロに攻撃を全てかわされてしまったフランキーは、サイボーグの本領発揮。ケンタウロスに変型する！
海軍本部大佐・Ｔボーンが、ボーン大鳥を放つ！ 対するゾロは“牛鬼勇爪”を炸裂させる！ ロビンを侮辱したワンゼを、サンジが怒りの“三点切分”でブッ飛ばす！ そしてフランキーは、一撃必殺の“アルティメットハンマー”で、ネロを屋根ごと粉砕した！
ＣＰ９の４人が控える車両に乗り込んだ、サンジとフランキー。前の車両からそげキングとともにロビンも現れるが、彼女は戻ることを拒み続ける。車両を切り離せと指示したそげキングが、“煙星”を発射！ ロビンを奪還して逃げ出す！
ドアドアの実の真骨頂“空気開扉”で、突如ブルーノが姿を現す！ 不意をつかれたサンジは“嵐脚”を食らってしまう。そげキングの抵抗もむなしく、連れ去られたロビン。彼女たちを乗せた海列車は、ついに“不夜島”エニエス・ロビーへ到着する！
サンジ、そげキングが合流したルフィたちの眼前に、エニエス・ロビーが迫る！ まずはガレーラとフランキー一家の連合軍が先行、麦わら海賊団は５分後に突入…の手はずだったが、ルフィが５分も待てるはずはなく、単身飛び込んでいってしまった！
門番の衛兵が何人来ようと、走り始めたルフィの勢いは止められない！ 正門も本島前門も飛び越えて、一気に本島へ侵入した！ ガレーラの３人とフランキー一家も、キングブルで上陸開始。ロケットマンの進路を作るべく、正門をこじ開けるのだ！
フランキー一家の大戦力・怪力デストロイヤーズが、巨人族の門番・オイモとカーシーに一瞬で倒されてしまう。全く歯が立たない大ピンチに、陸上用に切り替えたキングブルが駆けつけた！ 本島奥の「司法の塔」では、ＣＰ９の８名全員が顔を揃える！
パウリーのロープで巨人のオイモを引き倒し、ついに本島前門が開いた。正門が閉められてしまうが、ロケットマンの突入は止まらない。ヨコヅナが張り倒した鉄柵に乗り上げ、そのまま大空へ飛び出した！ 本島前門も飛び越えて、オイモの背中に不時着だ！
ロケットマンを降りるとすぐ、ゾロとサンジが衛兵をなぎ倒す！ ナミは完成版のクリマ・タクトで、雷を呼ぶ。パワーアップしたサンダーボルト＝テンポで、周囲一帯の敵が一瞬で黒コゲだ。先を行くルフィを追って、麦わら海賊団の５人は走り出す！
ロビンがＣＰ９に身を委ねたのは、仲間６人を無事に逃がす約束があったから。だが、ＣＰ９長官・スパンダムは、ロビンを追ってきたルフィを捕らえ、深海の大監獄（インペルダウン）へ連行しようと企んでいた。だまされたと知ったロビンの顔が、悔しさにゆがむ…。
本島前門に取り残されたそげキングは、大泣きのオイモから事情を聞く。オイモとカーシーは、リトルガーデンで会ったウソップの心の師匠、ドリーとブロギーの部下だったのだ。裁判所の屋上では、ルフィVSブルーノ！ ＣＰ９との決戦が始まる！
ゾロたちは、砲撃に倒れたソドムからゴモラへ乗り移り、フランキー一家とともに、ルフィのいる裁判所へ進む。だが、ゴモラも謎の敵からの鉄球攻撃を食らい、倒れてしまう。降りて強行突破しようとした時、チョッパーが叫んだ。「誰も降りるな！」
麦わら海賊団による衛兵の被害総数は、なんと２千人以上！ エニエス・ロビーの歴史始まって以来、最悪の事態だ。千人以上を一人で倒したルフィは、今も裁判所屋上で交戦中。ブルーノの「六式」を完全に見切り、さらに技を進化させると言い放つ！
ルフィの全身から蒸気が噴き出す。ルフィの新戦闘スタイル「ギア２」発動だ！ 「剃」を上回る超ハイスピードな動きは、六式使いでも追いきれない。爆発的パワーの「ゴムゴムのＪＥＴバズーカ」が炸裂！ ブルーノ最強の防御技「鉄塊・剛」をも粉砕する！
フランキーがロビンを連れ、裁判所を見下ろすバルコニーへ脱出する。裁判所の屋上にはルフィ。そしてナミ、チョッパー、ゾロ、サンジ、そげキングも続々集結。自分を救うためにここまで来た６人の姿を見たロビンは…。
海の中の多岐を挟んで向かい合う、麦わら海賊団とＣＰ９。スパンダムは、バスターコールを発動すると脅す。ロビンの故郷・オハラを地図から消し去ったバスターコールとは、どんな力なのか？ 20年前のロビンの悲しき過去が、いま明らかになる！
ロビンの母・オルビアがオハラへ帰ってきた！ 監獄を抜け出し、海軍が島の学者たちを消そうとしていることを知らせに来たのだ。この危機をサウロから聞いたロビンも、「全知の樹」へ走る。街も混乱する中、互いを知らないロビンとオルビアがすれ違う。
空白の百年を解き明かそうとしたオハラの学者たちを消すため、バスターコールが発動された。ＣＰ９に連行される女性がオルビアと気付いたロビンは、いっしょにいたいと涙ながらに訴える。抱き合う母と娘。だが、降りそそぐ砲弾が二人を分かつ！
血も涙もない海軍のバスターコールで、オハラは滅びた。クザン中将の手でただ一人逃がされたロビンは、８歳にして賞金首となったのだ。裏切られ捨てられ、存在そのものが罪とされた彼女に、ルフィが叫ぶ。生きたいと言え！！！！
世界政府に対するルフィの宣戦布告と共に、いよいよロビン救出作戦が始まった！ ところが、ロビンが囚われている司法の塔へと続く跳ね橋が、半分しか降りない。突破口を開こうとするルフィは、海へ出ると決意した日のことを思い出す…。（※このエピソードは総集編となります）
救出作戦の最中、ゾロも過去に想いを馳せていた。ルフィと初めて出逢った、あの日の事…海賊狩りと恐れられていた彼には、海軍基地で囚われながらも、絶対に捨てることの出来ない目標があった。（※このエピソードは総集編となります）
ロビンが心の奥深くに押し隠していた孤独が、ナミの記憶も呼びさます。海賊が嫌いだった彼女は、ルフィたちを裏切り、メリー号を奪ってココヤシ村に帰ったことがあった。恐怖に支配された故郷に・・・。 （※このエピソードは総集編となります）
ロビンの囚われた司法の塔を見つめながら、サンジとチョッパーは心に決めていた。絶対に、あいつを一人にはさせない。二人とも、自分を助けてくれた人と別れた記憶を抱えている。それが今まさに、ロビンを救う原動力となる！（※このエピソードは総集編となります）
すべての発端は、船大工の街・ウォーターセブンでの事だった。もともと、メリー号を修理し、気の合う船大工をスカウトしようと、気軽に立ち寄った水の都。だが、そこで待ち受けていたのは衝撃の事実だった。（※このエピソードは総集編となります）
フランキーは、体の中に隠し持っていた古代兵器の設計図を、スパンダムの目の前で焼き捨てた！ 途中で止まってしまった跳ね橋を発射台に、ロケットマンが飛び出す！ 屋上から飛び降りたルフィたちとフランキーを乗せ、司法の塔へ突入だ！
スパンダムはロビンを連行し、“正義の門”へ向かった。門をくぐられる前に、ロビンを取り戻さなければ…。だが、５人のＣＰ９を倒さないと、ロビンの手錠の鍵が手に入らない。負けは時間のロスになる。必勝を誓った麦わら海賊団は、散会して走り出す！
ＣＰ９随一の剣術使いカクは、両手に持った二刀に両足による斬撃「嵐脚」を加えた四刀で、ゾロに襲いかかる！ ウソップは、ジャブラと対戦。悪魔の実の力でオオカミに変身したジャブラに、ウソップが身構えた瞬間、天井が崩れ、キリンが落ちてきた!?
カクの技をよけたはずみで、ゾロとウソップが手錠でつながってしまう！ まともに戦えず、チョッパーに鍵を持ってくるように頼み、二人は逃げ回る。その頃サンジは、ティータイム中だった。我に返り、カリファに立ち向かうが、女性相手に攻撃はできない…。
ルフィはチムニーの案内で、正義の門への地下通路を発見。倒されたサンジに代わり、ナミがカリファの部屋へ階段を駆け上がる。一階ではフランキーがフクロウと対戦中。ストロングハンマーvs獣厳、強烈パンチでの殴り合いだ！
カクとジャブラの同士討ちを狙うウソップだったが、ゾロが作戦をばらしてしまう！ フクロウの“鉄塊玉”で海に落とされたフランキーは、滝壺へ一直線！ だが、チェーン付きの右手を伸ばし、フクロウの足をつかんで一気に引っ張り寄せる！
クマドリに苦戦するチョッパーは、２個目のランブルボールを口にする。腕力強化（アームポイント）で必殺の一撃を狙うが、変形の波長がズレてうまく制御できない。もう体も限界…と思ったら、いつの間にか変形は成功していた。そしてチョッパーは、渾身の刻蹄桜吹雪を繰り出す！
ここお江戸な町。最近は青鼻の先生(チョッパー)も忙しいようで、サンジと、おナミが切り盛りする「風車」に顔を出す暇もない。それに引き換え、ルフィの親分は毎日風車に入り浸っては飯ばかり食っていて…。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
ここグランド・ジパングも、新年を迎えてのんびりムードに包まれていた。と思ったら、無人の通りを騒々しくカッ飛ばす人影が。荷車を忙しそうに押して行くサンジ、ナミ、青鼻の先生(チョッパー)だ。そんな一行を、怪しい一団が待ち伏せしていて…。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
ナミが放ったサンダーボルト＝テンポを、泡のバリアで防いだカリファ。彼女はアワアワの実を食べ、全身泡立つようになった石鹸人間だったのだ！ 体から出る泡に触れると、汚れが落ちてつやつやになるだけでなく、パワーもそぎ落とされてしまう！
ロビンを呼ぶルフィの声が地下通路に響く！ ついにルフィが追いついてきたのだ。焦ったスパンダムは、ＣＰ９へ連絡するつもりが、間違ってゴールデン電伝虫のスイッチを押してしまう。海軍本部がその信号を受信し、バスターコールが発動されてしまう！
暴走する巨大化チョッパーのおかげで、カリファのゴールデン泡の弱点が水だとナミは気付く。レイン＝テンポで雨を降らせ、泡の力を消し去ることに成功！ 蜃気楼（ミラージュ）＝テンポを使うと、ナミの幻が次々と生み出される。新技で反撃開始だ！
ナミの予報通り、雷光槍（サンダーランス）＝テンポが決まった！ 倒れたカリファから二番の鍵を入手したナミは、チョッパーを止めるため、フランキーとともに上の階へ向かう。元に戻すには、海に突き落とすしかない。チョッパーに、フランキーが風来砲（クー・ド・ヴァン）を発射する！
ジャブラが、人殺しはしたくないと鍵を投げた。鍵を拾おうとしたそげキングに、ジャブラの鋭い爪が突き刺さる！ 卑怯なだまし討ちに倒れたそげキング。ジャブラがとどめを刺そうとした瞬間、その顔面をサンジの強烈な蹴りが吹き飛ばした！
鉄塊拳法のジャブラを、怒涛の蹴りで攻めたてるサンジ。ロビンは生き別れた妹だという、唐突なウソにだまされるわけもなく、鍵を手に入れた。ロビンを罵り続けるジャブラに、サンジはヒートアップ。右足が真っ赤に燃え上がっていく！
ロビンを連れたスパンダムは地下通路を出て、今まさに開こうとする正義の門を目の前にしていた。ルッチ相手に大苦戦のルフィに、追いついたフランキーが手を貸そうとする。しかしルフィはそれを拒否。単身ルッチを引き留め、ロビン救出をフランキーに託す！
両手に持った二刀、両足での嵐脚、しなる首から放つ鼻銃…手数で勝るカクの猛襲に、ゾロは押し込まれる。だがその時、ゾロが三面六手の鬼神の姿に！ 燃え立つ闘気が、阿修羅の幻像を生み出したのだ。新技・九刀流“阿修羅 弌霧銀”を放つ！
仲間の助けを信じて必死に抗うロビンを引きずり、スパンダムは正義の門へ向かう！ 門をくぐろうとした瞬間、火薬玉が命中。スパンダムを吹き飛ばした！ はるか遠く司法の塔からの正確無比な狙撃。もちろん、狙撃手はそげキングだ！
ロビン解放の喜びも束の間、海軍艦隊からの砲撃が司法の塔を破壊した。決死のダイブで直撃を逃れたそげキングと、ゾロ、サンジも“ためらいの橋”を目指す。だが、そこへ通じる地下通路に、ルッチの嵐脚で裂けた壁から、海水が流れ込んでいく！
季節は春。今年も千年桜の下での大宴会が迫っている。毎年その日は町角から人が消え、誰一人例外なく宴会へとやって来る。麦わらの親分(ルフィ)は、インフルエンザで苦しんでいる長屋のニンジンに、どうにか桜を見せてやれないかと悩んでいた。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
バスターコールの一斉砲撃がエニエス・ロビー全土に降りそそぐ！ 唯一標的から外れた“ためらいの橋”の支柱で闘い続けるルフィは、ルッチの圧倒的な強さに押されていく。だが、絶対に負けられない！ ルフィはさらに進化した新戦法“ギア３”を繰り出す！
ロブ・ルッチの恐るべき過去が語られる。15年前、海賊に乗っ取られた王国に、世界政府から一人の少年が送り込まれた。彼は人質である王国の兵士500人を皆殺しにし、海賊の船長の首を取って一件をおさめた。その少年こそ、13歳のルッチだったのだ！
トムさんを奪われた日から、ひねり潰してやりたいと願い続けたスパンダムを、フランキーは積年の想いを込め、巨大な象で叩き潰した。その頃、地下通路のゾロたちは、海水に飲み込まれ溺死寸前。薄れゆく意識の中で、彼らが見たものは…。
ココロに救われたナミたちは、脱出船でロビンと再会する。あとはルフィを待つだけだ！ だが、ためらいの橋から見るエニエス・ロビーは、火の海と化していた。本島前門まで逃げてきたフランキー一家やガレーラたちに、さらなる砲火が降りそそぐ！
海軍の砲撃が、ためらいの橋を破壊する。支柱に空いた穴から見たルフィに、無事を伝えるそげキング達。だが、彼らのもとにも、海軍の精鋭200名が、ロビンを奪還すべく、乗り込んでくる。ルフィが来るまで、何としてもロビンと脱出船を守りきるのだ！
ルッチの「六王銃」で倒れたルフィに、ウソップがそげキングの仮面を脱ぎ去り、叫ぶ。その声に奮い立ったルフィは、限界を超え、拳を飛ばす！ ロビンと、仲間と一緒に帰る一念で、雄叫びとともに放った「ＪＥＴ銃乱打」が、ついにルッチを打ち破った！
唯一の脱出手段であった船が、砲撃を受けて沈んでしまった。力を使い果たし、動けないルフィを砲塔が囲む。ＣＰ９を倒し、ロビンも取り返したのに手万事休すと思われたその時、どこからか声が聞こえる。その声の主とは…!?
スパンダムが一斉砲撃を命じる！ だが、サンジの秘策で閉じた正義の門が、渦潮を生み出していた。渦にのまれ、照準の狂った軍艦は、同士討ちを起こす。ナミの計算により渦の軌道をつかんだメリー号は、海軍艦隊の中を猛スピードですり抜けていく！
ガレーラの船の出迎えに喜んだのもつかの間、メリーの船体が真っ二つに裂けてしまった！ とうに限界を越えていたのに、メリーはルフィ達を救いに来てくれたのだ。どんな海も一緒に越えた最高の仲間との別れ。降り止まぬ淡雪のように、想い出があふれてくる…。
市長の命を救った恩人としてウォーターセブンに迎えられた麦わらの一味は、ガレーラ本社で激戦の疲れを癒していた。二日間寝通し、まだ目を覚まさないルフィのもとへ、海賊王を何度も追い込んだという伝説の海兵、海軍本部中将ガープが乗り込んでくる！
祖父である海軍本部中将のガープが、ルフィの父の名を明かす。その名は、モンキー・Ｄ・ドラゴン。革命軍の頂点に立ち、世界最悪の犯罪者と呼ばれる男だ。世界政府の捜査でも素性すらつかめなかったのに、ガープはあっさりバラしてしまった。
コビーとヘルメッポは、ガープのもとでたくましく成長していた。ルフィとは、海軍と海賊の敵同士。だが心は友達のまま、三人は再会を喜び合う。別れの時、コビーはもっともっと強くなって、次会う時にはルフィを捕まえてみせると宣言する。
四皇と呼ばれる４人の大海賊と、それを止める力である王下七武海と海軍本部。この三大勢力がバランスを失ったとき、世界の平穏は崩れるという。その四皇のうちの二人「赤髪」と「白ひげ」が、海軍艦隊を破り接触しようとしていた！
市長アイスバーグを救い、街の英雄となったルフィに、アビという少女が助けを求めてきた。アクア・ラグナの日からいなくなった、老ヤガラ・アオビレを探してほしいと言う。ルフィはアビの必死さに心を打たれ、チョッパーとともに捜索に乗り出す。
街一番のワル小学生マイケル＆ホイケル兄弟に「兄貴」とつきまとわれ、イラつくゾロ。そこへモーレツな母ちゃんまで現れて、有無を言わさずゾロを家へ連れ帰ってしまう。突然10人以上の弟妹の長男となったゾロは、赤ん坊の子守りをするはめに！
チムニーがサンジを、激ウマだというメシ屋に連れて行く。店主バンバン爺は、よっぱらいで特別な技法を使うわけでもない。ところが、彼が作った料理はとんでもなく美味い！ サンジは調味料に秘密があると感じ、正体を探るべく奔走する。
「夢の船」造りが夜を徹して進む。ほぼ不眠不休のフランキーとアイスバーグだが、手元は寸分の狂いもない。二人の超人的なペースに、ガレーラの職長三人も必死でついていき、船はなんと三日で完成する！ と同時に、八枚の手配書がルフィたちのもとに飛び込んできた。
麦わら一味の船大工はフランキーと決めていたルフィは、船とフランキーをもらいに廃船島へ。だが待っていたのは、アイスバーグだけだった。船の披露は、フランキーからの伝言とともに。「海賊王になるんなら、この百獣の王の船に乗れ！」
パンツを奪われ、丸出しになっても堂々とポーズを決めるフランキー。ルフィはパンツと引き換えに、仲間になれと誘うが、島に残るとフランキーは拒む。するとロビンが、丸出しの部分を「二輪咲き」でギュッと握った！ 廃船にフランキーの叫びが響き渡る。
自ら申し出た決闘に負け、勝手に一味を抜けたウソップを、うやむやのまま船に乗せてはケジメがつかない。激しいゾロの言葉に、ルフィも黙って待っていたが、とうとうウソップは来なかった。ガープ中将の砲撃に追われ、船はウソップを乗せないまま出航してしまう！
無事ウソップも乗船し、本格的に出発だ！ だが、名もない船では出航にも勢いがつかない。アイスバーグの案から、新しい船の名前は「サウザンド・サニー号」に決定！ 千の海を太陽のように陽気に越えていく船は、今まさに新たな冒険へと飛翔する！
火拳のエースが、仲間殺しの大罪を犯した黒ひげティーチを追いつめた。だがティーチは、悪魔の実の歴史上最も凶悪な「ヤミヤミの実」の能力を解き放つ！ 闇とは引力。全てを引きずり込む闇の引力は、悪魔の実の能力をも奪うのだ！
大浴場に医療室、釣った魚を見られる水槽まである！ ルフィたちは、サニー号での航海を満喫する。そこへ現れた難破船。チョッパーの手当て、サンジのメシで、船員達は元気を取り戻す。隊長のスタンセンお礼にと酒をくれたのだが、それには麻酔薬が仕込まれていた！
サニー号には「ソルジャードックシステム」が搭載されている！ まずはチャンネル「０」の発動。するとサニー号は外輪船に変形し、海軍による包囲網を一気に突破する。だがこれは、賞金稼ぎアッチーノ・ファミリーによる罠だった。サニー号は、抜け出せない氷山地帯に追い込まれてしまい…。
“不死鳥のパズール”率いるフェニックス海賊団は、新世界で傷つき退却したところをアッチーノ・ファミリーに襲われ、海賊旗を奪われていた。傷の癒えた船長パズールに再起を望む船員達だが、彼は海賊をやめ、賞金稼ぎの一味になると言い出す。
氷に閉ざされた海・氷街道！ ナミとフランキーは、動く氷山の謎を探るため、シャークサブマージ３号で海中へ向かう。氷山を動かしていたのは、何とドウモウペンギンの群れ！ ドウモウペンギンの性質はものすごく獰猛だ！ 必死で逃げるナミ達だが、仲間と完全にはぐれてしまう！
バラバラになった麦わらの一味に、アッチーノファミリーが襲いかかる！ フランキーvsホッケラ、サンジとウソップvsアルベルとサルコーの夫妻、そしてルフィvsブリンドの激闘が始まった！ 一方、サニー号に残るロビンの前には、幼いリルが現れ…。
シャーク号ごと氷漬けにされたナミとフランキーは、敵の根城ラブリーランドへ連行されてしまう。サンジとウソップも極寒の海に落ち、凍りついたうえに捕まってしまった！ 捕らえたブリンドの案内でラブリーランドへ向かうルフィたちは、カンパチーノの襲撃を受け…。
アツアツの実の能力者である、ドン・アッチーノと戦うゾロ。アッチーノ触れたものを何でも溶かしてしまう！ 三十六煩悩鳳を放つが、逆に熱風に吹き飛ばされるゾロ。反撃しようとした瞬間、床のワナが口を開け、ナミたちが捕らわれている地下室に落ちてしまう！
ラブリーランドに着いたルフィたちに、アッチーノ・ファミリーが総出で襲いかかってくる！ 氷漬けにしようとするホッケラに、チョッパーは毛皮強化で対抗。地下室から脱出したナミ、ウソップ、サンジ、フランキーも駆けつけてくる。さあ、反撃開始だ！
怒りでどんどん熱くなるドン・アッチーノの体に、触れることも出来ないルフィだったが、氷の塊を使ってゴムゴムのバズーカを炸裂させる！ 復活した不死鳥のパズールは、カンパチーノを倒し、チョッパー、ジローとともに海賊旗奪還へ向かう！
１万℃を超えるドン・アッチーノの熱で、氷が溶け、海底火山まで活発化し始めた。氷山の下の溶岩の海で、ルフィVSドン・アッチーノの最後の決戦が繰り広げられる！ 海賊を馬鹿にするアッチーノに、ルフィの怒りはヒートアップ。必殺の100万℃バズーカが炸裂する！
悪の科学者であるDr.ウソダバダは、部下のくせに態度がでかいサンジロプスやゾロギラーの代わりに、ＴＶ番組で優秀な人材を募集することを思いつき、ＴＶ局を襲って占拠する。一方、チョッパーマンの秘密基地では依頼の電話が来ないことで、家計に危機が訪れていた。
サニー号で楽しく航海するルフィたちは、「流し樽」を見つける。お供えの酒が入っていると思って開けると、中から真っ赤な光が打ち上がった！ まさか、発光弾!? 一同が敵船を警戒する中、突然の大嵐が襲ってくる。何とか乗り越えたものの、いつの間にか、「魔の三角地帯」に迷い込んでいた！
噂の通りに現れたゴーストシップ。その船に乗っていたのは、生きたガイコツ・ブルックだった。紳士で陽気でちょっとヘンな彼を、ルフィは気に入って仲間にしてしまう。サニー号に正体されてディナーの席に着くと、二人はますます意気投合。ブルックは、自分は「ヨミヨミの実」の能力者だと話し始める。
海をさまようゴーストアイランドこと「スリラーバーク」に、サニー号は閉じ込められてしまった。そうと知るやブルックは、ルフィたちに脱出するよう忠告し、海の上を走ってスリラーバークへと一直線！ ナミたちは忠告を守ろうとするが、ルフィは上陸する気満々だった！
スリラーバークに行く気がなく、ミニメリー２号に乗って浮かれていたナミ、ウソップ、チョッパーの方が、先に上陸してしまった！ しかも、ケルベロスに追われ霧深い不気味な森へ入り込んだところに、ヒルドンから声をかけられ、馬車でドクトル・ホグバックの屋敷へ招待される。
屋敷に着いたナミ達に、ホグバックは死者の蘇生を研究していると語る。尊敬のまなざしで見つめるチョッパー。ところが、シャワーを浴びるナミには、何者かが獣のうなり声をあげて襲いかかり、体の自由を奪って口をふさぐ！ 「貴様…おいらの花嫁になれ！」
ナミが感じた通り、ホグバックの屋敷はゾンビ達であふれかえっていた！ 飾ってある絵も剥製も敷物も、みんなしゃべり出して襲いかかって来る！ 逃げるナミは、使用人であるシンドリーの写真が壁一面に飾られた部屋へと行き着く。何と彼女は、10年も前に事故で死んでいた！
いち早くスリラーバークに上陸したナミ、ウソップ、チョッパーを追う、ルフィ、ゾロ、サンジ、ロビン、フランキー。とてつもなく強い彼らは、墓場の地中から現れたゾンビを一瞬のうちに倒す。するとルフィに声をかける者が…こちらはゾンビではなく、大けがを負った老人だった。
ナミ達は、絶対に覗くなと釘をさされていたホグバックの研究室を、とうとう覗いてしまう。すると、サムライ・リューマに部屋の中に放り込まれてしまった。「ヨホホ！」と笑うリューマは、スカルジョークならぬミイラジョークを飛ばし、ナミに「パンツ見せてもらってもよろしいですか？」と聞く。
真夜中０時の鐘が鳴った。「夜討ち」の始まりだ！ アブサロムが将軍ゾンビとともに、ルフィ達を討ち取れと命じる。戦いに向かう者の中には、アブサロムに激しく求婚するイボイノシシのゾンビ・ローラがいた。しかし、アブサロムがナミと結婚すると言い出すと、ローラはナミを抹殺しようと…。
びっくりゾンビをあっさり倒したルフィたちだが、いつの間にかサンジ、そしてゾロまでも姿を消していた！ 原因がわからぬままロビンとフランキーとの三人になったルフィの前に、倒れても倒れても立ち上がってくる将軍ゾンビが現れる！
サンジによく似た性格の犬ペンギンがナミを守り、ゾロそっくりの技を使う剣士がルフィを襲う！ ロビンとフランキーの行く手をふさぐのは、巨大なスパイダーモンキーのタララン。そしてナミには、アブサロム絡みの嫉妬の炎を燃やすローラが、猛突進をかけてくる！
ついにナミを追い詰めたローラ。二本の刀がナミのナイスバディに突き刺さろうとした瞬間…「私、実は男なんだぜ！」というとんでもない嘘を、ローラは真に受けて、刀を持つ手をギリギリで止めた。一方、捕まったルフィは棺桶から出され、モリアの手にかかろうとしていて…。
ブルックがタラランに「鼻唄三丁矢筈斬り」を決める！ だが、ゾンビならばすぐに蘇ってしまうのでは…。対処をしたと言うブルック。するとタラランの口から、黒い何かが天に抜けていった。あれがゾンビの魂だろうか？ 五年前にスリラーバークをめちゃくちゃにした男・ブルックが、ゾンビの謎を明かす！
ルフィの影がモリアに切り取られた！ ペローナに使えるクマシーの中に潜む、ナミとウソップ、チョッパーも、その様子を目撃する。ホグバックが力を尽くして造り上げていた“没人形”900号にルフィの影を入れると、史上最強のゾンビが誕生してしまう！ 一同は900号の眠る特別冷凍室へ向かう。
震えるだけのナミ達に、なすすべは無かった。500年前に生き、歴史上で唯一“魔人”と呼ばれた狂戦士オーズから作った900号に、モリアはルフィの影を入れる。グラグラと揺れ、表面を覆う氷を落としながら、ついにオーズが蘇った！ 悲鳴を上げてしまったナミ達は、アブサロムに追われる！
剣豪リューマに挑むブルック。この戦い、実は初めてではなかった。ゾンビの弱点が塩であると知った５年前に、ブルックはゾンビ達を浄化していき、自分の影を持つリューマにたどり着いたのだ。しかし肉体のレベルは決定的にリューマの方が上。かなわないブルックは、アフロを切られそうになり…。
サニー号に戻るフランキー、ロビン、ウソップ、チョッパー。そこには予想通り、影を取られたルフィ、ゾロ、サンジが運ばれていた。アブサロムにさらわれて眠るナミは、ウェディングドレスに着替えさせられる。ルフィ達はナミと影を取り返す作戦を練る。助けてくれたブルックは…。
ブルックがアフロを守る理由。それは50年前に再開を固く誓った、同じ海賊団の仲間のためだった。その仲間とはクジラのラブーン。ラブーンならルフィ達も知っている。グランドラインへと漕ぎ出す前に出会っていたからだ。ルフィ達とラブーンの出会いと対決、そして別れがまざまざと甦る！
ルフィ、ゾロ、サンジの影を取り戻す…まずはそのゾンビをどう探すか。しかしルフィは、そんなことは気にしない。モリアを倒せば、全員の影が戻るからだ。言われてみればその通り！ ナミ救出に燃え上がるサンジ。フランキーとゾロは心配なブルックのもとへ。朝日が射し体が消滅する、夜明けまでがタイムリミットだ！
ルフィとチョッパーとロビンは、ルフィが影を取られたモリアのダンスホールへ。そこにはホグバックとシンドリーがいた。ルフィはホグバックをぶっ飛ばそうとするが、チョッパーが止める。こいつは俺に任せてくれないか？と。進むルフィは、その奥の特別冷凍室でモリアと再会する。
“ホロホロの実”の能力者であるペローナの生み出すゴーストも、相手の心を虚ろにするネガティブ・ホロウも、ウソップには通用しなかった。「おれはもとからネガティブだあ!!!」と、意気上がるウソップ。先へと急ぐサンジ、フランキー、ゾロ。しかしウソップは、周囲の動物ゾンビを倒す自信はなく…。
モリアをぶっ飛ばしても影は抜けない。「主人のもとへ帰れ」と、命令させなければならないのだ。ルフィを前に寝ころんだまま、余裕しゃくしゃくのモリア。なぜなら彼には、影法師（ドッペルマン）がいた。ルフィの攻撃を全て受け止め、反撃を仕掛けてくる！ ルフィはモリアに触れることさえ出来ない。
ナミを取り返し、“スケスケ”の能力者アブサロムを蹴り飛ばすサンジ。それでも怒りは燃え上がるばかり。アブサロムとは初対面だが因縁があると言う。サンジがただ一つ憧れていた悪魔の実“スケスケの実”が、アブサロムのせいで、もうこの世には存在しなくなってしまったからだ！
影法師を倒す手立てが見つからず、ルフィの苦戦は続く。一方のウソップは、動物ゾンビを倒し、残るはペローナと追いかけるが、窓の先に見つけた彼女は、何と空中に浮いていた！ 振り返ると、巨大ペローナが迫ってきている。宙を舞い狙撃をかわす彼女は、ウソップの胸に両手を突っ込み…。
宙を舞い巨大にもなるペローナは本体ではないと、ウソップは見破る。幽体離脱して脱け殻になっている本体に攻撃を仕掛けるのだ！ 必殺の“大爆発星”が炸裂するが…外した!? その頃チョッパーとロビンは、犬ペンギンとジゴロウに追いかけられていた。絶体絶命のピンチに現れたのは…。
ホグバック研究所の屋根が斬られて落ちる。それと共にゾロも降ってきた！ 青い炎に包まれ倒れるゾロを、見下ろしているリューマ。ずっとそばにいたブルックとフランキーも、何が起こったのか分からない。もう決着がついたのか…？ 今から５分前、ゾロとリューマは刀を交え始めたのだが…。
チョッパーとロビンを取り押さえる、犬ペンギンとジゴロウ。彼らはもう、完全にホグバックのしもべになってしまった…。命をもてあそぶかのようなホグバックに、チョッパーは激怒。するとホグバックは、シンドリーとの過去を話し始める。そして、そのシンドリーにチョッパーとロビンの抹殺を命じる！
ルフィの影が“没人形”になじんたオーズは、モリアが主人だと自覚する。最初の任務は、麦わらの一味をぶっつぶすこと！ 左腕に貼られたそれぞれの手配書と見くらべ、早速モリアのそばにいたルフィを見つけて攻撃する！ すると建物が崩れ、ホグバックと戦うチョッパーとロビンの所へ…！
チョッパーとロビンに合流したウソップに、リューマと戦った塔の上から、フランキーやブルックと一緒にいるゾロが呼びかけてくる。一同がオーズから身をひそめる中、アブサロムにさらわれたナミを追うサンジが、オーズの巨体と真正面からにらみ合う！ オーズは手配書からサンジを見分け…。
サンジだけでなくウソップ達やゾロ達も、オーズに叩きのめされてしまった！ 手配書と見くらべ、残る目標を探しに出て行くオーズ。ここにはいないルフィとナミ、ウソップと同一人物だとはわからなかったソゲキングだ。その頃、アブサロムの結婚式で、誓いのキスを受ける直前にナミは目を覚ました！
超巨体のオーズを一丁投げ飛ばそうと、ゾロは秘策を提案。サンジ、ロビン、フランキー、チョッパーは作戦に乗る。ビビるウソップ。そこにオーズは、ルフィも使わない“ゴムゴムの尻もち”を放った！ 一味はフランキーを核に合体して対抗しようとするが、ロビンが「人として恥ずかしい」として合体を拒み…。
オーズから１ダウンを奪ったゾロ達。フランキーは懲りずに合体を望むが、ロビンは相変わらず断固拒否。やむなく６体合体をあきらめ、ウソップにチョッパーを加えた３体合体でオーズへ突進していく！ その頃、ペローナはスリラーバークの宝をサニー号に積んで出て行こうとしていたが…。
ゾロはオーズに真っ向から挑んで行く。リューマを倒して手にした名刀・秋水を試すのに絶好の機会だ！ 一方、突然姿を現したバーソロミュー・くまは、モリアと面会していた。くまはルフィに倒されたクロコダイルの後釜として、“黒ひげ”マーシャル・Ｄ・ティーチが王下七武海に入ると告げる。
自分では手を下さずに海賊王を目指していたモリアが、ルフィを倒すためについに出撃、オーズの腹部に作らせておいたコクピットに乗り込む！ ルフィを欠く麦わらの一味だが、凄まじい勢いで連係攻撃。だが、まるで動じないオーズは、影であるルフィゆずりの“ゴムゴムの銃”を放つ！
オーズは次々に、本当に体を伸ばしながらゴムゴムの技を放ってくる！ それはモリアの分身である影法師の“影革命”によるものだった。動きを封じようと、ロビンは“ハナハナの実”の能力でモリアをクラッチする。ところがモリアは影法師と瞬時に入れ替わってかわし、ロビンの影を切り取ってしまう！
サンジとチョッパーもオーズの前に倒れ、残るはゾロ、ナミ、ウソップの三人。ゾロも敗れるが、その隙に、ウソップはゾンビの弱点である塩の詰まった袋を、オーズの口に撃ち込む。ところが、またしても影法師が活躍し、塩の袋を取り出してしまう。そこへ、“ナイトメア・ルフィ”が現れる！
ナイトメア・ルフィは、乗っていたモリアごとオーズを倒す。ルフィに入れていた100人分の影は抜け、元の姿に戻る。モリアに奪われた影を取り戻すには、「本来の主人のもとへ帰れ」と、影に命令させなければならない。日の出が迫る中、モリアを叩き起こして力ずくでも言わせようとするが…。
麦わらの一味の連続攻撃で、今度こそオーズは倒れるが、モリアは“影の集合地”で1000体分の影を取り込んでパワーアップした！ 朝日が射し始める中でも、ローラは逃げ出さずに立ったまま。なぜなら麦わらの一味も、勝負を捨てずに立っているからだ！ そのローラの頭が、朝日を受けて燃え始め…。
倒したモリアの口から、全ての影が吹き上がる！ しかし体に戻る前に朝日が昇り、影を奪われているルフィ、サンジ、ロビン、ローラは頭から燃えていく！ 影は…影は間一髪で戻っていた！ ローリング海賊団にも、シンドリーの影の主であるマルガリータにも。ところがそこに、くまが現れる。
モリアを倒し、影を取り戻した麦わらの一味とローリング海賊団の前に現れたくま。彼は“ニキュニキュの実”を食べた肉球人間だった！ 掌にある肉球で、ゾロの斬撃も、ウソップの“火の鳥星”も、すべてを弾き飛ばしてしまうのだ！ しかも頭は、蹴ったサンジが脚を痛めるほど硬い！
肉球で圧縮した大気を放つ“熊の衝撃”で、くまは全てを吹き飛ばしてしまう。横になったままのルフィに、無表情で迫るくま。そこにゾロが飛び込み、左肩めがけて斬りつけた！ ところが…驚愕の表情を浮かべるゾロ。何と傷口からは機械が覗き、くまは口からビームを放ったのだ！
くまはゾロにルフィのダメージを移して去り、モリアはホグバックとアブサロムに小舟に乗せられ、スリラーバークを脱出した。奪われた影を取り戻したことと勝利を祝って、ルフィたちは宴の準備！ そこにローリング海賊団のリスキー兄弟が現れ、くまがしたことの一部始終を見たと言い出す。
勝利の宴の席で、ルフィからクジラのラブーンの健在を知り、ブルックは号泣する。まだラブーンが小さかった頃、ブルックが生身の人間だった頃の想い出が、まざまざと甦ってくる…。ブルックはかつて、ヨーキの率いるルンバー海賊団に所属。音楽を通して、ラブーンと心通じ合っていたのだ。
ラブーンと再会を誓い、ルンバー海賊団は旅立った。しかし全滅し、“ヨミヨミの実”で蘇ったブルックだけが、骨だけになってひとり寂しく生き続けていたのだ。ブルックは、海賊団全滅の直前に、「ビンクスの酒」の唄をラブーンに聞かせようと録音していた。それは、仲間達の最後の大合唱だった…。
生きているからこそ、今日という日を迎えることが出来る。生きていればきっと、またいつの日か、ラブーンと再会出来る時も来るだろう。「生きててよかったあ！」と、心の底から叫ぶブルック。同じ頃、ラブーンも人知れず目を閉じて、水平線の果てまで届けと鳴き声を轟かせていた！
スリラーバークを出た麦わらの一味は、ドランが支配人を務めるリゾート船のスパアイランド号で羽根を伸ばしていた。そこへかつて一味にデービーバックファイトを挑んできた、フォクシーが現れた！
フォクシーの狙いは、宝石を作る発明が書かれた手帳を持つサヨとリナの姉妹。黒幕だったドランはサヨをさらう。「この船ブッ壊すか」。ルフィに賛同した一味の技が、スパアイランド号に炸裂する！
ウォーターセブンを出る時から記録指針（ログポース）が指していた、海底の楽園・魚人島にサニー号は進む。数々の冒険が記された航海日誌を読んだブルックは、麦わらの一味にふさわしい男になろうと気負う。
遊蛇海流を切り抜けたサニー号は、赤い土の大陸（レッドライン）の前に着く。一味は世界を半周したのだ！ 記録指針が真下を指したまま動かないため、サブマージ３号で深海を探るが、魚人島への進路は分からず…。
深海から上がって来た海兎の口から飛び出した、人魚のケイミーとヒトデのパッパグ。ルフィたちは魚人島から来た二人に行き方を教えてもらう代わりに、囚われた彼女達の友人・はっちんの救出に乗り出す。
はっちんが囚われているトビウオライダーズのアジトへ、サニー号は急ぐ。艦の中にいたはっちんは、アーロン一味だったはっちゃんのことだった！ 麦わらの一味が救出を止めたため、ケイミーとパッパグは海へ飛び込む。
ナミがはっちゃんを許し、麦わらの一味と「トビウオライダーズ」は全面衝突！ ゾロが艦を斬り、はっちゃんは自由に。ルフィは、ヘッドのデュバルの部屋に突入し、鉄仮面に隠された素顔を見る。
サンジの似てない似顔絵の手配書にそっくりなデュバルを、サンジは蹴る！ 海軍本部や賞金稼ぎに追われる逆恨みで、ナミまで危険にさらしたからだ。反撃するデュバルは、サンジを海に引きずり込み…。
魚人島は赤い土の大陸を抜けて新世界へ出る、海底ルートにある。ルフィたちは、サニー号が海中を航海できるようになるコーティングをしてもらうため、シャボンディ諸島に上陸。はっちゃんの知る、コーティング職人に会いに行く。
シャボンディ諸島には、シャボン玉状の特殊な天然樹脂を活用したユニークな文化が根付いている。快適なチャボンチャリを気に入ったルフィ。そこに、首輪をした海賊が助けを求めて現れた。首輪は爆発！ 人々は近くに天竜人がいると感じて緊張する。
襲い来る賞金稼ぎを難なく倒すルフィたち。そうして、諸島の中でも政府の目の届かない、無法地帯に入っていく。コーティング職人のいるＢＡＲに着いたはいいものの、店主のシャクヤクがいるだけ。職人のレイリーは、半年前から留守にしていた。
レイリーを探しにＢＡＲを出たルフィ達は、遊園地・シャボンディパークへ直行。観覧車に乗るのが夢だったケイミーは興奮する。だが、ルフィ達に人魚が同行していたとの情報を得ていたピーターマンが、ケイミーをつけ狙っていた！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
オークションハウスに先に着いたナミたちは、いま手元にある２億ベリーでケイミーを取り戻そうとスタンバイ。しかし“天竜人”チャルロス聖が、いきなり５億ベリーを提示！ そこにルフィとゾロを乗せたトビウオが突っ込んでくる！
ルフィがチャルロス聖をぶっ飛ばしたのをきっかけに、麦わらの一味は大暴れ！ ケイミーを救おうと、首輪の鍵を探す。会場にいた“億”超えの賞金首、キッドとローも見守る。そこにレイリーが姿を現し、“覇気”を使う。
ルフィが天竜人をぶっ飛ばしたことで、海軍本部の大将がやって来ることになる！ シャボンディ諸島の人々は騒然。世界政府の中心地・聖地マリージョアで頭を抱えるセンゴクに、黄猿が自分が出向くと名乗りを上げる。
天竜人救出に向けオークションハウスを包囲する海兵の大軍勢を、ルフィとキッドとローは、悪魔の実の能力を全開にして蹴散らす！ ルフィは二人に「ひとつなぎの大秘宝」は俺が見つけると宣言。三人の間に緊張が走る。
レイリーと逃げた麦わらの一味とケイミー達は、シャクヤクのＢＡＲへ戻る。そこでレイリーは“海賊王”ロジャーの海賊団で副船長をつとめていた過去を明かす！ そしてロジャーは海軍に捕まったのではなく、自首したのだと語り出し…。
レイリーが、魚人島への海中航海が可能なようにサニー号をコーティングする３日の間、麦わらの一味はＢＡＲを出て海軍から身を隠さなくてはならない。上陸した黄猿は大暴れ！ そしてルフィ達の前に現れたのは、くま…!?
次々とビームを撃ち込むくまを倒そうと、麦わらの一味は全力を尽くす！ 一方、黄猿のところにも現れていたくまは、巨大化したウルージと格闘中！ 見守るドレークはくまが本物ではなく、“パシフィスタ”であると見抜いていた。
キッドとローのもとにも送り込まれていたパシフィスタに、両海賊団は応戦。麦わらの一味は必殺技を連携して放ち、パシフィスタを破壊する！ だが、息が上がるルフィ達の前に、戦桃丸が新たなパシフィスタを連れて出現した！
キッド海賊団とローが率いるハートの海賊団も必殺技を放ち、パシフィスタを破壊する！ 逃げると決めた麦わらの一味だが、遂に現れた黄猿がゾロにとどめを…!? だが、その寸前、レイリーが飛び込んで黄猿の蹴りを止めた！
さらに現れた本物のくまに、消されたゾロ。しかも、ブルック、ウソップ、サンジまでもが、次々に消されていく！ くまは黄猿と戦うレイリーに耳打ちした後、フランキー、ナミ、巨大化して暴走中のチョッパー、ロビンも消してしまう！
ぐらんどジパングの町は夏祭りの準備で大忙し。ウソップから百年に一度の大みこしレースの話を聞いたルフィ親分は、さっそく参加することを決定した。優勝すれば、ぐらんど神社の御神宝によってどんな願いも叶えられる。そのうえ副賞は百万両ベリー！ ところが、スリラー商会の一団が現れ…。
記憶を取り戻したブルックは、悪事を行うスリラー商会へ単身乗り込むが、反対に捕まってしまう。一方、ブルックを案じるルフィ親分たちは、通りすがりの町娘ロビンの話からブルックを誤解していたことを知り、救出に向かう。そして、間一髪のタイミングで門をぶち破り、商会に突入。ゾンビたちを蹴散らしていく！
“ニキュニキュの実”の能力者・くまの肉球に触れたルフィは、消されたのではなく弾かれていて、ひたすら空を飛び続けていた。仲間を思い、海に落ちたら死ぬなと考えていたルフィは、そのうち眠ってしまう。そして彼は、生きてジャングルの中に着地した！
ここは女ヶ島、女性だけの国「アマゾン・リリー」だ。男と知られたルフィは牢獄に放り込まれ、男を初めて目にする護国の戦士たちの注目を浴びる。数百年続く男子禁制の絶対の規律を守るため、彼女たちはルフィに向かい、いっせいに矢を放つ！
ルフィは戦士の一人マーガレットから、女ヶ島が無風で海王類の巣窟である“凪の帯（カームベルト）”に囲まれた島で、船は毒蛇“遊蛇（ユダ）”が引く、ハンコックの海賊船しかないと聞く。イカダで海へ出るルフィだが、作りが悪く沈んでしまい…。
略奪に出ていたハンコックが率いる九蛇海賊団が帰港した。船長だけでなく皇帝でもあるハンコックは、子供や年寄りへの感謝の気持ちもない最悪の性格。しかし、美貌と“メロメロの実”の能力によって、国民の絶大な支持を得ていた。
ハンコックが入浴中の九蛇城に飛び込んだルフィは、彼女の背中を見る。死んでも背中は見られたくなかったハンコックは、老若男女を問わず狙った相手を石に変えてきた“メロメロ甘風（メロウ）”をルフィに放つ！ ところが…。
ルフィは闘技台へ送られ、ハンコックの妹であるサンダーソニアとマリーゴールドの手で公開処刑されることに！ “ヘビヘビの実”の能力者の２人は、緑と黄の大蛇にそれぞれ姿を変える！ 負ける気がしないルフィは迎え撃つ！
「覇王色」の覇気を放ったルフィに全員が怯むが、ハンコックは徹底的に打ちのめすよう妹たちに命じる。マリーゴールドの吐く猛毒は、直撃せずとも気体となって立ちのぼり、ゴムゴムの技を鈍らす。そしてルフィは、剣を逆立てた溝に落とされる。
戦いで露わになったサンダーソニアの背中を、死んでも見られたくないだろうとルフィは覆う。二人に勝ったルフィは、船を出してほしいという自分の望みを捨て、石にされたマーガレット達を元に戻すようハンコックに頼む。
ルフィに惹かれるハンコックは、彼の望みを聞き入れ、シャボンディ諸島まで海賊船を出して送らせることにする。さらに今回の大収穫を祝う宴での食事も許す。しかし宴は、男のルフィに対するピリピリムードに満ちていた。
ハンコックが病に倒れた！ 胸を押さえ熱っぽく苦しんでいるようなのだ。ところが、エースを助けたいルフィが、彼女自身が海軍船に乗ることで大監獄インペルダウンまで送って欲しいと頼むと、途端に頬を赤らめて了承する。
海軍船に忍び込んだルフィ。客室に二人きり…ハンコックの妄想が止まらない！ 一方、ルフィと同様に麦わらの一味も生きていた。ナミは空島・ウェザリアに、フランキーは未来国バルジモアへと飛ばされていたのだった。
ハンコックの協力で海軍船に忍び込んだルフィと同様、くまに飛ばされただけだった麦わらの一味も、それぞれに行動を開始していた。チョッパーが着地したのはトリノ王国、そサンジが着地したのは…カマバッカ王国!?
雪原に埋もれていたロビンは、少女ソランに助けられる。そこは各国の犯罪者らが投入され700年ものあいだ巨大な橋を造り続けている「テキーラウルフ」。一方、ウソップは熱帯のボーイン列島…巨大昆虫や食人植物の住む森にいた。
スリラーバークでくまに弾き飛ばされていたペローナは、シッケアール王国の跡地にいた。そこへ降って来たのはゾロ！ 敵だった傷の癒えぬ剣士だが…ペローナは看病を始める！ その頃、ブルックは「ハラヘッターニャ」に召喚され…!?
牢獄にあるエース。ガープは彼に、ルフィがウォーターセブンでの戦いに続き、シャボンディ諸島でも大事件を起こしたことを話す。そして、ルフィに父親について話したことも・・・。それを聞いたエースは、自分の親父は、白ひげ一人だと言い切る。その頃、インペルダウンを目指す一隻の海賊船があった・・・。
ようやく自由の身になったルフィに、ハンコックはこれ以上の手伝いはできないと詫びる。ルフィは、ハンコックに感謝の言葉を贈ると、監獄の中では暴れないことを約束するのだった。そして部屋から脱出するが・・・ここはまだレベル1の紅蓮フロアーで、その先には比較にならぬほど怖ろしい試練が・・・。
レベル1に潜入したルフィは、脱走中のバギーと遭遇、ブルゴリとの戦いに巻き込まれてしまう。間一髪のところでルフィに救われたバギーは、一撃でブルゴリを倒すほどに成長したルフィの強さに驚く。そして、ルフィの腕輪を見て表情を変える。彼が長年探し続けていた、財宝の秘密が隠されていたからだ！
まんまとルフィをだまして腕輪を手にいれたバギーだったが、ブルゴリに襲われ、自分もレベル2に墜落してしまう。一刻も早くエースのもとへ向かおうと、焦るルフィ。怖ろしい魔獣たちに襲われた二人は、必死で逃げ回る。そのころ、レベル4に到着したハンコックは、所長の毒人間・マゼランと対面していた。
サウザンド・サニー号で大海原を行く麦わらの一味の前に、巨大なカブトムシが飛んできた！ 一目で気に入ったルフィは仲間にしようとするが、巨大カブトムシはすでに、海軍コートを羽織った少女・ヨーコの仲間だった。
ヨーコの住むカンソーン島は“東の海”出身者が集まり、各村の名所をまねて暮らしていた。一心道場のような道場でゾロはくいなを、小さなバラティエでサンジはゼフのもとでの修業時代を、書き割りの屋根を見てウソップはカヤを思い出す。
ボスをシキの所へ連れ戻すため、島を襲撃したアミーゴ海賊団。船長のラルゴが振るう“アミアミの実”の能力で、ルフィもゾロもサンジも捕らえられてしまう。島民を思うボスは、自らラルゴのアミの中へ。その時、ルフィが腕を伸ばしてボスをぶっ飛ばす！
ボスが放った炎で、ルフィ達を捕らえるアミは焼き切られた。ボスも島も両方大事だと強く感じた島民たちは、ナミとウソップに率いられ、アミーゴ海賊団に猛反撃！ ラルゴとの一騎打ちに挑むルフィは、ギア２で攻め込むや、ギア３を発動させる！
バギーと共にレベル2を進むルフィは、かつての敵、Mr.3と再会する。Mr.3は自由になった恩返しとして、力を貸すことを申し出る。そのころ、レベル5の無間地獄では、牢につながれていた王下七武海のひとり、海侠のジンベエが牢番にこっぴどく痛めつけられていた。見かねたエースが声をかけるが…。
崩壊したレベル2では、バギーによって自由の身となった囚人たちが暴れ始めていた。さらに、ルフィとエースが兄弟で、ルフィの目的がエースの救出だと知り、看守たちも大騒ぎを始める。海軍本部のガープは、さすがはわが孫と笑い飛ばしていたが、その孫のルフィは、新たな地獄に落ちていた。
レベル４へと急ぐルフィ。大監獄への侵入を許し、面目をつぶされた海軍は、ルフィを極秘のうちに捕えようと海兵を差し向ける。彼らは、唯一の出入り口である跳ね橋を上げられ孤立した、大監獄の外を包囲することになった。そのころ、ようやくレベル５へ到達したハンコックは、エースと対面を果たしていた。
ボン・クレーと力をあわせ、ブルゴリたちをすべて倒したルフィ。一方、マゼランの能力を目の当たりにしたハンコックは、ルフィの身を案じながらも大監獄を後にしていた。ようやくルフィへの対応を始めたマゼランは、戦力をすべてレベル４へ集める。ルフィはピンチをボン・クレーに救われるが…。
ついにミノタウロスを倒したルフィたちだが、思わぬ事故によって、４人そろってレベル４に落ちてしまう。一方、インペルダウンを離れたハンコックは、モモンガからエースの処刑が明日の午後三時に開始されると聞く。そこに緊急報告が入ってくる。新世界の海で、四皇である赤髪とカイドウが戦いを始めたというのだ！
ついにルフィの前に立ちはだかった監獄署長・マゼラン。ボン・クレーは、ドクドクの実の能力者であるマゼランとは戦ってはダメだとルフィに教え、レベル５へ逃げようと提案。しかし戦闘は始まり、マゼランは巨大な毒竜であるヒドラを操って襲いかかってくる！ すぐさま反撃しようとするルフィだが…。
拳を失う覚悟で勝負に出たルフィ。渾身の一撃でマゼランに膝をつかせるが、その代償として拳は毒に侵され、激痛に苦しむ。一方、レベル３へ逃げようとしたバギーたちは、わざと逃がそうとするハンニャバルのもくろみを罠だと思い込む。マゼランの毒を怖れて一人逃げだしたボン・クレーは、罪悪感を抱き…。
マゼランの毒によって瀕死の重傷を負ったルフィは、レベル5へ投獄されてしまう。一方のボン・クレーは、マゼランに勝てないことを悟り、ルフィを助けるために逃げ出すという苦渋の決断をしていた。下手に解毒薬を使っても、死を早めるだけ…厳しい現実を突きつけられたボン・クレーは、とある人物を捜す。
ボン・クレーを残して軍隊ウルフから逃げ出したMr.3とバギーだが、すぐに追いつかれてしまった！ 牢の中のルフィと再会し、逃げたことを詫びるボン・クレー。彼は瀕死のルフィを連れて、奇跡の人・イワさんの行方を捜しに向かう。自分にできることはあきらめないことだと、必死にインペルダウンの中を訪ね歩くが…。
凍死寸前のところをイナズマに救われ、囚人たちの秘密の花園・ニューカマーランドへと運ばれたボン・クレー。彼はそこで、捜し求めていたイワさんをついに発見する。その奇跡の能力を目の当たりにし、ルフィを助けてほしいと土下座して頼むボン・クレーだが、実はかえってルフィに救われていたのだった。
ルフィの治療が続く中、ボン・クレーはイワさんの秘密を教えてもらう。イワさんは、いわば人体のエンジニアだった。大昔、穴掘りの能力者たちが作ったこの場所は、レベル5と6の間にある。そしてレベル6の無限地獄には、エースと共に、マゼランと互角の実力を持つ看守長・雨のシリュウが幽閉されているという…。
ルフィは、イワさんの治癒ホルモンとボン・クレーの命がけの声援によって、奇跡の復活を果たした。ルフィは手をついて、ボン・クレーへ恩に着ると頭を下げるのだった。 イワさんは、ルフィがかつての同士・ドラゴンの息子だと知り、協力を約束。エースを救出して脱獄することを決意する。
イワさんの協力を得たルフィは、ついに最下層LV６へ突入。必死にエースの名を呼ぶが、返事はない。エースは既に牢から連れ去られた後。ルフィの麦わら帽子を見たジンベエは、他ならぬエースの弟だと確信し、すぐに後を追えと教えてくれるのだった。しかし、捕らえようとするハンニャバルは、フロア中にガスを充満させ…。
一転してピンチになったルフィに、かつての敵であったクロコダイルが、脱獄のために共闘しようと持ちかけてきた。ルフィは拒否するが、受け入れるべきだとイワさんが説得。すると今度は、ジンベエが声をかけてきた。何としてもエースを助けたいというジンベエの言葉をルフィは聞き入れ、ここに最強のチームが誕生する！
クロコダイルの手引きで、LV３を目指すルフィたち。LV２に潜んでいたバギーたちは、大きなトラブルが起きたことに気付き、ようやく脱獄のチャンスが巡ってきたと大喜び。囚人たちを解放し、フロアを大混乱に陥れる。一方、イワさんとボン・クレーが、ようやくルフィと合流。看守たちは総崩れになり…。
囚人たちを解放しながら戦いを繰り広げるルフィたち。LV２から脱獄しようとするバギーたちは、マゼランの毒によって閉じ込められ、手も足もでない。そのマゼランがLV２を制圧してまもなく合流すると聞き、元気を取り戻すハンニャバル。そのころLV1では、黒ひげ一味とシリュウが対面していた。
大混乱に陥ったインペルダウン。ルフィは一気にLV３へ突入しようとするが、ハンニャバルの包囲網により阻止されてしまう。ハンニャバルは自ら、薙刀・血吸をふるってルフィを攻撃してきた！ だが、ギア２を発動したルフィにジェットガトリングを浴びせられる。それでもハンニャバルは、あきらめようとしない！
LV３への突入をめざすルフィたちの前に、七武海の黒ひげ・ティーチが現れた。挑発されたルフィは、怒りに燃えてＪＥＴピストルを放つ。ところが、ティーチの闇水によって捕らえられ、手も足も出ないまま床へと叩きつけられてしまう。勝ち誇るティーチは、自分の能力を明かす。立ち上がるルフィは…。
マゼランはドクドクの実の能力で、黒ひげ・ティーチを仲間もろとも一網打尽、全速力でルフィの後を追う。イワさんは、イナズマに階段をはさみで切り裂かせて退路を断つと、自分ひとりでマゼランを食い止めようと、身動きひとつせずに近づいてくるのを待つ。そして、オカマ拳法の奥義が炸裂する！
ルフィたちは正面入口を目指すが、マゼランに追いつかれてしまった。ルフィはマゼランに飛びかかろうとするが、ボン・クレーに止められる。まもなく、マゼランのヒドラが攻撃してくるが、Ｍｒ.３が分厚いロウで壁をつくり、毒を防ぐことに成功！ ルフィはＭｒ.３と協力してマゼランと戦うことを決意する。
ジンベエの作戦で、軍艦へ突入したクロコダイルたち。海兵たちは総力をあげてクロコダイルとＭｒ.１を海へ放り出そうとするが、海中から放たれたジンベエの槍波に軍艦を破壊され、度肝を抜かれる。ルフィはマゼランと激闘を繰り広げる中、ついにマゼランに一撃を入れる。囚人たちも一気に襲いかかるが…。
海に逃れたルフィたちは、ジンベエ鮫の群れに助けられ、どうにか軍艦にたどり着く。イワさんは、毒にやられて瀕死のイナズマの治療に取りかかる。その頃、マゼランは、海軍に船を回せと指示を出していた。自ら軍艦に乗りこみ、ルフィを追撃開始！ 逃げるルフィたちの前には、閉ざされた正義の門が立ちはだかり…。
ついにインペルダウンからの脱獄を果たしたルフィ。そのころ、マゼランの毒で倒れた黒ひげは、シリュウの解毒剤で九死に一生を得ていた。二人は裏で手を組んでいたのだ！ ジンベエが王下七武海だったと知り、ルフィはその強さに納得。宴の真っ最中だったバギーたちは、行く先が海軍本部だと聞いて騒ぎ始める。
空島・ウェザリアに飛ばされたナミは、ハレダスと共にシャボンディ諸島へ向かっていた。いっこうに近づく様子はなく、ナミはしびれを切らすが、ハレダスは台風でも来ない限り一気に進むのは無理だと答える。焦るナミに、ハレダスは意外なことを提案する。それならば、下へ降りてみようと言うのだ。
乙女の心を持つ男だけの島・カマバッカ王国では、サンジが必死にオカマたちから逃げ回っていた。無駄に強いオカマたちは、撃退することもままならない。巨大な鳥に支配された島・トリノ王国では、チョッパーも島民たちや巨大な鳥から追われて逃げ回っていた。チョッパーは偶然、巣から落ちた雛鳥を見つける。
橋の上の国・テキーラウルフで、囚われの身となって拷問を受けるロビン。看守たちは、ロビンが革命軍について何か隠していると思い込んでいた。ボーイン列島では、ウソップが人喰いヒマワリに追いかけられていた。森の勇者・ヘラクレスに助けを求めるが、人喰いヒマワリごと攻撃されてしまい…。
重傷のゾロはシッケアール王国の跡地に飛ばされ、一足先に島に来ていたペローナに手当てを受けていた。ゾロをこき使おうとするペローナだが、まったく話が噛み合わない。貧困の国・ハラヘッターニャで黒魔術の儀式に遭遇したブルックは、悪魔王サタンに間違われていた。翌朝、ブルックが目を覚ますと…。
数々の試練を乗り越え、インペルダウン脱出に成功したルフィ。連れ去られた兄・エースを救出するために海軍本部を目指していたが、思っていたよりも時間がかかり、公開処刑の時はすぐそこまで迫っていた。船首にたたずむルフィは、ジンベエにエースとの思い出話を懐かしそうに語り始める。
エースの公開処刑が刻々と迫る中、ルフィを乗せた脱獄船は海軍本部を目指して突き進んでいた。一方、海軍本部では、ジンベエと黒ひげを除いた王下七武海の５人が召集され、静かに来るべき時を待っていた。正義の士と呼ばれる大将・赤犬も到着。これで海軍本部には、三大将も勢ぞろいする！
マリンフォード「海軍本部」の処刑台へ続く長い階段を、促されるままにエースがのぼる。白ひげが彼を助けに敵の真っ只中に現れるのか、世界は注視していた。エースの脳裏に、ルフィと自由を誓い合った少年の日の思い出が浮かぶ。
エースはロジャーの息子。センゴクの発表は、全世界を震撼させる。この処刑には、次世代の海賊王の首を取る意味があったのだ。ガープは、獄中のロジャーに産まれ来る子を頼まれた日のことを思い出していた。子を宿していたのはルージュ…。
白ひげ海賊団は、コーティングした船でマリンフォードの湾内に現れた！ ついにその姿を見せる白ひげ！ エースがドーン島を出て、スペード海賊団を旗揚げして名を上げ、ジンベエと戦い白ひげと出会った日々が甦る。
仲間のサッチを殺した黒ひげを追おうとしたエースを、白ひげは止めた。だが、目の前のオヤジは「行けと言った」と言い切る。仲間を傷つけた海軍に啖呵を切る白ひげ海賊団！ 怒号を受け止めたのは、三大将と王下七武海だった。
処刑台のエースを巡り、マリンフォードは海軍と白ひげ海賊団の全面戦争に突入した。ミホークが黒刀“夜”を白ひげに一振り！ その斬撃を“ダイヤモンド”ジョズが受け止め、黄猿の放つ光弾“八尺瓊曲玉”をマルコが遮る！
白ひげ海賊団傘下のリトルオーズJr．が現れ、エースを死なせないと突き進む。超巨体で海軍船を持ち上げ、投げつける！ 猛者達のあまりのすさまじい激突に、コビーは自分の無力さを痛感。海軍の巨人部隊がオーズJr.に挑む！
くまの“熊の衝撃（ウルススショック）”を受け、ドフラミンゴに右足を切られたオーズJr.は、モリアの“角刀影”に貫かれて倒れる。エースまですんでの所に迫りながら…。遂に逃げ出すコビーだが、赤犬が戦闘を放棄する海兵を手に掛けるのを見る。
大戦争の真っ只中に、船ごと空から降って来たルフィたち！ 海からジンベエに救い上げられたルフィは、エースを求めて走る！ 全力で走る！ そして処刑台の上にエースの姿を見つける。二人は互いの名を呼び合う！
海賊王になるのはおれだと白ひげに言い放ったルフィは、エースの処刑時刻が早まるのを伝える通信を聞いたと教える。エースへと一直線に走るルフィに、白ひげ海賊団のジョズやジル、ジンベエやイワンコフらも続く。
戦いが激化し、自分の為に仲間達の血が流れるのを見てエースは苦しむ。斬られながらも迷わず走るルフィを見て、苦しみは深まるばかり。心情を察するガープに、もうジタバタしないとエースは言うのだった。その頃、白ひげは…。
ハンコックからエースの手錠の鍵を渡されたルフィは、彼女を強く抱きしめる。先を急ぐルフィが離れると、倒れ込むハンコックは、これが結婚!?…と、ウェディングドレスに身を包んだ二人の結婚式を妄想するのだった。
行く手を阻むミホークの強さを知るルフィは戦いを避けるが、彼の斬撃からは逃れられない！ そこへジンベエが割って入り、ミホークの相手を買って出る。ジンベエを氷の下へ弾き飛ばしたミホークは、ルフィへ容赦なく黒刀を振るう！
マリンフォードでのエースを巡る戦争の開戦より、およそ1時間半を経た頃、海軍が大きく仕掛ける。王下七武海であるくまと同じ姿の人間兵器パシフィスタを、湾頭に複数投入したのだ。海軍とパシフィスタが、白ひげを挟み撃つ！
白ひげ傘下の海賊スクアードが、大剣で白ひげの土手っ腹を貫く！ ルフィたちが凍りつく中、スクアードは叫ぶ。白ひげとセンゴクの間では既に話がついており、傘下の海賊の首と引き替えにエースは助かる事になっていると叫ぶ！
白ひげがモビー・ディック号から降りると、エースへと動き出す。勢いづき一気に駆け込むルフィ達に対し、海軍は退き、湾を囲む包囲壁を作動。出現までの時間を稼ぐため、ジョン・ジャイアントが白ひげの前に立ちふさがる！
赤犬が流星火山が、青雉が凍らせた海を溶かし、海賊達の足場を奪っていく！ 姿を現した包囲壁は、白ひげの拳にも耐える！ 流星火山は降り注ぎ続け、モビー・ディック号を炎に包み焼き尽くす。
包囲壁を越えたルフィは三大将をすり抜け、エースのもとへと急ぐ！ だが、黄猿がそれを蹴り返し、センゴクが遂にエースの処刑執行を命じる。その首に大刀が振り下ろされようとする瞬間、執行人が弾け飛ぶ！ 意外にもクロコダイルの仕業だった！
包囲壁の先、処刑台間近の広場へ降りた白ひげを、青雉が阻む！ そこに“ダイヤモンド”ジョズが割って入り、エースのもとへと進む手助けをする。ルフィはモモンガらからの攻撃を受け、黄猿にさらに蹴り返されるが、白ひげがそれを受け止める。
エースに迫ったマルコをガープが殴り返し、海賊達がどよめく。白ひげが赤犬と戦い、海賊と海軍がさらなる交戦を続ける中、エースは戦場にあふれる自分への思いに打たれ、嬉し泣きの涙を流す。
イワンコフにテンション・ホルモンを施され立ち上がったルフィは、代わりの処刑人が就いたエースのもとへ走る！ イワンコフの援護も受け無数の海兵を倒して突き進むルフィに、彼を慕いながらも立場は真逆の曹長・コビーが挑む。
二度目の処刑執行を妨げたルフィの“覇王色”の覇気に、白ひげやその隊長たち、三大将やガープも驚く。それを無意識に放ったルフィ本人は、一直線にエースのいる処刑台へと走り続ける！ 白ひげはルフィを全力で援護するよう叫ぶ！
イワンコフの髪に潜んでいたイナズマが、“チョキチョキの実”の能力で作った処刑台への架け橋。駆け上がっていくルフィの前に、ガープが立ちはだかる！ ルフィの祖父でありながら海軍本部中将。これまでの歳月が脳裏を巡る中、両者が激突する！
遂にルフィがエースを解放した！ 絶対不可能な願いを、兄への思いと鍛え抜いた力で叶えてしまったのだ。メラメラの実とゴムゴムの実、無敵のコンビ攻撃が海兵たちに炸裂する！ 二人は海へと走る。少年だったあの日に走ったように。
白ひげは一人残り、全員に逃げるよう最後の船長命令を下した！ 覚悟を感じながらも動けないエース。やがて膝をつきながら頭を下げるエース。彼の背中に刻まれた自分のマークを見ながら、白ひげは問う。おれが親父でよかったか、と。
ルフィをかばったエースの体は、赤犬によって貫かれた。白ひげ海賊団の集中砲火も、マグマグの実を食べたマグマ人間には効かない。エースにもう一撃と振りかぶる赤犬を止めようとする白ひげも、黄猿の攻撃を受けてしまう…。
エースが息絶えて倒れ、ルフィは号泣。白ひげ海賊団も傘下の海賊達も涙する。映像電伝虫が“海賊王”の子の死を映し出す。モチベーションを失い、ルフィは完全にフリーズ。迫る赤犬！ その背後に白ひげが立ち、殴りつけた！
いつの間にか処刑台にいた黒ひげ海賊団！ 仲間殺しの黒ひげを息子とは呼べないと、白ひげがケジメをつけに行く。黒ひげもヤミヤミの実の能力を解き放つが、敵わない。そこへ黒ひげ海賊団の一斉攻撃が浴びせられる！
映像電伝虫が白ひげの死も伝え、大ニュースは瞬く間に世界中へ。レイリーが涙を浮かべ、バギーが逃げ出す中、黒ひげは立ち往生の白ひげと一枚の布に納まる。ジンベエが抱えて走り船へ近づくルフィを、赤犬は逃がさない！
白ひげのグラグラの実の能力も手に入れた黒ひげの試し打ちで、海軍本部が崩壊した！ さらにマリンフォード全体を沈めようとするのを、ヒトヒトの実モデル“大仏”の能力全開のセンゴクが、絶対に阻止せんと立ちはだかる！
ジンベエが抱える無意識のルフィを赤犬が追い、それを白ひげ海賊団の隊長達が阻む。海兵がさらに投入され、海賊との戦いは止まない。黒ひげとセンゴクの衝突も続く。エース処刑が果たされた後も奪われ続ける命。コビーは悲しみに苦悩する。
戦争を終わらせにシャンクスが現れた。赤犬にやられた際にルフィが落とした、麦わら帽子を手に。それは元々、10年前にシャンクスがルフィに預けた物…。想い出が脳裏をよぎり、一目会いたいと思うルフィ。だが、今会ったら約束が違うもんなと呟く。
センゴクが叫んだ戦争終結は、海軍本部の「勝利」として世界中に広まる。人々は歓喜し、海賊達は白ひげなき世界へ動き出す。崩壊した海軍本部を前にするセンゴクには、黒ひげがインペルダウンでいかにして仲間を募ったかが報告される。
マリンフォード頂上戦争で白ひげを倒し、完全勝利した海軍。だが、それを恐れない海賊が各地で暴れ、四皇の一人であった彼が制していた土地を奪っていく。ローの手術を受けるも未だ目覚めないルフィは、政府から逃れるため、女ヶ島へ運ばれる。
食糧が底をついたサウザンドサニー号が、嵐に流されてたどり着いたハングリラ島。そこでルフィは、美食屋のトリコと出会う。ルフィと上陸したナミたちも、料理人の小松やバトルウルフのテリークロスと冒険！ そんな中、ナミと小松がココアラにさらわれてしまう。ルフィたちは全力で後を追う！
ルフィの故郷フーシャ村の裏に、人々が立ち入ろうとしないコルボ山があった。10年前、シャンクスに憧れ海賊王を夢見てしまったルフィを、ガープは山賊ダダンに育てさせることに。そこにはガープが先に預けていたエースがいた。
ルフィが友達になりたい一心でエースを追うと、ゴミの山「不確かな物の終着駅」に出る。エースはチンピラから大金を奪い、「中間の森」で親友のサボと合流。ルフィも追いつく。そこへチンピラの兄貴分ポルシェーミがやって来て、ルフィが捕まってしまう。
大金のありかを決して言わないルフィに心が動いたエースとサボは、ポルシェーミに殴り込みをかける！ サボがルフィを助けて逃げようとするが、エースは一度向き合ったら逃げないと、ポルシェーミの前を離れない。サボも立ち向かう！
ポルシェーミの一件以来、ルフィはエースとサボに受け入れられ、三人はコルボ山で力を競い「ゴア王国」へ入り駆け回っていた。するとサボが街で声をかけられる。それは彼の父、サボは貴族だったのだ！ エースは親友に不信感を抱く。
相変わらず三人は大暴れ。彼らを預かるダダン一家に心休まる時はなく、さらにガープが顔を出せば、騒動は一層激しくなるのだった。ガープにしごかれる三人の方も命の危険を感じ、ダダンへ「どくりつする」と置き手紙を残して出て行く。
秘密基地を作って生活するようになった三人に、冬が訪れる。海へ出る時は船長！と譲らない三人は、大虎を仕留めた者がなれると戦うことに。現れたのは熊だったが挑み、大ピンチ！ 突進する猛獣を止めたのは、年老いたナグリだった。
大虎と戦うも、まだ仕留められないエースとサボ。ナグリのもとで海賊修行をする事にしたルフィは、木を切って足腰が鍛えられ、ゴムゴムの技をずいぶん使えるようになっていた。そしてナグリはエースに、自分が見た海賊王について話す。
秘密基地で嵐を乗り切り、絆を深めるエースとサボとルフィは、傷んだ所を修理する材料を拾いに出る。そこを狙っていたブルージャムはサボを取り囲み、依頼者の貴族であるサボの父に引き渡す。サボはエースやルフィと引き離されてしまう。
天竜人も乗る世界政府の視察団が来るのを機に、「不確かな物の終着駅」を暮らしている人ごと燃やそうと王族と貴族が企てていると知ったサボだが、父に捕まりエースとルフィに伝えられない。そして夜、ブルージャムの手で火事が起こされる。
ゴア国王にだまされ町へ入れないブルージャムは、エース達の財宝を狙い、燃えさかる炎の中を襲い来る！ ダダンが割って入り救われるエースだが、彼は逃げない！ 部下にルフィを連れて行かせ、ダダンはブルージャムに挑むエースに付き合う。
世界政府の視察団が来る日、サボは海賊旗を掲げて船出した。しかし下々民の船が艦の前を横切ったと怒る天竜人・ジャルマック聖はサボへ砲撃し、さらにとどめの一撃を浴びせる。その頃、エースとダダンが生きて帰ってきた。
天竜人・ジャルマック聖がサボを撃った。その一部始終を見ていたドラゴンはその夜、ゾロが修行するコウシロウの道場がある港村に停泊する、革命軍の自分の船へ戻る。エースとルフィは、サボの面影をとどめながら成長していく。
時は10年前から、マリンフォード頂上戦争後の現代へ戻る。フーシャ村に帰還するガープをダダンが襲い、エースの命を守れなかったことを責める。その場にいたガープが一番辛いとマキノが庇うと、一番はルフィの奴だとダダンは言う。
シッケアール王国跡地でヒューマンドリルの群れに苦戦するゾロに、ミホークが歩み寄る。チョッパー、ナミ、ウソップ、サンジ、ロビン、フランキー、ブルックも、それぞれの場所で新聞等からエース絶命を知り、ルフィを想う。
女ヶ島にレイリーが一人で泳ぎ辿り着く。彼はジンベエにおぶられたルフィと再会を果たす。くまの告白、シャッキーのハンコックがルフィに恋したとする女の勘が、レイリーの推察に答えを出したのだ。レイリーはルフィに、ある提案をする。
新聞でエース絶命を知りルフィを思うナミは、三日後にサニー号でとシャボンディ諸島で交わした約束を果たすため、空島・ウェザリアからの脱出を図る。フランキーもバルジモアを出る砕氷船を求め、Dr.ベガパンクの研究所へ侵入する。
ゾロが飛ばされたシッケアール王国跡地は、ミホークの住処だった。彼からエース絶命を知り、ゾロもシャボンディ諸島へ戻ろうと懸命になる！ ハラヘッターニャで手長族の襲撃に立ち向かうブルックも新聞を読んでいた。
ルフィは軍艦を乗っ取り再びマリンフォードへ。トリノ王国から鳥の背に乗りシャボンディ諸島へ急行するチョッパーは、ルフィが起こした事件の記事を見て驚く！ ロビンは微笑み、イワンコフに敗れた後のサンジは息を呑む。
マリンフォード「海軍本部」の議事の間では、ブランニューが一同を前にルフィの引き起こした事件を説いていた。数日前、復興中のマリンフォードに突如現れ、レイリーやジンベエとやってのけた、その行動の一部始終が描かれる。
再びマリンフォードに乗り込み「16点鐘」を行ったルフィの新聞記事が、世界中を駆け巡り、不可解な行動にバギー、ビビ、クロコダイルがその写真を見つめる。シャボンディ諸島ではデュバルが、残されたサニー号を律儀にずっと守り抜いていた。
ローは時期を待ち、ドレークとアプーは新世界に分け入り、ボニーは黒ひげに捕らえられ赤犬に引き渡された。「赤い土の大陸」の聖地マリージョアでは、ドフラミンゴが帽子の幹部に、マリンフォードでモリアが消えたと報告する。
新聞記事の写真を通じて伝えられたルフィのメッセージを理解したナミは、度重なる脱出をもくろんでいた小さな空島ウェザリアに残ることにする。フランキーも理解して、Dr.ベガパンクが「兵器的」発明をしていたもう一つの研究所に住み込む。
ブルックは見世物として手長族に捕らえられるが、ルフィのメッセージを理解して前向きになっていたため、エレキギターを掻き鳴らし集まった観衆へ一曲披露する。すぐに理解したロビンは、ドラゴンの部下である革命軍とバルティゴへ向かう。
２年後に魚人島で会う約束をして、ジンベエはルフィのもとを離れる。レイリーはルフィに修行を施す過酷な無人島・ルスカイナへ直行。ハンコックとも別れたルフィに、レイリーは巨大な象を相手に覇気を教える。２年後に向けて！
マリンフォード頂上決戦から２年、海賊を休み、覇気を自分のものにする修行を重ねたルフィが、再び麦わら帽子をかぶる。また始まる冒険！ それぞれに成長した麦わらの一味が、シャボンディ諸島に姿を現す。
シャボンディ諸島では、見せかけ…も微妙な子供たちが、麦わらの一味になりすまして大いばり。チョッパーは出会った仲間がニセ者とは分からず着いて行く。ニセルフィにからまれ銃を突きつけられたルフィは、覇気でそれをあしらう。
海底にある魚人島への航行を可能にするコーティングを終えたサニー号。ロビンが行くと、自己改造をさらに進めたフランキーがいた。ソウルキングとなったブルックはライブ中。ニセ者たちの薄情さに、チョッパーはひとり飛び出す！
ニセルフィが、本物とは知らずにルフィたちへ仕返ししようと、募っていた仲間を集める。その数100人！ 電伝虫で報告する海兵をカリブーが発見。ルフィはニセ者に着いて、その場に来てしまう。その頃、ブルックのライブ会場に海軍が突入する！
ブルックはシャクヤクが手配した「人生バラ色ライダーズ」のトビウオに乗って、海軍が突入したシャボンドームから脱出。ニセルフィの大集会にも海軍が斬り込み、二体のパシフィスタを連れた戦桃丸が、本物のルフィを見つける！
麦わらの一味に迫る海軍を、レイリー、ペローナ、ハンコック、ヘラクレスン、ハレダス、トリノ王国の鳥・エリザベスたちが妨げる。おかげで一味を残らず乗せたサニー号は、魚人島へ向けて出航！ 帆を張り、海底へと進んでいく。
カリブーがニセ麦わらの一味にお仕置きし、戦桃丸は麦わらの一味の成長を海軍本部に報告する。レイリーはルフィの姿に、出会った頃のロジャーを想い出し、涙ぐむ。サニー号ではフランキーが、この船を守り抜いた人物の話を始める。
サニー号を襲ったカリブー海賊団だが、船を引くモームがルフィとサンジを恐れて逃げ出す。一番乗りしたために取り残されたカリブーによると、海獣に船を引かせるのが上級者というものなのだそうだ。そこでルフィは、現れたクラーケンを手なずけようとする！
サニー号の行く手に現れたクラーケンを手なずけようとするルフィは、ギア3で巨大化させた腕を武装色の覇気で硬化させ、ゴムゴムの象銃（エレファント・ガン）を放つ。ブッ飛ばされたクラーケンの中からは、サメのメガロが出てきて…。
バンダー・デッケンのゴースト船「フライングダッチマン号」が出現。サニー号を叩こうとするフライング海賊団の大入道ワダツミを、クラーケンが殴り飛ばす！ ついにルフィが、手なずけるのに成功したのだ。その時、海底火山が噴火を始め…。
魚人島を目前にしたサニー号だが、新魚人海賊団に囲まれてしまう。傘下に入れと言われたのを、キッパリと拒否するルフィ。クー・ド・バーストでサニー号は魚人島へ突入！ ところが、あまりの衝撃に、麦わらの一味は散り散りになってしまう！
崖に上がったナミは、ロビンを抱えたフランキーと合流。ルフィたちはケイミーに助けられ、人魚の入り江に辿り着く。美しい人魚たちに歓迎され、サンジは大喜び！ そこへフカボシら、ネプチューン三兄弟がやってくる。
人魚に興奮して輸血が必要なまでに鼻血を噴き出したサンジに、血液を提供しようとする人魚や魚人はいない。ようやくチョッパーが人間を酒場で見つけ、サンジは一命を取り留める。ケイミーはルフィとウソップを、マダム・シャーリーに紹介する。
麦わらの一味と同様に新魚人海賊団に迫られ、こちらは軍門に降らざるを得なかった蟹手のジャイロ。彼らが隙をみて逃げ出した！ いきりたつムッヒら幹部を制して、新魚人海賊団の船長、ホーディー・ジョーンズが自ら追撃する！
フランキーによって厳重に樽詰めにされていたカリブーを、人魚たちが解放してしまう。ヌマヌマの実の能力に捕らえられてしまった人魚たち。ルフィが魚人島を滅ぼすという予言があるうえ、彼らには行方不明事件の疑いも掛けられている。フカボシ王子が、麦わらの一味を追う！
フライング海賊団の船長バンダー・デッケン九世は、リュウグウ王国国王ネプチューンの娘・しらほし姫に求婚していた。10年も武器を投げつけ続け、今日もバラの絵の入ったオノを贈る。彼女の部屋に迷い込んでいたルフィが、それを逸らす！
シャーリーの未来予知と人魚大量誘拐の濡れ衣は晴れず、リュウグウ王国の兵士は、ネプチューンの招いたナミ、ウソップ、ブルックに槍を向ける！ だが、2年間の修行を経た彼らは強い。先に呼ばれていたゾロも加わり…。
魚人島への突入時に見失ったサニー号を探しに、フランキーは師匠トムの弟であるデンを訪ねていた。失われた船は潮の流れにより、「海の森」に集まるというが…。そこは、ルフィの策でメガロの口に入って飛び出したしらほしが、行きたがっている場所でもあった。
ホーディ率いる新魚人海賊団と、手を組んだデッケンが、竜宮城へと急行する！ その頃、ポーネグリフを求めるロビンは、捕らえようと襲い来るリュウグウ王国の兵士を蹴散らしつつ、お魚バスに乗って海の森へと向かっていた。
「竜宮城」へ乗り込んだホーディたち。すぐにデッケンがしらほしを追い、ネプチューンは嘆く。左腕にアーロンのマークを刻むホーディは、アーロンの意思を継ぐのが「新魚人海賊団」だと宣言！ ゾロたちを海水に沈める。
ルフィは海の森へしらほしを連れ出している途中、サンジとチョッパーに再会。“人魚姫”を見てサンジは石化！ しらほし救出に一途な魚人島の浜人に、ルフィたちは捕らえられてしまう。そこへデッケンが飛来し…！
水中でホーディに一太刀浴びせたゾロを、新魚人海賊団が襲う！ 竜宮城を明け渡す覚悟のネプチューンは、「人魚柔術ウルトラマリン」を放って海流を作り、部下たちと共に脱出しようとする。ところが、ホーディがそうはさせず…。
竜宮城へ乗り込む前にホーディと別れて各地へ散った新魚人海賊団の幹部たちが、同時に行動を開始していた。その一部と対峙したフカボシは、怒りを爆発させる。彼の亡き母の写真が、魚人島の民への踏み絵として使われていたからだ。
海の森にたどり着いたルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに、ジンベエがある人物について語る。魚人と人間との間に横たわる歴史を変えようと立ち上がった、二人の物語だ。二人の名は、「愛の人」オトヒメ王妃と、フィッシャー・タイガーといった…。
海の森で、ジンベエがルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに語る二人の物語…。天竜人が住むマリージョアを襲撃したタイガーは、「タイヨウの海賊団」を結成した。その船に、人間の少女・コアラが乗船する。
深海熱に効くという「海鮮の実」を食べたチョッパーだが、完治していなかった！ 海鮮の実は、四季ごとの伝説の食材と一緒に食べて、初めてその効果を発揮するというのだ。ルフィたちはトリコたちと一緒に、四季の食材が実るという中華島にある塔内に潜入する。
コアラを故郷へ送り届けるタイヨウの海賊団の航海は、魚人達と少女の楽しい想い出となって積み重なっていく。数週間後、目的のフールシャウト島に到着。コアラを村へ送ったタイガーは、その帰り、海兵に取り囲まれて撃たれてしまう。
タイガーは出血多量で命を落とした。人間を受け入れようと努めたものの、人間からの仕打ちが刻まれた体と心の痛みが、人間の血を拒絶したのだ。恨みを抱いたままフールシャウト島へ飛び出すアーロンは、黄猿と呼ばれる以前のボルサリーノに捕まる。
ジンベエが世界政府の申し出を受け王下七武海に加入したため、タイヨウの海賊団のうち、彼の意をくんだ者たちは魚人島へと戻ることができた。そんな時、魚人を魚類と言い捨てる天竜人の乗った難破船が、魚人島に流れ着く。
魚人島に流れ着いた天竜人を助け、地上へ帰す際に同行したオトヒメが、一週間後、無事に戻ってきた。しかも、魚人族の地上への移住を後押しする、天竜人の書状を持って。移住の意思を示す魚人島の民の署名は、爆発的に集まっていく。
突然、署名が燃え、オトヒメは撃たれて絶命した。軍の兵士であったホーディが、狙撃犯であろう海賊を仕留め、人間の仕業であったと公表する。こみ上げる怒りの収まらないネプチューンは、鎮まるまで「硬殻塔」に自ら入ることに。
新魚人海賊団の幹部達が、各地でオトヒメの写真を踏み絵にして迫る中、竜宮城からホーディが演説を始める。リュウグウ王国の新しい王になると宣言したのだ！ そしてホーディは、ゾロ、ウソップ、ブルックを捕らえているのを見せる！
水責めを受けるゾロ、ウソップ、ブルック。ブルックは２年の間に出来るようになった霊魂になって体から抜け出る技で、竜宮城内へ。海の森では、ゾロたちを助けに行こうとするルフィと、止めようとするジンベエが激突する！
ホーディは捕らえたネプチューンを海獣に乗せて、処刑の場として宣告したギョンコルド広場へと向かう。息巻く新魚人海賊団の幹部・ダルマ、ドスン、ヒョウゾウ、ゼオ、イカロスも、招集を受け、暴れていた各地から広場を目指す。
ホーディが起こした暴挙を嘆く左大臣。しらほしに失恋したデッケンは、全部まとめてぶっ潰す策を思いつく。ホーディが広場に着くと、ネプチューン軍が銃口を向け、彼が来るのを待ち受けていた！
メガロに乗って海の森を出たしらほしとジンベエだったが、ネプチューンを模した風船の罠に掛かり、捕まってしまう。広場ではネプチューンだけでなく、返り討ちにされたフカボシら三兄弟も縛り上げられ、もはや万事休すの状態に陥っていた！
10年前、ここギョンコルド広場でオトヒメを撃ったのは自分だと、ホーディは言い放つ。そのことを、しらほしは何と知っていたと言う。真相を見ていたメガロが伝えたのだ。犯人を憎んではいけないというオトヒメの願いを、しらほしは守り抜いていた。
しらほしもジンベエも捕らえられてしまった。そしてホーディがネプチューンの命を奪おうとした時、ルフィが現れて強烈な蹴りを食らわせた！ サニー号と共に、麦わらの一味も勢揃い。海の森でジンベエがルフィに話した作戦通りだ！
10万人いる新魚人海賊団の半分を倒したルフィ。残る5万人には、ゴムゴムの巨人の銃（ギガントピストル）を放つ！ サンジ、ゾロ、ロビン、ブルック、チョッパー、ウソップ、ナミ、フランキーも戦闘を開始する！
麦わらの一味は、次々と新魚人海賊団を蹴散らして数を減らしていく。フランキーは、ナミとウソップとチョッパーを、サニー号の「ソルジャードックシステム」に呼ぶ。そのチャンネル4と5に、新兵器があるというのだ！
新兵器のクロサイFR-U4号とブラキオタンク5号は、敵のまっただ中を驀進！ しかし、ダルマが掘った「ダルマ落とし」に沈んでしまう。フランキーは二台を合体させ、夢の合体ロボ「フランキー将軍」を完成させる。
覇気を使いこなすルフィが、ホーディを圧倒。だが、数百年前に魚人島民が造った方舟ノアが、魚人島に接近中。竜宮城をも上回る超巨大な舟がこれ以上迫れば、包み込むシャボンが割れ、島ごと砕けてしまう！
デッケンがマトマトの実の能力でしらほしへノアを飛ばしたと明かし、彼女は魚人島から出来る限り離れようと泳ぐ。島から遠ざかる舟にホーディがしがみつく。しらほしを守ると約束したルフィも、サンジに飛ばしてもらってノアへ！
出来る限り遠くへと海上へ上るしらほし。彼女を追うノアの上で、ホーディがデッケンを刺す！ 全速力の人魚にもホーディは追いつき、しらほしの髪を掴まえる。すると、ルフィがフカボシの背に乗って現れ、ゴムゴムの蛇銃（スネークショット）を放つ！
魚人島では、サンジがワダツミと激突！ ナミを襲うゼオとイカロスを、ブルックとフランキーが阻む。ウソップとチョッパーのコンビは、ダルマとドスンを返り討ちに。ゾロとヒョウゾウも火花を散らし、大乱戦が巻き起こる！
ホーディに攻撃されたデッケンが気を失い、ノアを動かしていたマトマトの実の能力が解ける。海上へ上るしらほしを追うのを止めた舟は、魚人島へと落ちていく。そのノアを壊そうとするルフィを、フカボシが止める。
ノアの落下前、魚人島では、ワダツミが巨体をさらに膨らませてサンジを威嚇。ロビンはジンベエの提案で、新魚人海賊団の手下になっている人間の海賊たちを解放していた。そこに、落下が知らされる！
人間を恨むホーディ自身は、人間から直接何かされたわけではなかった。大海賊時代を迎えた人間たちが暴れ回った魚人島で生まれ育ち、アーロンの影響を受ける中でタイガーの死を知り、人間への敵意を増幅させていったのだ。
魚人島では、ブルックがゼオと対決。頭を切り離されても魂（チャマスィー）がある限り死ぬことはなく、しかも手長族に研いでもらった魂の喪剣（ソウルソリッド）がある！ ウソップもダルマに対して、次々と攻撃を仕掛ける！
ゴムゴムの火拳銃を食らっても立つホーディは、ギア２をしのぐスピードでルフィに迫り、ゴムゴムのジェットバズーカをも受け止める。2発目の火拳銃はもう効かない。ホーディはルフィにさえ止められないのか…！
麦わらの一味が必殺技で吹っ飛ばした新魚人海賊団の幹部たちが、次々と降ってくる。圧倒的な勝利にほっとする魚人島だが、ノアが落ちてきて崩壊間近に！ ルフィは舟を破壊しようと、拳を叩き込み続ける！
ルフィが破壊する前にノアの落下を止め、魚人島を救うことになった海王類。彼らはしらほしに、しらほしこそ自分たちの王であると語る。ノアを海の森へと運ぶ海王類は、ルフィの姿にロジャーを重ねて回想に浸る。
新魚人海賊団の10万人を、ネプチューンは罰しようとはしなかった。人間の海賊は解放し、魚人の海賊は魚人島へと招く。目の届かない魚人街は完全に封鎖。その頃、麦わらの一味はサニー号に乗って既に逃げていた。
麦わらの一味に感謝する宴が竜宮城で催される中、ロビンに聞かれたネプチューンは、しらほしこそ三つある古代兵器の一つ「ポセイドン」であることを認める。一方、ジンベエは、赤犬と青キジが決闘していたことをルフィに話す。
しらほしを襲ったカリブーが盗んでいた竜宮城の財宝を、ルフィたちが回収する。出くわしたのは、協定によってお菓子を取りに来た、ビッグ・マム海賊団のペコムズとタマゴ男爵。ビッグ・マムは「四皇」の一人なのだ。
ジンベエはネプチューンに、現在ビッグ・マム傘下にいる「タイヨウの海賊団」を、引き離そうと思っていると明かす。ネプチューンは、そのうち麦わらの一味に魚人島を守ってもらえたらと微笑む。
麦わらの一味の出航が迫っていた。シャーリーが水晶玉で見た「麦わらの一味が魚人島を滅ぼす」という占いは、外れたとは限らない。もっと先のことかもしれないからだ…。港にはしらほしをはじめ、別れを惜しむ者たちが大勢詰めかけている。
サニー号はグランドライン後半の海・新世界へ向けて上昇していく。順調すぎる航海の中、ナミはゆっくりと入浴。ルフィとウソップは釣りを始める。すると突然、巨大な白い渦巻きが海底に現れ、サニー号を飲み込んでいく！
新世界に入り、不機嫌海域の蜃気楼や天候の急変に翻弄されるサニー号。難を逃れたサニー号に新たな大事件が発生する。サンジの料理が盗み食いされたのだ。犯人は虫ほどの大きさの少女。だが、甲板に出ると巨大化して暴れ出した。少女は意識を取り戻し、リリーと名乗った。巨人族ながらミニミニの実を食べて身体を三段階の大きさに変えられる能力者だという。
リリー・エンストマックの父親、パンズフライを乗せた護送船に乗り込み、奪還を試みる麦わらの一味。しかし、シューゾ率いるネオ海軍が突如参戦。三つ巴の戦いになる！
パンズフライの身柄をめぐり三つ巴の戦いが始まった。ルフィVSシューゾ、ゾロVSモモンガとの戦いが勃発。さらにパンズフライの命を狙い、ネオ海軍の兵たちが向かってくる。作戦変更を余儀なくされたナミは、海底からの突き上げ、トラストアップストリームを利用して脱出することを思いつく！
ナミの機転により、「トラストアップ・ストリーム」を利用して、無事パンズフライ奪還に成功した麦わらの一味。岩礁群で休憩をとっているところにネオ海軍が襲いかかる！
悪天候の海を航海中、火山が噴火しあたりを火の海にする島に接近するサニー号。突如、電伝虫に救援信号が入る。「寒く、サムライに殺される」と助けを求める知らせだった。そしてその異様な島の名前は「パンクハザード」だという
パンクハザードの炎の大地で、伝説の生き物ドラゴンに遭遇したルフィ達。だがそのドラゴンからは謎の声が…。巨大なファイアブレスをものともせず、ルフィとゾロが攻撃をしかける。一方サニー号では、何者かによって毒ガスがまかれ…！！
ドラゴンの頭部に、下半身だけの人間がはりついており、それが謎の声の主だった。「七武海」のことを叫び、走りだす下半身をつかまえるルフィたち。一方、拉致されたナミたちは、ある施設に運ばれていた。
ナミたちが出会った頭だけの男は、ワノ国のサムライだった。彼と共に施設を脱出しようとするが、ナミたちの居る場所は島の反対側の雪と氷の世界。途中で、半獣半人のケンタウロスと出会い…。。
大勢の子供たちを前に呆然となるサンジたち。やがて侵入者に子供たちは騒ぎ出す。しかし、フランキーを見ると、ロボだと言って目を輝かせ始めた。首だけの侍が息子のことを尋ねると、子供たちは怯えてパニック状態に。そして、その間にも追跡者が…。
氷の海を進み、島に到着するG－5の軍艦。過酷なパンクハザードの状況を見ながら、救援信号はたしかにここからだと訝しがるたしぎ。そのころ、湖を渡っていたルフィは、向こう岸で待ち構えているケンタウロスのボス、茶ひげたちを見つけ目を輝かせる。
スモーカーたち海軍は元Dr.ベガバンクの研究所に着くが、王下七武海の一人、ローと遭遇する。一方逃走中のナミは、子供たちは誘拐されてきたのではないのかと推理する。そしてナミとチョッパーが飛び込んだ部屋には、氷漬けにされた多数の囚人たちが…。
ルフィたちを襲ったケンタウロスたち。そのボスは、元海賊の茶ひげだった。そして、茶ひげの砲撃によりボートは転覆、ルフィたちは極寒の湖へ転落する。凍るほどの寒さに加え、泳げないロビンとルフィを抱えるゾロとウソップにさらに危機が…！
ローの刃の前に倒れたたしぎ。身体を二つに切断されながら、折れた刀で再度斬りかかるが、ローの刃が再び振り下ろされる。それをスモーカーの十手が受け止めたが、攻防の中、ローの刃で十手が跳ね返され、その斬撃は軍艦を両断する！
ローに心臓を抜き取られ倒れたスモーカ―。その場にナミたちを捜すルフィたちが到着し、研究所の傍でローとルフィは再会し、あらためて礼を言う。ルフィはスモーカーが倒れていることに気づき、声をかける。そこにたしぎたちが駆けつけてきた。
この海域で多発する子供の誘拐事件。だが、それはスモーカーには正しく報告されていない。スモーカーは実際に誘拐はあり、報告のすり替えがG－5の内部で起こったと断言した。そして、自分の体を取り返すとともに黒幕を暴くことを決意する。
IGOが主催するレース、『天下一食おう会』で優勝したサタンが、優勝賞品のカラットジューウシをルフィやトリコ、悟空にふるまっていると、マンサムから衝撃の事実が伝えられる。大会自体が深海の大食漢アカミィをおびき寄せるために開かれたというのだ。
サムライの姿が見えなくなっていたことに気付いたサンジ。自分の胴体を探しに行ったらしい。サンジは研究所から連れ出した手前、見捨てておけないとブルック、ゾロと捜しに出かける。チョッパーは子供たちの汗から病気の原因を調べ始めるが…。
マスターに会うべく研究所に向かったルフィたち。ルフィ不在の研究所跡にマスターの放った刺客クールブラザーズが迫る。一方、モネの報告を受け、マスターはローがルフィたちを島に引き入れたのではないかと疑いはじめる。
さらわれたナミを追って雪山へ向かったルフィ。フランキーの暴走により、偶然にもナミを発見する。クールブラザーズの仕掛けた罠と連続攻撃に苦戦するルフィだったが、ローの加勢により逆転する。ローの目的は一体何なのか？！
ナミを助けたローは、ルフィに打倒、四皇のため同盟を結ぶことを持ちかける。思いがけないことにおどろき、反対する仲間たちだが、ルフィはローを信用、同盟を受け入れる。そのころ、炎の土地ではシーザーによりおそるべき計画が実行されようとしていた！
シーザーを捉えるため二手に分かれ、それぞれ動き出したルフィとロー。一方、クールブラザーズの襲撃から生還していた、氷漬けの侍と再会したサンジたちにシーザーの開放した史上最悪の兵器スマイリーが迫る！
海軍ＶＳケンタウロスの戦いに空から乱入したルフィ。スモーカーを相手に戦いを開始するが、たしぎと入れ替わっていることに気づくと戦いを中断する。一方、スマイリーは海軍の軍艦を壊滅させ、ルフィたちの元へ接近していた！
スマイリーの襲来により大混乱となる中、シーザー捕獲に成功したルフィ。次々と繰り出されるガス攻撃をものともせず、勝利したかに見えたが突然意識を失う。一方、サムライの胴体が湖の中にあるとわかったサンジは、危険を覚悟で飛び込んだ！
シーザーによってルフィが意識を失い、さらにローまでもが謎の男に倒されてしまった。一方、湖からサムライの胴体を取り戻したサンジ。元の身体を取り戻したサムライは心からの感謝と共に、周囲に迫るスマイリーの始末を買って出る！
シーザーに捕えられ、ロー、スモーカーたちと同じ檻に閉じ込められたルフィ。海軍中将のヴェルゴによって、子供の誘拐事件が事故としてすり替えられていたのだ。さらにローによって、ヴェルゴの正体とその背後にいる人物が明らかになる！
ジョーカーの正体がドフラミンゴだと知っておどろくルフィたち。一方、研究所跡地に現れたシーザーは言葉巧みに子供たちを焚き付けナミとウソップを攻撃させる。反撃できず追い詰められたナミとウソップは子供たちを守ることができるのか？！
シーザーの手によって、子供たちを連れ去られたナミとウソップ。一方、研究所を目指すゾロたちの前に謎の巨大物体が出現する。分身と合体したスマイリーが迫る中、シーザーによる怖ろしい実験が始まろうとしていた！
シーザーが生んだ殺戮兵器シノクニ。その威力はすさまじく、逃げ惑うケンタウロスたちはもはや全滅寸前。上機嫌のシーザーはルフィにナミやゾロたちに危険が迫るのをみせつけた上でシノクニの餌食にしようと企む！
シノクニの威力を見せつけるため、檻ごと外へ出されたルフィたち。海楼石によって力が出ず、まさに絶体絶命かと思われたがローの作戦によって檻から脱出。スモーカ―たちと力を合わせてシーザーに反撃を開始する！
シノクニが迫る中、研究所で再会した麦わらの一味。どうにかガスの侵入を防いだものの、ローは安全に脱出するにはＲ棟へのルートを進むしかないと断言する。ナミとサンジも元の身体に戻してもらい、タイムリミットが迫る中、Ｒ棟を目指す！
シノクニの恐怖が背後へと迫る中、子供たちを奪い返し、研究所から脱出すべくＲ棟をめざすルフィたち。だが、その前にＧ－５の海兵たちが立ちはだかる。一方、シーザーは無情にもＡ棟の壁を破壊。シノクニのガスが侵入を開始する！
部下を失った悲しみを堪え、Ｂ棟へひた走るたしぎ。その前に立ちはだかったヴェルゴは無情にもかつての部下たちを手にかける。圧倒的な力の差を見せつけられるたしぎ。その危機を救うべくサンジが駆け付ける！
シーザーへ怒りの先制攻撃を放ったルフィ。そのまま一気に捕えようとするが、ガスガスの能力を駆使するシーザーに苦戦。一方、ヴェルゴと対決するサンジにも危機が迫る。はたしてシーザーの放ったガスから逃げられるのか？！
モネに邪魔され、あと一歩のところでシーザーを取り逃がしたルフィ。一方、ローはＳＡＤの製造室へ侵入する。ヴェルゴから報告を受けたドフラミンゴは、ローを裏切り者として処分するため、部下を研究所へ向かわせた！
キャンディをほしがりチョッパーに襲いかかる子供たち。キャンディを処分しようと必死になるモチャ。一方、雪を自在に操るモネに翻弄され、次第に体力を奪われていくルフィ。このまま反撃できず凍死してしまうのか？！
海軍の名を汚し、部下たちを裏切ったヴェルゴへ激しい怒りをぶつけるスモーカー。対するヴェルゴも退かず、中将同士の戦いは激しさを増していく。一方、地下のゴミ捨て場に落ちたルフィはそこで小さな影を見つけるが…
研究所の地下『ゴミ箱』でルフィが遭遇した小さなドラゴン・モモの助。元は人間だったと明かされ、おどろくルフィだったが、子どもたちを犠牲にすることをいとわないシーザーの野望に怒り、モモの助と共に脱出を開始する！
ロビンたちをかばい、モネの相手を買って出たゾロ。雪を自由に操るモネに手こずりながら、ロビンたちを先へ行かせようとするが、怖ろしい姿に変貌したモネに襲撃され苦戦、その真っ只中にたしぎたちが飛び込んでくる！
ロビンたちを行かすべく、モネを足止めするゾロ。邪魔だと言われながら、その場にのこるたしぎ。鋭い牙でたしぎの肩に噛みつくモネに対して、ついにゾロが本気の斬撃を浴びせる！一方、ゴミ捨て場に落ちたルフィも壁を登り続け…。
チョッパーとの約束を守り、必死に逃げるモチャだったが、先回りした子供たちに追いつかれてしまう。渡すまいと抵抗するものの、力づくで奪われそうになったモチャは危険を承知でキャンディを飲み込んでしまった！
シーザーの本性を暴露、部下たちの行方を教えるように迫る茶ひげだったが、信じてもらえず苦境に立たされる。シーザーに身動きを封じられた茶ひげの前に現れたルフィは、ドフラミンゴをかさに勝ち誇るシーザーに怒りの拳を放った！
屈辱に怒り、ガスガスの能力で反撃に出たシーザーを怒りの拳で叩きのめすルフィ。一方、『ＳＡＤ』の製造室ではスモーカーとヴェルゴの熾烈な戦いが続いていた。覇気を纏った攻撃に苦戦、追いつめられたスモーカーに勝機はあるのか？！
心臓を奪い返し、ヴェルゴを倒したローは『ＳＡＤ』の製造室を破壊、ドフラミンゴに宣戦布告する。一方、ルフィへの怒りでついに邪悪な本性をむき出しにしたシーザー。シノクニを送らせ、最後の決着をつけようとする！
激戦の末、シーザーを撃破したルフィ。合流した仲間たちと共に、ローの用意した巨大なトロッコで脱出しようとする。そのころ、島の上空にドフラミンゴの放った刺客、バッファローとベビー５が接近、はたしてルフィたちの脱出は成功するのか？！
研究所の崩壊が迫る中、チョッパーたちの到着を信じて動かないルフィ。一方、タンカーの甲板ではベビー５、バッファローとフランキー将軍のバトルが勃発。武器を駆使する相手を前に、フランキー将軍が無敵の強さを見せつける！
ついに全員が揃い、命がけの脱出を決行するルフィたち。だが、研究所の崩壊は止まらず、無数の瓦礫に行く手を阻まれ、出口にはなおもシノクニが待ち受ける。まさに絶体絶命のこの危機をルフィはどうやって乗り超えるのか？！
ドフラミンゴの命令を受け、フランキー将軍への攻撃を再開したベビー５。鎌女に変貌を遂げ、巨大な鎌がフランキー将軍のボディに命中する。まさに絶体絶命かと思われたそのとき、フランキー将軍は秘密兵器将軍砲を放った！
シーザーの捕獲に成功、パンクハザードの戦いに勝利したルフィたち。ナミは子供たちのためを思い、家に帰すことをたしぎに託す。そしてシノクニによって死んだと思われた錦えもんだが、奇跡の生還を果たし、モモの助と対面を果たす！
楽しい宴も終わり、ついに別れの時がやってきた。名残を惜しむ子供たち、そしてＧ－５、茶ひげたちを見送り、出航するルフィたち。一方、ローはドフラミンゴにシーザーたちを引き渡す代わりにとんでもない条件をつきつける！
シーザーと引き換えに王下七武海からの脱退を要求され、怒りに燃えるドフラミンゴはパンクハザードに上陸した。そして、Ｇ５を急襲してローたちの行方を聞き出そうとする。部下を守るため反撃に出たスモーカーだったが…
間一髪、スモーカーの命を救った元海軍大将青キジ・クザン。激しい戦いになるかと思いきや、ドフラミンゴは手を引き、島を後にする。やがて意識を取戻したスモーカーに、クザンは衝撃的な事実を明かした。
ドレスローザを目指すルフィたちを急襲する謎の海賊、ブリード。シーザーを奪われ、後を追うルフィとローだが、その前に意外な相手が現れる。はたしてブリードの狙いは？ルフィはシーザーを奪い返すことができるのか？
ペトペトの実の能力者、ブリ―ドの罠にはまり自由を奪われたルフィたち。道具のようにチョッパーを扱うブリードに怒り心頭のルフィ。その剣幕に逆上したブリ―ドは。ルフィとローを命がけで戦わせようと無情な命令を下すのだった。
ブリードの無情な仕打ちによって、海中に沈んだルフィとロー。残されたチョッパーたちだが、抵抗むなしく海獣たちに囲まれる。絶体絶命に見えたそのとき、奇跡の生還を果たしたルフィが怒りの一撃をブリードに叩き込む！
ドフラミンゴの七武海脱退のニュースは瞬く間に各地へと広がり衝撃をもたらす。さらにルフィとローに続き、キッド、アプー、ホーキンスによる海賊同盟が結成されたことが明らかになった。キッドはルフィたちが四皇の誰を狙っているかを気にする。一方、サニー号ではシーザー受け渡しの交渉が始まった。ドフラミンゴに喉から手が出るほど欲しい物を持っていると告げられるルフィ。まんまとペースに乗せられるルフィだが、ローは会話を遮って取引の話を続ける。まずドフラミンゴはシーザーの無事を確認させろと要求した。
ドレスローザへ到着したルフィたちは、スマイルの製造工場の破壊と錦えもんの仲間の侍を救出するチーム、シーザーの引き渡しを行うチーム、サニー号に残って船の安全を確保するチームの3つに分かれて行動することにした。ローはナミにビブルカードを渡し、もしものときにはゾウで待っている仲間の元へ行けと説明する。さらにドレスローザの地図を見せ、それぞれの役割分担に関して説明しようとするが、それが終わらぬ内にルフィたちのチーム、そして船に残るはずだったサンジが、いつの間にか街へと向かってしまう。
有り金すべてを賭けて最後の勝負に出た盲目の男。周囲が固唾を飲み見守る中、ルーレットが回り、白に賭けた盲目の男が勝利する。手下たちはまたしても黒だと騙しにかかるが、ルフィが男の勝ちだと指摘する。余計なことを言うなと手下たちが脅し、店内は騒然となるがルフィは気にしない。しかし、面子をつぶされた手下たちは収まらず一斉に襲い掛かかってきた。盲目の男はルフィを下がらせ、先ほどまでとは打って変った表情になり、刀を抜くと次々と手下たちを斬り捨てる。そして次の瞬間、手下たちに異変が起こった。
コリーダコロシアムでは司会者がバトルショーのルールを説明していた。挑戦者たちは各ブロックに分かれて戦い、勝ち上がって挑戦権を得た後、セニョール・ピンク、デリンジャー、ラオ・G、マッハバイス、そしてコロシアムの英雄Mr．ディアマンテらと戦って勝たねばならない。その姿がスクリーンに映り観客たちは熱狂する。一方、ドフラミンゴがメラメラの実を手に入れたことを聞き出したルフィは誰にも渡さないと決意していた。フランキーからチャンスを逃すなと後押しされ、ルフィはバトルショーへの出場を決める。
優勝賞品となったメラメラの実を手に入れるため、コリーダコロシアムで行われる剣闘会に出場することにしたルフィ。単独行動になるルフィが無茶をしないか心配したフランキーは絶対に名前を明かさないよう念を押すが、登録するさいに思わず本名を書いてしまいそうになる。結局、ルーシーと名前を偽ったルフィは、係員に案内されて一人で控室に向かう。その姿を見送るフランキーは、何故か落胆していた片足の兵隊に声をかけた。何か知っていると思ったフランキーは工場について聞いてみると。片足の兵隊はあわて始めた。
ルフィに防具の重量オーバーを教えながら、メラメラの実を手に入れるのは自分だと豪語するキャベンディッシュ。うっかり本当の名前を言ったルフィに控え室は騒然となるが、名札のせいで言い間違えだと思われて事なきを得る。それを聞いていたキャベンディッシュはルフィなら生かしておかないと言う。3年前、2億越えのルーキーとして新世界にデビュー、人々から持てはやされたが、ルフィたち『最悪の世代』の登場でかすんでしまったことを逆恨みし、メラメラの実を手に入れ、後輩たちの命を奪おうと考えていたからだ。
かつて戦ったベラミーと再会するルフィ。一触即発かと思われたが、意外にもベラミーは戦おうとはしなかった。ベラミーから空島へ行ったことを聞かされ、ルフィはスカイピアに手を出さなかったかと聞く。だが、ベラミーは答えをはぐらかし、自分の世界がひっくり返ったと告げた。もはやルフィに恨みはなく、ドフラミンゴの船に乗るためにも優勝すると言うと、お前を笑わないと言い残して試合に向かう。一方、グリーンビットへ向かったシーザー引き渡しチームだが、周囲に生息する闘魚のため、橋の前で足止めされていた。
盛大なブーイングをものともせず、観客目がけて何かを投げ返すバルトロメオ。爆弾だと思い込み、先を争って逃げようとする観客たち。しかし、投げ込んだものがただの黒いボールだとわかった観客はさらにヒートアップ、バルトロメオに激しいブーイングを浴びせた。やがて華々しい戦歴が紹介され、ベラミーが登場する。この試合に優勝することでドンキホーテファミリーの幹部になるというのだ。参加者138人が揃い、人数の多さに誰を見ればいいのかと迷うルフィに、キャベンディッシュは自分の見たてを教えようと申し出る。
ガープへの恨みを語るチンジャオと、本物なら命はもらうと詰め寄るキャベンディッシュに挟まれ、逃げ場を失ったルフィ。誤魔化そうとするが通用せず、チンジャオの奇襲攻撃を受ける。咄嗟に避けたものの、今度はどちらがルフィを倒すかを巡って対立、チンジャオの頭突きとキャベンディッシュの名刀、デュランダルが激突する。怒ったルフィはチンジャオを殴るが効果はなく、キャベンディッシュからはこの力はルフィに間違いないと言われる始末だ。なおも暴れるチンジャオだったが、駆けつけたサイとブーが止めに入った。
身体に触れることなくハックを倒したバルトロメオ。まさかの大番狂わせに観客席から罵声が飛び交った。リング上では乱戦状態が続き、ブルー・ギリーの蹴りを受けたリッキーが倒れ、刃のない剣を使うことを嘲笑されながらも、ドフラミンゴへの憎しみを口にする。雇われた選手たちは命令に従いブルー・ギリーへ刃を向けるが、ダガマに背後から斬られてしまう。実はダガマはブルー・ギリーと組んで他の選手たちを駒として利用していたのだ。しかし、そのダガマも最後はブルー・ギリーの裏切りで、水中へ落下してしまう。
大乱戦の末、Bブロックを制したのはバルトロメオだった。コロシアムに観客のブーイングが飛び交う中、キャベンディッシュたちがいないことを確かめ、ルフィは控室へ戻る。負傷したべラミーを見つけてねぎらいの言葉をかけるが、ベラミーは敗北したのは自分の力不足だと自らをあざ笑う。すでに覇気を始めとするルフィの実力を認めていたのだ。そして、ルフィがなぜ自分を応援したのかとたずねた。偶然、その場を通りがかったバルトロメオは、ベラミーがルフィを『麦わら』と呼んだことを聞き、ただならぬ反応を示す。
巨大な植物の生い茂る島グリーンビットへ上陸したウソップたちは、座礁した海軍の船を発見する。やがて海兵が現れるとロビンが言うと、シーザーは海楼石の錠を付けたままでは捕まると怒る。海兵がなぜ島を訪れたのかと意味ありげに尋ねるロビンをはぐらかしながら、ローは取引を続行すると断言した。様子を探るため、ひとまずロビンとウソップが先に森へ入ることになる。偶然、海軍が何者かに身ぐるみ剥がされる現場に居合わせ、目にも止まらぬスピードで動く物体を捉えるロビン。その手にはなんと小人の姿があった。
傷つき倒れながらも信念を曲げずヴァイオレットを信じるサンジ。男たちはどこまでだまされるのかとサンジをあざ笑い、全員で襲いかかるが、ヴァイオレットの技で気絶する。ヴァイオレットはサンジの錠を外し、涙を浮かべ敵である自分を信じてくれたことに礼を言う。ヴァイオレットの身を案じたサンジは一緒に島を出ようと説得する。しかし、ヴァイオレットはサンジたちがすでにドフラミンゴの罠にはまり、行動は全て筒抜けだったと教えると自分の頭の中をのぞかせた。そこにはおどろくべき事実が記されていたのだ。
シーザー引き渡しまであと2分。ドフラミンゴを待つローのもとに、サンジから連絡が入った。ドフラミンゴを裏切ったヴァイオレットと一緒に逃げ回るサンジたちは、組織の追跡に苦労している真っ最中だったが、入手した情報は一刻を争うものだったのだ。その情報とは、ドフラミンゴが王下七武海を脱退していないという衝撃的なものだった。あまりの衝撃に状況がつかめないロー。話は少し時間をさかのぼり、ヴァイオレットの能力でサンジが見せられた映像、麦わらの一味がドレスローザに到着する少し前の出来事だった。
ドフラミンゴと海軍大将藤虎に挟まれ、まさに絶体絶命となったロー。藤虎はシーザーがドフラミンゴの部下なら恩赦だと判断した。そして次にローについて言及する。藤虎はルフィと同盟を組んでいれば黒、部下ならば白で捕えないという。ひとまずローは時間を稼ぐため同盟だと答える。ならば逮捕すると藤虎が刀を抜いたその瞬間、上空から巨大隕石が落ちてきた。その場にいた全員が散り散りに逃れたかに思えたが、土煙が収まり、ロー、藤虎、ドフラミンゴの3人だけが足場と共に現れる。藤虎はほんの腕試しだと告げた。
ドンキホーテファミリーの幹部、アトアトの能力者ジョーラの急襲を受けたサニー号。男部屋の変わりようにおどろくナミたちだが、ジョーラのイメージの塊をぶつけられ、今度は自分たちがとんでもない姿に変えられてしまう。ジョーラに元に戻せと詰め寄るナミ。逆にジョーラはモモの助を渡せば元に戻すとナミに取引を持ちかけるが、従わないとみて、再びイメージの塊を投げつける。ナミが抜け穴の蓋でそれを防ぎ、みんなは甲板から逃れた。隙を見たチョッパーがソルジャードッグシステムを動かし、全員が海上へと脱出する。
渾身の一撃を放ち、巨人族の戦士ハイルディンを倒したルフィ。まさかの勝利にレベッカをはじめとする誰もがおどろき、割れんばかりの歓声が上がる。しかし、ルフィは応えようとせず、倒れたブルータルブルにねぎらいの言葉をかけると、安全な場所へ運ぶ。一方、イデアは倒れたハイルディンを一瞥すると、破壊砲で場外へ吹き飛ばした。爆発に劣らないパンチの威力を見せつけ、優勝するのは自分だとファイティングポーズを取ってルフィを挑発するイデア。その力を認めたのか、ルフィも毅然とした表情になって構えた。
大混乱となったCブロックは、残る40名あまりが激しい接戦を繰り広げ、戦いは終盤に差しかかろうとしていた。ルフィから兜を奪った追剥のジャンは、首領・チンジャオから命を狙われるルーシーこそ、本物のルフィに違いないと武器を拾い集め、その命を奪う機会を伺う。一方、快進撃を続けるケリー。実はケリーが巨大化したかに見えていたが、ジャケジャケの能力で弟のボビーに自分を着せ、その人格を乗っ取っていたのだ。この姿こそ殺し屋ファンク兄弟の正体で、凶暴かつ圧倒的なパワーによって、ブーをKOしてしまう。
覇気のぶつかり合いによって、ほとんどの選手たちが場外に飛ばされた。残るのはルフィとチンジャオのみ。攻撃の手を緩めようとしないチンジャオだったが、いきなり声を上げ、大粒の涙を流し始めた。呆気にとられる観客たち。そしてチンジャオは自分からすべてを奪ったガープへの恨みを晴らすと言うと、ふたたびルフィに襲い掛かかる。一方、コロシアム周辺では錦えもんとサンジが思わぬ足止めを食っていた。出入り口を始め、付近にはバトルショーに出場した犯罪者たちを捕えようとする海兵たちで固められていたからだ。
思わぬことからロビンと共に、伝説のヒーロー、ウソランドとしてトンタッタ族を率いて戦うことになったウソップ。案内された地下通路はグリーンビットからドレスローザへと通じていて、間もなくエアポートへ到着する。すでに離陸を待つばかりのイエローカブ、ピンクビーの昆虫部隊が集結、ウソップたちもリニアフォックスに乗って出撃した。トンタ長であるガンチョはウソップとロビンの元に現れ、一緒に戦ってくれることに礼を言うと、ドフラミンゴとトンタッタ族の因縁は10年どころか、約900年前に遡ると語り始める。
ルフィとチンジャオの一騎打ちもついに終盤に差し掛かる。ガープとの因縁を明らかにしたチンジャオが仕掛ける最後の攻撃を迎え撃つルフィ。今、波乱のＣブロックに決着の時が訪れようとしていた！
激戦の末、見事にＣブロックの勝者となったルフィ。だが、喜ぶ間もなくキャベンディッシュ、さらにチンジャオに追われ逃げ出すはめになる。女剣闘 士レベッカに救われたルフィが知った、レベッカの背負った宿命とは？！
囚人剣闘士たちの存在によって、ドレスローザの闇を垣間見たルフィに、レベッカが明かすメラメラの実を手にいれようとする理由。そのあまりにも過酷で悲しい過去が明らかになる。幼いレベッカとおもちゃの兵隊、二人の間に何があったというのか……
観客たちが容赦ない罵声をレベッカに浴びせるのを聞き、怒るルフィ。同じく腹に据えかねたキャベンディッシュが、命を奪いたければ自ら武器を取ってリングへ上がれと観客たちを一喝する。その直後、観客たちの態度は一転、割れんばかりの歓声でキャベンディッシュを褒め称えた。これにはキャベンディッシュを苦手なルフィも感心する。庇ってくれた礼を言うレベッカに、試合が始まれば敵同士だと言いながら3年ぶりに人気を得たことで上機嫌のキャベンディッシュ。そして、137名によるDブロック開始のゴングが鳴り響く。
切り札であるシーザーの心臓を奪い返され、まさに絶体絶命のロー。そのころ、サニー号を取り戻すべく、ジョーラ相手に戦うナミたちだったが、武器をアートにされてしまい苦戦していた。はたして起死回生のチャンスは訪れるのか？！
強豪たちが入り乱れ、激戦となったＤブロック。素早い身のこなしを武器に順調に勝ち進むレベッカ。試合は中盤に差しかかり、場内が興奮のるつぼと化す中、キャベンディッシュが颯爽と剣を抜き、華麗な剣さばきを披露する！
ドフラミンゴの魔手から、間一髪のところでナミたちを救ったサンジ。仲間を傷つけられ怒りに燃えるサンジをあざ笑うかのように挑発するドフラミンゴ。激しい技と技がぶつかり合い、サニー号を舞台にまさに死闘ともいえる戦いが始まる。
ナミたちをゾウへ向かわせ、ドフラミンゴと対決したロー。海賊同盟を組んだ真の目的を明かし、ローはジョーラを解放する。13年前の因縁を逆恨みだと罵倒され、怒りに燃えるローは恨みではなく、ある人の本懐を遂げるため、今まで生きてきたのだと叫び、ドフラミンゴに斬りかかった。すさまじい戦いが繰り広げられ、橋が崩壊するが決着はつかない。一方、追手から逃れ、一路ゾウを目指すサニー号では、フランキーと連絡を取っていたサンジが、モモの助の姿がいつの間にか竜に変わっていて、様子がおかしいことに気づく。
ゾロからルフィ捜しを頼まれ、やる気満々のバルトロメオは、Ｄブロックの試合に沸くコロシアム中をひた走る。一方、囚人たちと共にレベッカに声援を送るルフィだったが、次の相手は最凶と呼ばれるローガン。レベッカの剣舞は通用するのか？！
思わぬ形で憧れのルフィと遭遇したバルトロメオ。感激で言葉にならないものの、どうにかルフィを呼び止める。そのころ、地下にはなおも敗者たちが落下していた。困惑する敗者たちの中で、ドレスローザの軍団長タンクはリッキーに膝まづき、リク王ではないかと尋ねる。兜を脱ぎ自分がリク王だと認めるリッキー。タンクは涙を流してドフラミンゴに下ったことを詫びるが、リク王はヴィオラを守るためだとねぎらう。リク王との再会を喜ぶエリザベローは、リク王が消えて国同士のバランスが乱れ、戦争が絶えないことを嘆く。
どうにかルフィに追いついたバルトロメオ。ゾロからの伝言を伝え、道案内を買って出る。そのころ、花畑ではレベッカの父、片足の兵隊が10年前の事件の真相が語りはじめていた。かつて、貧しいながらも互いに助け合い、深い絆で結ばれた国ドレスローザでは、リク王一族が治める800年もの間、一度も戦争が起こらなかった。しかし、気づかないうちに、恐るべき計画が進み、その先兵としてモネが王宮に送り込まれたと聞き、ウソップとロビンがおどろく。そして、突如、舞い戻ったドフラミンゴにより平和な状況が一変する。
ドフラミンゴの罠にはまり暴走するリク王。さらに兵士たちまでもが加わったことで被害者が続出する。国中のパニックを鎮めるため、ドレスローザは海軍の出動を要請した。目の前で繰り広げられる惨劇に目を疑うヴィオラだったが、侍女として入り込んでいたモネによって人質に取られ、王宮内へのドフラミンゴの部下たちの侵入を許してしまう。一方、ドフラミンゴの意のままに操られ、無念の涙を流すリク王は、自らの手で人々を傷つけることに耐え切れず、死すら願い絶叫する。しかし、その悲痛な叫びは誰にも届かなかった。
場内を駆けずり回りようやくゾロ、錦えもんと再会したルフィ。幹部になるため、ルフィの命を狙うベラミーだったが、試合中に応援されたこともあり踏み切れずにいた。思わずナイフを落とすベラミー。その音で振り向くルフィだが、そこにはナイフだけが残されていた。立ち去ろうとするべラミーの前にデリンジャーが現れる。デリンジャーからドフラミンゴが自分の始末を命令していたと聞かされ耳を疑うベラミー。血相を変えるべラミーだが、豹変したデリンジャーのすさまじい蹴りを食らい、勢い余って壁に叩きつけられる。
見せしめにするかのようにローの処刑を開始するドフラミンゴ。奪い返そうとするゾロと錦えもんだが、周囲を海軍に囲まれてしまう。瀕死のローを目の当たりにして怒りに燃えるルフィと不気味な笑みを浮かべるドフラミンゴ･･･。
ドフラミンゴに裏切られ、呆然自失のべラミーを処刑しようと、容赦なく襲いかかるデリンジャー。一方、サニー号をゾウへ行かせ、ドフラミンゴの待つ王宮へ向かうべく、出口を探すルフィの前に現れた帽子の男、その正体は……
謎の男にメラメラの実を任せ、ドフラミンゴのもとへひた走るルフィたち。一方、ＳＯＰ作戦を開始、おもちゃの家に向かったウソップたちの前にも予想外の敵が登場する。一筋縄ではいかない相手を倒すべくフランキーが立ち上がった！
決勝進出の座を巡り、激戦、また激戦のＤブロック。片足の兵隊への思いを胸に懸命に戦い続けるレベッカだが、悪名高き首はねスレイマンとの力の差を見せつけられてしまう。絶体絶命のレベッカに勝機はあるのか！！
一瞬の間に選手全員が倒れるという異常事態が発生した。ただ一人、立ち上がり勝者となったレベッカだったが、納得しない観客たちから激しい罵声を浴びせられる。それを見ていたバスティーユは部下たちにかつて、ロンメル王国で起きた『ロンメルのカマイタチ』について語る。それは、夜ごと人を切り裂く風が吹くという怪事件で、出動した海軍も犠牲者が続出した。ハクバという男が犯人だと突き止めたが、捕えることはできなかった。しかし、ハクバは行く先々で事件を起こし、そこには必ずある海賊が現れていたという。
予選が終了し、決勝戦の開始を待つコロシアムでは、突如、出場選手の変更が告げられた。幹部たちの欠場に不満の声を上げる観客たちだが、ディアマンテの参戦に歓声を上げる。一方、辛くも勝利したレベッカは、負傷者の手当てでごった返す中、タンカで運ばれるアキリアに胸の中で礼を言い、そっと見送った。やがてルーシーに気づくレベッカだが、偽物だとわかって身構える。しかし、謎の男は悪いようにはしないと耳打ちした。バルトロメオと共に去った謎の男もまた、この国が俺たちの国と似ていると意味ありげにつぶやく。
決勝開始が迫り、各ブロックの勝者たちの入場が始まった。謎の男が成りすました偽者と知らず、ルーシーに声援を送る観客たち。続いてバルトロメオ、バージェス、観客たちから罵声を浴びながらレベッカが入場する。最後に登場したディアマンテは、派手な登場とパフォーマンスで観客たちを煽り、場内のムードを盛り上げた。レベッカを挑発するディアマンテだが、突如、乱入してきたDブロックの敗者たちが試合を無効だと難癖をつけレベッカに襲いかかろうとすると、興業の邪魔をするなと言い放ち、その前に立ちはだかる。
ルフィ出現の報告を受け、怒り心頭のドフラミンゴ。王宮を目指し、快進撃を続けるルフィたちだったが、最高幹部ピーカにより行く手を阻まれる。巨大な壁を操って迫り来る敵を相手にルフィはどう切り抜けるのか？！
ＳＯＰ作戦を遂行すべくシュガーを狙うレオたちだったが、トレーボルに守られ近づくことすらできず。ロビンは一計を案じる。そのころ、コロシアムではメラメラの実を巡り、バージェスの波動エルボーと偽ルーシーの竜の力が激突する！
ルフィたちを先に行かせピーカと戦うゾロだが、何度倒してもきりがなく苦戦する。一方、ロビンの一計によって、シュガーに接近したレオは偽グレープを紛れ込ませることに成功。はたしてシュガーを気絶させることができるのか？！
ロビンに騙されたと知り、怒ったトレーボルは海賊船を幹部塔にぶつけて破壊する。すさまじい衝撃に傷つき倒れる小人たちが続出した。見ていられず止めようとするウソップが知った片足の隊長の秘密とは？！
ドフラミンゴを討つべく王宮へと突き進む片足の兵隊たち。だが、待ち受けていた幹部、グラディウスの前に手も足も出ず、絶体絶命の危機に追い詰められていく。最後の光が断たれそうとしたそのとき、ピーカの罠を突破したルフィが駆け付ける！
シュガーを捉え、あと一歩のところでオモチャに代えられてしまったロビン。傷つき倒れても戦うのをやめようとしないレオたちを踏みにじるトレーボル。勝ち目はないと逃げ出したウソップだが、どこまでも自分を信じるレオたちの叫びに覚悟を決める。
トレーボルを攻撃、かなりのダメージを浴びせたかに見えたウソップだが、すぐさま復元され慌てふためく。一方、ヴァイオレットからリク王が偽名を使い、試合に出場していたと聞かされた片足の兵隊は、出会ったころを思い出していた。かつて、親友の命を奪われたキュロスは復讐を果たし、警備兵たちに追われていたところをリク王に引き取られる。そして、わけもわからないまま剣闘士としてコロシアムの試合に出場した。勝利を収めたキュロスの素質を認めたリク王は、剣闘士として100勝すれば仮釈放することを約束する。
異変に気づき王宮へと駆け付けたキュロスをさらなる悲劇が待ち受ける。一方、トレーボルに反撃、一矢報いたウソップだが素早い粘液に捕まり、その命はもはや風前のとなる。伝説の英雄になれず、このまま敗北してしまうのか！？
今、万感の想いを込めて・・・３０００戦無敗のキュロスがドフラミンゴに挑む！
真のドレスローザを取り戻すべく、憎きドフラミンゴに渾身の一撃を放ったキュロス。一方、猛獣が暴れ出し大混乱となったコロシアムでは、長きにわたる戦いに決着がつこうとしていた。はたしてメラメラの実を手にいれるのは誰なのか？！
救世主に祭り上げられたウソップにより、オモチャにされていた海賊たちも工場の破壊に参戦した。一方、エースの名をつぶやき、火拳を蘇らせた謎の男。偽ルーシーであることを明かしたその姿は、かつてルフィ、エースと義兄弟の杯を交わしたあの男だった！
ウソップの指示を遂行すべく、工場へ向かった海賊たちだったが、待ち構えていたディアマンテとトレーボルに反撃され、壊滅寸前に追い込まれてしまった。一方、王宮では話し始めたドフラミンゴめがけ、再度キュロスが斬りつける。だが、その背後から別のドフラミンゴが出現、キュロスを狙って蹴りを放つが、間一髪、割って入ったルフィによって救われた。二人のドフラミンゴが現れたことに驚くベビー5。キュロスに討たれたドフラミンゴは糸でできた偽物だったのだ。偽の身体を操り、ルフィに攻撃が迫る。
生き残りをかけてドフラミンゴが持ちかけたおそるべきゲーム、鳥カゴ。多額の懸賞金をかけられ英雄扱いから一転、島中の人たちから追われる身となってしまったルフィたち。救世主のはずのウソップにも危機が迫る！
ドフラミンゴを倒すべく、ロー、ゾロと共に王宮へひた走るルフィ。だが、待ち受けるドフラミンゴファミリー、さらに懸賞金を狙う海賊たちに囲まれ、窮地に追い詰められてしまう。反撃を開始するルフィたちに勝機はあるのか？！
ドフラミンゴファミリーに続き、海軍大将藤虎を相手に戦うはめになったルフィたち。ゾロと藤虎の激しい斬り合いが続く中、ルフィたちもろとも海軍を一掃すべく最高幹部ピーカが接近。大地を揺るがし、再びその巨体をルフィたちの前に現した！
怒りに燃えるピーカの一撃がルフィたちに襲いかかった。すさまじい轟音と震動によって街は崩壊、王の大地をはじめ、ドレスローザ各地に多大な影響を与える。ロビンの張ったスパイダーネットから落下、間一髪のところでレオとロビンに救われ命拾いするウソップ。一方、ピーカによって飛ばされたゾロは、運よく建物の先にひっかかっていたルフィたちと合流した。ピーカの巨大さに呆れながら、せめて倒し方だけでもわかればとぼやくゾロ。すると、その背後からいきなりキャベンディッシュが現れ、ローに斬りかかってきた。
同時攻撃によってピーカの腕を粉砕したエリザベローとチンジャオ。降り注ぐ瓦礫により町が大混乱となる中、破片の雨を掻い潜り突っ走るウーシー。このまま一気に王宮をめざそうとするルフィだが、いつのまにか同乗していたアブドーラとジェットに気づく。ウーシーに負担がかかるからと降りるように言い放つが、二人は同行を希望して降りない。一方、ルフィたちを行かせまいと銃で狙うピーカの手下たちだったが、ルフィの後を追ってきた海賊たちによって次々と倒されていく。その勢いはもはや誰にも止められなかった。
ピーカの相手をゾロに任せ、王宮へと突き進むルフィ。石像の動きが止まった今がチャンスだと、手下たちをなぎ倒し後に続く海賊たち。王宮前には藤虎率いる海軍が、その先にはファミリーの幹部たちが待ち受ける。状況を見たベビー5は戦局が、海賊たちコロシアム軍団、キュロス、ゾロとピーカ、ルフィとローの四か所だと分析した。そして、いつの間にかセニョールの姿が見えないことに気づく。一方、工場へ到着したフランキーの前に、そのセニョールが現れていた。扉の破壊を邪魔されたフランキーは再びセニョールと戦う。
王宮のある大地へ一番乗りしたルフィ。後を追うコロシアム軍団もよじ登り始めた。下には藤虎、バスティーユ率いる海軍がいるのに、どうやって乗り越えてきたのかとおどろくデリンジャー。さらにルフィの快進撃を止められず、一段目に到着を許したとの報告が届き、手下たちのふがいなさをなじる幹部たち。コロシアム軍団の海賊たちもまた、自分こそが恩返しをするのだと、小競り合いをしながらもドフラミンゴの待つ王宮へ向かう。なおも続く海賊たちの接近に、ベビー5は海軍が足止めされていることを指摘するのだった。
ルフィと合流すべく、無謀ともいえるトンタッタエアラインによって、空から王宮をめざすロビンたち。一方、海賊たちに遅れを取ってしまったルフィ。秘密の抜け道を教えられ、一番乗りを目指して突入する！！
ケリーにより井戸に誘い込まれたルフィの背後にドフラミンゴが現れた。逃げ場を失ったルフィはすぐさま攻撃するが、ドフラミンゴには通じずウーシーが弾糸によって倒れ、水面に落下してしまう。その様子を見下ろし、頂上戦争の頃からルフィの実力を認めていたと語るドフラミンゴだが、危機感のなさを指摘、ローになぜルフィを選んだのか尋ねる。お前のようになりたくないとローに言い返されたドフラミンゴは怒り、わざとコラソンの名を出し、腑抜けでなければなぜ、つまらない死に方をするのかとローに狙いを定めた。
ドレスローザ各地が大混乱となる中、王宮のドフラミンゴと対峙したベラミー。そして、デリンジャーを刺客に差し向けた理由を問いただす。しかし、この世界を壊したかった自分とは目的が違うと言われ愕然とする。一方、2段目ではコロシアム軍団と幹部たちの激突が始まった。デリンジャーに道を開けるように迫るスレイマンだが、強烈な蹴りと高速移動にわずかな隙を突かれ倒れる。3段目をめざしたチンジャオも、グラディウスの仕掛けた地雷により落下してしまう。幹部たちの猛攻に、徐々に押されていくコロシアム軍団。
ルフィを王宮へ行かせるため、一丸となって戦うコロシアム軍団。一方、スクラップ工場の地下で、カン十郎と再会を果たした錦えもん。地上への脱出をかけてカン十郎が見せた恐るべき技とは？！
巨大なブリキの兵隊たちに行く手を塞がれたルフィたち。不気味な動きを繰り返す兵隊たちをかわしながら、キャベンディッシュはこのまま一気に駆け抜けようとした。突然、襲いかかってきた兵隊をかわすと、頭を噛まれそうになったとおどろくルフィに、自分の身は自分で守れと忠告するキャベンディッシュ。一方、ピーカと激しい斬り合いを続けるゾロは、空中を移動中のロビンたちを見つけた。今、ピーカに攻撃されてはひとたまりもない。ロビンはゾロに自分たちがここを通るまでピーカを足止めしてほしいと頼んだ。
小人たちの反乱に怒り、自ら回収に乗り出したキュィーンだが、フランキーに邪魔され怒り心頭。そして戻ってきたセニョールとフランキーの激しいバトルが再開した。一方、ヴィオラは小人たちを手助けしようと、行方不明のマンシュリー姫を探す。
幼い頃の記憶をたどり、ついにマンシェリー姫の居場所を突き止めたヴィオラ。そのころ、王宮のある台地を通過、ひまわり畑に近づくにつれ、ルフィとの対面を妄想するバルトロメオ。ヴィオラからの連絡で、マンシュリー姫の居場所が、おしおき部屋だと聞き目に涙が浮かべたレオは、レベッカにそこはいたずらが過ぎてリク王に叱られた幼いヴィオラと一緒に反省した場所だと教える。そして、こっそり食料を持ってきてくれたレベッカの母、スカーレットのことがみんな大好きで、小人たちはみんな彼女を慕っていたと語った。
ルフィたちを先に行かせ、グラディウスの相手を買って出たロビンとバルトロメオ。キャベンディッシュも加わり、まさに命がけの激しい戦いを繰り広げる。一方、藤虎を相手に熾烈な戦いを続けるサボは、その真意を確かめようとするが……。
ルフィたちの到着を前に、最高幹部ディアマンテから狙われることになったレベッカ。必死に逃げ惑うレベッカだが、執拗なディアマンテの前に逃げ場を失い追い詰められる。もはやこれまでかと思ったそのとき、レベッカを救うべくキュロスが駆け付ける！
オモチャの奴隷たちを奪われ復讐に燃えるシュガー。そうはさせまいとするウソップだが、万一、失敗すればルフィを失うだけでなく、すべてが無になってしまう。仲間たちの助けを借り、ウソップはドレスローザの未来を賭けた一撃を放つ！
ついに決戦の地、王宮最上階へ到着したルフィはボロボロになったベラミーと再会する。失態を罵られ、ベラミーを道具のように扱うドフラミンゴの卑劣さに怒りを爆発させるルフィ。ドフラミンゴに放つ、ルフィとローの秘策とは？
ローとの連携技によってドフラミンゴに接近、至近距離からの攻撃を成功させたルフィ。出し抜かれ、怒りにまかせルフィとローをいたぶるドフラミンゴだったが、やがて、恐るべき事実を語り始めるのだった。
自らを天竜人だと明かしたドフラミンゴ。衝撃の事実に言葉を失うルフィたちだが、圧倒的な力の差を前に苦戦する。裏切り者、ローの処刑を開始しようとするドフラミンゴによってオペオペの実の真の力、ローの壮絶な過去が明らかになる。
ローがドフラミンゴファミリーへの仲間入りを志願して一週間が過ぎた。コラソンに手ひどく扱われるローに、ラオGは血の掟を忘れるなと忠告する。ドフラミンゴは弟であるコラソンに傷をつけた者は死を与えると言うのだ。ジョーラとマッハバイスはローの肌が白く変色しているのを見て血相を変える。ドフラミンゴは騒ぐ二人を一喝、珀鉛病は伝染病ではなく中毒だと言い、ローにどうやって逃げたのかと尋ねた。ローは顔色ひとつ変えず、死体の山に隠れて国境を越えたと答え、自分を痛めつけたコラソンに復讐すると告げる。
血の掟を破り、コラソンに刃を突き立てたロー。一方、天竜人の身分を捨て、家族で聖地マリージョアを離れた幼い日の記憶にうなされるドフラミンゴ。自らの手で父の首を持ち帰るまで追い詰められた、その壮絶な過去とは？！
ローの本名を聞いたコラソンは、珀鉛病の治療法を探すため、ローを連れファミリーから離れる。珀煙病の治療方法を探し、旅に出た二人だが、有効な治療法は見つからない。最初は反発していたローも、自分を助けるために必死なコラソンに心を開いていく。
珀鉛病の治療法を求め、旅を続けるコラソンとロー。すでに半年が過ぎ、焦るコラソンは、ドフラミンゴがオペオペの実の取引を行うと知り、それを奪うことを決意する。高熱で倒れたローを残し、コラソンは危険を覚悟で取引先に向かう！
瀕死の重傷を負いながら、持ち帰ったオペオペの実をローに食べさせたコラソン。身動きできないコラソンに頼まれ、海兵に文書の入った筒を渡す役目を引き受ける。コラソンの身を案じながら、一人の海兵に助けを求めたローだったが……
奪われたオペオペの実、そして裏切り者コラソンを逃すまいとイトを張り巡らせるドフラミンゴ。一方、ローを逃がすため、死を覚悟して単身、ドフラミンゴの前に姿を現したコラソン。裏切り者として制裁を受け、傷だらけになりながらもローに本心を伝える。
自らの命と引き換えに自由を与えてくれたコラソン。その恩に報いるべく、憎き仇のドフラミンゴに挑んだローだが必死の攻撃も通用しない。ドフラミンゴに嘲笑されながらもローは、ここに来たのは13年前のけじめをつけ、コラソンの本懐を遂げるためだと言うと、自由になるのはドフラミンゴを止めたときと攻撃を仕掛けた。ドフラミンゴが天竜人であることを引き合いに、神の天敵と呼ばれるDの名を持つルフィをどう思うかと尋ねるロー。バカバカしいと一蹴するドフラミンゴだが、ローが自分もDの一族だと明かすと豹変する。
亡きコラソンの願いを果たそうと、まさに命がけの戦いを仕掛けたローだったが、ドフラミンゴの反撃によって絶体絶命のピンチに追い詰められる。一方、ベラミーを操りなおも攻撃を仕掛けるルフィの怒りが爆発する。
怒りの一撃で偽ドフラミンゴをブッ飛ばしたルフィ。そしてベラミーを操るドフラミンゴに怒り、自由にしろと叫ぶ。攻撃をかわすだけのルフィに、ベラミーを始末させるのをあきらめるドフラミンゴ。ベラミーを解放すると今まで通り、自由にしてやると言い放つ。傷つき、地面に投げ出されながら、かつて、ドフラミンゴと交わした約束を思い出すベラミー。裕福な街、ノーティスに育ったベラミーは退屈を嫌い、同じ北の海出身のドフラミンゴに憧れ、傘下に入れてもらうおうと仲間たちを従え、ドフラミンゴの元へ乗り込んだ。
敵であるベビー５から求愛され驚くサイ。結婚など認めないと反対、激突するチンジャオとラオＧ。サイに尽くし、献身しようとするベビー５を疑い、拒絶するサイは無謀ともいえる要求をつきつけ、思わぬ形で悲しい過去を知ることになる。
王宮のある台地2段目のラオGとベビー5との戦いは決着したが、戦いは激しさを増していく。姿を隠し、舞踏石を繰り出すピーカの執拗な攻撃に手こずるゾロだが、加勢を申し出たエリザベローに、これから先、何が起こるかわからない以上、宝刀は取っておくべきだと忠告する。一方、4段目、ひまわり畑ではディアマンテとキュロスの激しい斬り合いが続いていた。ディアマンテは俺とお前には因縁しかないと、スカーレットを失い、嘆き悲しんでいた姿をバカにしてキュロスを挑発、勝負を仕かけると見せかけレベッカを狙う。
グラディウスの罠を逃れ、レベッカの元へ急ぐロビン。一方、キャベンディッシュ、バルトロメオ両名に苦戦するグラディウスに加勢するデリンジャー。本性をあらわし、牙をむくデリンジャーの前にあらわれたハクバとは……。
あざやかな手並みでハクバを捕えたロビン。噂に聞いていたものの、交互に入れ替わり、二重人格のように豹変するキャベンディッシュを目の当たりに驚きを隠せない。ハクバを抑えつけ、ロビンに斬りつけたことを謝罪したキャベンディッシュは、ハクバを無差別に斬りつける厄介者だと説明する。入れ替わろうとするハクバと言い合いになり、ついには互いの表情が半分ずつ出たまま固まってしまう。それを半ば呆れるバルトロメオだが、グラディウスが壁ごとロビンを吹き飛ばそうとしているのを見抜き、阻止しようと突進した。
戦闘不能に陥った幹部たちを密かに運ばせ、起死回生のチャンスを狙うジョーラ。しかし、鍵を握るマンシェリー姫に抵抗され激怒する。姫を救うべく向かったレオとカブ。絶体絶命の姫を救うことができるのか？！
マンシュリーの奪還に成功、幹部の復活を阻止したレオ。ただちにヴィオラたちの元へ戻ろうとするが、レオに甘えたいというマンシェリーの恋心に気がつかず、わがまま扱いして怒らせる。カブに鈍いと呆れられながら、マンシェリーを背負い脱出するレオ。ボロボロの身体を引きずり、ドフラミンゴへ事態を報告しようとするジョーラ。万一、工場に何か起きても、チユチユの能力で復元する計画が、マンシェリーを奪われた今となっては叶わないからだ。だが、すでに体力は限界、セニョールに最後の望みを託し、力尽き倒れる。
フランキーとセニョール、まさに男の意地を賭けた戦いに終わりの時が近づく。一方、キュロスのしぶとさに呆れながら、体力の限界を見抜いたディアマンテは死の星屑を仕掛け、キュロスもろともすべてを葬りさろうとする！
ディアマンテが放った死の星屑。降り注ぐ無数の鉄球を全身に受け、もはや限界と思われたキュロスだったが、妻の仇、そして、ドフラミンゴにより支配され、虐げられた人々すべての怒りを込め、ディアマンテに最後の一撃を放った！
ゾロとの勝負を中断、台地を移動して猛者たちに襲い掛かるピーカ。その強大な力の前に被害者が続出。まんまと罠にはまり、一人、置き去りにされたゾロだが、ピーカの狙いがリク王の暗殺だと見抜き、阻止すべく後を追った！
旧王の台地に到着したピーカは、ドレスローザの人々の希望の象徴となったリク王を処刑すべく呼び出した。一方、猛者たちの手を借りて、ピーカを倒し、リク王を救う作戦を開始したゾロ。熾烈な戦いに決着のときが迫る！
激闘の末、ついに最高幹部ピーカを倒したゾロ。残るファミリーはドフラミンゴとトレーボルのみ。一方、ドフラミンゴに裏切られながら、プライドにかけてルフィと戦おうとするベラミーはまさに命を賭けた一撃を放つ！
ベラミーとの決着をつけたが、怒りが収まらずドフラミンゴの待つ最上階へ向かうルフィ。旧王の台地では、ヴィオラが千里眼でルフィとベラミーの戦いが終わったことを見届けていた。これで戦況が有利になったと言うタンクに、ヴィオラはローが倒されたことを伝える。余裕をみせて最上階でルフィを待ち受けるドフラミンゴ。その足元には痛めつけられたローが倒れていた。力の差を見せつけたドフラミンゴは、ルフィが迷わずベラミーを倒せばローを救えたかもしれないと言うと、コラソンの復讐を誓うローの執念をあざ笑った。
ドレスローザの秘密を守るため、鳥カゴによってすべてを終わらせようとするドフラミンゴ。死の糸が迫り、逃げ場を失った人々でドレスローザは大混乱となる。生か死か、すべてをかけた最後の戦いが始まろうとしていた！
執念の一撃によってドフラミンゴを追い詰めたローだったが、あと一歩のところで叶わず絶体絶命の危機におちいる。ローを狙うドフラミンゴを力技で止めたルフィ。覇王色の覇気がぶつかり合う、すさまじい戦いが始まった！
覇王色の覇気が激突、力の差で弾き飛ばされ、先回りしたトレーボルに捕まり、身動きを封じられたルフィ。勝利を確信したトレーボルはドフラミンゴにローの処刑を続行するよう促す。いかなる攻撃をも通じないトレーボルの身体の秘密とは？！
ローの処刑を邪魔され、どこまでも自分の邪魔をしようとするルフィに激しい怒りをぶつけるドフラミンゴ。刻一刻とドレスローザ崩壊の時が迫る中、ルフィは虐げられた人々の怒りと希望を背負い、ドフラミンゴとの最後の戦いを開始する！！
鳥カゴの収縮が進みドレスローザ崩壊の時が迫る。海兵たちは少しでも安全な場所へと、人々を中心街へ誘導する。王の台地2段目では、ベビー5からドフラミンゴの非情さを教えられたサイが、見過ごすわけにいかないと決意、猛者たちと共に立ち上がった。ここなら安全と思っていたウソップも、ヴィオラから収縮の中心がドフラミンゴの居る王宮の台地で、戦いが長引けば危険と教えられ悲鳴を上げる。一方、ゾロに続き、下へ降りた錦えもんたちは、ゾロが鳥カゴを止めに行こうとしているのを知っておどろきの声を上げた。
鳥カゴの収縮が進み、崩壊の時が迫る中、秘策ギア４を発動、圧倒的な力と技によって、あと一歩のところまでドフラミンゴを追いつめたルフィ。しかし、覚醒したドフラミンゴの逆襲に苦戦を強いられる！ドフラミンゴの告げる悪魔の実の真の姿とは？！
ドレスローザの命運を賭け、ドフラミンゴと死闘を繰り広げるルフィ。その戦うさまを見た人々は、ルフィに希望を託し、生き抜こうと必死に中心街を目指す。一方、渾身の大蛇砲でドフラミンゴを追い詰めたルフィだが、ギア4の制限時間が迫っているうえ、覚醒したドフラミンゴの反撃に苦戦する。何とか接近戦に持ち込もうとするルフィだが、ドフラミンゴの操る巨大な糸に挟み撃ちにされ糸の束に閉じ込められてしまう。逃れようともがくルフィをそのままに、ドフラミンゴはその隙に傷ついた内臓を修復を急いだ。
制限時間を超え、力つきて倒れたルフィを処刑しようと襲いかかるドフラミンゴ。覇気が回復するまでの十分間、ただひとつの希望、ルフィを守るため命がけの戦いが始まった。さらに、ゴムゴムの実を狙うバージェスの魔手がルフィを狙う！
いまだ覇気の回復しないルフィを処刑すべく、執拗に追うドフラミンゴ。一方、鳥カゴの収縮を食い止めようと奮闘するゾロたちだったが鳥カゴの収縮を止められず、もはや、これまでかと思われたそのとき、奇跡の光が降り注ぐ。
東西に別れ、鳥カゴを阻止しようとするゾロたちだが、すさまじい力の前に苦戦していた。ウソップは避難しようとする人々に、仲間が鳥カゴを止めようとしていることを説明、元気な者は力を貸すように命令して各地へ向かわせた後、状況を見てもらおうとして、ヴィオラの姿が見えないことに気づく。一方、ルフィを誘い出そうと選手たちを血祭りに上げるドフラミンゴだったが、一向に出てこないルフィに苛立ち、選手たちを手にかけていく。その一部始終を千里眼で見ていたヴィオラは、あまりのむごたらしさに言葉を失う。
ドレスローザ崩壊まで60秒。いまだルフィ回復の兆しはなく、無情にも収縮を速めた鳥カゴが王の台地を切り刻み始めていく。一方、ドフラミンゴは非情にも、レベッカを操り、肉親であるヴィオラを処刑させようとする！
ドレスローザ滅亡を賭けた最終決戦が始まった。すべてを支配しようとするドフラミンゴに怒りを爆発させるルフィ。虐げられた人々すべての怒りを晴らすべく、ルフィ渾身の新必殺技が今さく裂する！！
持てる力のすべてを込めた大技、大猿王銃によって、みごとドフラミンゴを倒したルフィ。その衝撃はすさまじく、周囲の建物を巻き込み、瓦礫と化して地上へ降り注ぎ、巻き込まれてはたまらないと、思わず人々は逃げ出した。仁王立ちのルフィを見上げ、それぞれ、今日まで抱き続けた思いを胸に涙を浮かべるレベッカとヴィオラ。とうに限界を超えていたルフィは、すべてを出しつくして力尽きてしまい、再び意識を失うと地面へ落下する。しかし、激突寸前のところでローに救われ、レベッカたちのもとへ届けられた。
ドフラミンゴの支配から解放され、自由を取り戻したドレスローザだが、鳥カゴの収縮、さらに各地での激戦により荒れ果て、かつての姿を失う。復興を託されながら、引き受けることをためらうリク王のもとを訪れた藤虎はおどろくべき行動に出る！
海軍大将による土下座、その衝撃的な光景は隣国から中継され、瞬く間に世界各地へと広まった。藤虎の体面をおもんばかり、土下座をやめさせようとするリク王だが、藤虎はドフラミンゴを野放しにしていた政府が、今になって正義の名のもとに捕えようとすることを批判、この国を取り戻したのは海軍ではなく、海賊、戦士、市民たちだと断言する。一方、手分けして戦っていた麦わらの一味が合流を果たしていた。ヴィオラはウソップたちがルフィを捜していることを知ると、レベッカにここにいることを教えようと微笑んだ。
海軍の目を避け、密かにルフィたちが身を寄せるキュロスの家を訪れたサボ。再会を喜び、眠っているルフィを起こそうとしたロビンを止め、状況を知ったCP0が引き返して来ており、可能であれば早く出航するように勧める。エースのほかに兄弟がい たのかとおどろくゾロたちに、自分は死んだことになっていたのだと言うと、12年前の事件について語り始めた。幼い日、サボはエース、ルフィと杯をかわして義兄弟となり、共に夢を語り合い、修行に励んでいた。だが、その夢は思いがけず、無残な形で踏みにじられてしまう。
2年前、最悪の事実を目の前に突き付けられ、封印されていた記憶を取り戻したサボ。失ったものの大きさに慟哭しながら、ある思いを胸にドレスローザへ向かう。そして、コロシアムでもう一人の兄弟、ルフィと再会を果たす！
サボが帰るのを見届け、ロビンたちの会話に加わったキュロスは、ルフィを起こそうとするゾロを止め、好きなだけ眠らせてやってほしいと頼んだ。ドレスローザの人々がどれだけルフィに励まされたか。感謝の言葉を述べるキュロスを、ゾロは酒に誘う。ゾロから怪我が治ったら手合せしたいと言われ、キュロスは光栄だと返した。やがてゾロが休み、一人、王宮を見上げたキュロスはレベッカのことを思い出し、その名をつぶやく。しばらく考え込んだ後、ペンを取り手紙を書きあげると、誰にもいわず、そっと家を出ていった。
サイコロの目を理由にルフィたちへの手出しを禁じ、自らは動こうとしない藤虎だったが、ドレスローザ近海に大目付であるセンゴク、そしておつるの船が接近していた。いまだ目覚めないルフィ、そして麦わらの一味に危機が迫る！
ルフィたちを一網打尽にせよ。藤虎の命令を受けた海兵たちはキュロスの家へ急行した。船もない状態でどうやって逃げるのかとパニック状態のウソップに、バルトロメオはいつでもルフィたちが脱出できるよう海軍に見張りをつけてあると話す。すでに東の港には脱出用の船が用意され、港への道は街の各所に待機した海賊たちが海兵たちの足止めを買って出ていた。海兵たちの銃撃をかわし、東の港へ向かったルフィだったが、キュロスの考えにどうしても納得できず、後から合流することを約束して一人で王宮へと向かう。
猛者たちの協力によって海軍の包囲網を突破、東の港でルフィを待つゾロたちに海軍大将藤虎が迫る。一方、レベッカを王宮から連れ出したルフィ。英雄から一転、国中から追われる身となりながら、島を出ようとするキュロスのもとへレベッカを送り届ける。
コラソンの死の真相を追及され、本当なら二人で逃げるはずだったと悔しさをにじませるロー。大恩人であるコラソンが亡くなってからは、ドフラミンゴを討つためだけに生きてきたと言うと、自分が「D」の名前を持つ者であると明かした。それを聞いたセンゴクは動揺しながらも、受けた愛に理由をつけるなとローを叱咤激励する。コラソンの思い出を語れる者は、もはや海賊であるローだけ、コラソンのために何かしたいのならお互い覚えていよう、コラソンなら自由に生きろと言ったはずだとローに言葉をかける。
藤虎の猛虎に吹き飛ばされ、海に落ちるところをハイルディンにキャッチされたルフィ。すぐさま反撃しようとするが、それどころではないというハイルディンにより、ルフィは有無をいわさず霧の向こうへと連れさられてしまう。この状況でどうやって逃げるのかと危ぶむウソップに、オオロンブスは5キロ先の霧の中にみんなの船が止めてあると言うと、そこまでは船と船をロープでつないだ橋を渡るのだと説明した。まだ戦っている途中だとハイルディンに叫ぶルフィ。対する藤虎は逃がすまいと、次の手に打って出る。
盃をかわし、傘下入りを懇願する海賊たちに困惑するルフィ。諦めてもらおうと説得するが海賊たちも一歩も退かない。そこへジョーカーとの取引を潰された連中が一群となり、ルフィたちを狙って攻撃を仕掛けてくる！！
宴に沸くルフィたちから離れ、一人、遠ざかるドレスローザに思いをはせるロー。ロビンに声をかけられるが、そっけない態度を取って去っていく。ところ変わって、復興の始まったドレスローザ。国中がリク王の復位に沸く中、密かに事件を調べるCP。地下交易港から盗まれた武器は、革命軍の仕業だと睨んでいた。一方、リク王によって、トンタッタの小人たちの存在が明らかになった。そして、国を救った恩人としてルフィたちの石像が立てられる。この後、ドレスローザは人間たちと妖精が共存することとなった。
ゴーイングルフィセンパイ号で一路、ゾウへと向かったルフィたちだったが、突如、出現した謎の島、シルバーマインの襲撃を受ける。仲間たちから引き離されたルフィとバルトロメオは二人だけで光り輝く島へと乗り込んだ！
要塞からの脱出を図ったルフィとバルトロメオだったが、デザイアの攻撃で地下へと落下してしまった。脱出しようにもバトルボートは壊れて外への連絡はできない。見れば、いるところにレールが敷かれており、海賊連合のメンバーのデザイアすら、こんな場所は知らないという。まもなく汽笛の音を響かせながら、トロッコ人間アベロンが接近する。ルフィの命を狙うが、機転を利かせたバルトロメオに邪魔される。たが、すぐさまレールを切り替え、デザイアもろとも、ルフィたちの命を奪おうと攻撃を仕掛けてくる。
地下坑道でアベロンを倒したルフィは、海賊たちから鉱石を地上へ送り出す道を教えてもらう。ビルやペセタを怖れるあまり、一緒に逃げようとしない海賊たちだが、デザイアから残っても無事ではすまないと説得されルフィの後に続く。しかし、待ち構えていたペセタの砲撃で陸橋は崩壊、ルフィたちは空中へ投げ出される。姿を現したペセタは攻撃がビルの命令であることを認め、海賊たちも一緒に始末しようとしたことを明かす。その勝手な言い草に怒ったバルトロメオはバリアで攻撃、さらに地上までバリアの階段を作った。
アベロンに続きペセタが敗れ、業を煮やしたビルは自ら相手をしようとルフィたちの前に姿を現した。海賊たちを利用して集めさせた財宝や懸賞金で、世界一贅沢な暮らしをするとうそぶくビル。さらにビルは、けじめをつけるというデザイアをバカにして、かかってこいと挑発する。捨て身で向かっていこうとするデザイアだが、それより早くルフィがビルを攻撃した。体内で刀や斧を作り出し襲いかかるビルだが、覇気を纏わせた拳、足でへし折られ蹴りとばされながら、流石は5億の男だとルフィの実力を認める。
シルバーマインでの戦いに勝利し、再びサンジたちの待つ「ゾウ」を目指すルフィたち。深い霧と逆巻く海流に難航しながら、ついに「ゾウ」へ到着した。かつて、いにしえの都とうたわれ、ミンク族の支配する幻の島「ゾウ」でルフィたちの新たな冒険が始まる！
ついに幻の島、ゾウへ到着したルフィたちは停泊中のサニー号を発見するが、呼びかけに返事はなく船内には誰の姿も見当たらない。一足先に上陸したのではないかと後を追う。そのころコアラから各地の反乱軍の勝利と、武器製造の黒幕が割り出せるかもしれないとの報告を受けたドラゴンはCPの動きに気をつけるよう言うと、世界各地に散らばるリーダーたちを集めるように指示をする。一方、反乱軍の船に忍び込んでドレスローザを脱出したバージェスは、密かにラフィットたちに総本部を突き止めたと連絡していた。
昇り龍の背に乗り、ゾウの頂上を目指すルフィたちの頭上に落下する謎の物体。パニック状態になりながら、どうにか昇り切ることに成功する。見たこともない光景に大興奮のルフィたちの前に出現したのははたして敵か味方か？！
上陸早々、戦獣民族ミンク族の襲撃を受けた麦わらの一味。その俊敏さと攻撃力におどろくも、割って入った新たなミンク族により事態は急変する。どうやら何か起きたらしく、この場を離れるというのだ。ミンク族たちに血相を変え、ナミの服を着ていた理由を問い詰めるウソップ。だが、答えてもらえず、右腹の森で自分たちを待てと指示される。仲間の死体があると聞き、おどろく麦わらの一味。そのころ、仲間たちと離れ、くじらの森を進んでいたルフィの前に巨大なミンク族が二人現れ、有無を言わさず襲いかかってきた。
不気味な地響きに続き、噴火雨が地上へと降り注いだ。ワンダたちと共に脱出しようとしたルフィだが、押し寄せる水に流されてしまい、鮫に食べられそうなところをキャロットに救われる。一方、街を調べていた麦わらの一味も噴火雨に遭遇、ロビンの指示で急いで高い所へ避難する。そのころ、りゅうのすけから転落した錦えもんたちは、あらたにカン十郎が出したねこざえもんに乗り、ルフィたちの後を追っていた。だが、噴火雨により押し寄せる大量の水を前に、このままではねこざえもんが溶けてしまうとパニックになる。
噴火雨をやりすごし、ルフィたちの後を追う錦えもんたち。しかし、水に濡れて変わり果てたねこざえもんに無理はさせられず、サニー号へ戻る。一方、ルフィたちはミンク族の歓迎を受けていた。親しげにじゃれるミンクたちに面食らうゾロに、ワンダはミンクシップは友好の証で、大目に見てほしいと頼む。その歓待ぶりに何故かとたずねるウソップに、キャロットは麦わらの一味は恩人だと教える。そこへ現れたブルックは、再会を喜ぶのもそこそこに、サンジのことで詫びると、ルフィたちに話があると切り出した。
ルフィたちと別れて一人、くじらの森へ向かったローは、足止めされていたベポや仲間たちから歓声と共に出迎えられていた。一方、公爵の療養所へ向かっていたルフィたちに、ワンダはこの国を襲った恐るべき事件の真相を語る。かつて、モコモ公国はクラウ都を中心に栄え、ミンクたちが平和に暮らしていた。しかし、その平和も17日前、鳴るはずのない敵襲の鐘によって破られた。力づくで門を押し破ったジャックひきいる海賊たちはさらに森を切り裂き、建物を破壊し、地響きを上げてクラウ都へ進軍してきたのだった。
ブルックに忠告されたのに、うっかり口をすべらせるルフィ。疑いの目を向けられ、必死になったナミとブルックは聞き違いだとワンダを納得させて胸をなでおろす。療養所まであとわずかと迫った所で、ミンクたちに檄を飛ばし叱責する銃士隊の隊長、シシリアンと出会う。ワンダからルフィたちを紹介されたシシリアンは地面にひれ伏すと国を救われた礼を言い、全力のガルチューでルフィを辟易させる。侯爵の元へ案内されたルフィたちは意識を取り戻したこの国の王、イヌアラシ公爵と対面を果たし、その巨体におどろく。
剣を捨て、戦う意志がないことを示したイヌアラシ公爵だが、はなから聞く耳を持たないジャックには通用しない。侍を捜すなら国中を捜せばいい、その代わりこれ以上の破壊をやめてほしい。対話による解決を願うイヌアラシ公爵をあざ笑うかのように、ジャックは巨大な鼻でイヌアラシ公爵を攻撃した。だが、片手でジャックの鼻を止めるイヌアラシ公爵。その強さにギフターズたちも動揺する。再度、ジャックに語りかけるイヌアラシ公爵だが、自分は破壊が好きなのだと言うジャックに、もはや戦いを避けられないと覚悟する。
イヌアラシ公爵に代わりジャックの相手を買って出たネコマムシの旦那。その後に続いた侠客団、そしてベポたちもギフターズを相手に善戦する。昼夜途切れることなく戦いは5日間続き、一時は優勢に立ったミンクたちだったが、二人の王の力をもってしてもジャックを倒すことはできない。さらに海からは続々とジャックの兵が上陸、クラウ都への侵入を許してしまう。決着がつかず、しびれをきらしたジャックが毒ガス兵器を使用したと聞いておどろくルフィ。チョッパーはこの国を滅ぼしたのはシーザーの毒ガス兵器だと告げる。
毒ガスにより滅亡寸前のミンク族を助けようとするサンジたちだが、解毒剤を作ろうにもガスの成分がわからない。だが、ガスを作ったのはシーザーで、48時間で命を落としてしまうことがわかった。悪びれることなく、あと24時間は持たないと言うシーザー。サンジは心臓を盾にシーザーに協力するよう命令、不本意ながらシーザーも従う。やがてナミの悲鳴を聞いたサンジはシーザーに毒ガスを消すよう言い残し、声のする場所へ急いだ。そして、戦闘中のブルックに加勢、シープスヘッドを川へ蹴り飛ばす。逃げ出す部下たち。
ネコマムシの旦那に会おうとクジラの森へ向かったルフィたち。その道すがら、ブルックは2日前に起きたサンジ失踪について語り始めた。ルフィたちと別れ、敵を引き離してゾウへ上陸したと思っていたぐるわらの一味。しかし、実は目的地を聞かれ、ゾウ出身のペコムズの手引きでビッグマム海賊団もゾウへやって来た。ビッグマムの指令で、ベッジと上陸したペコムズは変わり果てた故郷におどろく。周囲を駆けずり回って家族や仲間たちを捜すが誰も見つからず、この惨状は麦わらの一味の仕業に違いないと怒りの咆哮を上げる。
ベッジの凶弾に倒れたぺコムズを前に怒りをあらわにするサンジとブルック。しかし、ベッジの体内から飛び出してきた部下たちに囲まれてしまう。ベッジは自分がシロシロの実の能力者、城人間だと明かすと、自分も超新星と呼ばれた一人だと話し、ここで争えばミンクたちが加勢し自分たちが不利になるから、騒ぎを起こす気はないと余裕を見せる。もとよりミンクたちを巻き込むつもりはなく、反撃しようとするサンジたちだったが、様子を見に来ていたナミとチョッパーを人質にとられ、手も足も出せなくなってしまう。
ヴィトのささやきに態度を一変したサンジは、どうやって調べたのかとベッジに迫る。しかし、四皇の一人であるビッグ・マムの持つ強大な力とその言葉に脅しはなく、誰の傘下にもつかず生きていたいなら逆らうなと忠告される。意を決したサンジはベッジに紙とペンを要求、ルフィたちに当てた手紙をナミに託し、これだけは信じてほしいと言って、仲間に隠し事をしたつもりはなく、過去にけりをつけてくると告げた。そして、話を続けるふりをして、仲間たちをベッジの体内から逃がし、シーザーを人質にとる。
ぺコムズが瀕死の重傷を負ったのは、恩義を返すため自分たちを見逃したからだと容態を心配するブルック。サンジの行方を捜す手がかりは、ビッグ・マム海賊団であるぺコムズ以外にないが、話を聞ける状態なのかと不安がるウソップ。やがて暗闇にまぎれて、無数の羽音と共に巨大な吸血バチ、スッチーの群れが襲ってきた。ワンダとキャロットはワーニーを走らせ、急いで逃げ出そうとする。毛のないミンクが刺されれば、たちまち血を吸い尽くされるからだ。あわてたウソップはスッチー目がけ火薬星を放った。
サンジを人殺しの一族だと言い放ったぺコムズに、そんなことはどうでもいいと言い、結婚は構わないがビッグ・マムの子分になるのは嫌だ、お前らが俺の下につけと言い放ったルフィ。恩人とはいえ、口を謹めとルフィをにらみつけたぺコムズは、どのみち結婚からは逃げられない、もしもお茶会の招待を断れば、恥をかかせた代償として恐るべきプレゼントが届くと告げた。その中身はサンジにとってゆかりのある大切な人間、たとえば麦わらの一味や海上レストラン・バラティエ、カマバッカ王国の誰かの首だというのだ。
錦えもんたちを止めることに失敗、ミンク族に会わせるわけにいかないと、後を追うフランキーたち。一方、侍が来たという鐘の音で国中が大騒ぎとなっていた。イヌアラシは砦の動ける者すべてに出動を命じ、自らも都へ向かう。すでにくじらの森からもネコマムシが侠客団と共に出撃していた。そのころバリエテを見失った錦えもんたちはモモの助と再会、互いの無事を喜びあう。なぜ一人なのかと聞かれたモモの助は、ゾウに入ってから心が落ち着かず寝込んでいたと明かし、部屋に誰もいなかったので捜しに来たと説明する。
重傷を負いながらも海軍の目から逃れたジャックだが、自分の死亡記事に怒り、手下たちに船を早く進めろと命令する。一方、錦えもんはミンク族たちに雷ぞうを匿ってもらった礼をいい、光月家の家臣の証である背中の家紋を見せた。イヌアラシ公爵とネコマムシの旦那にも同じものがあると聞いたルフィたちは、ミンク族と光月家に深いつながりがあるのだと納得する。しかし、収まったかに見えたイヌアラシとネコマムシのいがみ合いも、錦えもんとの会話に割り込んだことをきっかけに再び、険悪なムードになってしまう。
念願の忍者、雷ぞうとの対面を果たしたものの、あまりにもイメージと違いすぎてショックを受けるルフィたち。突然のことに何者だと問い詰め一喝する雷ぞうだが、錦えもんたちの姿を見ると表情を和らげ、互いの無事を喜びあう。ロビンは光月家の家紋、そして雷ぞうが繋がれている巨大な赤い石が見たこともない“歴史の本文”ではないかと思い、イヌアラシたちにたずねた。イヌアラシはロビンの故郷、オハラの学者たちが解読に成功したことを知っており、赤いのは用途が違うためだと教えると、ロビンに解読を許可した。
ラフテルへの重大な手がかりを得て色めき立つルフィたち。世界中に点在する“歴史の本文”は別名、不滅の石と呼ばれ、2種類ある石の扱い方によって、100年の空白の歴史を埋める“真の歴史の本文”が明らかになるというのだ。すぐにでもサンジを連れ戻しに行こうとするルフィとウソップは言い合いをはじめるが、ネコマムシはルフィがぺコムズと『ホールケーキアイランド』へ行くのは間違いではないと指摘した。なぜなら所在のわからない石は1つだけで、残る2つの持ち主が四皇のカイドウとビッグ・マムだからだ。
モモの助の父が海賊王ロジャーのクルーで、世界の秘密を知ったと教えられ、おどろく麦わらの一味。失われた100年といわれる“空白の100年”その真実を解き明かすことは世界政府により禁じられ、ロビンの故郷オハラは、その事実を知ろうとした者だけでなく島の人たちごと世界政府に抹殺されていた。情報を聞き出すためカイドウから追われていた錦えもんたちだが、実は何も聞かされてはいなかった。主君の盾となるはずが逆に命を救われる形となった錦えもんたちは、主君の意思を受け継ぎ、ワノ国を開国する決意を明かした。
晴れて“忍者海賊侍ミンク同盟”が成立した。感謝する以降に、頭を下げるなと言いながらルフィは、まずはサンジをビッグ・マムの元から連れ戻すまで戦うのを待ってほしいと条件をつける。一方、同盟結成の知らせに、ミンクたちは長年いがみ合っていた二人の王が和解したことを喜び合う。そのころ、再びゾウを目指し、ジャックの船が接近していた。ジャックは雷ぞうの居場所もわからないままむざむざと戻ったシープスヘッドに怒り、ミンク族を根絶やしにするべく“象主”を殺そうと画策していた。
白ひげ海賊団一番隊隊長、不死鳥マルコの名に聞き覚えはあるものの、すぐに思い出すことができず頭をひねるルフィ。だが、パイナップルみたいだというロビンの一言をヒントにようやく思い出す。しかし、ネコマムシから何が起きたのかを教えられ表情を曇らせる。白ひげ亡き後、落とし前戦争で黒ひげと戦ったマルコたちだが、熾烈な戦いの末、惨敗、今も行方不明だというのだ。ロビンからこの戦いの後、黒ひげが四皇に名を連ねることになったと教えられたルフィは、マリンフォードで救われた礼を言いたかったと残念がる。
ミンク族ごと処刑すべく、執拗にズニーシャの左前足に集中砲火を浴びせるジャック。たまらずバランスを崩したことで大地が揺れ、ゾウの住人たちは大混乱となる。また、一方的に話しかけてくる謎の声に、誰だと問いただしたルフィだが、その声はナミたちには聞こえていない。一方的に声が聞こえてくるとルフィが答えるのを聞いたペドロは、同じことがロジャーとおでんの二人にもあったことを思い出す。そんな時、錦えもんと共にこの場から離れようとしたモモの助の頭の中に、突如ジャックの姿が浮かび上がった。
一撃でジャックたちの船を沈めたズニーシャだったが、集中砲火を浴びた左前足に酷い傷を負い、もはや立っているのもやっとで、バランスを崩すたび大地は激しく揺れ動いた。上空からズニーシャに接近したムサトビは、イヌアラシに怪我の状態を報告する。なんとか治してやりたい。そう決意したチョッパーはルフィに出航を待ってほしいと頼み、ズニーシャの治療に当たることにする。サンジ奪還の出航が遅れてはと、遠慮するイヌアラシだが、みんなでやったほうが早いという麦わらの一味の申し出を、ありがたく受け入れた。
麦わらの一味とミンクたちにより、ズニーシャの治療は終わった。包帯の交換も一苦労だと心配するチョッパーだが、責任を持って治療すると約束するミヤギに後を任せる。一方、モモの助はゾウへ残りたいと訴え、錦えもんを困惑させる。もう一度、ズニーシャと話したいというモモの助の気持ちを組みとり、イヌアラシは自分が後からモモの助をワノ国へ連れていくと申し出る。残してきた同士たちのこともあり、錦えもんはモモの助のことを託すと、ネコマムシに作ってもらったビブルカードを四つに裂き、今後の事を説明する
サンジ奪還のためホールケーキアイランドへと船出したルフィたち。一方、世界各地では聖地マリージョアで4年に一度開かれる世界会議を巡り、各国の王たちが動き始めていた。かつて、ルフィたちに救われた砂の王国アラバスタの王女ビビもその一人で、国民たちから盛大に見送られ、父ネフェルタリ王と共にマリージョアへ出航する。久しぶりの海の旅を楽しむビビに、何かあったらと気が気ではないイガラム。その過剰な心配ぶりに苦笑するペルだが、護衛の海軍少将ヒナにビビの過去を気づかれたらどうするのだと叱責される。
ひょっこり姿を現したキャロットにおどろくルフィたち。悪びれることなく、一緒に連れていってほしいと懇願するキャロットを、これ以上恩人に迷惑をかけるわけにいかないと、ペドロは船をゾウに戻してもらおうとする。ワンダにばれたら怒られる、食べ物持参だと訴えて、必死に食い下がるキャロットだが、持ち込んだ量では半日程度だと知り、海の広さにおどろく。乗ったものは仕方ない、自分の身は自分で守れと言ってルフィは乗船を認めるが、キャロットの持参した人参を食べ、逆襲されて危うく命を落としかけてしまう。
革命軍総本部壊滅状態の知らせにおどろくルフィたち。一方、ジャックによるジョーカー奪還が失敗、部下たちを失ったうえ、ＳＭＩＬＥの入手を断たれたカイドウは、ルフィ、そして最悪の世代への怒りをあらわにする！
ホールケーキアイランドを目指すルフィたちだったが、食糧難で絶体絶命の危機におちいってしまう。やがてペドロが島を発見、喜ぶナミたちに島が海軍の前線基地で、各部隊から荒くれ者が集まっていると教え、上陸をはやめろと釘を刺すぺコムズ。しかし、背に腹は代えられず、ペドロにぺコムズの世話とサニー号を託し、残りのメンバーで島へ向かう。そのころ、前線基地へは追加補充の海兵たちを乗せた船が到着していた。そして、出迎えに出たプロディ中将は、グラント大佐が一方的に他の海兵を叩きのめすのを目撃する。
基地に侵入したものの、食堂で騒ぎを起こして海兵たちに囲まれてしまったルフィ。どちらがルフィの相手をするかで張り合うグラントとザッパをよそに、ボナムはルフィがいなければナミを自分のものにできると俄然やる気になる。逃げようとせずカレーを食べることに夢中のルフィに、海賊に食わせるカレーはないと言い放つグラント。一方、ルフィたちの騒ぎを利用して食糧庫へ到着したナミたちだが、そこには頑丈な鍵がかかっていた。あせるチョッパーに、ナミはここが腕の見せ所だと笑顔を見せ、余裕で請け負うのだった。
食糧を奪って島を脱出しようとするルフィたちだったが、プロディ中将に先回りされ、行く手を塞がれてしまう。やがてルフィたちを追ってきたグラントから再戦を挑まれ、受けて立つルフィ。ついに互いの誇りをかけた最後の戦いが始まった！
海軍基地から脱出、サンジ奪還のため再びホールケーキアイランドを目指すルフィたち。一方、タマゴ男爵に同行したものの、あくまで結婚の意思はないと頑ななサンジだったが、相手の写真を見て心境に変化が起こった！！
苦心の末、巨大な魚を釣り上げることに成功したルフィたちだったが、思わぬ事態によって再び絶体絶命の危機に陥ってしまう。大混乱となったサニー号は通りがかりの船で見覚えのあるぐるぐる眉毛の男女と遭遇する。そして助けを求めるが・・・。
魚の毒によって瀕死の状態となったルフィ。もはや一刻の猶予もなく、ただ死を待つのみかと思われたそのとき、サニー号に降り立ったサンジの姉、レイジュがルフィに接近した。そして、症状から毒の種類を見抜くとおどろくべき行動に出た！
一足先に島へ上陸したルフィとチョッパー。町中のチョコレートに興奮したルフィとチョッパーはひょんなことからパティシエール、プリンと知り合う。一方、地獄のお茶会の準備は着々とすすみ、ついに四皇、ビッグ・マムが姿を現す！
ショコラタウンで窮地に立たされたルフィとチョッパーを救ったのは、なんとサンジの婚約者プリン。おどろくルフィたちにサンジとの出会いを語ったプリンはビッグ・マム海賊団の実態を明かし、協力を申し出るのだった。
ペコムズ不在のまま、プリンの力を借り、ホールケーキアイランドへ急ぐルフィたち。一方、結婚式の日が迫り、準備が進むホールケーキアイランドで突如大暴れするビッグ・マム。はたして何が起こっているのか！？
食いわずらいの癇癪を起こし、街を破壊、すべてを食べつくす勢いのビッグ・マム。実の子供たちによる説得も届かず被害は甚大だ。そして、事態を知ったジンべエは大混乱となった街で暴走するビッグ・マムと対面する！
ある決意を固め、ビッグ・マムと対峙するジンベエ。その覚悟を見たビッグ・マムはジンベエにおそるべき要求を突き付ける。一方、ホールケーキアイランド上陸を前に、ペドロは探検家だった過去を語り始める・・・。
ビッグ・マムの本拠地、ホールケーキアイランドへ上陸したルフィたち。サンジらしき人影を追って、お菓子の森へ入りこんだルフィの前に、なんともう一人のルフィが現れる。互いににらみ合い、一触即発の状態になるが・・・。
ナミたちを先に行かせたものの、自分そっくりの偽者相手に苦戦を強いられるルフィ。一方、姿を消したサンジを追い、森の奥深くへと足を踏み入れ、謎の巨人と遭遇したナミたちに、ビッグ・マムの手下が襲いかかる！
ブリュレの罠にはまり絶体絶命のナミたち。一方、ジェルマの城に滞在中のサンジは幼い頃の辛い記憶を思い出していた。13年ぶりに国王である父、ジャッジと対面したサンジは結婚の意思のないことを告げ、激しい怒りを買う！
ナミたちと引き離され、一人で誘惑の森を捜し回るルフィに危機が迫る。一方、父、ジャッジの要求をはねつけ、決闘に応じたサンジだが足技だけで戦うことにこだわり、ジェルマの科学力、そしてジャッジの空中からの攻撃を前に追い詰められていく！
スィートシティに潜入したペドロとブルック。街中はジンべエの噂でもちきりで、その真意を計りかねる。一方、ホールケーキ城へ連行され、ビッグ・マムと対面したシーザー。研究の成果を尋ねられ、苦しまぎれに嘘八百をならべるが……
手当り次第に仲間たちを捕まえたルフィだったが、次々と数が増えていくことに痺れをきらす。だが、ようやくナミと合流、ブリュレの罠だと知らされた。ナミに追及された巨人はやがて、ビッグ・マムの恐るべき秘密を語り始める・・・。
巨人によって次々と明らかになる衝撃の事実。おどろくルフィたちの前にビッグ・マムの放った刺客、三将星クラッカーが現れ、巨人を巡って激しくルフィと対立する。誘惑の森を舞台に、すさまじいバトルが始まろうとしていた！
ホーミーズに追われ、逃げ場を失ったかに見えたナミだが、ビッグ・マムのビブルカードによって形勢逆転する。一方、一騎打ちに入ったルフィだが、8億の懸賞金を賭けられ、あらゆる技を駆使して迫るクラッカーに苦戦を強いられる！
ギア4を発動、クラッカーを相手に再び連続攻撃を仕掛けるルフィ。サンジに会うというルフィをバカにし、さらにサンジを侮辱したクラッカーに怒りの一撃を放つ。倒れたかに見えたクラッカーだが、明らかになった真の能力にルフィは言葉を失う！
サンジとプリンの結納、ビッグ・マムとの顔合わせのため、イチジとニジが戦地ブロックコリーから帰還する。13年ぶりに家族が顔を揃えたものの、幼い頃と変わらない心無いニジの行動が許せないサンジはにらみ合いとなった！
料理長コゼットをかばったことでニジと一触即発の状態となったサンジ。しかし、ジャッジの一声によって戦意を失ってしまう。恩人ゼフと過ごした日々を思うサンジに、ジャッジがつきつけた過酷な現実とは・・・。
恩人、そして仲間の命を守るため抵抗することをやめたサンジ。しかし、恥をかかされた腹いせに無慈悲な暴力を振るったニジが許せず、ヨンジの案内で後を追う。そこでサンジが見たおどろくべき光景、ジェルマの秘密とは！？
いまだ回復しないルフィにクラッカーの魔手が迫る。一方、コゼットに大けがを負わせたニジへ怒りを爆発させたサンジだったが、立ちはだかる兄弟たちを前に、幼い頃、父の要望を叶えられず味わった、辛く悲しい記憶がよみがえる・・・。
実の父の命令により、存在自体をなかったことにされ、鉄仮面をかぶせられ城の奥へ幽閉された幼いサンジ。孤独な日々を過ごすうち、優しかった母に料理を褒められたことを思い出し、料理への興味と夢を抱くようになる。
クラッカーによって増殖し続けるビスケット兵。片っ端から破壊していくルフィだが、増え続けるスピードに追い付けず次第に押され気味になっていく。やがて思いもよらぬ方法で反撃を開始したルフィ！はたして勝機はあるのか？！
ビスケット兵を食べ尽くす勢いのルフィだったがすでに胃袋はパンパン。風船のように膨らみ、動くのもやっとのルフィをバカにし、自ら最後の攻撃を仕掛けたクラッカー。そこでルフィは再びギア4を発動、新たな技で迎え撃つ！
恩人、そして仲間を守るため、本心をひた隠しにしたまま、プリンと結納を交わすべく、ジェルマの城を出立したサンジ。だが、その道中、幼い頃にジェルマを逃げ出してから恩人ゼフのもとでコックの修行にはげみ、さらにルフィたちと出会い、共に旅をした日々のことを思い出していた。
冷たくあしらうことで、ルフィを怒らせ、自分をあきらめさせようとするが、ルフィは納得しない。話をしても通じないなら体で分からせるまでだと、ルフィを攻撃するサンジ。ルフィは踏みとどまるが、サンジは容赦なく連打を続け・・・。
仲間を、大切な人を守るため、本心を隠しルフィと決別したサンジ。どうにも納得できず、サンジの帰りを待つことを決めたルフィだが、その背後にはクラッカーの復讐に燃えるビッグ・マムの差し向けた軍勢が迫っていた！
クラッカーの仇を討つべく集結した「怒りの軍団」を前に一歩も退かずにらみ合うルフィ。一方、周囲の目をごまかし、プリンと二人きりになったサンジ。プリンの優しさに触れ、隠していた本心を明かし、ある決断をするのだった。
総力をあげてルフィに襲いかかる『怒りの軍団』。サンジが戻るのを待つと決め、迎え撃つルフィとナミだったが、能力者ぞろいのビッグ・マムの子供たちに苦戦する。反撃のチャンスを待つも、次第においつめられていく・・・。
ホールケーキ城へ連行され、本の牢獄に繋がれたルフィとナミ。一方、城内に潜入中のペドロとブルックだったが、ロード歴史の本文は将星スムージーにより守られ、容易に近づけない。この機会を逃すまいと二人は決死の行動に出る！
まさに命がけの行動を開始したブルックとペドロ。一方、ルフィはビッグ・マムに再戦を挑んだものの相手にもされない。しかし、島を出るなら見逃すという申し出をルフィに拒絶され、ビッグ・マムは激怒する！！
囮となって風のごとく城内を駆け巡り、警備網をかく乱させるペドロ。一方、警備の隙をつき、宝物の間へ侵入したブルック。見張りの兵たちを相手に響き渡るブルックの魂の叫びはもう誰にも止められない！！
ブリュレに一泡吹かせ、反撃を開始したチョッパーとキャロット。一方、ルフィとナミにサンジからプロポーズされたと告白し喜んだプリンだったが、やがて大粒の涙と共に苦しい胸のうちを明かすのだった・・・。
“ロード歴史の本文”の写しを手に入れるため、命を賭してビッグ・マムと対峙するブルック。一方、ペドロはかつての因縁の相手、タマゴ男爵を相手に死闘を繰り広げていた。奪われた寿命、そして失われた左眼にまつわる因縁とは・・・。
仲間たちの無事を祈りながらも、その思いを断ち切ってプリンとの結婚に希望を見出すサンジ。体調がすぐれず部屋で休むプリンを見舞うため部屋を訪れようとして、結婚式に隠された恐るべき陰謀を知ってしまう・・・。
サンジを騙したプリンに激怒するルフィ。一方ビッグ・マムを相手にロード歴史の本文の写しを奪うことを宣言したブルックは雷と炎を操るビッグ・マムに戦いを挑む
４人兄弟の中で唯一の失敗作とされ父ジャッジや兄弟からも虐げられてきたサンジ。それは亡き母の命がけの決断があった。レイジュが明かすサンジ出生の秘密とは…
四皇ビッグ・マムに渾身の一撃を放つブルック。己の務めの為に活躍するペドロ。牢から脱出したルフィはサンジに会うため城内に殴り込み兵士達をブッ飛ばしていく
ブルックとペドロが捨て身の攻撃を仕掛けていた頃ルフィはプリンに騙されている事をサンジに伝えるべく城内へ。幹部を倒していく中ルフィはレイジュと再会する！
恩人と仲間の命、家族への捨てきれぬ情、生と死を賭けた選択に悩むサンジ。空腹で身動きすらやっとのルフィは追手達と戦いサンジとの約束の場所を目指していた!
ブルックを救出すべくビッグ・マムの寝室へ侵入したナミ達だが眠りこんだマムを起こさず奪い返そうとして失敗を繰り返していた。無事救出することはできるか！？
決死の救出作戦で戻ってきたブルック。ボロボロになりながらも前へ進むルフィ。ガレキの中ルフィを捜し回るサンジ。それぞれの思いを胸に約束の場所を目指す！！
決別した場所で再会したルフィとサンジ。ルフィは皆の所に戻ってこいと説得するが帰れない理由を明かすサンジ。サンジは本心を言えと迫られ本当の胸の内を明かす。
サンジが麦わらの一味に戻ってきた！ナミ達と結婚式をぶち壊してサンジ家を助ける事を告げるルフィ。だがジンベエはビッグ・マムを巡るもう一つの陰謀を語る!!
ビッグ・マムのお茶会をぶっ壊すため、ジンベエの提案に乗って、仲間たちと共にベッジの元へ乗り込んだルフィ。サンジを連れ去り、ぺコムズを撃ったベッジに反発するルフィと一歩も退かないベッジ。張り詰めた空気の漂う中、話し合いが始まる！
お茶会の開宴が刻一刻と迫る中、ルフィとベッジの会談が始まった。互いに譲らず一触即発の状態になるがジンベエの仲裁によって同盟を組むことに。四皇、ビッグ・マムを倒すためベッジが用意した秘密兵器とは？
ベッジと同盟を組み、ビッグ・マム暗殺の鍵を握る大役を引き受けたルフィ。一方、ホールケーキ城には出席者である闇の世界の帝王たちが到着していた。結婚式の準備が着々と進む中、ビッグ・マム、ジェルマ、利益と陰謀の渦巻く結婚式の開宴が迫る！
サンジとプリンの結婚式まであとわずかと迫る。お茶会に招かれたゲストたちを前に、騒ぎが起こり、三将星のひとりカタクリの恐るべき能力が明かされる中、ついに地獄のお茶会が開宴する！
挙式の時間が迫る中、誘惑の森を駆けずり回っていたルフィだが、戻る早々眠り込んでしまう。一方、サンジのことを疎ましく思いながら、表向きはいじらしく振る舞うプリンとドレス姿にメロメロになりながら、本心を計りかねるサンジ。互いの本心を隠したまま結婚式が始まる。
疲労のあまり寝入ってしまったルフィたち。一方、巨大なウェディングケーキを舞台に、サンジとプリンの結婚式が始まった。周囲に見守られながら順調に式は進み、ついに作戦開始の合図となる誓いのキスを交わすときがやって来た！
ルフィたちの乱入により結婚式は中断、会場はまさに大混乱と化す。一方、ビッグ・マムと対面、あらためてルフィの下につくことを宣言したジンベエだが、落とし前をつけろと迫られ、命がけの勝負に打って出る！
ルフィの偽物によってマザー・カルメルの写真が粉々にされた。言葉を失い立ち尽くすビッグ・マム。パニックを怖れ、ただちに反撃を開始したビッグ・マムの子供たちは、ルフィたちを狙いすさまじい攻撃を仕掛けてくる！
割れた写真を見せ、ビッグ・マムに奇声をあげさせようとするルフィの前に立ちはだかるカタクリ。一方、ビッグ・マムの罠にはまり、まさに絶体絶命のジェルマ66。辛い過去と決別したサンジはレイジュたちの元へひた走る！
幼子のように大粒の涙を流し、マザー・カルメルに訴えかけるビッグ・マム。それは63年前の話。まだ子供だったマム、シャーロット・リンリンは、並み外れた大きな体と力を持っていた。しかし、無邪気にその力をふるった結果、周囲に被害を与えた罪で国外追放となってしまう。そして自分たちの手に負えないと思った両親により、巨人族の戦士たちが暮らす島エルバフへ置き去りにされる。その後、マザーに引き取られ、同じように身よりのない子供たちと暮らすことになり、自分と同じ大きな体を持つ巨人族を初めて目にした。
ヨルルの剣を片手でなぎ払い、ひげを掴んで力任せに地面へ叩きつけるリンリン。しかし、マザーの指示でお祭り用のセムラが届くと、食べることに夢中になっておとなしくなる。火の勢いが強すぎて、見ていることしかできなかった炎を前にしたマザーは、パンドラと名づけて自分に従うよう命令すると、たちまち炎を沈めてしまう。奇跡だとおどろく巨人たち。重傷を負ったヨルルが助からないことを見抜いたヤルルは、仇であるリンリンを討とうとするが、彼女を連れて出ていくというマザーの命乞いをやむなく聞き入れる。
突如、姿を消したマザーと羊の家の子供たち。だが、その一部始終は二人の人物に目撃されていた。一人は羊の家の様子を見に来たエルバフの戦士。このことは各地の巨人族たちの間に伝わり、リンリンは忌み嫌われる存在となった。もう一人は島に住みついていた元海賊の料理人シュトロイゼン。あらゆる物を食材に変えてしまうククククの実の能力者で、リンリンを死なせるには惜しいと近づいてきた。そして、マザーはそのうち戻ってくると慰めながら、剣で木や花を食材に変えて空腹のリンリンに巨大なケーキを作ってやる。
ビッグ・マム暗殺に失敗、逃げ場を失い絶体絶命のルフィたち。怒りに燃えるビッグ・マムの子供たちの襲撃により追い詰められ、もはやこれまでかと思われたそのとき、颯爽と登場したジェルマ66。その悪の科学力により反撃を開始する！
手足をアメで固められ、砲撃すらできないまま籠城戦を強いられることになったルフィたち。正気を取り戻したビッグ・マム、さらに四方を子供たちに囲まれ、絶望的な状況の中、ジャッジと対峙したサンジはある決意を告げるのだった。
ベッジとシーザーを逃がし、ビッグ・マムを食い止めようとするジェルマ66。ビッグ・マムの猛攻に押され気味のジェルマを見過ごせず飛び出したルフィは四皇ビッグ・マム目掛けギア4を発動、渾身の一撃を叩き込んだ！
ジャッジを血祭りにあげ、裏切り者たちの処刑を宣告するビッグ・マム。迫るビッグ・マムの子供たちを前にサンジも参戦、ヴィンスモークとビッグ・マム、それぞれの子供たちが戦うなか、突如、ホールケーキ城に異変が起きた！
玉手箱の爆発によって状況は一転する。ホールケーキ城の崩壊と共に壊滅するかに見えたビッグ・マム海賊団を救うため、総料理長シュトロイゼンが立ち上がった。そして、この混乱を利用して、ルフィたちは決死の脱出作戦を開始する！
食いわずらいの発作を起こして暴走するビッグ・マムを言いくるめ、ルフィたちの後を追うように仕向けるペロスペロー。そうとは知らず、サニー号を目指して誘惑の森を移動中のルフィたちの背後に、暴走するビッグ・マムが接近してきた！
ビッグ・マムの追撃から逃れようと、誘惑の森へ逃げ込み、思いもよらぬ奇策に打って出るナミ。一方、撤退中のベッジを追いかけシフォンと対面したプリンは、ケーキ作りを協力するよう懇願する。そして、渋るシフォンの前で大粒の涙を流した・・・。
サニー号を目指し、誘惑の森から脱出を図るルフィたちだったが、ビッグ・マムの号令を受けた誘惑の森に行く手を阻まれてしまう。ペドロたちとともに応戦するルフィ。脱出すべく一計を案じたナミだが、その背後に再びプロメテウスが迫る！
サニー号へ戻ったブルックとチョッパーは、船内を占拠するペロスペロー、チェス戎兵たちを相手に奮闘していた。一方、ビッグ・マムに反撃したナミたちに不気味な声が迫る。脱出するサンジたちは、シフォンと共に追ってきたプリンと再会した！
戎兵たちを蹴散らし、サニー号を守ろうと必死に戦うブルックとチョッパーだが、ペロスペローのキャンディマンによって身動きを封じられ絶体絶命におちいる。はたして大ピンチの二人のもとに、ルフィたちは間に合うのか？！
間一髪だったブルック、チョッパーの危機を救い、サニー号を奪い返そうとするルフィだがカタクリを相手に苦戦する。さらに背後からはビッグ・マムが迫っていた。そこでルフィの危機を救うべく、ペドロはおどろくべき行動に打って出る！
自らを犠牲に活路を切り開いたペドロ。あまりにも大きすぎる代償に言葉を失うルフィたち。しかし、ペドロの意思に報いるべく悲しみをこらえ、脱出準備に入る。そして、ルフィは仲間たちを逃がすため、単身カタクリに挑んだ！
仲間たちと別れ、戦いの場をミロワールドに移し、3将星カタクリと戦うルフィだったが、モチモチの能力で技を真似られ苦戦を強いられる。一方、脱出したサニー号を狙い、ペロスペローとビッグ・マムの魔手が迫る！
ビッグ・マムとともに執拗にサニー号を追うぺロスペロー。一方、ビッグ・マム海賊団最強とうたわれた将星カタクリを相手にすさまじい戦いを続けるルフィ。ギアを発動するも攻撃を封じられ追い詰められたルフィに勝機はあるのか！
ルフィの絶叫もむなしくサニー号目掛けて次々に火矢が放たれる。なんとか連絡を取ろうと必死のルフィ。一方、ビッグ・マムに追いつかれたサニー号。海すら操るビッグ・マムの強大な力を前に、海侠のジンベエがその実力をついに見せた！
サニー号を守るため、戻れなくなるのを承知でミロワールドに通じるすべての鏡を割るようナミに頼んだルフィ。カタクリのすさまじい猛攻の前に苦戦しながらも、ナミたちを逃がすまで必死に堪えながら、「カカオ島」での再会を約束する！
ルフィのウソに気づかず、一路、カカオ島へ向かうサニー号。一方、ミロワールドでは、何度倒されようと立ち上がり、向かってくるルフィのしぶとさに苛立つカタクリに異変が起こる。覚醒したカタクリを相手に、ルフィは勝機を見出せるのか！？
善戦むなしくカタクリの加々身モチに飲み込まれてしまったルフィ。勝利を確信したカタクリはメリエンダを過ごすために一人、社に籠った。兄弟すら覗いたことがないという神聖な儀式、最強の男カタクリに隠された秘密とは！？
カタクリの弱点に気づき、反撃を開始したルフィ。ギア4を発動して連続技を繰り出し、ついに追い詰めたかに見えたものの、覚醒したカタクリを相手に苦戦、背中をつけさせることさえできずにいた・・・。
ウェディングケーキを求め進撃するビッグ・マムがナッツ島へ上陸してしまう。一方、カカオ島ではサンジたちのケーキ作りが佳境に入っていた。そしてギア4を発動して戦うルフィだったが、カタクリに苦戦する間にギア4の制限時間が迫る！
カタクリから逃れたものの、ナッツ島でビッグ・マムに遭遇、ぺロスペローたちに追われるルフィ。一方、オーブンから同行を拒まれ必死に懇願するシフォンだが、怒りを買う。殴られるシフォンを助けようと正体を隠したまま動くサンジだが・・・。
ブリュレを連れてビッグ・マム海賊団から逃げ回るルフィは、いつしかレイリーとの修業の日々を思い出していた。一方、捕われの身となったシフォンを奪還すべくカカオ島へ向かうベッジ。オーブン、そして艦隊を相手にひるむことなく勝負に出る！
ベッジの攪乱に乗じて、シフォンを奪い返し、ケーキの荷台ごと送り届けたサンジ。協力して一気にカカオ島を目指そうとするが、憤怒したオーブンに邪魔されてしまう。追いつめられたサンジたちを救うべく、再びあの男が立ち上がった！
前方をダイフクとスムージーに塞がれ、背後からはビッグ・マム、ぺロスペローの艦隊が迫る。逃げ場を失ったサニー号。打つ手なしかと思われたそのとき、満月の光とともに、ペドロの意思を受け継いだキャロットが真の姿を明らかにする！
スーロンとなったキャロットに加勢、ダイフクの艦隊をかく乱させるブルック。その隙に乗じて活路を開こうとするサニー号。しかし、食いわずらいの発作で別人のように痩せたビッグ・マムが接近、絶体絶命の危機に陥ってしまう！
ウェディングケーキを求め、サニー号へ乗り込んだビッグ・マムによりサニー号の被害は甚大だ。説得しようとしたジンベエだが、かえってビッグ・マムを怒らせてしまう。サニー号を守るため、麦わらの一味は一丸となって反撃を開始する！
圧倒的なカタクリの見聞色を前に、防戦すらできず追い詰められていくルフィ。冷静になり未来を見ようとするも叶わず、絶体絶命かと思われたが、レイリーとの修業を思い出しカタクリへ起死回生の反撃を開始する。
わずかながらもカタクリの動きを読み、攻撃をかわし始めたルフィ。一方、ビッグ・マムに追いつかれたサニー号は総力戦で応じるも次第に追い詰められていく。まさに絶体絶命のそのとき、仲間たちを救うべくケーキを完成させたサンジが駆けつける！！
サニー号へ帰還したサンジとプリンに別れのときが近づいていた。一方、見聞色の発動によりカタクリへの反撃を開始したルフィ。しかし、暗殺者に狙われていることを知らず、窮地に立たされ、カタクリの土竜により絶体絶命の危機に陥ってしまう！
ルフィとの一騎打ちを邪魔され、プライドを傷つけられたカタクリは自ら同じ条件を選び、すべてをかけた勝負を挑んでくる。受けて立つルフィだが、すでに体力は限界だ。ついにルフィとカタクリの死闘に決着のときが迫る！
カタクリとの一騎打ちが再開。力と力がぶつかり合いすさまじい戦いになるが、ルフィとカタクリの見聞色では圧倒的な力の差があり、次第に追い詰められていく。内なる力を目覚めさせ、カタクリに逆転の一撃を放つことができるのか！
カタクリとの決着をつけるべく、ギア4を発動、新形態スネイクマンで一気に勝負に出たルフィ。まさに神速といえるスピードでカタクリを追い詰める。受けて立つカタクリももてる力で反撃、すさまじい戦いが繰り広げられていく。
ルフィの帰還を信じて、ビッグ・マム海賊団が待ち受けるカカオ島を目指す仲間たち。一方、持てる力すべてを出し切ったルフィとカタクリの死闘にも終わりの時が近づく。はたして勝利するのはルフィか、カタクリか？！
死闘の末、将星カタクリに勝利したルフィ。ペドロの意思を果たすべく駆けつけたペコムズと共にカカオ島へ向かおうとするが、ビッグ・マムの子供たちが待ち伏せていると知り、包囲網を突破するため行動を開始する！
サンジとルフィ、絶体絶命の二人を救ったジェルマ66。ビッグ・マム海賊団を相手に縦横無尽に暴れ回り、無敵の科学力を見せつける。最強の味方となったジェルマに後押しされ、サンジとルフィはサニー号と合流を目指す！
命がけでビッグ・マムをふんわり島へ誘導したベッジ。一方、仲間たちの元へ戻ったルフィとサンジだったが、スムージー、ダイフクの猛攻により窮地に立たされる。しかし、サニー号を救おうと、さらなる援軍が駆けつけた！
ついに念願のウェディングケーキにたどり着き、もはや邪魔する者はいないとケーキを貪り始めたビッグ・マム。はたしてサンジの目論みどおり、甘みの真骨頂によって、食いわずらいの発作を止めることができるのか！
完全復活を果たしたビッグ・マムにより、撃沈されたかに見えたサニー号だったが、思いもよらぬ方法により脱出。命がけで活路を開く仲間たちを置いていけず、ジンベエはルフィたちを逃がすため、大勝負に打って出る！
少しでも時間を稼ごうと、仲間たちと共にビッグ・マムの大艦隊と戦うジンベエ、ブリュレの用意した武器に苦戦するジェルマ66。そして、サンジへの最後のお願いを思うプリン。さまざまな思いが巡る中、サニー号はホールケーキアイランドから脱出する！
モルガンズによって四皇ビッグ・マムとルフィとの戦いは瞬く間に世界中へと広がった。ルフィに与えられた新たな称号は人々に衝撃をもたらし、最悪の世代、さらに、かつてルフィが憧れた海賊シャンクスにも届いていた・・・。
ルフィに与えられた称号を巡って、四皇たちが動き始める。一方、世界会議出席のため、しらほし、ビビ、レベッカらがそれぞれマリージョアへ向かっていた。しかし、レベッカたちが狙われる。それを救ったのは、かつてルフィと旅をしていたコビーだった。
黒ひげの襲撃によって本拠地であるバルティゴを失った革命軍だったが、潜伏して来たるべき時を待っていた。ルフィの記事に喜びを隠せないサボ。そのころ、海賊桃ひげにより襲われ、絶望する人々の前に革命軍の四隊長が現れ、その実力を見せつける！
新艦隊提督のサカズキはニューマリンフォードにいる。 そこで、彼はルフィについてのニュースを聞き終え、すでに彼と一緒に起こった激動の出来事を思い出す...
王族たちが続々とマリージョアに到着する中、リュウグウ王国からは父や兄たちと共にしらほしが参加、その美しさは注目の的となる。一方、ローとルフィを取り逃がしたことでサカズキの怒りを買った藤虎は大将緑牛と対面するが・・・。
マリージョアに潜入すべく王族の船に入り込んだサボ。一方、父や兄に後押しされ、一歩踏み出したしらほし。その光り輝く美しさで熱狂的な歓迎を受けながら、はじめての地上に感激、亡き母の悲願を果たしたいと願うのだった。
世界会議に出席するため、各国から王族が集結する。そんな中、かつてルフィに救われた国の王女、ビビ、レベッカ、しらほしが対面を果たす。そして、それぞれルフィたちとの思い出を語り、会いたいと願うのだった。
ルフィとの思い出を語り、親睦を深めるビビ、レベッカ、しらほしたちの前に、現、サクラ王国の国王となったドルトン、チョッパーの師、くれは、さらにはかつての敵、ワポルが現れる。一方、王族たちの喧騒をよそに城内では怪しい動きが・・・。
チャルロス聖に目をつけられ、ペットにするため捕えられそうになるしらほし姫。怒り、止めようとするビビたちだがCPに阻まれる。もはやこれまでかと、実力で奪い返そうとするネプチューンに、思わぬ相手から救いの手が差し伸べられた！
ルフィに顔をつぶされた借りを返すため、自らワノ国へ向かうことをカイドウに告げるビッグ・マム。だが、カイドウは、恨みがあるのは自分だと一蹴すると、来るなら殺すと言い放ち、ビッグ・マムと一触即発状態に！
王族たちから離れ、天竜人の住む地へ潜入したサボだったが、奴隷にされたかつての仲間、バーソロミュー・くまの姿を目撃して言葉を失う。人を人とも思わぬ世界政府の仕打ちに激怒するサボ。くまの身に起きた悲劇とは？！
ついに世界会議が開幕する。王族たちによる話し合いが進む中、最高権力者である五老星による恐るべき陰謀が進む。一方、くまを見せしめにした政府へ怒りをあらわにしたサボは、同志たちと共に救出のために動き始めた！
一足先にワノ国へ上陸、それぞれ目立たないように変装し、周囲に溶け込み、ルフィとの合流の時を待つ麦わらの一味。一方、再び仲間と離ればなれになったルフィ。ワノ国を舞台に今、新たな冒険の幕があがる！
辻斬りの真犯人を暴き、侍たちから追われる身となったゾロ。一方、ワノ国に上陸早々、巨大な動物同士の激しい戦いを目の当りにしたルフィは、お玉と出会ったことがきっかけで、カイドウ軍を相手に大暴れする！
助けてもらったお礼にと、お玉の家へ招待されたルフィ。そこで思いがけずエースの名を聞いておどろく。お玉はかつてエースがワノ国へ上陸、お玉たちの村が救われたと言うと、その時にエースと交わした約束を話し始めた・・・
TVアニメ放送20周年を記念する本作は、原作者・尾田栄一郎監修で描くオリジナルストーリーです。20周年のお祭りにふさわしく、海賊・海軍・王下七武海・革命軍・CP-0が大集結！ さらにルフィ、革命軍参謀総長・サボ、“死の外科医”トラファルガー・ロー、王下七武海“海賊女帝”ボア・ハンコック、“千両道化”バギー、“海軍中将”スモーカー、“CP-0”ロブ・ルッチが集結し、敵味方の垣根を超えた奇跡の≪共闘≫が実現しています！ シリーズ最強の敵・元ロジャー海賊団のダグラス・バレットに立ち向かうべく誕生した奇跡の瞬間は必見です！
白ひげ海賊団一番隊隊長マルコに会うべく白ひげの故郷の島を尋ねたネコマムシたち。黒ひげとの戦いに敗れた後、マルコはこの島に留まり、島と人々を守っていたのだ。ネコマムシと再会したマルコは、この島への白ひげの思いを語り始めるのだった。
世界会議の記事で懐かしい名前を見つけ喜ぶルフィたち。ついにワノ国の海域へと到達するが、そこには経験したこともない海流、目まぐるしく変わる天候、巨大な魚群、さらに目の前には巨大な滝が待ち受けていた！
劇場版新作と連動する特別編。航行中のルフィたちの前に突如、現れた最強の賞金狩りシードル。麦わらの一味は一方的に追われる身となってしまう。しかし、そんなルフィたちの前に、思いもかけない懐かしい相手も現れるのだった。
共闘するルフィとハンコックの前に立ちはだかる最強の賞金首狩りシードル。ハンコックをかばい、シードルに応戦するルフィだが、炭酸ガスを自在に操るシードルの前に苦戦を強いられ、追いつめられていく。果たして反撃のチャンスはあるのか！？
倒れたお玉を救おうとひた走るルフィ。手配中のゾロと再会を果たすが、喜ぶ間もなく、二人の前にカイドウの配下、真打ちとなったあの男が立ちはだかる！
強者であるカイドウに従い、配下となっていた魔術師ホーキンス。能力を駆使したホーキンスの攻撃にゾロと応戦するルフィ。はたして勝機を見出せるのか！
巨大ストローマンの攻撃に追い詰められていくゾロ。そしてお玉を守るルフィに絶対絶命の危機が迫った時、ゾロの逆襲の一撃がはなたれる！
邪含草によって回復したお玉は、誕生日に初めて食べたおしるこの美味しさに感激する。そしてルフィたちはお鶴によってワノ国の残酷な現実を聞かされる。
お玉が連れ去られたのは、オロチ配下が支配する役人と海賊がはびこる博羅町。お玉に危機が迫る中、ルフィたちは敵陣にたどりつけるのか・・・？
浦島が猛烈に迫る中、侍・お菊の一言がさらなる波乱を巻き起こすことになる。お玉の危機に動き出すルフィは、浦島に狙われたお菊の窮地を救うことができるのか！？
ワノ国の横綱・浦島とルフィの相撲対決！怒り狂う浦島の怒涛の張り手がルフィを襲う。だがそのとき、ルフィの大技が放たれる！はたして勝利はどちらの手に？！
ルフィ、ゾロ、お菊はカイドウの部下を次々撃破する。そして動き出す、博羅町のボス、真打ち・ホールデム。ルフィたちは無事にホールデムに囚われたお玉を救出できるのか！？
ホールデムに業火の一撃が炸裂したとき、お玉は懐かしき人の面影を見る・・・！非情なホールデムを相手にお玉を無事、救い出すことができるのか！
ホールデムに一泡ふかせ、お玉の奪還に成功したルフィ。そしてついにローとホーキンスが激突する！火花散る緊迫の頭脳戦、果たして勝利の行方は？
テレビアニメ「ワンピース」20周年記念、尾田栄一郎が描いた「ワンピース」の原点がアニメ化！もう一人のルフィの大いなる旅が始まる。
食料を満載した宝船はおこぼれ町の人々に希望の光を与える！誰もがお腹いっぱい食べられる国にする、未来を見据えるルフィの眼差しにお玉は、あの懐かしいエースの面影を見出す。
古びた墓標に刻まれた光月おでんの名前は、20年前のワノ国の悲しみを語り出す。汚された光月家の名、偽りの歴史、隠されていた衝撃の事実が明かされた時、ルフィたちの驚きは頂点に達する。
過去から来たことを明かした錦えもんは主君、光月おでんについて語り始める。かつて、ロジャーの船に乗り込み、白ひげすら認めた伝説の侍が迎えた壮絶な最期とは！
侍、忍者、新たな戦力加入に熱き闘志を燃え上がらせるルフィたち。修羅場を潜った同志達と、打倒カイドウの極秘作戦がついに動き出す！
ルフィを追って街に現れたジャックと盗賊団棟梁・酒天丸が激突。そして、ついに四皇カイドウが姿を現す。ルフィたちを震撼させる真の姿が明らかに！
驚異的な力でワノ国を蹂躙していくカイドウ。それを止めるべく、ルフィは走り出す。だが無情にもおでん城跡地に向け、カイドウの怒りの一撃が放たれる。果たして麦わらの一味の運命は・・・！？
カイドウによりおでん城は消滅し、麦わらの一味の生死も不明。怒りが頂点に達したルフィは、カイドウへ渾身の一撃を放つ！両者一歩も譲らぬ壮絶な戦いの幕が上がる。
無敵のカイドウに猛攻を仕掛けるルフィ。ついに四皇を倒すかと思われたが、カイドウの怒りがルフィにふり注ぐ。持てる力全てを賭けたルフィの運命は！？
カイドウに敗れ去ったルフィは地獄の強制労働が待ち受ける採掘場に収容されるが、そこで意外な人物との再会を遂げる。お玉、麦わらの一味の生死、そして絶望的なルフィを待ち受ける運命とは！？
海賊島ハチノスではゾンビを率いたモリアが黒ひげ海賊団を相手に大暴れ。モリアは部下のアブサロムが四皇ティーチに捕まったと考え、取り返そうとしていたのだ。
ワノ国第二幕。酒天丸とイヌアラシは、頭山の頂上でにらみ合う。討ち入りのため酒天丸を仲間に引き入れたいイヌアラシや錦えもんたちだが、酒天丸はそれを断る。
隠密活動をしていたナミとしのぶは、敵に勘づかれながらも「忍法・大凧」で脱出に成功。その移動中、二人は目抜き通りで活況を呈するサンジのソバ屋を目撃する。
花の都で大人気のサンジのそば。狂死郎一家のカクさん・クニさん・スケさんが現われ、そば屋の客である禿のトコのそばを叩き落とした時、サンジの怒りは頂点に！
オロチ城では、花魁道中を楽しみにしている将軍オロチが、不気味に蠢いていた。そして、その花魁道中が花の都へやって来る。ワノ国一の花魁、小紫が練り歩く！
来るべき「火祭り」へ向け、錦えもんを中心に極秘任務を遂行する麦わらの一味やミンク達。一方でゾロはトの康への借りを返すため、賭場で丁半博打に興じていた。
花の都では豪華な食材が集められ、オロチの宴会が始まろうとしていた。一方、そば屋の準備をするサンジの元へローが現れ、ページワンとドレークが来るという。
ワノ国近海にビッグ・マムの船がカイドウに殴り込みをかけるべく現れた。カイドウは狼狽る手下を一喝し、ビッグ・マム海賊団との全面戦争も辞さぬ覚悟を見せる。
サンジはリュウリュウの実の能力者・スピノサウルスの姿をしたページワンと対峙していた。そんなサンジの手には『3』と書かれたジェルマの変身カプセルが・・・！
オロチに接近するロビンの正体と目的を突き止めようとする、オロチお庭番衆。一方、城内に潜んでいたナミ、ブルック、しのぶもロビンを守るために動き出す。
光月おでんが死んで20年、復讐の年とされる今年をおそれるオロチを部下たちは心で笑っていた。それに気づいたおトコが笑い出してしまい、オロチが激昂する。
オロチ将軍に逆らい、命を狙われる花魁・小紫。ロビンはおトコを救うために飛び出すが、オロチお庭番衆に追われる。そこへブルックが現れ、妖怪が出たと大騒ぎ！
小紫がやくざの大親分、居眠り狂死郎に斬られた。その大騒動から脱出したナミ、ロビン、ブルック、しのぶを追い、『鈴後』へとやって来たのはカン十郎である。
兎丼の囚人採掘場で、ルフィに襲い掛かった看守たちだが皆ルフィに撃破される。その頃、囚人採掘場に潜入していた雷ぞうは手錠の鍵を奪い、ルフィの所へ向かう。
ルフィはヒョウじいと脱獄を試みたが、ヒョウじいを人質に取られ失敗。そしてクイーンから、ヒョウじいはかつてワノ国のヤクザの大親分であったと告げられる。
クイーンによる絡繰公演の土俵に上げられたルフィは、看守たちを覇気で気絶させる。一方、花の都ではホーキンスとドレークがナミたちのいる湯屋へ入っていく。
