海を漂う樽を、豪華客船レディ・メリィ号の水夫が引き上げた…。アニメーション『ワンピース』は海の上から始まる！ 樽から飛び出たルフィが、アルビダ海賊団の雑用係コビーに勇気を与え、“スベスベの実”を食べる前のイカついアルビダをぶっ飛ばす!! その隙にMissラブ・ダック号から宝を盗むナミがいた。
海賊狩りの異名をとる賞金稼ぎゾロの噂を耳にしたルフィは、彼が仲間に相応しいか会う為、捕らえられているシェルズタウンにコビーの操船で上陸する。海軍基地の塀にのぼり覗くと、ゾロが磔になっていた。そこへおにぎりを持った少女リカ、続いてこの島の暴君モーガン大佐の息子ヘルメッポが現れる。
弾丸を弾き、海賊王になると言ったルフィに心を打たれたゾロが、仲間に！ ２人はモーガンを倒し、町だけでなく島の海兵にも自由をもたらす。ルフィとゾロと友情を深めるコビーだが、彼は海軍入隊志望…。訪ねて来た海兵に２年間も海賊として生活していた事を話し出すルフィを、コビーがぶん殴る!!
大海原を小舟で行くルフィとゾロ。宙に舞った麦わら帽子を追うルフィに、10年前の記憶がよぎる…。フーシャ村の泳ぎの上手い少年ルフィが、山賊ヒグマとの争いを通じて、シャンクスに男を見た！ 少年は海賊王になると宣言する!! ルフィが“ゴムゴムの実”を食べ、ゴム人間になった瞬間も描かれる。
バギーが海軍基地から奪った“偉大なる航路”の海図をオレンジの町で盗んだナミは追われる。すると上空に、怪鳥ピンキーにくわえられたルフィが！ バギーの大砲で落ちたルフィに救われるナミだが、海賊と聞くと激昂!! ルフィをバギーに差し出す！ 奴はナミに“特製バギー玉”でルフィを撃てと命じる!!
ルフィは檻に入ったままバギーから逃れていた。ナミが檻の鍵を盗んで来たが、シュシュという犬が鍵を飲み込んでしまう。町長ブードルが、ケガをしていたゾロを自分の家で寝かせ、シュシュの身の上話を話してくれた。そこへバギー一味の副船長モージが現れ・・・！
自分の町を守るため、単身バギーに敵わぬ戦いを挑もうとするブードルを、ルフィは壁に叩き付け、代わりにバギーに戦いを挑む。挑発されたバギーは怒りを込めて“特製バギー玉”を放つが・・・！？そしてバギー一味No．2の参謀長カバジの剣をゾロが受け・・・！
バギーは、海賊見習い時代、同じ船に乗っていた赤髪のシャンクスとの因縁を語る。シャンクスのせいで“バラバラの実”を食べてしまい、宝の地図も失ったという。だが、上半身だけで宙に舞い上がったバギーが、突然自分の宝を盗みだしたナミに襲い掛かり・・・！？
毎朝、海賊が攻めて来たとウソを叫び、シロップ村を走り抜けるウソップ。バギーのマークを掲げた帆を張るナミの小舟に、子どもと結成したウソップ海賊団は出動する！ パチンコを向けるウソップに「ピストル抜いたからには命賭けろよ」とルフィ…。ルフィはすぐにウソップがヤソップの息子だと見抜く。
病弱なお嬢様カヤを元気づけようと心優しいウソの冒険譚を日課にしていたウソップは、ルフィ達のせいで執事クラハドールに見つかる。奴にヤソップが海賊である事を侮辱され、屋敷から追い出される一同。落ち込むウソップがルフィと海岸で見たのは、ジャンゴとカヤの暗殺を企てるクラハドールだった！
クラハドールは、３年前に処刑されたはずのクロネコ海賊団のクロだった。明日決行される計画を知ったウソップは村へ走り、海賊が攻めて来ると叫ぶ！ だが誰も信じてくれない。カヤからは平手打ちを!! …でも大好きなシロップ村を守る為、ウソップは奴らを迎え撃ち、この件をウソにしようとする。
ウソつきが通そうとする筋を意気に感じたルフィ達は加勢する事に。ウソップは村へ入る唯一の坂道に油をまいて夜明けを待つ。だが朝になってもクロネコ海賊団は現れない。北にも上陸出来る坂道があったのだ！ 急いで向かう４人だが、ゾロは油で滑って坂の下に。ルフィは道が分からず村へ出てしまう。
やっと来たルフィとゾロに一瞬でやられた部下達を、ジャンゴは催眠術で凶暴にする！ しかしルフィにも掛かり奴らは壊滅寸前！ ジャンゴは慌ててルフィを眠らせる。飛び出す切り札ニャーバン兄弟に二刀を奪われ苦戦するゾロに、刀を取ろうとナミが走るが、ジャンゴに斬られる！ そこへクロが現れた!!
なじるクロに我慢出来ず、ニャーバン兄弟が襲い掛かる！ しかしクロの強さは健在！ この場を片付けるのに５分与えられる。必死のニャーバン兄弟だが、ナミのおかげで三刀を得たゾロに一撃で敗れる。脂肪の為生き残ったブチはジャンゴの催眠術で凶暴に！ ルフィはナミに顔を踏まれて目を覚ます。
話しに来たカヤの思い出を傷付けるクロへ、ルフィのパンチが決まる！ ところがウソップ海賊団の３人が奴に連打を浴びせ、一層クロを怒らせてしまった。カヤへ向かうジャンゴに、ウソップは３人の子分へ彼女を守れと命令を下す！ そして３年前、モーガンに偽物を捕らえさせたクロの計画が語られる…。
カヤを連れて３人が逃げ込んだ林の木を切り倒し、追い詰めるジャンゴ。３人は生きる為に戦うと決意する！ ルフィに右手の刀を折られたクロは“杓死”を放った！ 部下も無差別に斬り裂く奴の技に、仲間を大事に思うルフィは怒り、動きも捕らえる!! ついにカヤは、クロへ全財産を譲る遺書を書かされる。
ゾロとの連携でウソップの“火薬星”がジャンゴに命中！ ルフィの“ゴムゴムの鐘”にクロの計画は断たれた!! ウソップは５年間続いたウソップ海賊団を解散！ カヤはルフィ達へゴーイング・メリー号を贈り、ウソップも乗せて海へ出る。ウソップのウソには、彼の母・バンキーナの死が関わっていた。
ルフィが考えていた海賊旗のマークを、ウソップが形にしてメリー号の帆にも描く。伝説の宝島と言われる珍獣の島に麦わらの一味は上陸する。20年前に箱にハマッて取り残された海賊ガイモンに出会う。彼が見つけ守り続けて来た５つの宝箱は全てカラだった。ルフィはガイモンを仲間に誘う。
大砲の練習に沸くルフィ達の横で眠り続けるゾロ…。２話では一瞬だった、くいなとの少年時代が描かれる。道場破りのゾロの相手をしたのは、道場主コウシロウの娘くいな。彼女は強く、ゾロは修行を始める。三刀のうちの「和道一文字」は彼女の刀であり、世界一の剣豪の夢は彼女との約束であった。
殴り込んで来たジョニーはゾロの弟分の賞金稼ぎ。ウソップが大砲を命中させた岩山で、相棒のヨサクを看病していたのだ。ナミの知識でヨサクはライムを口にし回復するが、料理人の必要性を思い知り、一味は海上レストラン『バラティエ』へ行く。その日は副料理長のサンジが料理を運んでいた。
見栄を張った結果スープを粗末し、サンジに蹴り飛ばされた海軍大尉フルボディの所に、クリークの手下を逃がしたと海兵が報告する。その海兵を撃ち、現れる当人ギン。金を持たないギンはパティに殴られ追い出されるが、サンジはタダ飯を食わせてやる。それを見たルフィはサンジを仲間に誘う。
『バラティエ』にクリークが来た！ ギンに支えられ餓死寸前の奴は食わせて欲しいと懇願する。周囲の反対に構わずサンジは飯を食わせるが、息を吹き返したクリークは速攻で恩人をぶちのめす!! しかしサンジは奴の部下100人の飯を用意しようと立つ。腹を空かしてる者には食わせてやるだけと。
『バラティエ』のオーナーが伝説の海賊ゼフと知ったクリークは、“偉大なる航路”を丸一年無傷で渡った記録「航海日誌」を要求する。情報さえ手に入れば大海賊時代の頂点に立つと言う奴の前に、ルフィが出て行く！「海賊王になるのはおれだ」 怒るクリークが売った喧嘩を、ルフィは買う。
ゼフが与えた飯でクリーク海賊団が回復した所に、ミホークが奴らを追って現れる！ その直前、アーロンの手配書を見つめるナミがメリー号を奪って行く！ ルフィの為にナミを追うゾロだったが、ミホークを見て勝負を挑む!! ミホークは黒刀「夜」を抜かず、ペンダントにしていた短刀で受ける。
クリーク海賊団が攻めて来る。ルフィはゴムゴム全開で先制攻撃！ 『バラティエ』は「ヒレ」を開いて備える。出撃した海戦兵器「サバガシラ一号」をクリークは『バラティエ』へ放り投げるがサンジが蹴り守った！ パティとカルネは初めて店へ来た時を振り返り、戦う！ そこへパール登場。
ギンがゼフに銃を突き付け、サンジに船を降りるように言う。拒む無抵抗のサンジをパールが全力で攻撃する！ 意識が遠のく中、ゼフの右足を奪った９年前を思う…。伝説の海“オールブルー”を夢見るサンジがコック見習いとして働く客船オービット号に、ゼフのクック海賊団が襲撃して来た。
ルフィは『バラティエ』を沈めてクリークの目的を奪おうとする！ サンジが死ぬのが最もバカげているからだ。サンジとルフィにとどめを刺そうとするパールの盾を、ギンが鉄球トンファーで砕く！ 恩人の息の根を止めねばならぬのなら、自らの手で葬るのがケジメだと言う。サンジとギンが激突!!
クリークが猛毒ガス弾『ＭＨ５』を発射した！ ルフィとサンジを助ける為、ギンは毒を吸う。仲間を殺そうとしたクリークに怒りが爆発したルフィは、真っ正面から突っ込む!! 奴の飛び道具を避けず怯まず“剣山マント”の上からぶっ飛ばした!! クリークも“大戦槍”を振るいルフィを襲う！
“大戦槍”の刃を折ったルフィと、まだまだ全身に武器を持っているクリークの超絶バトルは続く！ 諦めないルフィのパンチの積み重ねが、遂にクリークが誇るウーツ鋼の鎧を砕いた!! “ゴムゴムの大槌”を決め、ルフィが勝つ。メリー号を奪ったナミは、涙を流し、ベルメールに話し掛けていた。
ルフィはサンジを仲間に誘うが、彼の店に残る意思は固い。しかし“オールブルー”への夢も熱かった。そんなサンジをゼフは見つめる。食堂ではコック全員がサンジのスープがまずいと一芝居。ルフィと行く事にしたサンジに、ゼフと『バラティエ』を始めた頃が甦る。それはゼフも同じだった。
サンジを仲間に引き入れたルフィは、メリー号を奪い“アーロンパーク”へ向ったナミを追う。ヨサクはルフィに、アーロンが王下七武海の一人で魚人海賊団の頭ジンベエと肩を並べる魚人だと語る。ナミは“アーロンパーク”へ到着。斬り込もうとするゾロを舟に縛るウソップとジョニーは…。
サンジのメシに誘われて出て来た魚牛モームをルフィとサンジがぶっ飛ばす！ アーロン一味から逃げるウソップは、ナミの義姉ノジコに助けられていた。“アーロンパーク”へ連れられたゾロは、アーロン一味の幹部ナミを試そうと、手足を縛られたまま海へ飛び込む！
モームに舟を曳かせルフィ達は驀進中！ ウソップはチュウに捕まる。ゾロはアーロンの留守中に“アーロンパーク”に残る一味を全て斬り、ウソップを助けようとはっちゃんに送ってもらいココヤシ村へ。戻ったアーロンは、ゾロが“海賊狩りのゾロ”であると認識する。ナミは裏切りの疑惑を払拭する為、ウソップを短剣で刺す！
やっと着いたルフィ達にゾロとジョニーが合流。ナミがウソップを殺したと言うジョニーにルフィは怒る！ するとナミが現れる。彼女を巡りゾロとサンジが一触即発！ 突然、ルフィは寝る。プリンプリン准将率いる海軍が、アーロン一味殲滅を試みるが撃沈。そこへウソップが!! ナミは自分の手を刺して逃がしていたのだ。
興味がないと散歩へ出たルフィを除くゾロ、ウソップ、サンジは、８年前のいきさつをノジコから聞く…。自分の目で見た世界地図を作るのが夢の少女ナミは、ノジコと共に、貧しいながらもベルメールに育てられていた。家出をするナミはゲンゾウから、ベルメールは元海兵で、ノジコとナミとは戦場で出会ったと知らされる。
ナミを迎える夕食の支度の煙で、村はずれのベルメールの家がアーロンに見つかる！ 独身のベルメールの“貢ぎ金”は支払い可能な１人分と判断され、事無きを得た。がしかし、血が繋がってないからこそ、ノジコとナミをいない事には出来ない。彼女は娘が２人いると言い、アーロンに撃たれる！
あと少しで１億ベリーまで来た今、アーロンと結託する海軍大佐ネズミが来て、ナミが盗んだ金品を没収すると告げる。ベルメールが残したみかん畑から出て来る、コツコツ貯めた財宝。ナミの８年間が、ふいに…。怒り向かって行くナミを止めようとしたノジコが、ネズミに撃たれる！
“アーロンパーク”に乗り込んだルフィが、アーロンを一発ぶっ飛ばす！ 続いて踏み入るサンジ、ウソップ、ゾロ。はっちゃんに呼ばれて現れたモームをつかみ、足を地面の石に突っ込んで固定したルフィは“ゴムゴムの風車”を試す！ ところがその足が抜けなくなる。アーロンは石を切り取りルフィを海へ投げ込む！
ゾロはミホークに受けた傷が深く、立っていられなくなる。サンジも魚人空手40段のクロオビの正拳＜パンチ＞を受け、飛ばされる。ルフィの足の石をゲンゾウとノジコがハンマーで砕こうとするが、浮力で出来ない。精神力で立つゾロは、ミホークに折られた二刀の代わりにヨサクとジョニーから刀を借りて、三刀流に！
ルフィを救おうと海に飛び込んだサンジは、ゲンゾウとノジコがルフィの首を伸ばして頭を水上に出し、人工呼吸をしているのを見る。安心するのも束の間、サンジはクロオビの一撃を食らう！ 水中では奴が圧倒的に有利。だが騎士道を侮辱されたサンジは、クロオビのエラに息を吹き込んで逃れ、地上へ。怒りのまま倒す！
“アーロンパーク”に現れたナミはアーロンに戻るよう選択を迫られるが、ルフィを信じ、村人の命と共に奴と最後まで戦うと決意する！ その時ルフィが息を吹き返す。ゾロが包帯を引きちぎられ傷を露わにされながらもアーロンを足止めし、サンジが海へ飛び込みルフィの石を蹴り砕く！ ルフィが自由になり、元に戻った!!
ルフィはアーロンの歯を折るが、それは何度でも生え変わる“歯＜トゥース＞ガム”。両手に持って襲い掛かって来る！ ルフィは“歯＜トゥース＞ガム”を奪って自分の口にハメてみる。咬まれたら咬み付き返す！ アーロンは海から飛び出す“鮫＜シャーク＞・ON・DARTS”を繰り出すが…。
アーロンの発言、血の染み込んだペンから、奴がナミを道具のように扱い海図を描かせて来たと、ルフィは悟る。怒ったルフィは測量室を壊し始め、それを見てナミは感謝する。居たくもない居場所は、全部ぶっ壊す!! ルフィは“ゴムゴムの斧”を振り下ろし、アーロンを沈め“アーロンパーク”を崩壊させる!!!
アーロンからの解放を喜び、島はお祭り騒ぎ！ ルフィは食べ続け、ゾロはDr.ナコーに傷の手当てをしてもらう。ナミは墓前でベルメールに報告する。そして宴はもう３日目。Dr.ナコーにナミは、アーロンの刺青を消し、新しい刺青を頼む。ノジコの刺青は、つらい戦いを一人するナミをねぎらって、入れたものだった。
麦わらの一味になったナミは、新聞から舞い落ちたルフィの手配書を見る。賞金は３千万ベリー！ 海軍本部ではジョン・ジャイアント中将が檄を飛ばし、医者を目指し始めたカヤはルフィの写真に写り込むウソップに喜ぶ。コビー、モーガン、クロ、ゼフも目にし、フルボディは捕らえようと攻め込むが…。
バラバラパーツの大部分をナミに奪われ、ルフィにオレンジの村から弾き飛ばされたバギーは、孤島にいた！ 復讐に燃えてイカダで海に出るが、小さいままでは魚や鳥にも命懸け。珍獣の島でガイモンと対決する。バギーが密漁者でなく海賊と知り、２人は酒を酌み交わし意気投合！ ところが翌朝出航早々…。
オレンジの村を追われたバギー以外のバギー一味は、バラバラパーツを回収しつつ、ビッグトップ号で逃げていた。クマテ族の島でバギーの葬式を済ませると、次期船長の座を巡りモージとカバジが一騎打ち！ 寝ぼけて一撃を放ったリッチーが船長になるが、すぐクマテ族に捕まる。
ナミは服を、ウソップは装備を、サンジは美女と食材を、ゾロはミホークに折られた二刀の代わりを求めてローグタウンへ。ルフィはゴールド・ロジャーの処刑台に向かう。海軍本部からスモーカーへルフィの情報が入り、くいなにそっくりのたしぎに驚くゾロは彼女のメガネを割ってしまう。
処刑台をよじ登るルフィを、スモーカーが逮捕しようと迫る！ ゴムゴムの技をしくじるルフィは吹っ飛んで町のはずれへ。ゾロはたしぎに連れられ海軍で掃除をして働くが、海兵に正体がバレて出て行く。武器屋でゾロは彼女にまた会い、店主のいっぽんマツから妖刀「三代鬼徹」と良業物「雪走」を譲ってもらう。
スナイパーゴーグルを少女キャロルに父の誕生日プレゼントとして先に買われたウソップは、自分が３千万ベリーの賞金首だとウソをついてすごむ。彼女の父はダディ・マスターソン。スモーカーの元同期で、銃使い最強として“東の海＜イーストブルー＞”で常識の賞金稼ぎだ。勝負にならず醜態を晒すウソップに…。
“東の海＜イーストブルー＞”?１コックになる為、評判の腕利き料理人に挑み、勝って来たカルメン。しかし『バラティエ』の副料理長こそが一番と聞き、彼女はサンジを見つけ挑戦する。市場で初めて目の当たりにした海の宝石エレファント・ホンマグロが、これから始まる年に一度の料理コンテストの賞品になるというのだ。
やっと処刑台に登ったルフィは、海賊王が最後に見た景色を眺める。そこへアルビダとバギー一味が襲い掛かる！ 海賊全員を包囲しようとするスモーカー率いる海軍が見守る中、カバジがルフィを抑え込みバギーが処刑しようとする。助けに来たゾロとサンジも間に合わず、バギーの剣が振り下ろされる瞬間…。
ナミが感じた通り嵐になったローグタウン。バギー一味とアルビダを一瞬で捕らえ、スモーカーはルフィを追う。先に戻っていたナミとウソップがメリー号を海へ出す。たしぎはゾロに挑み、スモーカーはルフィを阻む。海軍に手こずるサンジに、ウソップがメリー号を降りて加勢する。苦戦するルフィのもとには…。
麦わらの一味を救った嵐。少女アピスもそれを利用して、海軍の船から逃げ出す。打って変り晴れた海にウソップが鳥の大群を見つける。魚を期待したルフィが右腕を伸ばしてつかむと、それはアピスだった。海賊と聞いて萎縮する彼女も徐々にルフィ達と打ち解け、進路を少し変えて故郷の海軍島へ送っていく事にする。
“凪の帯＜カームベルト＞”に入ったメリー号は、超大型海王類の巣窟なのを逆手に取り、奴らのくしゃみで脱出！ 軍艦島へ着くと海軍が来ていて、長老ボクデンの家に。海軍島の民は大昔海底に沈んだロストアイランドの末裔で、“竜の巣”にセンネンリュウが住むと言われ“竜骨”は不老不死の妙薬と伝えられていた。
海軍艦隊が海軍島を封鎖した。リュウ爺をロストアイランドへ連れて行くと約束したルフィは一味と行動に移る。木を倒しリュウ爺を乗せる荷車を作ると、ウソップとゾロはメリー号を奪取して岬まで回す。“カマカマの実”の能力者だったエリックの攻撃をしのぎながら、ルフィ達はリュウ爺を乗せた荷車で一気に山を駆け降りる。
エリックはセンネンリュウを連れたメリー号を追えば“竜骨”に辿り着けると考え、つける事に。エリックが信用出来ないネルソン提督も軍艦島へ向かう。メシの大鍋をルフィが盛り上がった頭にひっくり返したショックで、リュウ爺はロストアイランドの位置を思い出す。海に現れた鏡の壁を抜けると大嵐に遭うが…。
“竜の巣”ロストアイランドと思われたその島には廃墟しか無かった。山の頂上の遺跡に描かれた天井画を見て、“竜の巣”は軍艦島にあるとリュウ爺は思い出す。その時ゾロが殺気を感じ、鯉口を切る。リュウ爺を奪うつもりのエリックだ！ ゾロが相手をし、ルフィ達はまたリュウ爺を乗せた荷車で飛び出す。
海軍の船を鎖でつないで囲む“連環の陣”で、軍艦島へ戻るメリー号を包囲し、砲撃！ ボートで近づいたエリックがリュウ爺とアピスを奪い、ネルソン提督に反旗を翻す。アピスをボートに叩き付けるエリックを、起き上がったリュウ爺はぶっ飛ばし、吼えて、翼を広げて空を飛ぶ！
沈み行くリュウ爺を引き上げようとネルソン提督が放った銛を、ルフィは受け取り投げ返す！ 突如、軍艦島の周囲の海が揺れる。最期の力で吼えるリュウ爺の呼び声に、世界中に散らばっていたセンネンリュウが群れを成して飛来！ もう一吼えしてリュウ爺は、目を閉じる。
生きていたネルソン提督を切り裂いたエリックは“竜骨”を欲し、不老不死を求める。“竜の巣”を守りたいアピスの意思を叶える為、彼女を守る事がリュウ爺との約束でもあるルフィは戦い、エリックに勝つ！ 出航したメリー号は“偉大なる航路＜グランドライン＞”を目指してリヴァース・マウンテンを登る運河に突入する！
リヴァース・マウンテンを“偉大なる航路（グランドライン）”へ向けて一気に下るメリー号の行く手を、巨大なアイランドクジラのラブーンが塞ぐ！ 船首を折ったメリー号はラブーンに丸飲みされるが、胃袋には青空が広がっていた！ 大王イカを仕留めるクロッカスが現れると、ラブーンは暴れ出し…。
ラブーンはルンバー海賊団と双子岬へ来た。世界を一周して“赤い土の大陸（レッドライン）”の裏側から、またリヴァース・マウンテンを越えて戻る間、船長のヨーキがクロッカスにラブーンを預けたのだ。しかし既に、それから50年が過ぎていた。ラブーンは仲間の帰りを信じ、レッドラインに頭をぶつける。
Mr.９とミス・ウェンズデーを乗せてウイスキーピークへ向かうメリー号は、季節・天候・海流・風向き、全てがデタラメに巡るグランドラインに翻弄される！ 何とか乗り切り、恐る恐る島へ。ところが麦わらの一味は、町長のイガラッポイを始め島民に盛大な歓迎を受ける!? だがそれは、バロックワークスの罠だった！
賞金稼ぎたちを、巧みに姿を隠しながら次々と斬って行くゾロ。ローグタウンで手に入れた「雪走」と「三代鬼徹」も試す！ ナミもお宝探しへ。ゾロはミス・マンデーも倒し、イガラッポイと名乗っていたMr.８に迫る。ミス・ウェンズデーは超カルガモのカルーを呼ぶ。するとMr.５とミス・バレンタインが出現し…。
Mr.８はアラバスタ王国護衛隊長イガラムだった。Mr.９もビビを守る。しかしMr.５とミス・バレンタインは強い！ イガラムは、ゾロにビビを無事アラバスタまで送り届けるよう頼み、ナミがその契約に乗る。ミス・マンデーも倒しビビに近づくMr.５とミス・バレンタインの前に、ゾロが契約を守り割って入る！
ルフィとゾロの勝負の邪魔だと、Mr.５とミス・バレンタインは倒される。ついに“武闘”と“剣術”が激突する瞬間、ナミが２人を殴り、戦いは止まる！ビビから“アラバスタ王国の乗っ取り”を企むバロックワークスの社長が、王下七武海の一人クロコダイルであると聞き、ルフィはビビを送り届けると承諾する。
海軍将校になる夢に向かい、コビーはシェルズタウンの基地で雑用係として張り切っていた。モーガン元大佐の息子でルフィを恨むヘルメッポもいた。罪に問われたモーガンを軍法会議に向けて海軍本部へ護送する為、中将のガープが現れる。だがモーガンはガープを斬り、ヘルメッポを人質に取って逃亡する！
モーガンを逃がしたコビーとヘルメッポは、ガープに海軍本部へ連れて行かれる。ルフィも新聞で、コビーがグランドラインへ入ったのを読む。２人はガープのゲンコツを受けながらも、昼は雑用、夜は自主的に始めた特訓を続け、過酷だが充実した日々を送る。しかしコビーがルフィと友達なのをガープに知られ…。
楽しくもたくましく航海を続ける麦わらの一味は、ビビとカルーを乗せ、グランドライン２つ目の島・リトルガーデンに着く。古代植物が生い茂る秘境に上陸をためらうナミとウソップをよそに、ルフィはカルーに乗ったビビと冒険へ出かけ、ブロントザウルスに出くわす。ここは太古の島、巨人族までもが存在するのだ！
メリー号に残るナミとウソップに酒をもらいに来た巨人はブロギー、ブラキオザウルスに飲まれたルフィを救った巨人はドリー。共に客人として一味を迎える。２人の巨人は故郷エルバフの掟に従い、100年も決闘を続けていた。“真ん中山”の噴火を合図にドリーとブロギーは激突する！
ドリーとブロギーが繰り広げる戦士達の誇り高き決闘に、ウソップは感動し憧れる！ 73466戦目も引き分け。ブロギーはナミとウソップからもらった酒をドリーに分けるが、その酒をドリーが飲んだ途端、爆発する！ 麦わらの一味を疑うドリーに、今は理屈が通じないと感じたルフィは挑みかかる。
胃袋をやられたボロボロの体のまま、ドリーはエルバフの戦士として決闘に臨む。止めようとするルフィを巨大な骨の下敷きにして…。決闘の最中、ゾロとナミがジャングルで姿を消す。押されながらも持ち堪えるドリーだが、Mr.３が“ドルドルの実”の能力で放つロウに足元を取られ、ブロギーに攻撃を決められる！
ブロギーの前にMr.３とミス・ゴールデンウィークが、ビビとウソップと身動きの取れないルフィの前にカルーを捕らえたMr.５とミス・バレンタインが姿を現す。ドリーの酒に爆弾を入れたのはMr.５の仕業だった。Mr.３はロウでブロギーを捕らえ、特大キャンドルにビビとゾロとナミをセットする！
ルフィは特大キャンドルの一部を壊すが、却ってゾロ達のロウ人形化が早まることに。“ドルドルの実”の能力を“ゴムゴムの実”の能力で凌駕し、Mr.３をブッ飛ばすルフィだが、突然３人を助けるのを拒否する。ミス・ゴールデンウィークの“カラーズトラップ”にかかったのだ。ウソップとカルーはひとまず逃げ出し…。
ウソップが火炎星で、“カラーズトラップ”のマークごとルフィの服を焼く。そこへMr.３がろうで作った“キャンドルチャンピオン”を駆り襲い来る！ ウソップは油たっぷりのスペシャルロープをカルーに持たせ、特大キャンドルとブロギーに巻き付けて点火！ 炎の中から飛び出すナミとビビは…。
改めてドリーを失った悲しみに号泣するブロギー。しかしドリーが起き上がる！ 100年の戦いでブロギーの戦斧が弱っていて、傷が浅かったのだ。一人メリー号に戻っていたサンジは、仲間に何か起きたと察し、辿り着いたMr.３のアジトで電伝虫を取る。通話相手はMr. ０だった!!
メリー号を阻む巨大金魚“島食い”に、ドリーとブロギーが風穴を開ける！ 巨兵海賊団の頭２人の狩り勝負が、100年に渡り、この先も続くであろう勝負の発端であった…。Mr.２・ボン・クレーがMr.３の抹殺指令を受けた頃、突然ナミが高熱を出して倒れる!! 医者を探しに、メリー号は舵を切る。
雪の中を行くメリー号は、海面に立つチェスを見つける！ そこへ“大型潜水奇襲帆船”ブリキング号が浮上!! ドラム王国を目指すワポル率いるブリキング海賊団に襲われる。“バクバクの実”の能力でメリー号を食べるワポルを、ルフィは吹き飛ばす!! その数日前、スモーカーはサンジとMr.０の会話を傍受する。
島民にメリー号は包囲され、ビビが左腕を撃たれる！ 怒るルフィをビビは止め、医者の紹介を頼み込む。護衛団団長のドルトンはルフィ達を村ビッグホーンへ。サンジとカルーがメリー号に残る。島唯一の医者くれはは一番高いドラムロッキーの頂上にある城に住む。ナミを背負いルフィは、サンジと共に城を目指す！
ルフィ達を大型うさぎラパーンの群れが襲う！ ドラム島を発見し、迫るワポル。くれははとなり町ココアウィードへ降りていて少年を治療。その傍らにチョッパーはいた。メリー号に残るゾロは寒中水泳、カルーも飛び込む。ドルトンはこの島に医者がいないのは、ワポルの悪政の為と語り…。
ラパーンの群れが雪崩を起こす！ ビッグホーンを占拠するワポルに挑むドルトンが、“ウシウシの実”の能力でバイソンに姿を変えて戦う！ だがチェスが島民に放った矢をかばって受け、倒れる。そこへ雪崩が押し寄せて、全てを流す!! 木を使って雪に乗り、ラパーンをしのいだルフィは、親ラパーンを助ける。
ワポルを無視して城へ向かうルフィを、チェスとクロマーリモが襲う。それを阻んだのは、ラパーンだった。ルフィはナミを背負いサンジをくわえて、ほぼ垂直のドラムロッキーを登る！ 雪崩から逃れたビビは、ウソップを起こしゾロと会う。ラパーンはワポルに倒され、ビッグホーンに戻ってしまったビビたちは…。
治療を受けたナミはチョッパーと出会う。病気の原因は、リトルガーデンで刺されたケスチアというダニだった。サンジの骨折もチョッパーが手術。気が付いたルフィとサンジは、チョッパーを食おうと追いかけ回す！ 一方、雪に埋まるドルトンの心臓は止まっていて…。チョッパーは、“ヒトヒトの実”を食べたトナカイだった。
ルフィはチョッパーを気に入り、今度は仲間にしようとして追いかけ回す！ チョッパーの心を開いたヒルルクの事を、くれははナミとサンジに話し始める…。ワポルの“医者狩り”に追われながら、ヒルルクは病人を無償で診ていた。しかし彼は、病人が命の危険を感じて逃げ出す程のやぶ医者だったのだ。
不治の病だったヒルルクが残り10日の命と知ったチョッパーは、アミウダケを万能薬と信じて採って来る。ヒルルクはキズだらけで戻ったチョッパーを受け入れ、アミウダケのスープを飲む。すると30年続けた“冬島”に桜を咲かせる研究が成功。ヒルルクはくれはにそれを託し、チョッパーに医術を教えてほしいと頼む。
城に登って来たワポルを、ルフィは飛び出して殴り飛ばす！ くれははワポルに言う、この城にヒルルクの海賊旗をかかげて彼の墓にしたと。それはチョッパーの願いだった。だが、ルフィがジャケットを取りに行った隙に、チョッパーがワポルに食われてしまう！ サンジは戻って来たルフィを…。
ヒルルクの海賊旗を掲げたまま、ワポルの砲撃を耐え抜くルフィ。ヒルルクの事は知らなくても、海賊旗をかかげた者の思いを尊重する姿に、チョッパーは海賊とは何かということを実感する！ その頃、ビッグホーンでは、ワポル専属の医療団イッシー20がドルトンを救おうとしていた。
城に入ったワポルはナミを捕まえるが、ルフィに見つかり蹴飛ばされる。武器を食べて人間兵器に変わろうとするも、武器庫の鍵は既にナミの手の中にあった。息を吹き返したドルトンは、島民とロープウェイで城へ。ゾロ、ウソップ、ビビも一緒だ。ルフィに追い詰められ、追いつめられたワポルは…。
ナミは武器庫の鍵と引き換えに、くれはから治療代の帳消しと退院許可を得る。ルフィの真っ直ぐな想いがチョッパーの心を開き、彼は仲間になることに。くれはに反対され追いかけられるチョッパーは、ソリを引き、麦わらの一味とビビを乗せて駆けてゆく。くれはは武器庫から大砲を出し…。
“ヒルルクの桜”に見送られ、メリー号ではチョッパーの乗船を祝う大宴会が開かれていた。自分の医療道具がそりに積まれていたのを知り、チョッパーはくれはの愛情を感じる。 “世界会議（レヴエリー）”で10歳のビビに会っていたのを思うドルトンは、エースが“黒ひげ”ティーチを追って上陸していたと報告を受ける。
アラバスタの港町ナノハナで暴れる海賊を、クロコダイルは砂嵐を巻き起こし干からびさせた！ 国王コブラも感謝する英雄、“王下七武海”表の仕事だ。メリー号はホットスポットに突入し、緑の蒸気の中でボン・クレーを釣り上げる。ボン・クレーは、助けられた礼に“マネマネの実”の能力を披露する。
アラバスタの港町・ナノハナに着くなり、ルフィはメシ屋へ駆け出していった。反乱軍の拠点であるユバへ行って、暴動を止めたいビビ。彼女のために、サンジとチョッパーが砂漠を渡るための物資を買いに出る。香水と熱さとでダウンしたチョッパーは、反乱軍の荷車に乗ってしまい…。
ルフィを探す麦わらの一味。同じく彼を捜していた火拳のエースは、たしぎとスモーカーを目撃。レストラン「spice bean」で騒ぎを起こしたところに、スモーカーが現れる。そこに飛び込み、二人を店の外に飛ばしたのはルフィだった！ スモーカーに追われるルフィは一味を見つけ合流、今度はエースに助けられる。
エースがスモーカーを阻み、自然（ロギア）系の能力が激突して渦巻く！ メリー号は買いこんだ物資を積んでエルマルへ…が、ルフィの姿がまたも見えない。路地裏で再会した義兄弟は、腕相撲で勝負。昔話にも花を咲かす。弟ルフィは、エースの「白ひげ海賊団」への誘いを断り、海賊王になるため白ひげと戦うと宣言する。
サンドラ河を上ってエルマルへ行く途中、ビビはカルーに、父である国王コブラへの手紙を託す。手紙を持ち、首都アルバーナへと走るカルー。一方、エースはクロコダイルの国取りに裏があると読んでいた。ルフィはダンスパウダーを使ってコブラを陥れたクロコダイルの策略を知り、怒りを燃え上がらせる。
ユバを目指し、砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。途中、ルフィがワルサギにダマされ、３日分の物資の全てを盗まれてしまう。しかも、巨大な肉食の植物が！ ルフィは食われそうなラクダを救出。それはカトレアでチョッパーを逃がしたラクダで、ナミは「マツゲ」と名前を付ける。
マツゲに乗って先へ行くナミとビビを追って、歩く一味。ルフィが幻覚剤の原料メスカルサボテンを食べて暴れる中、エースだけがはぐれてしまう。砂族バルバル団の砂族船のメインマストをルフィが折ってしまったため、一行はメリアスへ材木を取りに行くことに。ルフィとビビ、砂族のザバとラサは砂ぞりで出発するが…。
水が手に入るとバルバロッサに教えられた「イド」には、弱いカミュたちが反乱軍を騙って巣食っていた。そこへ現れたエースは水と食料をもらい、麦わらの一味と合流。ニセ反乱軍の存在を知ったビビは、カミュたちに村を護る気持ちがあるか確かめようと、「イド」をルフィ達に襲わせる。
砂漠を行く麦わらの一味、ビビ、エース。ビビとコーザ、二人は幼馴染みだった。コーザは“砂砂団”を組織するリーダー、ビビは副リーダーとして互いを認めていたのだ。チンピラの“砂商団”アゴトギがビビを誘拐しようとした時に、命懸けで彼女を守ったコーザは顔を斬られてしまったのだ。
エースを狙う賞金稼ぎ・スコーピオン。スコーピオンを探す彼の息子・ディップとチップ。実はエース自身も、ユバで黒ひげを倒したと言うスコーピオンに会いたがっていた。エースの前に現れて挑みかかるスコーピオンだが、“黒ひげ”を倒したのは全くの嘘だった。陽炎立つ地での決闘の結末は…。
ルフィがまたも幻覚を見て大暴れ！ 素手で止めようとしたゾロと熱さでやられたチョッパーも加え、一行からはぐれてしまう。地下の古代遺跡に落ち、「歴史の本文（ポーネグリフ）」を見たり空を飛んだり…ゾロとチョッパーは仲間について話し合い、ビビは国のかたちについて思いを巡らせる。
ナミがビブルカードを、ルフィの麦わら帽子のリボンの裏に縫い付ける。その頃、スパイダーズカフェにオフィサーエージェントが集結。クロコダイルが待つレインベースへ向かう。麦わらの一味とビビがようやく着いたユバは、エルマルと変わらない枯れた町。トトが１人、オアシスを掘っていた…。
ユバの宿で眠る麦わらの一味とビビ。レインベースのカジノ・レインディナーズでは、クロコダイルによってユートピア作戦が発令されていた。決行は明日の12時。そこにMr.3が現れ、麦わらの一味とビビが生存していると告げる。クロコダイルは、ビビとコーザの再会阻止を厳命する。
ビビはカトレアからレインべースへ行く先を変更。アルバーナにはカルーが着き、敵がクロコダイルと知ったコブラは、軍をレインべースへと向ける。麦わらの一味はレインべースに着くとすぐに、待っていたスモーカーに追われ、バロックワークスにも見つかってしまう。だが、覚悟を決めるとレインディナーズに突入する！
ルフィと合流したゾロ、ナミ、ウソップは、レインディナーズの中でもスモーカーに追われる。そのままVIPルームへ通されると海楼石で作られた檻の中へ！ クロコダイルが現れ、ミス・オールサンデーがペルを倒してビビを連れて来る。時は12時を回った。恐るべきユートピア作戦が発動する！
国王がアルバーナ宮殿から消えた！ ボン・クレーがコブラに化けてナノハナに現れ、ダンスパウダーで三年間の雨を奪っていたと言う。駆け付けたコーザは撃たれ、Mr.1とミス・ダブルフィンガーが巨大船を町に突っ込ませて火を放つ！ コーザはアルバーナへの総攻撃を決意、チャカは迎え撃つよう命じる！
コーザ率いる反乱軍がアルバーナに着くのは、明日の夜明け。クロコダイルも檻の鍵をバナナワニに食わせてアルバーナへ発とうとする。水没し始める部屋。そこへサンジが子電伝虫を鳴らす！“Mr.プリンス”と名乗り、自分はレインディナーズの正面にいると。サンジはクロコダイルを外へ出し、ビビと再会する！
チョッパーがMr.プリンスを名乗って町へ逃げ、クロコダイルをおびき寄せる。その隙にサンジは、スモーカーが指示したバナナワニにキック。口から出たのはMr.3と鍵だった！ 鍵を投げるMr.3。本物の鍵はまだクロコダイルの手の中。しかしウソップの発案で、サンジはMr.3に鍵を作らせることに。そして…。
チョッパーが用意したヒッコシクラブに乗って、麦わらの一味とビビはアルバーナへ。だが、突然クロコダイルの鉤爪がビビを捕らえる！ ルフィはビビを逃がして先へ急がせ、その場に残って対決。砂になってルフィに殴らせないクロコダイルは、ユバに向けてとどめの砂嵐を発生させる！
トトにもらった水で濡れたクロコダイルの左腕を掴むルフィだが、流砂へ放り込まれてしまう。ナミの踊り娘姿に加速するヒッコシクラブと、サンドラマレナマズを倒すクンフージュゴンに助けられ、サンドラ河を渡るビビ達を迎えたのは、カルー率いる超カルガモ部隊だった。砂に沈んだルフィを救ったのは…。
コーザ率いる反乱軍とチャカが指揮する国王軍は激突間近。ビビ抹殺を狙うオフィサーエージェントの前に、超カルガモに乗ったビビらしき者が、何と6人も現れる！ その中の本物は、カルーと反乱軍の前へ。しかし、国王軍内部に潜入していたバロックワークスが発砲！ ビビの声はコーザに届かず、両軍は激突を始める。
ボン・クレーを逃がしたウソップに、サンジはチョッパーを助けるよう指示し、ビビのもとへ走る。ビビを乗せて飛び、ボン・クレーから逃げるも力尽きるカルーを、超カルガモのイワンＸとカウボーイが救う。ここからはサンジの出番！ 一方、Mr.1とミス・ダブルフィンガーは、ナミを標的に定める。
苦戦中のウソップとチョッパー。モグモグの実のモグラ人間であるミス・メリークリスマスが砂漠に掘るトンネルを駆使。イヌイヌの実の銃ラッスーが野球のボール型の時限爆弾を撃ち出し、それをMr.4が4tバットで打ってくるのだ。ミス・メリークリスマスは、ルフィはクロコダイルに殺されたと言うが…。
ミス・メリークリスマスに高速移動させられるウソップの顔面を、Mr.4が4ｔバットでカッ飛ばす！ それでも立ち上がるウソップ。チョッパーとの連携で、4ｔバットにミス・メリークリスマスの顔面を打たせる。Mr.4にも必殺ウソッチョハンマー彗星が決まり、見事に勝利！ 一方、ボン・クレーに対するサンジは…。
ウソップがチョッパーの治療を終えた頃、スパスパの実の刃物人間Mr.１はゾロに、ミス・ダブルフィンガーはナミに狙いを定めていた。サンジは、ナミの姿ではバレエ拳法を使えないというマネマネの実の弱点を見抜き、ボン・クレーに対して勝機を掴む。宮殿では爆破される寸前、ビビの前にクロコダイルが現れ…。
ミス・ダブルフィンガーのトゲトゲの実の能力に右肩を貫かれたナミは、ウソップ作の新兵器・天候棒（クリマ・タクト）を振るう。宴会芸しか放てず説明書を読む隙に、頭から胸への中心線を貫かれるナミ。その頃、宮殿では、クロコダイルがコブラに「プルトン」のありかを訊ねていた。
「プルトン」がアラバスタに実在するか定かでないと答えるコブラ。クロコダイルは両軍が戦う宮前広場に、30分後の午後４時半、砲弾を撃ち込むと言う。それならば、歴史の本文（ポーネグリフ）が記された場所はどこか？…案内を承諾するコブラ。一方、クリマ・タクトを使いこなし始めたナミは…。
刀の硬度を持つ体のMr.1を、ゾロは斬る事が出来ない。追いつめられたゾロの脳裏に、師匠の語った「何も斬らないが鉄でも斬れる」剣士の話がよぎる。Mr.1に散々斬られるも、ゾロは全ての物に呼吸がある事を感じ、鉄の呼吸に耳を済ます。くいなから譲り受けた、和道一文字１本が走る！
エリート護衛団ツメゲリ部隊の４人が、さらにチャカが、次々にクロコダイルに挑むも歯が立たない。宮前広場爆破25分前。宮殿に着いたコーザは、全ての黒幕がクロコダイルだと知る。国王軍はビビの命令で白旗を掲げ、その中央に立つコーザが反乱軍を鎮める。しかし国王軍に潜入していたバロックワークスがコーザを撃つ！
倒れながらも「戦うな」と、声をふりしぼるコーザ。突然、塵旋風が視界を奪う。両軍に潜入するバロックワークスが撃ち合い、戦いは始まってしまう。それでも諦めないビビを、クロコダイルは宮殿から突き落とす！ その瞬間、ペルに乗ったルフィが現れる。ビビを助け着地したその場所に、麦わらの一味が集結する！
ゾロたちとペルは、10分後の宮前広場砲撃をビビから知らされ、砲撃手を探し始める。ルフィはクロコダイルに大量の水を浴びせるが、全て砂に変えられてしまう。その頃、ミス・オールサンデーは、コブラに歴史の本文（ポーネグリフ）のもとへと案内をさせていた。だが、たしぎが現れ、彼女は賞金首だと海軍に告げる。
干涸びたルフィは、クロコダイルに放つがハズレた水を偶然受けて甦る。地下聖殿で対面したポーネグリフ「プルトン」の文字はないと言うミス・オールサンデーを、クロコダイルは鉤爪で貫く！ コブラが地下聖殿崩壊の仕組みを動かした頃、ビビが大砲の隠し場所をひらめく。仮眠を取ったルフィは地下聖殿へ向かい…。
地下聖殿でクロコダイルと対峙するルフィは、血で濡れた足と拳で戦いを挑む。鉤爪の毒針を使うクロコダイル。その頃、ミス・ファーザーズデーに撃たれたペル以外は、海軍を率いるたしぎの援護で時計台に集結。砲撃30秒前、時計の文字盤が開き、大砲とMr.7、ミス・ファーザーズデーが現れる！
クロコダイルの毒に苦しむルフィ。宮前広場ではナミの発案で、ウソップ、サンジ、ゾロ、チョッパーを発射台にして、ビビを時計台のてっぺんへ飛ばすことになる。ビビは大砲の導火線を切って砲撃を止める。しかし砲弾は時限式！ 爆発まで十数秒…その時、ペルが現れ、砲弾を持って空高く舞い上がる。
砲弾の爆発を見ても戦いを止めない両軍。ルフィはクロコダイルの毒針を折り、ゴムゴムの暴風雨（ストーム）を浴びせる。地下聖殿から岩盤を突き破り、空に舞うクロコダイル。そして雨が降り出し、ビビの声が人々に届く！ 戦いは鎮まり、コブラの礼にルフィは最高の笑顔を返す。
チャカは国王軍に武器を捨てよと命じ、イガラムがカッパに、ナノハナに現れたコブラはニセ者だった事を話させる。コブラからルフィを引き取ったゾロたちは、力尽きて道端で気を失ってしまう。たしぎはクロコダイルを捕らえ、麦わらの一味には手出し無用と命じる。海上にはスモーカーとヒナがいて…。
麦わらの一味は、宮殿の大食堂や大浴場で大騒ぎ。改めて礼を言うコブラ。懸賞金が上がったルフィ、賞金首になったゾロを捕らえる為、ヒナはアラバスタの港を封鎖する。一味は超カルガモ達に乗って、ボン・クレーがメリー号を移したサンドラ河上流へ。旅を続けるなら明日の12時に東の港で、とビビに告げて。
ヒナの黒ヤリの陣に、メリー号とボン・クレーの快速スワンダ号は苦しむ。麦わらの一味に仲間との約束があると知り、ボン・クレーはルフィに化けてヒナを惹きつけ玉砕！ ビビとカルーは立志式を抜けて来るも、別れを告げる。海軍の前で王女と話す訳にはいかない一味は、左腕の仲間の印を全員で掲げる。
ボン・クレーの手下相手に、ヒナがオリオリの実の能力を見せる。復興に向け活気づくアラバスタ全土。カミュもバルバロッサとラサも、そしてペルも無事だった。メリー号では、船室からミス・オールサンデーが現れる！ ポーネグリフにはプルトンの全てが記してあったのに、ウソをついていたのだった。
アラバスタでの激闘を越え、麦わら海賊団は再び海へ。一行は食材豊かな島を発見する。上陸したルフィたちは木の実を取りに、ナミは測量へと向かう。そして船番を任されたチョッパーは、ランブルボールを作りながらDr.くれはのことを思い出していた。チョッパーの初めての患者は、熱病に冒されたくれはだったのだ。
ひょんな事から上質な紙を手に入れたルフィたち。ナミは喜び、これまでの航海を地図にしようと一人で船室へ。一方、甲板の掃除を始めた他のメンバーだったが、ゾロとサンジがケンカになり、ルフィたちは遊んで大はしゃぎする始末。あまりの騒々しさに、遂にナミの怒りが爆発する！
海軍の見習いコック・タジオを助けたルフィたち。彼の夢はオールブルーへ行く事。しかし昼までに美味いカレーを作らなくては船を降ろされてしまうという。自分と同じ夢を持つタジオのため、サンジはルフィと共に海軍船へ潜入。邪魔するフリをしながらもタジオの手助けをする。ところが、ルフィが海軍に見つかってしまい…。
ルフィたちが次に上陸したのは、花火大会で有名な島だった。ウソップは火薬を分けて貰おうと、花火職人の大玉を訪ね、その孫の小玉と出会う。小玉の夢は、両親の夢でもあった二百号玉の打ち上げ。しかし二百号玉は未完成の危険な花火だった。大玉に止められ、小玉は飛び出していってしまう。
時は遡って、ゾロがまだ麦わら海賊団に入る前のお話…。賞金稼ぎとして生きるヨサクとジョニーは、小さな町でゾロに出会った。世界一の剣豪を目指して修行するゾロの姿に、二人は幼い頃の夢を思い出していた。そんな折、町はずれに賞金首・山賊ディックが現れた。人々を守るため、二人はディックに戦いを挑んだ。
濃霧の先で見つけた島に上陸した麦わら一行に、島ヤギの大群が襲いかかる。群れを率いているのは海賊嫌いで小心者の爺さん・ゼニィ。ゼニィを驚かせて気絶させてしまったルフィたちは、お詫びとして彼の身の回りの世話をするハメに。皆が雑用に追われる中、食料を探しに出かけたゾロは…。
若かりし頃のゼニィは海賊相手の金貸しだった。稼いだお金で海に出て、海賊王になる。それがゼニィの夢だったのだ。しかし無人島に一人で流れ着き、海に出られないまま歳を取りすぎてしまった。夢を諦めたゼニィに、歳なんて関係ないとルフィは言う。そこへゼニィの財宝を狙う海軍が現れる。
ゼニィ海賊団、出撃！ 山の上から駆け下りた海賊船で、ついにゼニィが島ヤギの群れと共に海へ出た！ 長年の夢だった海賊として、海軍を相手に大活躍。しかし、あと一歩まで追いつめたところで、病んでいたゼニィの心臓が発作を起こしてしまった。海兵の剣先が、倒れ伏したゼニィの喉元に突きつけられ…。
パスクア少佐率いる海軍の追手を振り切って、ルルカ島へと辿り着いた麦わら海賊団。そこは、何にでも税金を課すウエットン市長が支配する島だった。税金を無視して上陸したルフィたちは、町で虹色の霧を研究する科学者ヘンゾ博士と出会う。時を同じくして、島の港に無人のガレオン船が流れ着いていた。
虹色の霧の向こうには、船の墓場・エイプスコンサートが広がっていた。おまけに不気味な雰囲気の中から現れたのは、なんと幽霊！ しかしルフィが倒してみると、幽霊の正体は5人の子どもたちだった。その姿にヘンゾは驚く。彼らこそ50年前に行方不明になり、今までずっとヘンゾが探し続けていた仲間たちだったのだ。
エイプスコンサートは、どちらへ進んでも元の場所へ戻ってしまう迷路の空間。このままでは永遠にさまよい続けることになってしまう。虹色の霧からの脱出方法を求めて、ルフィたちはパンプキン海賊団と合流することに。だが、リーダーのラバ・ヌイは50年という時の流れを認められず…。
ウソップのお陰で誤解が解け、ヘンゾとラパ・ヌイは涙と共に握手を交わそうとする。だがその瞬間、エイプスコンサートを飛び回っていたルフィがラパ・ヌイと衝突。そのまま二人は空間の狭間へと消えてしまった。一方、外の空間ではナミたちがルフィらの救出作戦を進めていた。しかし、ウエットンの魔の手が迫り…。
レインボータワーを起動させ、エイプスコンサートから財宝を運び出すウエットン。その前に、怒りのルフィが立ちふさがった。追いつめられたウエットンは逃げだし、タワーを爆破させてしまう。その衝撃は空間のバランスを乱し、エイプスコンサートの崩壊を招くのだった。ルフィたちは無事に脱出できるのか!?
巨大ガレオン船が降ってきた！ 空を差すログポースに戸惑うナミをよそに、ルフィは“空島”の地図を発見して大喜び。沈んだガレオン船から情報を得るため、ルフィ、ゾロ、サンジが海底へと向かうが…。
突如来た夜！ 巨大ウミガメから逃れたルフィたちは、巨人族の何十倍もの大怪物の影を目にする。ゴーイングメリー号、必死の逃走！ 同じ頃、宴会でバカ騒ぎのバギー一味の船に、火拳のエースが乗り込んでくる。
港町モックタウン、そこは海賊たちが集う無法地帯。ケンカは日常茶飯事だ。決してケンカしないと、ナミに誓うルフィとゾロ。酒場へ入った彼らの前に、賞金首の海賊“ハイエナのベラミー”が現れた！
夢を見ることを否定し、空島を目指すルフィたちを笑うベラミーたち。だが、ナミとの約束のあるルフィとゾロは、やられっぱなしのされるがまま。傷だらけの２人を連れて店を出たナミの前に、謎の大男が現れる。
空島の情報を探すルフィたちは、夢を語りモックタウンを追い出された男に会いに行く。その男、クリケットは、“ノースブルー”に伝わる童話『うそつきノーランド』の主人公であるモンブラン・ノーランドの子孫だった。
クリケットは、空島があるなら“積帝雲”の中だと語る。そこへ行くには、翌日、南の海に発生する“突き上げる海流”に乗るしかない。ルフィたちは、常に南を向く習性を持つサウスバードを捕まえるため、森へと入ってゆく。
サウスバードを捕らえようと真夜中の森に入ったルフィたちを、巨大なカマキリやテントウ虫、オケラなどが襲う！ クリケットたちはベラミーの“バネバネの実”の能力の前に倒れ、金塊を奪われてしまう。
金塊を取り返しに来たルフィを笑い、“スプリング跳人”を繰り出すベラミー。だが、勝負はルフィのパンチ一発で終わった。聖地マリージョアでは、クロコダイルの後継をめぐって七武海に関する会合が行われる。
ゴーイングメリー号フライングモデル完成！ クリケットに別れを告げ、ルフィたちは南の海へ船を出す。予想以上に早く積帝雲が現れ、引率の猿山連合にも緊張が走る。大荒れの海には、どでかい渦潮が待ち受けていた！
空の海に来たゴーイングメリー号。環境の変化に戸惑うルフィたちを、突如仮面の男が襲う！ 空気が薄くて思うように動けず、倒されてしまうサンジ、ゾロ、ルフィ。男がバズーカを構えた瞬間、鳥に乗った騎士が現れた！
スカイピアに着いたルフィたちは、エンジェルビーチに上陸。ふかふかの地面に、海軍もいない天国のような場所で、リゾート気分を満喫する。さらに天使のような島の住人・コニスと出会い、サンジも大喜びする。
絶対に足を踏み入れてはならない聖地、神の住むアッパーヤード。一人ウェイバーで遊んでいるナミが、そこに入らなければ良いが…。だが、ルフィはすでに、アッパーヤードに入る気満々だった。
スカイピア警察“ホワイトベレー部隊”のマッキンリー隊長が、ルフィたちに不法入国の罪を告げに来る。罰金を払えば済むというが、700万ベリーという法外な金額。怒ったナミは、ウェイバーごと隊長に体当たりする！
第２級犯罪者となったルフィたちへの、天の裁きが始まった。ゴーイングメリー号上のナミたちは、生け贄として超特急エビに連れて行かれてしまう。残ったルフィ、ウソップ、サンジは神の試練に臨むことになる。
仲間のナミたちを助けるためにアッパーヤードへ行こうとするルフィたちは、コニスに案内されてエンジェル島の船着き場へ。そこでコニスは、自分が超特急エビを呼んだのだと明かす。その瞬間、空から“神の裁き”が下った！
ルフィ、ウソップ、サンジはカラス丸に乗って神の島へ。入口を過ぎるとすぐに、巨大な鎌が連続して降りかかる！ 罠をかわしたと思ったら、空ヤツメが襲いかかってくる。さらにその先には、４つの試練への入口が待ち受けていた。
ルフィの勘で、カラス丸は“玉の試練”へ。そこには、無数の島雲の玉があるだけ。ルフィたちは油断するが、それはヘビが出たり爆発したりする“びっくり雲”だった。そして、この試練を司る神官サトリが現れる！
心網で相手の動きを読んで攻撃を避け、手から打撃とは異なる得体の知れない攻撃を繰り出すサトリに、ルフィたちは打ちのめされる。生贄の祭壇で一人船番をするチョッパーの前にも、鳥に乗ったもう一人の神官が出現する！
心網で相手の動きを読んで攻撃を避け、手から打撃とは異なる得体の知れない攻撃を繰り出すサトリに、ルフィたちは打ちのめされる。生贄の祭壇で一人船番をするチョッパーの前にも、鳥に乗ったもう一人の神官が出現する！
ガン・フォール対シュラ。目にも止まらぬ空中戦が繰り広げられる。しかし「紐の試練」にかかったガン・フォールの動きが、突然止まってしまう。その頃、「玉の試練」ではルフィが予想外の行動でサトリの心網を乱していた。
神の島の混乱に乗じ、ワイパーの号令のもと、シャンディアたちが総攻撃を開始する。海に落ちたチョッパーは巨大なサウスバードに救われ、森を探索していたナミたちは、空に浮かぶ大地“神の島”の真実を発見する。
ルフィたちを乗せたカラス丸は、神の社へと急ぐワイパーたちと草原ですれ違う。奥の森ではシャンディアと神官の戦いが始まっていた。おかげで雲の川を難なく抜けたルフィたちは、ついにナミたちと合流する。
ルフィたちは、翌日の黄金探しの作戦会議を始める。ノーランドの昔話をもとにナミが作った400年前のジャヤの地図。そこには黄金のありかが記されていた！ 空ウルフも見事に手なずけて、キャンプファイヤーで前祝いだ！
ルフィたちは探索組と脱出組の二組に分かれ、行動を開始。ワイパーたちシャンディアは、神の島への侵攻を再開する。待ち受けるシュラたち三人の神官。神・エネルが仕掛けた、生き残りへの戦いが始まる！
遺跡を目指すゾロたちを、超どでかい大蛇が襲う！ 猛毒の牙を前に、さすがのゾロも逃げの一手。逃げ回るうちに、四人は離ればなれになってしまう。同じ頃、ゴーイングメリー号では、前“神”であるガン・フォールが、空島の歴史を語り出す。
エネルの首を狙うシャンディアを、“紐の試練”が阻む。一人罠にかからなかったワイパーは、銃も盾も捨ててシュラに立ち向かう。左肩を“熱の槍”で突かれるが、右手に仕込んだ“排撃貝”で必殺の一撃を放つ！
スケート靴型ウェイバーで自在に空を飛ぶブラハム。三刀流の攻撃もよけ、“閃光銃”でゾロを狙う！ 撃つたびに光る銃のせいで間合いがつかめず、足を撃たれるゾロだが、飛ぶ斬撃、一刀流“三十六煩悩鳳”を放つ！
ルフィに砲弾は効かないと知ったワイパーは、武器を“バーンバズーカ”に切り替え、青白い炎を噴射！ 大木をも貫通する破壊力だが、バズーカならルフィも負けてはいない。ゴムゴムのバズーカで真っ向勝負を挑む！
遺跡へ着いたチョッパーを、神官ゲダツが襲う！ ゲダツの操る“沼雲”は、一度触れると抜け出せない危険な雲。ランブルボールを駆使して逃げ回るチョッパーだが、強力なジェットパンチを食らってしまう。
三つ子の兄・サトリの復讐に現れたホトリとコトリ。ウソップとサンジは傷付き、ナミは船を守るためにガン・フォールと共に戦う！ “天候棒”で霧を起こしてホトリの目をくらまし、“衝撃”でとどめをさす！
遺跡を荒らすヤマに、ロビンの怒りが爆発！ “百花繚乱「大飛燕草」”で谷底に落とし、完全に叩きのめす。探索を進めるロビンは、雲の下に遺跡を発見。800年前に突如滅んだ黄金都市・シャンドラは、ここに眠っていたのだ！
チョッパーは“巨大豆蔓”を登り、上層の遺跡にたどり着く。そこには男が一人、人間のもろさを憂いて泣いていた。この男こそ神官オーム。ここは生存率0％と言われる“鉄の試練”のエリアだったのだ。チョッパーの命が危ない！
ゾロ、ガン・フォール、ワイパー、オーム、４人の男たちの生き残りを賭けた戦いが始まった。戦闘の最中、ゾロはオームにやられたチョッパーを発見。駆け寄る彼にも、オームの罠が襲いかかる。倒れた仲間を前に、ゾロの心が熱く燃え上がる！
触れればタダでは済まない白荊のドーム内で、ゾロ、ワイパー、オームたちの、生き残りを賭けた死闘の火ぶたが切って落とされた！ 一方、大蛇の腹の中では、ナミたちがルフィと驚きの再会を果たしていて…。
自在に形を変える“鉄雲”の剣で、ゾロを追い込んでゆくオーム。だがゾロは三刀流“百八煩悩鳳”で鉄雲を弾き飛ばし、オームに勝利する。その頃、シャンドラの遺跡を歩くロビンの前にはエネルが現れ、悠然と語りかけてくる。
エネルの稲妻で上層遺跡が崩壊し、落下してゆく。ナミたちは大蛇から脱出するが、ルフィとアイサが取り残されてしまう。かくしてゾロ、ロビン、ナミ、ワイパー、ガンフォール、そしてエネルが、シャンドラに集結する。
空島の人々を青海に落とそうとするエネルの企みに、ガン・フォールは激怒。だが、圧倒的な雷の力を前に倒れてしまう。ワイパーはシューターに仕込んだ海楼石でエネルの力を封じ、“排撃”を放つ！
自分の心臓を電気マッサージし、復活したエネル。力尽きたワイパーは、もはや反撃さえ出来ない。ゾロさえ一太刀も浴びせられぬまま、倒れてしまった！ やっと大蛇の体内から脱出したルフィは、ボロボロになった仲間の姿を目の当たりにする！
エネルのもとに着いたルフィは、真っ向からケンカをふっかける。雷の力で迎え撃つエネル。だが、ゴム人間のルフィには、どんなに強力な電撃も全く効き目がない。ルフィはエネルにとって、この世にたった一人の天敵だったのだ！
エネルの電熱スピアが、ルフィの体を焼く！ “心綱”で動きを読まれ、苦戦するルフィは、変なアイデアで対抗。“ゴムゴムのボー”で攻撃を避け、“ゴムゴムのたこ花火”を発射！ 壁に跳ね返った拳がエネルに当たった!!
“ゴムゴムの回転弾”で倒れたエネルだが、またしても立ち上がる。ルフィさえいなければ、自分の天下…勝負を避け、ルフィの右腕を巨大な金塊で封じるエネル。空高く上昇するマクシムから、ルフィは金塊ごと落とされてしまう！
サンジとウソップが復活し、ナミを救出するためマクシムに潜入。甲板では、ナミが必死にエネルの電撃をかわしていた。だが、食らってしまうのは時間の問題。もはや逃げ切れないと覚悟した瞬間、仲間の声が響く！
マクシムからの脱出に成功したナミとウソップは、巨大豆蔓へ向かう。そこではちょうど、ロビンが下層の遺跡から負傷者を運び上げたところ。ルフィも来るが、再会もつかの間、そのままエネルめがけて上へと駆け上ってゆく！
その昔、ワイパーの遠い先祖である大戦士カルガラには、親友がいた。その名はモンブラン・ノーランド、今は「うそつきノーランド」として語られている男だ。ある時、ノーランドは嵐の中で美しい鐘の音を聞く。それが二人の出会うきっかけだった。
命の尊さ、進歩の大切さを訴えるノーランドに、カルガラは戒律を破る。「村は救える!!」と答えるノーランドに、涙を見せるカルガラ。そしてノーランドは、見事疫病を治す薬を作って村を救い、カルガラと友情の絆を結んだのだった。
先祖の魂が宿る木々を切ったノーランドたちを、シャンディアは追い出そうとする。だがそれは、恐ろしい病気である“樹熱”から島と人々を救うための処置だった。ノーランド出立の日、誤解に気付いたカルガラは黄金の鐘を響かせる！
方舟マクシムから、巨大な球状の雷雲が発生。莫大なエネルギーをはらんだ雷雲が落ち、エンジェル島は一瞬で跡形もなく消滅してしまう。スカイピアごと消される前に脱出しようと言うナミに、ルフィは断固反対する。
先祖ノーランドの言葉を信じて、黄金郷を探し続けるクリケット。彼の話を聞いて心打たれたワイパーは、巨大豆蔓を倒すのに力を貸す。傾き出した巨大豆蔓！ ナミの最大出力“噴風貝”ウェイバーが、ルフィを乗せ、黄金の鐘めがけて発進する！
巨大豆蔓からウェイバーが飛ぶ！ さらにジャンプして、雷雲の塊に飛び込むルフィ。“ゴムゴムの花火・黄金牡丹”で雷雲を散らし、黄金の鐘を目指す。そして雷神と化して迎え撃つエネルに、“ゴムゴムの黄金回転弾”を放つ！
黄金の鐘の音は、空島だけでなく、遠く青海のノーランドのもとまで鳴り響いた。戦いは終わったのだ。満月の夜に宴の炎が燃えさかり、麦わらの一味を中心に奏で、歌い、踊る、盛大な喜びの時が始まる。
ルフィたちはそれぞれ、空島を発つ準備を始める。ウソップは“貝”を集め、ルフィたちは大蛇の腹の中で財宝をゲット！ 大鐘楼の碑文を読んだロビンは、その横に海賊王ゴール・Ｄ・ロジャーの残した文章を発見する！
“雲の果て”の門を出た途端、ゴーイングメリー号は急速に落下を始める。7000メートル下まで落ちると思った瞬間、空島名物タコバルーンが船体を包み込む。ふわふわと降下を始めた船の上空から、ルフィたちを送る鐘の音が聞こえてきた。
空島からメリー号が落ちた先は、海軍の要塞だった！ ライトで照らされ、何門もの砲台が狙いを定める。だが船には誰もおらず、飲みかけのコーヒーに、消し忘れた煙草が残っているだけ。海兵たちは幽霊船と恐れ始める！
ルフィたちは船を離れ、散り散りに要塞に潜んでいた。変装して食堂へ入ったルフィとサンジは、海軍本部から来たコックと間違えられる。厨房を仕切るのは、誇り高き美人料理長ジェシカ。彼女はサンジに、料理勝負を提案する。
ゾロが要塞の司令官ジョナサンに囚われてしまう。ナミは看護婦に変装して難を逃れ、木箱に隠れたチョッパーは医務室へと連れられて行く。その医務室には、嵐に襲われた船から続々とケガ人が運ばれてきたところだった。
コックに化けていたルフィとサンジだが、ジョナサンに正体を見抜かれ、逃げ出すことに。慎重に要塞を調べるロビンを置いて、ウソップはメリー号奪還に走る！ 海兵に変装してドックへ潜り込むが、あえなく囚われてしまい…。
ゾロとウソップが囚われたと知ったルフィとサンジは、救出に向かう。監獄のある中央島は、人の姿がなくいかにも怪しげ。構わず突入した二人だったが、海楼石を仕込んだ檻と海兵が待ち受けていた。やはり罠だったのだ！
ルフィたち４人は、メリー号のあるドックを目指す。そこへ行くには、中央島から伸びる橋を渡らねばならない。橋には第55部隊、通称“熱風隊”が待ち伏せている。暑苦しい猛攻を突破して、ドックにたどり着くことは出来るのか!?
ゴーイングメリー号のあるドックに着いたルフィたちだったが、そこにも海兵の大部隊が待ち構えていた。倒しても倒しても、敵の数は減らない。ついにはルフィが海楼石入りの網で捕らわれてしまう。麦わら海賊団、万事休す!?
脱出寸前、ナミは船内に黄金がないことに気付く。すかさず、爆煙の中をＵターン！ 廃ドックに身を隠す。奪われた黄金は、ボロボロになったメリー号を修繕するための大切な費用だ。奪還を目指し、再び要塞への上陸を開始する！
ルフィ、ゾロ、ウソップ、ロビンの黄金奪還チームは、保管庫に着く。すんなり侵入できたと思いきや、やはり海兵が待ち伏せていた！ ルフィらが食い止める名か、ウソップが巨大金庫の鍵を開ける。その中に入っていたのは…!?
黄金をエサに、ルフィとナミを自室へおびき寄せたジョナサンは、ついにルフィを捕まえる。だが、ナミが“サンダーボルト・テンポ”で海兵全員を打ち倒した。見事黄金奪回は成功！海軍船に偽装したメリー号で一気に脱出を図る。
夜９時になると起こる引き潮“ナバロンの海の牙”のせいで、メリー号は前進不能に陥り、しかも岩礁に乗り上げてしまう！ ジョナサンは完全に包囲し降伏を勧めてくるが、ルフィたちはウソップの“貝”で起死回生の秘策に打って出る！
ジャヤの街で、七武海の一人ドフラミンゴが“新時代”が来ると叫ぶ！ 修理を終えて着水したメリー号には、シーモンキーが襲来。無事逃げたルフィたちは島を発見。早速上陸するが、そこは木も動物も全てが長い島だった。
トンジットと愛馬シェリーの再会に、感動するルフィたち。そこへ銃声が！ シェリーが倒れる。撃ったのは“銀ギツネ”のフォクシー。怒ったルフィは、人取り合戦であるデービーバックファイトの挑戦を受けてしまう！
第一回戦は、タル船で島を一周するレースだ。麦わら海賊団は三チームに分かれてスタートする。凶器、妨害、何でもありのこのレース。早速ルフィ、ゾロの二チームが、フォクシー海賊団のお色気と宴会の罠にはまってしまう。
サンゴ礁の迷路を難なく抜けたナミたちの船は、“衝撃”で一気に加速してトップに躍り出る。数々の妨害もクリアし、ゴールはもう目の前。勝ったと思った瞬間、フォクシーの手からノロノロビームが放たれた！
チョッパーを取り返すため、ゾロとサンジが「グロッキーリング」に挑む。敵はこのゲーム無敗のグロッキーモンスターズ。巨大な三人組を相手に二人で戦わなければならないのに、ゾロとサンジはケンカばかりで協力できない。
あからさまに凶器を持ち出すグロッキーモンスターズ。だが、審判は見て見ぬふりをして反則を取らない。あまりにも卑怯な攻撃に、立ち上がったゾロとサンジがついに共闘する。審判も奴らも、まとめてＫＯだ！
第三回戦は、「ラン・ローラー・ラウンド」というローラースケートレース。一人少ない“麦わらデンジャーズ”は、ルフィが二回出ることになる。だがローラースケートを履いたことのないルフィは、立つことさえも出来なかった！
五本勝負のローラーレースで、二本先取されて迎えた第三ラウンド。快足のチキチータ相手に大ピンチだったが、監督サンジがマタタビ作戦でコースアウトさせて大逆転！ そしてルフィが、スケート靴で立つことに成功した！
フォクシーの３コインゲーム再戦の要求を、ルフィが受けてしまった。第一回戦は、デービーバックファイトで最古の歴史を持つ「ヒット・アンド・デッドボール」。ルフィたちの猛攻で、残る敵はフォクシー一人になるが…。
第一回戦の敗北でロビンを奪われ、奪還に燃える麦わら海賊団は、第二回戦の「どっち・タッチ・だるまさん」に挑む。スタートと同時に全員が、オニのトンジットめがけて駆け出す！ いち早くオニにタッチできたのは…!?
最終戦に勝てばロビンとチョッパーを取り戻せる。だが、負ければ麦わら海賊団全員、ずっと先の子孫までフォクシー海賊団に忠誠を尽くさねばならない。海賊団全体の命運を賭けた船長対決のゴングが、今鳴らされる！
ノロノロビームを警戒するあまり、ルフィは思うように戦えない。フォクシーを追って船内に入るが、中にはワナがいっぱいだった。フォクシーが開発したゴリラ型マシン「ゴリラパンチャー13号」の猛攻を受け、ルフィは大ピンチに！
倒されても倒されても、仲間のためにルフィは立ち上がる！ 最後の力を振りしぼり、ゴムゴムの銃乱打を放つルフィ。フォクシーもメガトン九尾ラッシュで応戦。すさまじい応酬の中、最後まで立っていたのは…!?
サンゴ礁に囲まれた小島の沖で、夜を過ごすルフィたち。朝起きると、徹夜で本を読んでいたロビン以外、みんなの記憶が無くなっていた。今までの大冒険も、仲間のことも、すっかり忘れてしまっていたのだ！
ロビンから話を聞いたルフィたちは、記憶を失う前に笛の音を聞き、少年の姿を見たことを思い出す。その笛を持つ少年に記憶を奪われてしまったのか!? 船を降りたナミとゾロは、わずかに残った子供の頃の記憶をたどる。
記憶が戻ったルフィは、ナミとゾロを捜しに島へ上陸する。だが島の人々は自分の名前も覚えておらず、情報は得られない。その頃、修行中のゾロの前に笛を持つ少年が。彼は最強を目指すのならルフィと戦えとゾロをけしかける。
記憶を奪った犯人を捜すルフィたちの前に、ゾロが立ちはだかる。野獣のような目つきで迫るゾロ。ルフィが一人残って止めようとするが…。一方、真犯人のタツノオトシゴを見つけたサンジは、怒りを込めて蹴り飛ばす！
村人たちの記憶も戻り、ゾロは操られていた恨みを晴らそうとタツノオトシゴを捕まえる。だが、タツノオトシゴにはまだ奥の手があった。記憶の残像によって金縛りにされたルフィたちは、再び記憶を奪われてしまう！
大嵐の中ルフィは、フォクシーたちを救出する。セクシーフォクシー号を発見し、戻ろうとするフォクシーだったが、船内は元部下のキバガエル海賊団に乗っ取られていた。船と部下を取り戻すため、男フォクシーが立ち上がる！
ルフィたちは、屈辱を晴らそうとするフォクシーの罠にはまってしまう。ゴリラパンチャー13号の燃えるパンチに苦戦するルフィ。そこへナミが雨を降らせて炎を消した。ゴムゴムのコマで、フォクシーを一気に撃破だ！
無人島でルフィたちの前に、海軍本部大将の青キジが現れた！ その姿を見た途端、取り乱すロビン。遭難した人々を協力して島から脱出させ、打ち解けたように見えた青キジとルフィたち。しかし、両者に緊張が走る！
恐るべき“ヒエヒエの実”の能力！ 青キジは、一瞬でロビンを全身氷漬けにしてしまった。凍ったロビンを抱え、ウソップは船へと走る。必死に治療するチョッパー。ルフィはゾロとサンジを退けて、一騎打ちを申し出る！
クロールで泳ぐカエルを追いかけるルフィたちの前に、汽笛を鳴らし煙を吐き、猛然と列車が駆けて来る!! シフト駅の駅長・ココロばあさんとチムニーの話では、“海列車”が島から島へ海の線路を走っているのだという。
ウォーターセブンに上陸したルフィたちは、黄金を換金するため、ヤガラという魚に乗って中心街へ向かう。柔らか～い“水水肉”を食べたり、水のエレベーターに乗ったり。巨大な水上都市には、楽しいことがいっぱいだ!!
黄金を換金すると、３億ベリーに！ これでメリー号を修理できる!! 喜び勇んで造船所へ入ろうとするルフィたちだが、鼻の長い男に止められた。「ガレーラカンパニー」１番ドック“大工職”職長のカクだ！
２億ベリーを盗んだフランキー一家を、“艤装・マスト職”職長・パウリーが、ロープを操り退治した！ しかしそのまま金を持ち逃げしようとする。“木びき・木釘”職長ルッチが、パウリーを連れ戻した時、肩のハトがしゃべりだした！
査定から戻ったカクは、ゴーイングメリー号は直せないと言う。もう死を待つだけの、ただの組み木だと。取り乱すルフィ。ウソップこそ一番ショックを受けそうだが、何と彼は、２億ベリーとともに姿を消していた！
盗まれたのはメリーを直す大事な金！ 一人で取り戻しに行くウソップ。しかし返り討ちにあってしまう！ 倒れるウソップに、ルフィたちの怒りの炎が燃え上がる！ 一味のアジト、フランキーハウスを吹き飛ばせ!!
船を換えるというルフィに、ウソップは激昂！ メリーは、どんな波もいっしょにきりぬけてきた大事な仲間だ!! その想いは、ルフィも同じ。だが、船長として決断は変えられない。対立するウソップは、ひとり船を降りていく。
約束の夜10時、決闘が始まる！ 大マジでルフィを攻めたてるウソップ。ルフィの気付かぬ間に、“風貝”でガスを充満させた“火炎星”！ 大爆発に地面がゆらぎ、波が逆巻く。その波をかぶったメリーの涙から、一筋の涙が流れ落ち…。
アイスバーグが撃たれた事件で、町は大さわぎ！ ルフィとナミは、心配して造船所へ急ぐ。サンジとチョッパーは、行方不明のロビンを捜す。造船所に着いたルフィだが、そこへド派手な音楽に乗って、フランキーが現れた!!
フランキーが炎を吹いた!! 悪魔の実の能力者なのだろうか？ だが、川に飛び込んでも全然へっちゃら。右腕からは強力なロケットパンチが飛び出してくる。フランキーは、全身が兵器のサイボーグだったのだ！
アイスバーグの証言で、ロビンの仲間である麦わら海賊団が、市長を狙う暗殺者として街中から追われる身に!! 犯人は本当にロビンなのか？ 真実を確かめたいルフィは、警戒厳重なガレーラ本社へ、ひとり乗り込んでいく！
“アクア・ラグナ”が近づく中、ガレーラの職人たちは暗殺者・麦わら海賊団を探し回る。チョッパーとサンジは、匂いを頼りにロビンを追う。だが二人の前に現れたロビンは、皆に罪を被せて逃げるつもりだと別れを告げる…。
ゾロは、ロビンの狙いが、今度こそ市長暗殺だと推察する。ロビンは敵なのか？ 味方なのか？ 真相を知るには、ワナと知りつつも現場へ行き、ロビンを捕まえるしかない。ルフィたちは市長宅突入の機会をうかがう！
警戒厳重なアイスバーグ邸で、爆発が起こる！ 同時に、仮面をつけた者たちが現れた。わずか数名で、大勢の船大工をバタバタとなぎ倒していく！ 彼らは闇より現れし世界政府直下の暗躍機関“サイファーポールNo.9”だった！
ＣＰ９が狙っているのは、アイスバーグが持つ古代兵器“プルトン”の設計図だった。その戦艦のあまりに強大な力を恐れた造船技師が、暴走した時の抵抗勢力とすべく設計図を残し、代々受け継がれてきたのだ。
ＣＰ９は設計図を狙い、５年前からガレーラカンパニーに潜伏していた。ルッチの話では、８年前に死んだはずのアイスバーグの唯一の弟弟子、カティ・フラムが今もこの町で生きているという。フランキーと名を変えて！
ＣＰ９の４人は、人体から武器に匹敵する力を引き出す武術“六武”を使う。ルフィの“ゴムゴムの銃乱打”を受けても、びくともしないのだ！ 目に見えぬ速さで動き、空を駆け、蹴りひとつで壁をも斬り裂く、ケタ違いの戦闘力だ！
ルッチは悪魔の実の能力者だった！ “ネコネコの実モデル豹”。その巨大な姿、圧倒的なパワーで、ルフィもゾロもブッ飛ばされてしまう！ ＣＰ９の魔の手は、古代兵器の設計図を持つフランキーのもとへと迫る！
船の解体を勧めるフランキーに、あくまでも抗うウソップ。だが本当は、もうメリー号がダメだと分かっていた。空島で船を修理した影は、クラバウターマンと呼ばれる船の化身だった。あの時ウソップは、メリー号自身の声を聞いていたのだ！
ＣＰ９が、フランキーの秘密基地・橋の下倉庫へ現れる。倉庫の奥には製図室があった。ここは、造船会社トムズワーカーズがあった場所！ フランキーとアイスバーグが、世界一の造船技師トムとともに夢を追い、育った想い出の場所だった。
８年前、トムの“海賊王の船製造の罪”が無罪となる日。フランキーが作った戦艦が、司法船を襲った！ 止めようと駆けつけたトムとアイスバーグにも、砲撃の雨が降りかかる！ トムが持つ設計図を狙うＣＰ５のスパンダムにハメられたのだ！
司法船襲撃犯として捕らえられたトムズワーカーズ。戦艦を造ったことを後悔するフランキーを、トムが初めて殴った！ トムは、襲撃に対する免罪を求め、“海賊王の船製造”の罪で極刑となることを選ぶ。フランキーはトムに命を救われたのだ！
意識を取り戻したアイスバーグが、ナミにロビンの想いを語る。ＣＰ９は“麦わらの一味”に対し、“国家戦争クラス”の軍事力を発動させる権限を持っていた。仲間６人が無事にこの島を出航することを条件に、ロビンはＣＰ９に身を預けたのだ！
エニエス・ロビー行きの海列車に、ＣＰ９のルッチたちが乗船した。この最終便を逃すと、“高潮”のため、島から出る術がなくなってしまう。ナミはロビンを説得するため、駅へ向かい水路を駆ける！ だが無情にも、海列車の汽笛が鳴り響く！
ナミの追走も空しく、出航してしまった海列車。だが駅には、ナミへの手紙が残されていた。サンジからのラブレターには、海列車に乗り込んだと書かれている！ 政府のエージェントを蹴り飛ばし、最後尾の第７車両に突入したのだ！
ルフィとゾロを発見！ だが、今にも“高潮”に飲み込まれようとしている裏町で、ルフィは建物の間に挟まり、ゾロは煙突に突き刺さっていた。猛烈な大波が押し寄せる中、ナミがロビンの想いを、仲間のために一人で犠牲になった彼女の真実を叫ぶ！
ロビンが連行されるエニエス・ロビーは、世界政府の中枢につながる玄関だ。その島へ仲間を連れ戻しに行くなんて、世界政府にケンカを売るようなもの。だが、仲間が待っている！ 奇跡の救出劇に向け、“暴走列車”ロケットマンが走り出す！
水路を飛び出すロケットマン！ フランキー一家を乗せたキングブルも連結。パウリーら、ガレーラの職長３人も合流。町ではケンカもしたが、全員の敵は同じ！ ガッチリと手を組んだ“同志”を乗せ、ロケットマンはフルスロットルで進む！
アクア・ラグナへ向け、ルフィとゾロの超強力合体技“ゴムゴムの三百煩悩攻城砲”発射！ 自然の猛威をもフッ飛ばし、ロケットマンは突き進む！ パッフィング・トムのサンジたちは、ナミから電伝虫でロビンの本心を聞き、救出の決意を固める！
狙撃の島からやってきた!? 謎の男・そげキングが、サンジ、フランキーとともに、ロビン救出作戦に加わった。迫り来るＴボーン大佐率いる海兵、役人たちを、最後尾へ引きつけて車両ごと切り離す。一気に敵を減らすサンジの頭脳プレーは大成功だ！
第４車両を守る、ＣＰ７のお料理格闘家ワンゼは、ラーメン拳法の使い手だ！ 麺でできた戦闘服・麺ズ正装スーツに蹴りが埋まってしまい、サンジは攻撃できない。一方、第３車両の屋根の上では、ＣＰ９の新入り・ネロとフランキーのバトルが始まった！
一流コック・サンジが魅せる別格の包丁さばき！ タマネギの皮を剥くように、ワンゼのスーツを剥ぎ取った！ “四式使い”のネロに攻撃を全てかわされてしまったフランキーは、サイボーグの本領発揮。ケンタウロスに変型する！
海軍本部大佐・Ｔボーンが、ボーン大鳥を放つ！ 対するゾロは“牛鬼勇爪”を炸裂させる！ ロビンを侮辱したワンゼを、サンジが怒りの“三点切分”でブッ飛ばす！ そしてフランキーは、一撃必殺の“アルティメットハンマー”で、ネロを屋根ごと粉砕した！
ＣＰ９の４人が控える車両に乗り込んだ、サンジとフランキー。前の車両からそげキングとともにロビンも現れるが、彼女は戻ることを拒み続ける。車両を切り離せと指示したそげキングが、“煙星”を発射！ ロビンを奪還して逃げ出す！
ドアドアの実の真骨頂“空気開扉”で、突如ブルーノが姿を現す！ 不意をつかれたサンジは“嵐脚”を食らってしまう。そげキングの抵抗もむなしく、連れ去られたロビン。彼女たちを乗せた海列車は、ついに“不夜島”エニエス・ロビーへ到着する！
サンジ、そげキングが合流したルフィたちの眼前に、エニエス・ロビーが迫る！ まずはガレーラとフランキー一家の連合軍が先行、麦わら海賊団は５分後に突入…の手はずだったが、ルフィが５分も待てるはずはなく、単身飛び込んでいってしまった！
門番の衛兵が何人来ようと、走り始めたルフィの勢いは止められない！ 正門も本島前門も飛び越えて、一気に本島へ侵入した！ ガレーラの３人とフランキー一家も、キングブルで上陸開始。ロケットマンの進路を作るべく、正門をこじ開けるのだ！
フランキー一家の大戦力・怪力デストロイヤーズが、巨人族の門番・オイモとカーシーに一瞬で倒されてしまう。全く歯が立たない大ピンチに、陸上用に切り替えたキングブルが駆けつけた！ 本島奥の「司法の塔」では、ＣＰ９の８名全員が顔を揃える！
パウリーのロープで巨人のオイモを引き倒し、ついに本島前門が開いた。正門が閉められてしまうが、ロケットマンの突入は止まらない。ヨコヅナが張り倒した鉄柵に乗り上げ、そのまま大空へ飛び出した！ 本島前門も飛び越えて、オイモの背中に不時着だ！
ロケットマンを降りるとすぐ、ゾロとサンジが衛兵をなぎ倒す！ ナミは完成版のクリマ・タクトで、雷を呼ぶ。パワーアップしたサンダーボルト＝テンポで、周囲一帯の敵が一瞬で黒コゲだ。先を行くルフィを追って、麦わら海賊団の５人は走り出す！
ロビンがＣＰ９に身を委ねたのは、仲間６人を無事に逃がす約束があったから。だが、ＣＰ９長官・スパンダムは、ロビンを追ってきたルフィを捕らえ、深海の大監獄（インペルダウン）へ連行しようと企んでいた。だまされたと知ったロビンの顔が、悔しさにゆがむ…。
本島前門に取り残されたそげキングは、大泣きのオイモから事情を聞く。オイモとカーシーは、リトルガーデンで会ったウソップの心の師匠、ドリーとブロギーの部下だったのだ。裁判所の屋上では、ルフィVSブルーノ！ ＣＰ９との決戦が始まる！
ゾロたちは、砲撃に倒れたソドムからゴモラへ乗り移り、フランキー一家とともに、ルフィのいる裁判所へ進む。だが、ゴモラも謎の敵からの鉄球攻撃を食らい、倒れてしまう。降りて強行突破しようとした時、チョッパーが叫んだ。「誰も降りるな！」
麦わら海賊団による衛兵の被害総数は、なんと２千人以上！ エニエス・ロビーの歴史始まって以来、最悪の事態だ。千人以上を一人で倒したルフィは、今も裁判所屋上で交戦中。ブルーノの「六式」を完全に見切り、さらに技を進化させると言い放つ！
ルフィの全身から蒸気が噴き出す。ルフィの新戦闘スタイル「ギア２」発動だ！ 「剃」を上回る超ハイスピードな動きは、六式使いでも追いきれない。爆発的パワーの「ゴムゴムのＪＥＴバズーカ」が炸裂！ ブルーノ最強の防御技「鉄塊・剛」をも粉砕する！
フランキーがロビンを連れ、裁判所を見下ろすバルコニーへ脱出する。裁判所の屋上にはルフィ。そしてナミ、チョッパー、ゾロ、サンジ、そげキングも続々集結。自分を救うためにここまで来た６人の姿を見たロビンは…。
海の中の多岐を挟んで向かい合う、麦わら海賊団とＣＰ９。スパンダムは、バスターコールを発動すると脅す。ロビンの故郷・オハラを地図から消し去ったバスターコールとは、どんな力なのか？ 20年前のロビンの悲しき過去が、いま明らかになる！
ロビンの母・オルビアがオハラへ帰ってきた！ 監獄を抜け出し、海軍が島の学者たちを消そうとしていることを知らせに来たのだ。この危機をサウロから聞いたロビンも、「全知の樹」へ走る。街も混乱する中、互いを知らないロビンとオルビアがすれ違う。
空白の百年を解き明かそうとしたオハラの学者たちを消すため、バスターコールが発動された。ＣＰ９に連行される女性がオルビアと気付いたロビンは、いっしょにいたいと涙ながらに訴える。抱き合う母と娘。だが、降りそそぐ砲弾が二人を分かつ！
血も涙もない海軍のバスターコールで、オハラは滅びた。クザン中将の手でただ一人逃がされたロビンは、８歳にして賞金首となったのだ。裏切られ捨てられ、存在そのものが罪とされた彼女に、ルフィが叫ぶ。生きたいと言え！！！！
世界政府に対するルフィの宣戦布告と共に、いよいよロビン救出作戦が始まった！ ところが、ロビンが囚われている司法の塔へと続く跳ね橋が、半分しか降りない。突破口を開こうとするルフィは、海へ出ると決意した日のことを思い出す…。（※このエピソードは総集編となります）
救出作戦の最中、ゾロも過去に想いを馳せていた。ルフィと初めて出逢った、あの日の事…海賊狩りと恐れられていた彼には、海軍基地で囚われながらも、絶対に捨てることの出来ない目標があった。（※このエピソードは総集編となります）
ロビンが心の奥深くに押し隠していた孤独が、ナミの記憶も呼びさます。海賊が嫌いだった彼女は、ルフィたちを裏切り、メリー号を奪ってココヤシ村に帰ったことがあった。恐怖に支配された故郷に・・・。 （※このエピソードは総集編となります）
ロビンの囚われた司法の塔を見つめながら、サンジとチョッパーは心に決めていた。絶対に、あいつを一人にはさせない。二人とも、自分を助けてくれた人と別れた記憶を抱えている。それが今まさに、ロビンを救う原動力となる！（※このエピソードは総集編となります）
すべての発端は、船大工の街・ウォーターセブンでの事だった。もともと、メリー号を修理し、気の合う船大工をスカウトしようと、気軽に立ち寄った水の都。だが、そこで待ち受けていたのは衝撃の事実だった。（※このエピソードは総集編となります）
フランキーは、体の中に隠し持っていた古代兵器の設計図を、スパンダムの目の前で焼き捨てた！ 途中で止まってしまった跳ね橋を発射台に、ロケットマンが飛び出す！ 屋上から飛び降りたルフィたちとフランキーを乗せ、司法の塔へ突入だ！
スパンダムはロビンを連行し、“正義の門”へ向かった。門をくぐられる前に、ロビンを取り戻さなければ…。だが、５人のＣＰ９を倒さないと、ロビンの手錠の鍵が手に入らない。負けは時間のロスになる。必勝を誓った麦わら海賊団は、散会して走り出す！
ＣＰ９随一の剣術使いカクは、両手に持った二刀に両足による斬撃「嵐脚」を加えた四刀で、ゾロに襲いかかる！ ウソップは、ジャブラと対戦。悪魔の実の力でオオカミに変身したジャブラに、ウソップが身構えた瞬間、天井が崩れ、キリンが落ちてきた!?
カクの技をよけたはずみで、ゾロとウソップが手錠でつながってしまう！ まともに戦えず、チョッパーに鍵を持ってくるように頼み、二人は逃げ回る。その頃サンジは、ティータイム中だった。我に返り、カリファに立ち向かうが、女性相手に攻撃はできない…。
ルフィはチムニーの案内で、正義の門への地下通路を発見。倒されたサンジに代わり、ナミがカリファの部屋へ階段を駆け上がる。一階ではフランキーがフクロウと対戦中。ストロングハンマーvs獣厳、強烈パンチでの殴り合いだ！
カクとジャブラの同士討ちを狙うウソップだったが、ゾロが作戦をばらしてしまう！ フクロウの“鉄塊玉”で海に落とされたフランキーは、滝壺へ一直線！ だが、チェーン付きの右手を伸ばし、フクロウの足をつかんで一気に引っ張り寄せる！
クマドリに苦戦するチョッパーは、２個目のランブルボールを口にする。腕力強化（アームポイント）で必殺の一撃を狙うが、変形の波長がズレてうまく制御できない。もう体も限界…と思ったら、いつの間にか変形は成功していた。そしてチョッパーは、渾身の刻蹄桜吹雪を繰り出す！
ここお江戸な町。最近は青鼻の先生(チョッパー)も忙しいようで、サンジと、おナミが切り盛りする「風車」に顔を出す暇もない。それに引き換え、ルフィの親分は毎日風車に入り浸っては飯ばかり食っていて…。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
ここグランド・ジパングも、新年を迎えてのんびりムードに包まれていた。と思ったら、無人の通りを騒々しくカッ飛ばす人影が。荷車を忙しそうに押して行くサンジ、ナミ、青鼻の先生(チョッパー)だ。そんな一行を、怪しい一団が待ち伏せしていて…。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
ナミが放ったサンダーボルト＝テンポを、泡のバリアで防いだカリファ。彼女はアワアワの実を食べ、全身泡立つようになった石鹸人間だったのだ！ 体から出る泡に触れると、汚れが落ちてつやつやになるだけでなく、パワーもそぎ落とされてしまう！
ロビンを呼ぶルフィの声が地下通路に響く！ ついにルフィが追いついてきたのだ。焦ったスパンダムは、ＣＰ９へ連絡するつもりが、間違ってゴールデン電伝虫のスイッチを押してしまう。海軍本部がその信号を受信し、バスターコールが発動されてしまう！
暴走する巨大化チョッパーのおかげで、カリファのゴールデン泡の弱点が水だとナミは気付く。レイン＝テンポで雨を降らせ、泡の力を消し去ることに成功！ 蜃気楼（ミラージュ）＝テンポを使うと、ナミの幻が次々と生み出される。新技で反撃開始だ！
ナミの予報通り、雷光槍（サンダーランス）＝テンポが決まった！ 倒れたカリファから二番の鍵を入手したナミは、チョッパーを止めるため、フランキーとともに上の階へ向かう。元に戻すには、海に突き落とすしかない。チョッパーに、フランキーが風来砲（クー・ド・ヴァン）を発射する！
ジャブラが、人殺しはしたくないと鍵を投げた。鍵を拾おうとしたそげキングに、ジャブラの鋭い爪が突き刺さる！ 卑怯なだまし討ちに倒れたそげキング。ジャブラがとどめを刺そうとした瞬間、その顔面をサンジの強烈な蹴りが吹き飛ばした！
鉄塊拳法のジャブラを、怒涛の蹴りで攻めたてるサンジ。ロビンは生き別れた妹だという、唐突なウソにだまされるわけもなく、鍵を手に入れた。ロビンを罵り続けるジャブラに、サンジはヒートアップ。右足が真っ赤に燃え上がっていく！
ロビンを連れたスパンダムは地下通路を出て、今まさに開こうとする正義の門を目の前にしていた。ルッチ相手に大苦戦のルフィに、追いついたフランキーが手を貸そうとする。しかしルフィはそれを拒否。単身ルッチを引き留め、ロビン救出をフランキーに託す！
両手に持った二刀、両足での嵐脚、しなる首から放つ鼻銃…手数で勝るカクの猛襲に、ゾロは押し込まれる。だがその時、ゾロが三面六手の鬼神の姿に！ 燃え立つ闘気が、阿修羅の幻像を生み出したのだ。新技・九刀流“阿修羅 弌霧銀”を放つ！
仲間の助けを信じて必死に抗うロビンを引きずり、スパンダムは正義の門へ向かう！ 門をくぐろうとした瞬間、火薬玉が命中。スパンダムを吹き飛ばした！ はるか遠く司法の塔からの正確無比な狙撃。もちろん、狙撃手はそげキングだ！
ロビン解放の喜びも束の間、海軍艦隊からの砲撃が司法の塔を破壊した。決死のダイブで直撃を逃れたそげキングと、ゾロ、サンジも“ためらいの橋”を目指す。だが、そこへ通じる地下通路に、ルッチの嵐脚で裂けた壁から、海水が流れ込んでいく！
季節は春。今年も千年桜の下での大宴会が迫っている。毎年その日は町角から人が消え、誰一人例外なく宴会へとやって来る。麦わらの親分(ルフィ)は、インフルエンザで苦しんでいる長屋のニンジンに、どうにか桜を見せてやれないかと悩んでいた。（※このエピソードはテレビスペシャルとして放映されたものです）
バスターコールの一斉砲撃がエニエス・ロビー全土に降りそそぐ！ 唯一標的から外れた“ためらいの橋”の支柱で闘い続けるルフィは、ルッチの圧倒的な強さに押されていく。だが、絶対に負けられない！ ルフィはさらに進化した新戦法“ギア３”を繰り出す！
ロブ・ルッチの恐るべき過去が語られる。15年前、海賊に乗っ取られた王国に、世界政府から一人の少年が送り込まれた。彼は人質である王国の兵士500人を皆殺しにし、海賊の船長の首を取って一件をおさめた。その少年こそ、13歳のルッチだったのだ！
トムさんを奪われた日から、ひねり潰してやりたいと願い続けたスパンダムを、フランキーは積年の想いを込め、巨大な象で叩き潰した。その頃、地下通路のゾロたちは、海水に飲み込まれ溺死寸前。薄れゆく意識の中で、彼らが見たものは…。
ココロに救われたナミたちは、脱出船でロビンと再会する。あとはルフィを待つだけだ！ だが、ためらいの橋から見るエニエス・ロビーは、火の海と化していた。本島前門まで逃げてきたフランキー一家やガレーラたちに、さらなる砲火が降りそそぐ！
海軍の砲撃が、ためらいの橋を破壊する。支柱に空いた穴から見たルフィに、無事を伝えるそげキング達。だが、彼らのもとにも、海軍の精鋭200名が、ロビンを奪還すべく、乗り込んでくる。ルフィが来るまで、何としてもロビンと脱出船を守りきるのだ！
ルッチの「六王銃」で倒れたルフィに、ウソップがそげキングの仮面を脱ぎ去り、叫ぶ。その声に奮い立ったルフィは、限界を超え、拳を飛ばす！ ロビンと、仲間と一緒に帰る一念で、雄叫びとともに放った「ＪＥＴ銃乱打」が、ついにルッチを打ち破った！
唯一の脱出手段であった船が、砲撃を受けて沈んでしまった。力を使い果たし、動けないルフィを砲塔が囲む。ＣＰ９を倒し、ロビンも取り返したのに手万事休すと思われたその時、どこからか声が聞こえる。その声の主とは…!?
スパンダムが一斉砲撃を命じる！ だが、サンジの秘策で閉じた正義の門が、渦潮を生み出していた。渦にのまれ、照準の狂った軍艦は、同士討ちを起こす。ナミの計算により渦の軌道をつかんだメリー号は、海軍艦隊の中を猛スピードですり抜けていく！
ガレーラの船の出迎えに喜んだのもつかの間、メリーの船体が真っ二つに裂けてしまった！ とうに限界を越えていたのに、メリーはルフィ達を救いに来てくれたのだ。どんな海も一緒に越えた最高の仲間との別れ。降り止まぬ淡雪のように、想い出があふれてくる…。
市長の命を救った恩人としてウォーターセブンに迎えられた麦わらの一味は、ガレーラ本社で激戦の疲れを癒していた。二日間寝通し、まだ目を覚まさないルフィのもとへ、海賊王を何度も追い込んだという伝説の海兵、海軍本部中将ガープが乗り込んでくる！
祖父である海軍本部中将のガープが、ルフィの父の名を明かす。その名は、モンキー・Ｄ・ドラゴン。革命軍の頂点に立ち、世界最悪の犯罪者と呼ばれる男だ。世界政府の捜査でも素性すらつかめなかったのに、ガープはあっさりバラしてしまった。
コビーとヘルメッポは、ガープのもとでたくましく成長していた。ルフィとは、海軍と海賊の敵同士。だが心は友達のまま、三人は再会を喜び合う。別れの時、コビーはもっともっと強くなって、次会う時にはルフィを捕まえてみせると宣言する。
四皇と呼ばれる４人の大海賊と、それを止める力である王下七武海と海軍本部。この三大勢力がバランスを失ったとき、世界の平穏は崩れるという。その四皇のうちの二人「赤髪」と「白ひげ」が、海軍艦隊を破り接触しようとしていた！
市長アイスバーグを救い、街の英雄となったルフィに、アビという少女が助けを求めてきた。アクア・ラグナの日からいなくなった、老ヤガラ・アオビレを探してほしいと言う。ルフィはアビの必死さに心を打たれ、チョッパーとともに捜索に乗り出す。
街一番のワル小学生マイケル＆ホイケル兄弟に「兄貴」とつきまとわれ、イラつくゾロ。そこへモーレツな母ちゃんまで現れて、有無を言わさずゾロを家へ連れ帰ってしまう。突然10人以上の弟妹の長男となったゾロは、赤ん坊の子守りをするはめに！
チムニーがサンジを、激ウマだというメシ屋に連れて行く。店主バンバン爺は、よっぱらいで特別な技法を使うわけでもない。ところが、彼が作った料理はとんでもなく美味い！ サンジは調味料に秘密があると感じ、正体を探るべく奔走する。
「夢の船」造りが夜を徹して進む。ほぼ不眠不休のフランキーとアイスバーグだが、手元は寸分の狂いもない。二人の超人的なペースに、ガレーラの職長三人も必死でついていき、船はなんと三日で完成する！ と同時に、八枚の手配書がルフィたちのもとに飛び込んできた。
麦わら一味の船大工はフランキーと決めていたルフィは、船とフランキーをもらいに廃船島へ。だが待っていたのは、アイスバーグだけだった。船の披露は、フランキーからの伝言とともに。「海賊王になるんなら、この百獣の王の船に乗れ！」
パンツを奪われ、丸出しになっても堂々とポーズを決めるフランキー。ルフィはパンツと引き換えに、仲間になれと誘うが、島に残るとフランキーは拒む。するとロビンが、丸出しの部分を「二輪咲き」でギュッと握った！ 廃船にフランキーの叫びが響き渡る。
自ら申し出た決闘に負け、勝手に一味を抜けたウソップを、うやむやのまま船に乗せてはケジメがつかない。激しいゾロの言葉に、ルフィも黙って待っていたが、とうとうウソップは来なかった。ガープ中将の砲撃に追われ、船はウソップを乗せないまま出航してしまう！
無事ウソップも乗船し、本格的に出発だ！ だが、名もない船では出航にも勢いがつかない。アイスバーグの案から、新しい船の名前は「サウザンド・サニー号」に決定！ 千の海を太陽のように陽気に越えていく船は、今まさに新たな冒険へと飛翔する！
火拳のエースが、仲間殺しの大罪を犯した黒ひげティーチを追いつめた。だがティーチは、悪魔の実の歴史上最も凶悪な「ヤミヤミの実」の能力を解き放つ！ 闇とは引力。全てを引きずり込む闇の引力は、悪魔の実の能力をも奪うのだ！
大浴場に医療室、釣った魚を見られる水槽まである！ ルフィたちは、サニー号での航海を満喫する。そこへ現れた難破船。チョッパーの手当て、サンジのメシで、船員達は元気を取り戻す。隊長のスタンセンお礼にと酒をくれたのだが、それには麻酔薬が仕込まれていた！
サニー号には「ソルジャードックシステム」が搭載されている！ まずはチャンネル「０」の発動。するとサニー号は外輪船に変形し、海軍による包囲網を一気に突破する。だがこれは、賞金稼ぎアッチーノ・ファミリーによる罠だった。サニー号は、抜け出せない氷山地帯に追い込まれてしまい…。
“不死鳥のパズール”率いるフェニックス海賊団は、新世界で傷つき退却したところをアッチーノ・ファミリーに襲われ、海賊旗を奪われていた。傷の癒えた船長パズールに再起を望む船員達だが、彼は海賊をやめ、賞金稼ぎの一味になると言い出す。
氷に閉ざされた海・氷街道！ ナミとフランキーは、動く氷山の謎を探るため、シャークサブマージ３号で海中へ向かう。氷山を動かしていたのは、何とドウモウペンギンの群れ！ ドウモウペンギンの性質はものすごく獰猛だ！ 必死で逃げるナミ達だが、仲間と完全にはぐれてしまう！
バラバラになった麦わらの一味に、アッチーノファミリーが襲いかかる！ フランキーvsホッケラ、サンジとウソップvsアルベルとサルコーの夫妻、そしてルフィvsブリンドの激闘が始まった！ 一方、サニー号に残るロビンの前には、幼いリルが現れ…。
シャーク号ごと氷漬けにされたナミとフランキーは、敵の根城ラブリーランドへ連行されてしまう。サンジとウソップも極寒の海に落ち、凍りついたうえに捕まってしまった！ 捕らえたブリンドの案内でラブリーランドへ向かうルフィたちは、カンパチーノの襲撃を受け…。
アツアツの実の能力者である、ドン・アッチーノと戦うゾロ。アッチーノ触れたものを何でも溶かしてしまう！ 三十六煩悩鳳を放つが、逆に熱風に吹き飛ばされるゾロ。反撃しようとした瞬間、床のワナが口を開け、ナミたちが捕らわれている地下室に落ちてしまう！
ラブリーランドに着いたルフィたちに、アッチーノ・ファミリーが総出で襲いかかってくる！ 氷漬けにしようとするホッケラに、チョッパーは毛皮強化で対抗。地下室から脱出したナミ、ウソップ、サンジ、フランキーも駆けつけてくる。さあ、反撃開始だ！
怒りでどんどん熱くなるドン・アッチーノの体に、触れることも出来ないルフィだったが、氷の塊を使ってゴムゴムのバズーカを炸裂させる！ 復活した不死鳥のパズールは、カンパチーノを倒し、チョッパー、ジローとともに海賊旗奪還へ向かう！
１万℃を超えるドン・アッチーノの熱で、氷が溶け、海底火山まで活発化し始めた。氷山の下の溶岩の海で、ルフィVSドン・アッチーノの最後の決戦が繰り広げられる！ 海賊を馬鹿にするアッチーノに、ルフィの怒りはヒートアップ。必殺の100万℃バズーカが炸裂する！
悪の科学者であるDr.ウソダバダは、部下のくせに態度がでかいサンジロプスやゾロギラーの代わりに、ＴＶ番組で優秀な人材を募集することを思いつき、ＴＶ局を襲って占拠する。一方、チョッパーマンの秘密基地では依頼の電話が来ないことで、家計に危機が訪れていた。
サニー号で楽しく航海するルフィたちは、「流し樽」を見つける。お供えの酒が入っていると思って開けると、中から真っ赤な光が打ち上がった！ まさか、発光弾!? 一同が敵船を警戒する中、突然の大嵐が襲ってくる。何とか乗り越えたものの、いつの間にか、「魔の三角地帯」に迷い込んでいた！
噂の通りに現れたゴーストシップ。その船に乗っていたのは、生きたガイコツ・ブルックだった。紳士で陽気でちょっとヘンな彼を、ルフィは気に入って仲間にしてしまう。サニー号に正体されてディナーの席に着くと、二人はますます意気投合。ブルックは、自分は「ヨミヨミの実」の能力者だと話し始める。
海をさまようゴーストアイランドこと「スリラーバーク」に、サニー号は閉じ込められてしまった。そうと知るやブルックは、ルフィたちに脱出するよう忠告し、海の上を走ってスリラーバークへと一直線！ ナミたちは忠告を守ろうとするが、ルフィは上陸する気満々だった！
スリラーバークに行く気がなく、ミニメリー２号に乗って浮かれていたナミ、ウソップ、チョッパーの方が、先に上陸してしまった！ しかも、ケルベロスに追われ霧深い不気味な森へ入り込んだところに、ヒルドンから声をかけられ、馬車でドクトル・ホグバックの屋敷へ招待される。
屋敷に着いたナミ達に、ホグバックは死者の蘇生を研究していると語る。尊敬のまなざしで見つめるチョッパー。ところが、シャワーを浴びるナミには、何者かが獣のうなり声をあげて襲いかかり、体の自由を奪って口をふさぐ！ 「貴様…おいらの花嫁になれ！」
ナミが感じた通り、ホグバックの屋敷はゾンビ達であふれかえっていた！ 飾ってある絵も剥製も敷物も、みんなしゃべり出して襲いかかって来る！ 逃げるナミは、使用人であるシンドリーの写真が壁一面に飾られた部屋へと行き着く。何と彼女は、10年も前に事故で死んでいた！
いち早くスリラーバークに上陸したナミ、ウソップ、チョッパーを追う、ルフィ、ゾロ、サンジ、ロビン、フランキー。とてつもなく強い彼らは、墓場の地中から現れたゾンビを一瞬のうちに倒す。するとルフィに声をかける者が…こちらはゾンビではなく、大けがを負った老人だった。
ナミ達は、絶対に覗くなと釘をさされていたホグバックの研究室を、とうとう覗いてしまう。すると、サムライ・リューマに部屋の中に放り込まれてしまった。「ヨホホ！」と笑うリューマは、スカルジョークならぬミイラジョークを飛ばし、ナミに「パンツ見せてもらってもよろしいですか？」と聞く。
真夜中０時の鐘が鳴った。「夜討ち」の始まりだ！ アブサロムが将軍ゾンビとともに、ルフィ達を討ち取れと命じる。戦いに向かう者の中には、アブサロムに激しく求婚するイボイノシシのゾンビ・ローラがいた。しかし、アブサロムがナミと結婚すると言い出すと、ローラはナミを抹殺しようと…。
びっくりゾンビをあっさり倒したルフィたちだが、いつの間にかサンジ、そしてゾロまでも姿を消していた！ 原因がわからぬままロビンとフランキーとの三人になったルフィの前に、倒れても倒れても立ち上がってくる将軍ゾンビが現れる！
サンジによく似た性格の犬ペンギンがナミを守り、ゾロそっくりの技を使う剣士がルフィを襲う！ ロビンとフランキーの行く手をふさぐのは、巨大なスパイダーモンキーのタララン。そしてナミには、アブサロム絡みの嫉妬の炎を燃やすローラが、猛突進をかけてくる！
ついにナミを追い詰めたローラ。二本の刀がナミのナイスバディに突き刺さろうとした瞬間…「私、実は男なんだぜ！」というとんでもない嘘を、ローラは真に受けて、刀を持つ手をギリギリで止めた。一方、捕まったルフィは棺桶から出され、モリアの手にかかろうとしていて…。
ブルックがタラランに「鼻唄三丁矢筈斬り」を決める！ だが、ゾンビならばすぐに蘇ってしまうのでは…。対処をしたと言うブルック。するとタラランの口から、黒い何かが天に抜けていった。あれがゾンビの魂だろうか？ 五年前にスリラーバークをめちゃくちゃにした男・ブルックが、ゾンビの謎を明かす！
ルフィの影がモリアに切り取られた！ ペローナに使えるクマシーの中に潜む、ナミとウソップ、チョッパーも、その様子を目撃する。ホグバックが力を尽くして造り上げていた“没人形”900号にルフィの影を入れると、史上最強のゾンビが誕生してしまう！ 一同は900号の眠る特別冷凍室へ向かう。
震えるだけのナミ達に、なすすべは無かった。500年前に生き、歴史上で唯一“魔人”と呼ばれた狂戦士オーズから作った900号に、モリアはルフィの影を入れる。グラグラと揺れ、表面を覆う氷を落としながら、ついにオーズが蘇った！ 悲鳴を上げてしまったナミ達は、アブサロムに追われる！
剣豪リューマに挑むブルック。この戦い、実は初めてではなかった。ゾンビの弱点が塩であると知った５年前に、ブルックはゾンビ達を浄化していき、自分の影を持つリューマにたどり着いたのだ。しかし肉体のレベルは決定的にリューマの方が上。かなわないブルックは、アフロを切られそうになり…。
サニー号に戻るフランキー、ロビン、ウソップ、チョッパー。そこには予想通り、影を取られたルフィ、ゾロ、サンジが運ばれていた。アブサロムにさらわれて眠るナミは、ウェディングドレスに着替えさせられる。ルフィ達はナミと影を取り返す作戦を練る。助けてくれたブルックは…。
ブルックがアフロを守る理由。それは50年前に再開を固く誓った、同じ海賊団の仲間のためだった。その仲間とはクジラのラブーン。ラブーンならルフィ達も知っている。グランドラインへと漕ぎ出す前に出会っていたからだ。ルフィ達とラブーンの出会いと対決、そして別れがまざまざと甦る！
ルフィ、ゾロ、サンジの影を取り戻す…まずはそのゾンビをどう探すか。しかしルフィは、そんなことは気にしない。モリアを倒せば、全員の影が戻るからだ。言われてみればその通り！ ナミ救出に燃え上がるサンジ。フランキーとゾロは心配なブルックのもとへ。朝日が射し体が消滅する、夜明けまでがタイムリミットだ！
ルフィとチョッパーとロビンは、ルフィが影を取られたモリアのダンスホールへ。そこにはホグバックとシンドリーがいた。ルフィはホグバックをぶっ飛ばそうとするが、チョッパーが止める。こいつは俺に任せてくれないか？と。進むルフィは、その奥の特別冷凍室でモリアと再会する。
“ホロホロの実”の能力者であるペローナの生み出すゴーストも、相手の心を虚ろにするネガティブ・ホロウも、ウソップには通用しなかった。「おれはもとからネガティブだあ!!!」と、意気上がるウソップ。先へと急ぐサンジ、フランキー、ゾロ。しかしウソップは、周囲の動物ゾンビを倒す自信はなく…。
モリアをぶっ飛ばしても影は抜けない。「主人のもとへ帰れ」と、命令させなければならないのだ。ルフィを前に寝ころんだまま、余裕しゃくしゃくのモリア。なぜなら彼には、影法師（ドッペルマン）がいた。ルフィの攻撃を全て受け止め、反撃を仕掛けてくる！ ルフィはモリアに触れることさえ出来ない。
ナミを取り返し、“スケスケ”の能力者アブサロムを蹴り飛ばすサンジ。それでも怒りは燃え上がるばかり。アブサロムとは初対面だが因縁があると言う。サンジがただ一つ憧れていた悪魔の実“スケスケの実”が、アブサロムのせいで、もうこの世には存在しなくなってしまったからだ！
影法師を倒す手立てが見つからず、ルフィの苦戦は続く。一方のウソップは、動物ゾンビを倒し、残るはペローナと追いかけるが、窓の先に見つけた彼女は、何と空中に浮いていた！ 振り返ると、巨大ペローナが迫ってきている。宙を舞い狙撃をかわす彼女は、ウソップの胸に両手を突っ込み…。
宙を舞い巨大にもなるペローナは本体ではないと、ウソップは見破る。幽体離脱して脱け殻になっている本体に攻撃を仕掛けるのだ！ 必殺の“大爆発星”が炸裂するが…外した!? その頃チョッパーとロビンは、犬ペンギンとジゴロウに追いかけられていた。絶体絶命のピンチに現れたのは…。
ホグバック研究所の屋根が斬られて落ちる。それと共にゾロも降ってきた！ 青い炎に包まれ倒れるゾロを、見下ろしているリューマ。ずっとそばにいたブルックとフランキーも、何が起こったのか分からない。もう決着がついたのか…？ 今から５分前、ゾロとリューマは刀を交え始めたのだが…。
チョッパーとロビンを取り押さえる、犬ペンギンとジゴロウ。彼らはもう、完全にホグバックのしもべになってしまった…。命をもてあそぶかのようなホグバックに、チョッパーは激怒。するとホグバックは、シンドリーとの過去を話し始める。そして、そのシンドリーにチョッパーとロビンの抹殺を命じる！
ルフィの影が“没人形”になじんたオーズは、モリアが主人だと自覚する。最初の任務は、麦わらの一味をぶっつぶすこと！ 左腕に貼られたそれぞれの手配書と見くらべ、早速モリアのそばにいたルフィを見つけて攻撃する！ すると建物が崩れ、ホグバックと戦うチョッパーとロビンの所へ…！
チョッパーとロビンに合流したウソップに、リューマと戦った塔の上から、フランキーやブルックと一緒にいるゾロが呼びかけてくる。一同がオーズから身をひそめる中、アブサロムにさらわれたナミを追うサンジが、オーズの巨体と真正面からにらみ合う！ オーズは手配書からサンジを見分け…。
サンジだけでなくウソップ達やゾロ達も、オーズに叩きのめされてしまった！ 手配書と見くらべ、残る目標を探しに出て行くオーズ。ここにはいないルフィとナミ、ウソップと同一人物だとはわからなかったソゲキングだ。その頃、アブサロムの結婚式で、誓いのキスを受ける直前にナミは目を覚ました！
超巨体のオーズを一丁投げ飛ばそうと、ゾロは秘策を提案。サンジ、ロビン、フランキー、チョッパーは作戦に乗る。ビビるウソップ。そこにオーズは、ルフィも使わない“ゴムゴムの尻もち”を放った！ 一味はフランキーを核に合体して対抗しようとするが、ロビンが「人として恥ずかしい」として合体を拒み…。
オーズから１ダウンを奪ったゾロ達。フランキーは懲りずに合体を望むが、ロビンは相変わらず断固拒否。やむなく６体合体をあきらめ、ウソップにチョッパーを加えた３体合体でオーズへ突進していく！ その頃、ペローナはスリラーバークの宝をサニー号に積んで出て行こうとしていたが…。
ゾロはオーズに真っ向から挑んで行く。リューマを倒して手にした名刀・秋水を試すのに絶好の機会だ！ 一方、突然姿を現したバーソロミュー・くまは、モリアと面会していた。くまはルフィに倒されたクロコダイルの後釜として、“黒ひげ”マーシャル・Ｄ・ティーチが王下七武海に入ると告げる。
自分では手を下さずに海賊王を目指していたモリアが、ルフィを倒すためについに出撃、オーズの腹部に作らせておいたコクピットに乗り込む！ ルフィを欠く麦わらの一味だが、凄まじい勢いで連係攻撃。だが、まるで動じないオーズは、影であるルフィゆずりの“ゴムゴムの銃”を放つ！
オーズは次々に、本当に体を伸ばしながらゴムゴムの技を放ってくる！ それはモリアの分身である影法師の“影革命”によるものだった。動きを封じようと、ロビンは“ハナハナの実”の能力でモリアをクラッチする。ところがモリアは影法師と瞬時に入れ替わってかわし、ロビンの影を切り取ってしまう！
サンジとチョッパーもオーズの前に倒れ、残るはゾロ、ナミ、ウソップの三人。ゾロも敗れるが、その隙に、ウソップはゾンビの弱点である塩の詰まった袋を、オーズの口に撃ち込む。ところが、またしても影法師が活躍し、塩の袋を取り出してしまう。そこへ、“ナイトメア・ルフィ”が現れる！
ナイトメア・ルフィは、乗っていたモリアごとオーズを倒す。ルフィに入れていた100人分の影は抜け、元の姿に戻る。モリアに奪われた影を取り戻すには、「本来の主人のもとへ帰れ」と、影に命令させなければならない。日の出が迫る中、モリアを叩き起こして力ずくでも言わせようとするが…。
麦わらの一味の連続攻撃で、今度こそオーズは倒れるが、モリアは“影の集合地”で1000体分の影を取り込んでパワーアップした！ 朝日が射し始める中でも、ローラは逃げ出さずに立ったまま。なぜなら麦わらの一味も、勝負を捨てずに立っているからだ！ そのローラの頭が、朝日を受けて燃え始め…。
倒したモリアの口から、全ての影が吹き上がる！ しかし体に戻る前に朝日が昇り、影を奪われているルフィ、サンジ、ロビン、ローラは頭から燃えていく！ 影は…影は間一髪で戻っていた！ ローリング海賊団にも、シンドリーの影の主であるマルガリータにも。ところがそこに、くまが現れる。
モリアを倒し、影を取り戻した麦わらの一味とローリング海賊団の前に現れたくま。彼は“ニキュニキュの実”を食べた肉球人間だった！ 掌にある肉球で、ゾロの斬撃も、ウソップの“火の鳥星”も、すべてを弾き飛ばしてしまうのだ！ しかも頭は、蹴ったサンジが脚を痛めるほど硬い！
肉球で圧縮した大気を放つ“熊の衝撃”で、くまは全てを吹き飛ばしてしまう。横になったままのルフィに、無表情で迫るくま。そこにゾロが飛び込み、左肩めがけて斬りつけた！ ところが…驚愕の表情を浮かべるゾロ。何と傷口からは機械が覗き、くまは口からビームを放ったのだ！
くまはゾロにルフィのダメージを移して去り、モリアはホグバックとアブサロムに小舟に乗せられ、スリラーバークを脱出した。奪われた影を取り戻したことと勝利を祝って、ルフィたちは宴の準備！ そこにローリング海賊団のリスキー兄弟が現れ、くまがしたことの一部始終を見たと言い出す。
勝利の宴の席で、ルフィからクジラのラブーンの健在を知り、ブルックは号泣する。まだラブーンが小さかった頃、ブルックが生身の人間だった頃の想い出が、まざまざと甦ってくる…。ブルックはかつて、ヨーキの率いるルンバー海賊団に所属。音楽を通して、ラブーンと心通じ合っていたのだ。
ラブーンと再会を誓い、ルンバー海賊団は旅立った。しかし全滅し、“ヨミヨミの実”で蘇ったブルックだけが、骨だけになってひとり寂しく生き続けていたのだ。ブルックは、海賊団全滅の直前に、「ビンクスの酒」の唄をラブーンに聞かせようと録音していた。それは、仲間達の最後の大合唱だった…。
生きているからこそ、今日という日を迎えることが出来る。生きていればきっと、またいつの日か、ラブーンと再会出来る時も来るだろう。「生きててよかったあ！」と、心の底から叫ぶブルック。同じ頃、ラブーンも人知れず目を閉じて、水平線の果てまで届けと鳴き声を轟かせていた！
スリラーバークを出た麦わらの一味は、ドランが支配人を務めるリゾート船のスパアイランド号で羽根を伸ばしていた。そこへかつて一味にデービーバックファイトを挑んできた、フォクシーが現れた！
フォクシーの狙いは、宝石を作る発明が書かれた手帳を持つサヨとリナの姉妹。黒幕だったドランはサヨをさらう。「この船ブッ壊すか」。ルフィに賛同した一味の技が、スパアイランド号に炸裂する！
ウォーターセブンを出る時から記録指針（ログポース）が指していた、海底の楽園・魚人島にサニー号は進む。数々の冒険が記された航海日誌を読んだブルックは、麦わらの一味にふさわしい男になろうと気負う。
遊蛇海流を切り抜けたサニー号は、赤い土の大陸（レッドライン）の前に着く。一味は世界を半周したのだ！ 記録指針が真下を指したまま動かないため、サブマージ３号で深海を探るが、魚人島への進路は分からず…。
深海から上がって来た海兎の口から飛び出した、人魚のケイミーとヒトデのパッパグ。ルフィたちは魚人島から来た二人に行き方を教えてもらう代わりに、囚われた彼女達の友人・はっちんの救出に乗り出す。
はっちんが囚われているトビウオライダーズのアジトへ、サニー号は急ぐ。艦の中にいたはっちんは、アーロン一味だったはっちゃんのことだった！ 麦わらの一味が救出を止めたため、ケイミーとパッパグは海へ飛び込む。
ナミがはっちゃんを許し、麦わらの一味と「トビウオライダーズ」は全面衝突！ ゾロが艦を斬り、はっちゃんは自由に。ルフィは、ヘッドのデュバルの部屋に突入し、鉄仮面に隠された素顔を見る。
サンジの似てない似顔絵の手配書にそっくりなデュバルを、サンジは蹴る！ 海軍本部や賞金稼ぎに追われる逆恨みで、ナミまで危険にさらしたからだ。反撃するデュバルは、サンジを海に引きずり込み…。
魚人島は赤い土の大陸を抜けて新世界へ出る、海底ルートにある。ルフィたちは、サニー号が海中を航海できるようになるコーティングをしてもらうため、シャボンディ諸島に上陸。はっちゃんの知る、コーティング職人に会いに行く。
シャボンディ諸島には、シャボン玉状の特殊な天然樹脂を活用したユニークな文化が根付いている。快適なチャボンチャリを気に入ったルフィ。そこに、首輪をした海賊が助けを求めて現れた。首輪は爆発！ 人々は近くに天竜人がいると感じて緊張する。
襲い来る賞金稼ぎを難なく倒すルフィたち。そうして、諸島の中でも政府の目の届かない、無法地帯に入っていく。コーティング職人のいるＢＡＲに着いたはいいものの、店主のシャクヤクがいるだけ。職人のレイリーは、半年前から留守にしていた。
レイリーを探しにＢＡＲを出たルフィ達は、遊園地・シャボンディパークへ直行。観覧車に乗るのが夢だったケイミーは興奮する。だが、ルフィ達に人魚が同行していたとの情報を得ていたピーターマンが、ケイミーをつけ狙っていた！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
人間オークションにエントリーされてしまったケイミー。そこにはレイリーもいて、彼からガープに知らせが入る。オークションスタート。ウソップが、オークションハウスに人魚が持ち込まれたことを聞き出し、トビウオ全機が急行する！
オークションハウスに先に着いたナミたちは、いま手元にある２億ベリーでケイミーを取り戻そうとスタンバイ。しかし“天竜人”チャルロス聖が、いきなり５億ベリーを提示！ そこにルフィとゾロを乗せたトビウオが突っ込んでくる！
ルフィがチャルロス聖をぶっ飛ばしたのをきっかけに、麦わらの一味は大暴れ！ ケイミーを救おうと、首輪の鍵を探す。会場にいた“億”超えの賞金首、キッドとローも見守る。そこにレイリーが姿を現し、“覇気”を使う。
ルフィが天竜人をぶっ飛ばしたことで、海軍本部の大将がやって来ることになる！ シャボンディ諸島の人々は騒然。世界政府の中心地・聖地マリージョアで頭を抱えるセンゴクに、黄猿が自分が出向くと名乗りを上げる。
天竜人救出に向けオークションハウスを包囲する海兵の大軍勢を、ルフィとキッドとローは、悪魔の実の能力を全開にして蹴散らす！ ルフィは二人に「ひとつなぎの大秘宝」は俺が見つけると宣言。三人の間に緊張が走る。
レイリーと逃げた麦わらの一味とケイミー達は、シャクヤクのＢＡＲへ戻る。そこでレイリーは“海賊王”ロジャーの海賊団で副船長をつとめていた過去を明かす！ そしてロジャーは海軍に捕まったのではなく、自首したのだと語り出し…。
レイリーが、魚人島への海中航海が可能なようにサニー号をコーティングする３日の間、麦わらの一味はＢＡＲを出て海軍から身を隠さなくてはならない。上陸した黄猿は大暴れ！ そしてルフィ達の前に現れたのは、くま…!?
次々とビームを撃ち込むくまを倒そうと、麦わらの一味は全力を尽くす！ 一方、黄猿のところにも現れていたくまは、巨大化したウルージと格闘中！ 見守るドレークはくまが本物ではなく、“パシフィスタ”であると見抜いていた。
キッドとローのもとにも送り込まれていたパシフィスタに、両海賊団は応戦。麦わらの一味は必殺技を連携して放ち、パシフィスタを破壊する！ だが、息が上がるルフィ達の前に、戦桃丸が新たなパシフィスタを連れて出現した！
キッド海賊団とローが率いるハートの海賊団も必殺技を放ち、パシフィスタを破壊する！ 逃げると決めた麦わらの一味だが、遂に現れた黄猿がゾロにとどめを…!? だが、その寸前、レイリーが飛び込んで黄猿の蹴りを止めた！
さらに現れた本物のくまに、消されたゾロ。しかも、ブルック、ウソップ、サンジまでもが、次々に消されていく！ くまは黄猿と戦うレイリーに耳打ちした後、フランキー、ナミ、巨大化して暴走中のチョッパー、ロビンも消してしまう！
ぐらんどジパングの町は夏祭りの準備で大忙し。ウソップから百年に一度の大みこしレースの話を聞いたルフィ親分は、さっそく参加することを決定した。優勝すれば、ぐらんど神社の御神宝によってどんな願いも叶えられる。そのうえ副賞は百万両ベリー！ ところが、スリラー商会の一団が現れ…。
記憶を取り戻したブルックは、悪事を行うスリラー商会へ単身乗り込むが、反対に捕まってしまう。一方、ブルックを案じるルフィ親分たちは、通りすがりの町娘ロビンの話からブルックを誤解していたことを知り、救出に向かう。そして、間一髪のタイミングで門をぶち破り、商会に突入。ゾンビたちを蹴散らしていく！
“ニキュニキュの実”の能力者・くまの肉球に触れたルフィは、消されたのではなく弾かれていて、ひたすら空を飛び続けていた。仲間を思い、海に落ちたら死ぬなと考えていたルフィは、そのうち眠ってしまう。そして彼は、生きてジャングルの中に着地した！
ここは女ヶ島、女性だけの国「アマゾン・リリー」だ。男と知られたルフィは牢獄に放り込まれ、男を初めて目にする護国の戦士たちの注目を浴びる。数百年続く男子禁制の絶対の規律を守るため、彼女たちはルフィに向かい、いっせいに矢を放つ！
ルフィは戦士の一人マーガレットから、女ヶ島が無風で海王類の巣窟である“凪の帯（カームベルト）”に囲まれた島で、船は毒蛇“遊蛇（ユダ）”が引く、ハンコックの海賊船しかないと聞く。イカダで海へ出るルフィだが、作りが悪く沈んでしまい…。
略奪に出ていたハンコックが率いる九蛇海賊団が帰港した。船長だけでなく皇帝でもあるハンコックは、子供や年寄りへの感謝の気持ちもない最悪の性格。しかし、美貌と“メロメロの実”の能力によって、国民の絶大な支持を得ていた。
ハンコックが入浴中の九蛇城に飛び込んだルフィは、彼女の背中を見る。死んでも背中は見られたくなかったハンコックは、老若男女を問わず狙った相手を石に変えてきた“メロメロ甘風（メロウ）”をルフィに放つ！ ところが…。
ルフィは闘技台へ送られ、ハンコックの妹であるサンダーソニアとマリーゴールドの手で公開処刑されることに！ “ヘビヘビの実”の能力者の２人は、緑と黄の大蛇にそれぞれ姿を変える！ 負ける気がしないルフィは迎え撃つ！
「覇王色」の覇気を放ったルフィに全員が怯むが、ハンコックは徹底的に打ちのめすよう妹たちに命じる。マリーゴールドの吐く猛毒は、直撃せずとも気体となって立ちのぼり、ゴムゴムの技を鈍らす。そしてルフィは、剣を逆立てた溝に落とされる。
戦いで露わになったサンダーソニアの背中を、死んでも見られたくないだろうとルフィは覆う。二人に勝ったルフィは、船を出してほしいという自分の望みを捨て、石にされたマーガレット達を元に戻すようハンコックに頼む。
ルフィに惹かれるハンコックは、彼の望みを聞き入れ、シャボンディ諸島まで海賊船を出して送らせることにする。さらに今回の大収穫を祝う宴での食事も許す。しかし宴は、男のルフィに対するピリピリムードに満ちていた。
ハンコックが病に倒れた！ 胸を押さえ熱っぽく苦しんでいるようなのだ。ところが、エースを助けたいルフィが、彼女自身が海軍船に乗ることで大監獄インペルダウンまで送って欲しいと頼むと、途端に頬を赤らめて了承する。
海軍船に忍び込んだルフィ。客室に二人きり…ハンコックの妄想が止まらない！ 一方、ルフィと同様に麦わらの一味も生きていた。ナミは空島・ウェザリアに、フランキーは未来国バルジモアへと飛ばされていたのだった。
ハンコックの協力で海軍船に忍び込んだルフィと同様、くまに飛ばされただけだった麦わらの一味も、それぞれに行動を開始していた。チョッパーが着地したのはトリノ王国、そサンジが着地したのは…カマバッカ王国!?
雪原に埋もれていたロビンは、少女ソランに助けられる。そこは各国の犯罪者らが投入され700年ものあいだ巨大な橋を造り続けている「テキーラウルフ」。一方、ウソップは熱帯のボーイン列島…巨大昆虫や食人植物の住む森にいた。
スリラーバークでくまに弾き飛ばされていたペローナは、シッケアール王国の跡地にいた。そこへ降って来たのはゾロ！ 敵だった傷の癒えぬ剣士だが…ペローナは看病を始める！ その頃、ブルックは「ハラヘッターニャ」に召喚され…!?
数々の試練を乗り越え、インペルダウン脱出に成功したルフィ。連れ去られた兄・エースを救出するために海軍本部を目指していたが、思っていたよりも時間がかかり、公開処刑の時はすぐそこまで迫っていた。船首にたたずむルフィは、ジンベエにエースとの思い出話を懐かしそうに語り始める。
エースの公開処刑が刻々と迫る中、ルフィを乗せた脱獄船は海軍本部を目指して突き進んでいた。一方、海軍本部では、ジンベエと黒ひげを除いた王下七武海の５人が召集され、静かに来るべき時を待っていた。正義の士と呼ばれる大将・赤犬も到着。これで海軍本部には、三大将も勢ぞろいする！
マリンフォード「海軍本部」の処刑台へ続く長い階段を、促されるままにエースがのぼる。白ひげが彼を助けに敵の真っ只中に現れるのか、世界は注視していた。エースの脳裏に、ルフィと自由を誓い合った少年の日の思い出が浮かぶ。
エースはロジャーの息子。センゴクの発表は、全世界を震撼させる。この処刑には、次世代の海賊王の首を取る意味があったのだ。ガープは、獄中のロジャーに産まれ来る子を頼まれた日のことを思い出していた。子を宿していたのはルージュ…。
白ひげ海賊団は、コーティングした船でマリンフォードの湾内に現れた！ ついにその姿を見せる白ひげ！ エースがドーン島を出て、スペード海賊団を旗揚げして名を上げ、ジンベエと戦い白ひげと出会った日々が甦る。
仲間のサッチを殺した黒ひげを追おうとしたエースを、白ひげは止めた。だが、目の前のオヤジは「行けと言った」と言い切る。仲間を傷つけた海軍に啖呵を切る白ひげ海賊団！ 怒号を受け止めたのは、三大将と王下七武海だった。
処刑台のエースを巡り、マリンフォードは海軍と白ひげ海賊団の全面戦争に突入した。ミホークが黒刀“夜”を白ひげに一振り！ その斬撃を“ダイヤモンド”ジョズが受け止め、黄猿の放つ光弾“八尺瓊曲玉”をマルコが遮る！
白ひげ海賊団傘下のリトルオーズJr．が現れ、エースを死なせないと突き進む。超巨体で海軍船を持ち上げ、投げつける！ 猛者達のあまりのすさまじい激突に、コビーは自分の無力さを痛感。海軍の巨人部隊がオーズJr.に挑む！
くまの“熊の衝撃（ウルススショック）”を受け、ドフラミンゴに右足を切られたオーズJr.は、モリアの“角刀影”に貫かれて倒れる。エースまですんでの所に迫りながら…。遂に逃げ出すコビーだが、赤犬が戦闘を放棄する海兵を手に掛けるのを見る。
大戦争の真っ只中に、船ごと空から降って来たルフィたち！ 海からジンベエに救い上げられたルフィは、エースを求めて走る！ 全力で走る！ そして処刑台の上にエースの姿を見つける。二人は互いの名を呼び合う！
海賊王になるのはおれだと白ひげに言い放ったルフィは、エースの処刑時刻が早まるのを伝える通信を聞いたと教える。エースへと一直線に走るルフィに、白ひげ海賊団のジョズやジル、ジンベエやイワンコフらも続く。
戦いが激化し、自分の為に仲間達の血が流れるのを見てエースは苦しむ。斬られながらも迷わず走るルフィを見て、苦しみは深まるばかり。心情を察するガープに、もうジタバタしないとエースは言うのだった。その頃、白ひげは…。
ハンコックからエースの手錠の鍵を渡されたルフィは、彼女を強く抱きしめる。先を急ぐルフィが離れると、倒れ込むハンコックは、これが結婚!?…と、ウェディングドレスに身を包んだ二人の結婚式を妄想するのだった。
行く手を阻むミホークの強さを知るルフィは戦いを避けるが、彼の斬撃からは逃れられない！ そこへジンベエが割って入り、ミホークの相手を買って出る。ジンベエを氷の下へ弾き飛ばしたミホークは、ルフィへ容赦なく黒刀を振るう！
マリンフォードでのエースを巡る戦争の開戦より、およそ1時間半を経た頃、海軍が大きく仕掛ける。王下七武海であるくまと同じ姿の人間兵器パシフィスタを、湾頭に複数投入したのだ。海軍とパシフィスタが、白ひげを挟み撃つ！
白ひげ傘下の海賊スクアードが、大剣で白ひげの土手っ腹を貫く！ ルフィたちが凍りつく中、スクアードは叫ぶ。白ひげとセンゴクの間では既に話がついており、傘下の海賊の首と引き替えにエースは助かる事になっていると叫ぶ！
白ひげがモビー・ディック号から降りると、エースへと動き出す。勢いづき一気に駆け込むルフィ達に対し、海軍は退き、湾を囲む包囲壁を作動。出現までの時間を稼ぐため、ジョン・ジャイアントが白ひげの前に立ちふさがる！
赤犬が流星火山が、青雉が凍らせた海を溶かし、海賊達の足場を奪っていく！ 姿を現した包囲壁は、白ひげの拳にも耐える！ 流星火山は降り注ぎ続け、モビー・ディック号を炎に包み焼き尽くす。
包囲壁を越えたルフィは三大将をすり抜け、エースのもとへと急ぐ！ だが、黄猿がそれを蹴り返し、センゴクが遂にエースの処刑執行を命じる。その首に大刀が振り下ろされようとする瞬間、執行人が弾け飛ぶ！ 意外にもクロコダイルの仕業だった！
包囲壁の先、処刑台間近の広場へ降りた白ひげを、青雉が阻む！ そこに“ダイヤモンド”ジョズが割って入り、エースのもとへと進む手助けをする。ルフィはモモンガらからの攻撃を受け、黄猿にさらに蹴り返されるが、白ひげがそれを受け止める。
エースに迫ったマルコをガープが殴り返し、海賊達がどよめく。白ひげが赤犬と戦い、海賊と海軍がさらなる交戦を続ける中、エースは戦場にあふれる自分への思いに打たれ、嬉し泣きの涙を流す。
イワンコフにテンション・ホルモンを施され立ち上がったルフィは、代わりの処刑人が就いたエースのもとへ走る！ イワンコフの援護も受け無数の海兵を倒して突き進むルフィに、彼を慕いながらも立場は真逆の曹長・コビーが挑む。
二度目の処刑執行を妨げたルフィの“覇王色”の覇気に、白ひげやその隊長たち、三大将やガープも驚く。それを無意識に放ったルフィ本人は、一直線にエースのいる処刑台へと走り続ける！ 白ひげはルフィを全力で援護するよう叫ぶ！
イワンコフの髪に潜んでいたイナズマが、“チョキチョキの実”の能力で作った処刑台への架け橋。駆け上がっていくルフィの前に、ガープが立ちはだかる！ ルフィの祖父でありながら海軍本部中将。これまでの歳月が脳裏を巡る中、両者が激突する！
遂にルフィがエースを解放した！ 絶対不可能な願いを、兄への思いと鍛え抜いた力で叶えてしまったのだ。メラメラの実とゴムゴムの実、無敵のコンビ攻撃が海兵たちに炸裂する！ 二人は海へと走る。少年だったあの日に走ったように。
白ひげは一人残り、全員に逃げるよう最後の船長命令を下した！ 覚悟を感じながらも動けないエース。やがて膝をつきながら頭を下げるエース。彼の背中に刻まれた自分のマークを見ながら、白ひげは問う。おれが親父でよかったか、と。
ルフィをかばったエースの体は、赤犬によって貫かれた。白ひげ海賊団の集中砲火も、マグマグの実を食べたマグマ人間には効かない。エースにもう一撃と振りかぶる赤犬を止めようとする白ひげも、黄猿の攻撃を受けてしまう…。
エースが息絶えて倒れ、ルフィは号泣。白ひげ海賊団も傘下の海賊達も涙する。映像電伝虫が“海賊王”の子の死を映し出す。モチベーションを失い、ルフィは完全にフリーズ。迫る赤犬！ その背後に白ひげが立ち、殴りつけた！
いつの間にか処刑台にいた黒ひげ海賊団！ 仲間殺しの黒ひげを息子とは呼べないと、白ひげがケジメをつけに行く。黒ひげもヤミヤミの実の能力を解き放つが、敵わない。そこへ黒ひげ海賊団の一斉攻撃が浴びせられる！
映像電伝虫が白ひげの死も伝え、大ニュースは瞬く間に世界中へ。レイリーが涙を浮かべ、バギーが逃げ出す中、黒ひげは立ち往生の白ひげと一枚の布に納まる。ジンベエが抱えて走り船へ近づくルフィを、赤犬は逃がさない！
白ひげのグラグラの実の能力も手に入れた黒ひげの試し打ちで、海軍本部が崩壊した！ さらにマリンフォード全体を沈めようとするのを、ヒトヒトの実モデル“大仏”の能力全開のセンゴクが、絶対に阻止せんと立ちはだかる！
ジンベエが抱える無意識のルフィを赤犬が追い、それを白ひげ海賊団の隊長達が阻む。海兵がさらに投入され、海賊との戦いは止まない。黒ひげとセンゴクの衝突も続く。エース処刑が果たされた後も奪われ続ける命。コビーは悲しみに苦悩する。
戦争を終わらせにシャンクスが現れた。赤犬にやられた際にルフィが落とした、麦わら帽子を手に。それは元々、10年前にシャンクスがルフィに預けた物…。想い出が脳裏をよぎり、一目会いたいと思うルフィ。だが、今会ったら約束が違うもんなと呟く。
センゴクが叫んだ戦争終結は、海軍本部の「勝利」として世界中に広まる。人々は歓喜し、海賊達は白ひげなき世界へ動き出す。崩壊した海軍本部を前にするセンゴクには、黒ひげがインペルダウンでいかにして仲間を募ったかが報告される。
マリンフォード頂上戦争で白ひげを倒し、完全勝利した海軍。だが、それを恐れない海賊が各地で暴れ、四皇の一人であった彼が制していた土地を奪っていく。ローの手術を受けるも未だ目覚めないルフィは、政府から逃れるため、女ヶ島へ運ばれる。
食糧が底をついたサウザンドサニー号が、嵐に流されてたどり着いたハングリラ島。そこでルフィは、美食屋のトリコと出会う。ルフィと上陸したナミたちも、料理人の小松やバトルウルフのテリークロスと冒険！ そんな中、ナミと小松がココアラにさらわれてしまう。ルフィたちは全力で後を追う！
ルフィの故郷フーシャ村の裏に、人々が立ち入ろうとしないコルボ山があった。10年前、シャンクスに憧れ海賊王を夢見てしまったルフィを、ガープは山賊ダダンに育てさせることに。そこにはガープが先に預けていたエースがいた。
ルフィが友達になりたい一心でエースを追うと、ゴミの山「不確かな物の終着駅」に出る。エースはチンピラから大金を奪い、「中間の森」で親友のサボと合流。ルフィも追いつく。そこへチンピラの兄貴分ポルシェーミがやって来て、ルフィが捕まってしまう。
大金のありかを決して言わないルフィに心が動いたエースとサボは、ポルシェーミに殴り込みをかける！ サボがルフィを助けて逃げようとするが、エースは一度向き合ったら逃げないと、ポルシェーミの前を離れない。サボも立ち向かう！
ポルシェーミの一件以来、ルフィはエースとサボに受け入れられ、三人はコルボ山で力を競い「ゴア王国」へ入り駆け回っていた。するとサボが街で声をかけられる。それは彼の父、サボは貴族だったのだ！ エースは親友に不信感を抱く。
相変わらず三人は大暴れ。彼らを預かるダダン一家に心休まる時はなく、さらにガープが顔を出せば、騒動は一層激しくなるのだった。ガープにしごかれる三人の方も命の危険を感じ、ダダンへ「どくりつする」と置き手紙を残して出て行く。
秘密基地を作って生活するようになった三人に、冬が訪れる。海へ出る時は船長！と譲らない三人は、大虎を仕留めた者がなれると戦うことに。現れたのは熊だったが挑み、大ピンチ！ 突進する猛獣を止めたのは、年老いたナグリだった。
大虎と戦うも、まだ仕留められないエースとサボ。ナグリのもとで海賊修行をする事にしたルフィは、木を切って足腰が鍛えられ、ゴムゴムの技をずいぶん使えるようになっていた。そしてナグリはエースに、自分が見た海賊王について話す。
秘密基地で嵐を乗り切り、絆を深めるエースとサボとルフィは、傷んだ所を修理する材料を拾いに出る。そこを狙っていたブルージャムはサボを取り囲み、依頼者の貴族であるサボの父に引き渡す。サボはエースやルフィと引き離されてしまう。
天竜人も乗る世界政府の視察団が来るのを機に、「不確かな物の終着駅」を暮らしている人ごと燃やそうと王族と貴族が企てていると知ったサボだが、父に捕まりエースとルフィに伝えられない。そして夜、ブルージャムの手で火事が起こされる。
ゴア国王にだまされ町へ入れないブルージャムは、エース達の財宝を狙い、燃えさかる炎の中を襲い来る！ ダダンが割って入り救われるエースだが、彼は逃げない！ 部下にルフィを連れて行かせ、ダダンはブルージャムに挑むエースに付き合う。
世界政府の視察団が来る日、サボは海賊旗を掲げて船出した。しかし下々民の船が艦の前を横切ったと怒る天竜人・ジャルマック聖はサボへ砲撃し、さらにとどめの一撃を浴びせる。その頃、エースとダダンが生きて帰ってきた。
天竜人・ジャルマック聖がサボを撃った。その一部始終を見ていたドラゴンはその夜、ゾロが修行するコウシロウの道場がある港村に停泊する、革命軍の自分の船へ戻る。エースとルフィは、サボの面影をとどめながら成長していく。
時は10年前から、マリンフォード頂上戦争後の現代へ戻る。フーシャ村に帰還するガープをダダンが襲い、エースの命を守れなかったことを責める。その場にいたガープが一番辛いとマキノが庇うと、一番はルフィの奴だとダダンは言う。
シッケアール王国跡地でヒューマンドリルの群れに苦戦するゾロに、ミホークが歩み寄る。チョッパー、ナミ、ウソップ、サンジ、ロビン、フランキー、ブルックも、それぞれの場所で新聞等からエース絶命を知り、ルフィを想う。
女ヶ島にレイリーが一人で泳ぎ辿り着く。彼はジンベエにおぶられたルフィと再会を果たす。くまの告白、シャッキーのハンコックがルフィに恋したとする女の勘が、レイリーの推察に答えを出したのだ。レイリーはルフィに、ある提案をする。
新聞でエース絶命を知りルフィを思うナミは、三日後にサニー号でとシャボンディ諸島で交わした約束を果たすため、空島・ウェザリアからの脱出を図る。フランキーもバルジモアを出る砕氷船を求め、Dr.ベガパンクの研究所へ侵入する。
ゾロが飛ばされたシッケアール王国跡地は、ミホークの住処だった。彼からエース絶命を知り、ゾロもシャボンディ諸島へ戻ろうと懸命になる！ ハラヘッターニャで手長族の襲撃に立ち向かうブルックも新聞を読んでいた。
ルフィは軍艦を乗っ取り再びマリンフォードへ。トリノ王国から鳥の背に乗りシャボンディ諸島へ急行するチョッパーは、ルフィが起こした事件の記事を見て驚く！ ロビンは微笑み、イワンコフに敗れた後のサンジは息を呑む。
マリンフォード「海軍本部」の議事の間では、ブランニューが一同を前にルフィの引き起こした事件を説いていた。数日前、復興中のマリンフォードに突如現れ、レイリーやジンベエとやってのけた、その行動の一部始終が描かれる。
再びマリンフォードに乗り込み「16点鐘」を行ったルフィの新聞記事が、世界中を駆け巡り、不可解な行動にバギー、ビビ、クロコダイルがその写真を見つめる。シャボンディ諸島ではデュバルが、残されたサニー号を律儀にずっと守り抜いていた。
ローは時期を待ち、ドレークとアプーは新世界に分け入り、ボニーは黒ひげに捕らえられ赤犬に引き渡された。「赤い土の大陸」の聖地マリージョアでは、ドフラミンゴが帽子の幹部に、マリンフォードでモリアが消えたと報告する。
新聞記事の写真を通じて伝えられたルフィのメッセージを理解したナミは、度重なる脱出をもくろんでいた小さな空島ウェザリアに残ることにする。フランキーも理解して、Dr.ベガパンクが「兵器的」発明をしていたもう一つの研究所に住み込む。
ブルックは見世物として手長族に捕らえられるが、ルフィのメッセージを理解して前向きになっていたため、エレキギターを掻き鳴らし集まった観衆へ一曲披露する。すぐに理解したロビンは、ドラゴンの部下である革命軍とバルティゴへ向かう。
２年後に魚人島で会う約束をして、ジンベエはルフィのもとを離れる。レイリーはルフィに修行を施す過酷な無人島・ルスカイナへ直行。ハンコックとも別れたルフィに、レイリーは巨大な象を相手に覇気を教える。２年後に向けて！
