黄葉菜花は令和の現代を生きる中学3年生。五行商店街の門から迷い込んだ見知らぬ世界で、摩緒という青年と出会う。菜花を襲った妖を退治した摩緒は、菜花に「おまえ、妖だろう」と告げ…。
小学1年生の時に遭った事故で、化け物を見たと思い出した菜花は、五行商店街の門と繋がる世界が大正時代だと気づく。一方、摩緒は自身を呪った猫鬼に関わりがありそうな「首なし事件」を調べ始める。
摩緒の持つ「破軍星の太刀」に触れても死なない菜花は、幼い頃に猫鬼の血を浴びて呪われた可能性があるようだ。菜花は令和の現代に戻り、8年前に遭った事故のことを調べ始める。
菜花と乙弥は、猫鬼に関わりがありそうな鐘臨教の教団に潜入する。地下室で呪法の写本を見つけるが、人の寿命を操る方法は載っていない。すると、教団の教祖、鐘呼が二人を地下室に閉じ込めてしまう。
大正時代の五行町で地震が頻発。摩緒と乙弥は、崩れた裏山の様子を見に行った妖から、地震鎮めの要石を祀っていた辺りに奇妙な洋館が建っていると聞く。ふたりがそこを訪れると、無かったはずの教会が建っていた。
菜花は摩緒と乙弥に、100年後の世界から来たと打ち明けるが信じてもらえない。現代に戻った菜花は、摩緒にもらった解毒剤を飲み、8年前の事故の日を思い出す。疑問を抱いた菜花は摩緒に会うため大正時代に向かう…。
大正時代にいた菜花の前に、8年前の幼い菜花が現れた。猫鬼は幼い菜花を咥え、五行商店街の門から令和の世界へ飛び去ってしまう。獣姿の摩緒は幼い菜花を守るため、現代へ守護の式神を飛ばすと気を失ってしまう。
摩緒たちは火の陰陽術を操る兄弟子、百火に襲われる。百火は一度死んでしまうが、すぐに生き返った。百火も900年生き続けているのだ。百火によると、900年前、5人の弟子が師匠から「五色堂」に呼ばれたという。
若い娘を狙ってさらう茨木種彦に車で轢かれた貂子のもとへ、摩緒たちが駆け付ける。そこへ茨木家当主の依頼を受けた朽縄という男が現れる。木の陰陽術を使う朽縄だが、その正体は、摩緒の兄弟子の華紋だった。
襲ってきた式神に呪符を飲ませ、式神の使い手をおびき出す罠を仕掛ける摩緒。そこへ、魚と水で構成された巨人が現れる。その巨人は摩緒に、人の寿命を操る陰陽道の最高奥義「泰山府君」の術を教えてほしいと迫る。
しげるという少年の母親が、息子を診てほしいと摩緒の診療所を訪れる。摩緒はしげる少年のもとへ向かうが、それは摩緒を誘い出す罠だった。襲ってきた水を操る式神は、摩緒を捕らえようとする。
水の式神に襲撃された摩緒は、平安時代の御降家で一番の水の術者を思い出すが、その術者が刺客を送るとは思えず、困惑する。一方、華紋は御降家の陰陽師がいるという海上の御堂に乗り込み、不知火と再会する。
令和の世界に現れた猫鬼から摩緒への伝言を託された菜花は、大正時代へ向かう。摩緒の診療所には百火と華紋が訪れていた。華紋は、延命と称してインチキ商売を行っていたのは水の術者、不知火だったと話す。
「寿命を繋ぐ御降家の陰陽師が来る」との噂が帝都に広がった頃、幽羅子が政財界のサロンに現れる。幽羅子が不知火の手先だと考えた華紋は、摩緒とともに追跡する。そして幽羅子の顔を見た摩緒は驚愕する。
摩緒の前に現れた不知火は平安時代から続く互いの因縁を明かし、寿命を操る泰山府君の秘法を渡せと摩緒に迫る。しかし摩緒は、紗那と同じ顔をした幽羅子が、なぜ不知火の手先なのかと怒りを顕わにする。
鉄仮面の男は御降家の兄弟子、白眉だった。白眉も平安時代、百火や華紋と同じく五色堂に呼ばれたという。白眉は摩緒を御降家の怨敵とみなし、金の術を駆使した猛攻を仕掛けるが、摩緒は獣姿に変化し暴走してしまう。
白眉との戦闘で消耗し、眠り続ける摩緒。摩緒の診療所には治療を求める妖たちが次々に訪れ、菜花、乙弥、百火が奮闘する。現代に戻った菜花は白羽とともに、陰陽道と猫の関係を調べ始める。
摩緒と菜花の前に、御降家の姉弟子だった夏野が現れる。摩緒の兄弟子の大五と紗那の過去を語る夏野。一方、不知火を追う華紋は摩緒とともに、海底の社から湧く髪の主を探るべく、「魂おろし」を行う。
夏野の力を借り、海底の社へ向かう摩緒たち。社へ突入した摩緒たちは、不知火から真砂の最期を聞かされる。華紋は後悔を抱えながらも立ち向かうが、不知火の術によって窮地に追い込まれてしまう。
