一等級魔術師を夢見るスピカは、日々魔法の練習をするが、失敗ばかり。ある日、人語を話す黒猫と出会い、魔法を教えてもらう代わりに黒猫の呪いを解くための本を探すこととなる。
黒猫の正体がクロードであることを知ったスピカは、呪いを解くため、本格的に一等級魔術師を目指すことに。クロードとの修行を経て、王立ディアナ魔術校の試験に挑むスピカを迎えるのはーー。
ディアナへ入学したスピカを待っていたのは、"パンドラの箱"と呼ばれる才能を秘めたクセの強いクラスメイト。教師として復帰したクロードと、スピカたちクロードカヴンの学校生活が始まる。
カストルが自分の授業にだけ出ない。「カヴン全員を卒業させる事」が復職の条件であるクロードはカストルに歩み寄ろうとするがなかなかうまくいかず、困っていた。カストルがクロードだけに反抗的な態度を取る理由とは…
中間試験が迫る中、クロードと特訓の日々を送るスピカ。幼馴染のアリアに魔法の相談をしたスピカだったが、アリアの提案でなぜか対決する事に。スピカとアリアの絶対に負けられない戦いが始まる。
中間試験に挑むスピカたちを待っていたのは、巨大なグリフォンの巣！？試験内容はダンジョンにある黄金を日没までに持ち帰る事。獰猛なグリフォンたちが飛び交う中、いよいよ中間試験が始まる！
間一髪でハナを救出したスピカだったが、魔法を使う双頭のグリフォンに苦戦。試験終了時間が迫る中、スピカとハナは無事に黄金を持ち帰り、中間試験を合格できるのかーー。
中間試験の不合格者であるスピカ、キロン、タルフ、ユゥ、ハナの5名に加え、カヴンのリーダー・カペラは冬期魔法合宿へ参加することに。脱出者続出（？）の地獄の合宿が始まる。
冬期合宿2日目はヘラクレスカヴンとのチーム対抗戦。カペラの戦略で優位に立つクロードカヴンだが、一人やる気のないユゥ。試験中にも関わらず正反対の2人は衝突してしまい…。
無事に冬期合宿を終えたスピカたちだったが、帰り際にスピカの鞄が無くなってしまう。森の中で鞄を見つけたスピカは、そこで見知らぬ少女と出会う。
スピカたちを襲撃してきたのは、クロードのかつての教え子・アルクとその仲間であった。魔力を消耗したクロードは黒猫の姿に戻ってしまい、スピカたちは絶体絶命のピンチを迎える。
クロードの魔力を回復させるため、泉へ向かうスピカとキロンであったが、あと一歩のところでアルクに追いつかれる。アルクを倒すために、スピカとキロン2人のクロス・マジックが放たれる。
冬休み中のスピカのもとへ訪れたクロードは、元教え子アルクとの過去を話す。なぜアルクは邪教徒になったのか、アルクは一体何者か、クロードとアルクの関係が明かされる。
レオの家で行われる社交界にメイドとして働くこととなったスピカ。レオが次期領主になることを宣言するレグルス家にとって大事な社交界であったが、突如レオが行方不明に！？
ライブラ教頭の息子・アストレアは、悩み事を相談するためにクロードのもとを訪れた。深刻な面持ちで発したアストレアの言葉はー、「女の子になりたい」。
自分の力を制御できず悩んでいたイオのもとに依頼がくる。行方不明になった犬を探すため、イオ、カストル、スピカの3人が鏡の世界へ飛び込むが、そこにいたのはなんとーー。
ついに始まる期末試験（ファイナル・トライアル）。試験内容は、島に隠された宝石を集め、奪い合うトレジャーハント。生徒同士のサバイバルバトルが幕を開ける！
宝石を探すスピカだったが、島に生息するモンスターたちに悪戦苦闘。そんな中、突如大きな爆発音！？宝石を巡り、アリアとポルックスが一進一退の攻防を繰り広げていた。
