我妻弐郎は、動物と話せる不思議な能力を持つ高校生。 さらに、忍者の末裔として祖父、寿正に体術を仕込まれるという稀有な環境で育っていた。 ある日、弐郎は傷つき倒れていた黒猫、羅睺を助ける。その正体は、永い眠りから目覚めた物ノ怪で……。
病室で目覚める弐郎。彼は『公儀隠密局』の監視対象になっていた。 羅睺は、隠密局に長らく封印されていたらしい。 そんな羅睺と同化した責任を問われる弐郎は「失踪者として処理される」と聞かされ……。
保護対象となった弐郎は、鬼子母神一華の護衛のもと、隠密局に向かうことに。 その道中、物ノ怪を嫌う一華と一触即発の雰囲気になる弐郎と羅睺。 だが、その時、護送用のトラックが襲撃される。
『黒の灯火（ブラックトーチ）』の新メンバー、桐原零司と決闘をすることになった弐郎。提案者の司場は、弐郎が隠密局にとってどれほど重要な存在になるか、その適性検査を目論んでいた。零司の剣技に圧倒されつつも、立ち向かう弐郎だが……。
羅睺が封印されていた『殺生石』がある地下空間。弐郎と零司の前に現れたのは、咬牙と名乗る物ノ怪だった。 羅睺を手に入れようとする咬牙との戦闘が始まる。 一方、外では特務一課の久澄と時枝が、咬牙の作った結界を破ろうとしていた。
弐郎、一華、零司が物ノ怪の芙蓉から与えられた試練――それは『妖術対抗訓練』。 幻影空間のような結界を破り、無事に出てくるというものだった。 心に抱えるトラウマを乗り越えるべく戦う零司と一華。 一方、弐郎の前に現れたのは、巨大な謎の黒い物ノ怪だった。
