After the battle against Zogu was over, Gamu & Fumiya began to live normal lives until another threat arrives on Earth.
根源破滅天使ゾグを倒し、ウルトラマンとしての戦いを終えた我夢は学生生活に戻り、藤宮は地球怪獣を守るためにG.U.A.R.Dの攻撃作戦を妨害し追われる身となっていた。ある日、我夢は海底調査のためにXIGに呼び戻され、逃亡中の藤宮の前には不思議な少女が現れるが、やがて海底から怪獣が再び出現する。2人は再びエスプレンダーとアグレイターを使いガイアとアグルに変身し、新たなる敵に立ち向かう。
