かつて消息不明になっていた船舶や飛行機が突如出現する事件が発生。ヤズミは同じように過去から現れた少女の調査を命じられた。折しも、全ては時空間を操る怪獣の仕業だと判明し、GUTSの怪獣撃退作戦が始まるが...。
