百八十年に一度出現する陰星。陰たちが日本支配を目指し動き始める。暗闇指令は、九州の帯庵に会い、一人の少女を東京へ向かわせる。風間三姉妹の三女、唯である。唯は物心つく前に帯庵に預けられていたのだ。唯は、姉の由花、由真と会い、父の待つ家へ向った。父小太郎と再開したのもつかの間、父は家と共に爆死する。
風間姉妹は、父の葬式の席から何者かによって連れさられた。それは、暗闇指令から３人に託された般若が、３人を試したのだ。般若は三姉妹を岩牢に閉じ込める。飢えに苦しむ三姉妹。だが唯の機転で脱出する。そこに般若が現れ、三姉妹の体についているアザを示し、姉妹であることを証明する。唯は陰と戦うためスケバン刑事となる。
陰の忍者、傀儡の術を使う音羽の十郎が、原宿のディスコに来た若者を操る。唯はそれを探るが・・・・・・。
唯は、姉たちの通う星流学園に転校してきて、一年Ｂ組に編入された。姉の結花は、この学園の裏番であった。唯は、帯庵のくれたお守りを由真に捨てられた。怒った唯は、特訓を積み、由真に挑戦する。
唯は、指令により死神小僧と名乗る中井哲夫に接近する。彼はケン玉を武器に不良たちを次々に倒していたのだ。唯は、彼の背後にうごめく不気味な陰の忍者を追った。
星流学園に天上院滝子が転校してきた。滝子は陰の忍びであった。彼女は、額に凡字の浮き出る唯を倒しにやってきたのだ。
ヨーヨーを間違えて由真に当ててしまった唯は、権左にヨーヨーの特訓を受ける。
唯は、横浜で楠流忍法を使う岡田とその娘、美沙に会う。一方、翔は岡田の弟子で楠流忍法と米軍特殊部隊の戦闘術を身につけたハヤブサを岡田に差し向ける。楠流忍法の秘伝“於宇の実”を奪おうとする。
星流学園に、風花良が転校してきた。彼は、風魔の隠れ里から、唯の父の死の原因を探るためやってきたのだ。時を同じくして、三姉妹は命を狙われる。良は味方か、はたまた敵なのか？
結花と由真の幼なじみが星流学園に転校してきた。その頃より三姉妹は命を狙われ始める。犯人は彼なのか？
翔の側近ミヨズは、風間三姉妹抹殺のために六道衆を呼び寄せた。その名は土鬼！陰との運命の戦いが始まる。
六道衆、第二の刺客は夜叉女！自らの運命を知るべく三姉妹は般若に連れられ、ある人物に出会う。
陰の攻撃は激しさを増していった。試験勉強中の唯を容赦なく襲うのは六道衆の第三の刺客、不動！
結花が不審な動きをしはじめた。いくつもの事件の背後に結花の影が・・・。独自に調査を開始する由真と唯。
唯が暗闇指令の秘密任務に着いている間、戻ってきた唯の誕生日を祝おうと結花と由真はバイトを始めるが・・・。
山下学園のスケバンが星流学園の縄張りを荒らしはじめた。一方結花はかつての恋人と再び別れの時が・・・。
力を持ちはじめた者はおごりはじめる。今一度気を引き締めていかないと思わぬ落とし穴が空いている。
陰の草を抜け出そうとする者、そこには翔の執拗な追跡が迫る。三姉妹は助け出す事ができるのか？
陰の草を抜け出そうとする者、そこには翔の執拗な追跡が迫る。三姉妹は助け出すことが出来るのか?
草に接触する三姉妹は、翔が草たちの前に姿を現す日を聞き出した。ついに翔と唯の宿命が…、そして礼亜が！
礼亜を守れなかったことで失意する唯。暗闇指令にヨーヨーを返し、行く当てもなく漂う唯は復活することができるのか？
翔を追って土龍寺を目指す三姉妹。作戦リーダーは暗闇機関エージェントの多聞菊子。魔道衆、八門遁甲の陣を突破できるか！
三姉妹を狙う次なる使者は謎の占い師・宝珠。未来を占う宝珠に翻弄される三姉妹。不審に思う結花は般若に相談する。
結婚式当日の花嫁が誘拐された。あらゆるところに潜伏している陰たちの陰謀を三姉妹は暴きだすことができるのか？
九州から助けを求めて鳴戸新子が上京してきた。彼女の情報で不動明王の像をめぐり、三姉妹と陰の攻防戦がはじまる。
由真は父・小太郎と出会う。陰に倒されたはずの父は生きているのか？同時期、三姉妹の周りに不穏な動きが起きはしめた。
陰が放った次なる刺客は外法衆、牛頭と馬頭。連携する攻撃に唯の新必殺技が炸裂する。しかし、また、ひとりの犠牲者が・・・。
星流学園に女教師が赴任してきた。彼女は依田を執拗に狙い始める。過去に依田が裏切り、姉を殺したのだという。
ある時、唯は男から交換殺人を申し入れられる。由真を殺すかわりに番長の山田熊之介を殺せと・・・。
唯暗殺に動く陰の忍びたち。戦いに巻き込まれた少年アキラにかけられた陰の術は何なのか？唯は術を解くことができるのか。
運命に弄ばれた二人の少女と雄ビナ、雌ビナに隠された秘密とは？今、唯と翔の最後の戦いがはじまる。
本作は当時の放送で第31話として放送されたシリーズ中盤までの総集篇。セーラー服に身を包み、赤いヨーヨーを片手に敢然と黒幕に挑む“スケバン刑事”こと麻宮サキの戦いを描く。3作目では、三姉妹がスケバン刑事となり忍法入り乱れながら悪と戦うという設定。
陰を操る謎の老人、果心居士。ついに動き出す殺人マシーン、魔破羅。すべての謎が唯に向って終結しはじめる。
自らの出生を探るべく唯はひとり帯庵和尚の元へ向う。しかし、現れたのは帯庵の言葉を伝える慈恵という人物だった。
三姉妹の血は繋がっていないのか？般若は三人に風魔の里に行き、長老に会えという。すべての謎が明かされるのか？
陰は唯を暗黒面に引きずり込もうする。一方、翔の側近、オトヒとミヨズは別の思惑を持って行動を開始した。
唯と翔の関係は？そして、結花、由真は？真実は帯庵和尚から語られる。自らの宿命を受け入れることができるのか？
結花と由真は父は誰なのか？父が残した言葉、魔幻の森へ向う二人。しかし、そこは暗黒面への入り口だった。
魔破羅が父、小源太だと知った結花と由真は陰の暗黒面に取り込まれようしていた。唯は二人を助けるために魔破羅を倒す。
過去を取り戻そうとする翔。すべては果心居士によって仕組まれたことだった。対決する果心居士と翔。
果心居士の魔の手は風魔の里にまで迫っていた。唯を守るために帯庵和尚たちは自らの体を盾にして最後の術を使う。
戦いの中、結花、由真が倒れた。しかし、唯はもう後戻りすることはない。すべての運命は決まっている。
陰星が輝く時、ついに果心居士は天輪聖王に転生した。世界を闇に閉ざさんとする天輪聖輪王に唯は勝てるのか？