新中学1年生の愛乃モモカは入学式の日に2人の魔法戦士リン・ミツキを目撃。それが不思議の始まりだった…。放課後、モコニャンに導かれティアラさんのジュエルショップにやってきたモモカ。ティアラさんにもらったマジョカポルテを手にクラスメイトの萌が通うバレエ教室を訪れる。しかし、萌の教室の法子先生が邪魔邪魔団のムリ太郎によって、生徒たちの夢を奪おうとするアキラメストにされていた！どうするモモカ？！
マジマジョピュアーズ！に仲間入りしたモモカは邪魔男爵からみんなの夢を守るため、魔法のレッスンをスタートさせる。そんなある日、リンの憧れであるサッカー部の輝樹先輩が邪魔邪魔団のムダ子によってアキラメストにされてしまう！学校のグラウンドは他のサッカー部員を巻き込んで大騒ぎ。無事輝樹先輩をピュアライズできるのか！？
クラスメイト・小田原カイトの母親が、リンの大好きな漫画「スーパースパイ バニラ・デザート」の作者だということが判明！カイトはリンたち3人を母親・マリンの仕事場に招待する。当日、カイトの家を訪れるとマリンが邪魔邪魔団のダメ之丞によってアキラメストにされていた！しかし、リンは憧れのマリンを前に魔法でピュアライズすることに抵抗してしまう…。そのためマジマジョピュアーズ！はピンチに！
どの部活に入ろうか迷っているモモカは、新聞記者である父親・愛乃誠の仕事を目の当たりにする。町を守ろうと頑張っている警察官・桜田門への取材をする姿だった。しかし、そんな夢を持つ桜田門がアキラメストにされてしまう！そこにいるのはモモカ1人…！モモカ、初めて1人でアキラメストをピュアライズできるのか！？
魔法のレッスンを頑張るモモカ・リン・ミツキは息抜きに公園へ出かける。そこでギターの練習を一生懸命頑張る響子と出会う。ピュアラがあふれる響子の姿にモモカたち3人は感動！しかし、そんな響子がムダ子によってアキラメストにされてしまう！3人は魔法でピュアライズし響子に楽器練習を頑張っていた時の気持ちを取り戻させることはできるのか？
モモカたちのクラスに特別講師としてミラクルミラクルがやってきた！ミラクルミラクルのファンでアイドルになることを夢見ているクラスメイトの夢乃サラは授業終了後も一生懸命ダンスの練習をしている。するとそこにムリ太郎が現れ、サラをアキラメストに！体育の育田先生もインピュアラをうつされてしまう。モモカたち、無事2人をピュアライズ成功なるか？！
新聞部に入ったモモカと萌は生徒会選挙に向けた新聞作りで大忙し！しかし、選挙に立候補している情熱的な永田マチコは、学校に侵入していたムダ子によってアキラメストに！アキラメストになったマチコをリンは1人でピュアライズ！？ 一方、その戦いの一部始終を見ていた邪魔男爵。次こそは自分が相手だ！と姿を消していく。どうなる！？マジマジョピュアーズ！
失敗続きの邪魔邪魔団に怒りを爆発させる邪魔男爵。そこへ、息子の邪魔彦がスペシャル兵器『あきらめサンダーバズーカ』を持って現れる。邪魔男爵、ついに始動！重大な危機が迫っているとティアラさんから呼び出されたモモカ・ミツキ・リンは急いで邪魔男爵のもとに向かう。マジマジョピュアーズ！と邪魔男爵の直接対決のときがやってきた！
最近髪を切った部活仲間の菜々美と同じ美容院に出かけるため、マジョカジュエルでオシャレに変身するミツキ。美容院へ行く途中、ミツキは邪魔彦の手下である謎の少女・シオリとすれ違う。ミツキが美容院に到着すると、ネイリスト・かおるがシオリによってアキラメストにされていた！ミツキは１人でかおるをピュアライズできるのか？！そしてシオリはいったい何者なのか？
モモカたちのクラスにやってきた教育実習生の佐藤は自己紹介でダジャレを披露。シーンと静まり返るクラスに耐えられず隠れて魔法を使いその場を明るくするモモカ。魔法戦士以外の人に見つかるかもしれない学校で魔法を使う姿を、謎の少女・シオリに目撃される。そんな中、邪魔邪魔団によって教師になる夢を持つ佐藤がアキラメストにされてしまう！無事、モモカたちはアキラメストをピュアライズできるのか！？
ティアラからスターアンドムーンのパワーを持つ戦士がいたことを告げられるモモカたち3人。それを聞いて、ミツキはシオリのことが気になり始める。 翌日、ミツキが出場するテニスの試合を応援しに行くモモカ。その途中、モモカはシオリと出会い、シオリの嘘を信じ、友達になる。 一方、試合会場ではミツキの対戦相手、蝶野ミドリコがアキラメストにされていた。試合会場に急いで駆け付けたモモカ・リンと共にミツキはアキラメストをピュアライズ！！
モモカは新しく友達になったシオリのために、シオリがなくしたというネックレスを一生懸命探していた。しかし、それはシオリの嘘で、モモカのハートルビーを秘かに狙っていた。モモカを心配するリンはモモカを探し回り、無理をしたせいで翌日体調を崩してしまう。リンが病院を訪れると、アキラメストにされてしまった看護師の白井ナオコに遭遇！リン、1人でピュアライズなるか？！
モモカはティアラさんに教えてもらいながらミサンガをつくる。そのミサンガを友達の印としてシオリにプレゼントする。しかしそれを受け取るとシオリはモモカの元から立ち去ってしまう…。その後シオリは消防士の九十九をアキラメストに！シオリを探していたモモカはアキラメストになった九十九を発見し、1人でピュアライズ！すると、モモカの背後にブラックルミナを持ったシオリが現れる！！
モモカ・リン・ミツキはティアラからシオリが以前、邪魔界へ一人で行ったきり戻ってこなくなってしまったスターアンドムーンの魔法戦士であること、そしてシオリは大切なパートナーであるララニャンを失い、心を邪魔の闇に囚われてしまっていることを知らされる。それを聞いて、モモカはシオリを救い出したいという思いが強くなっていた。モモカたちマジマジョピュアーズ！は力を合わせてシオリをピュアライズしようと決心する！
無事、モモカ達はシオリのピュアライズに成功し、シオリはゆめの風中学校に通い始める。そこにイケメンの真加部正彦先輩が転入してくる。早速、正彦先輩は学校の人気者に！そんな中、モモカたちは社会科見学でパン屋さんを訪れる。しかし、店長さんがアキラメストにされてしまう！4人そろって初めての戦い。マジマジョピュアーズ！は無事にピュアライズすることができるのか！？
買い物に出かけたシオリは怪しい男からモデルにスカウトされる。なんと、その男はミラクルミラクルも担当していたというメイクアップアーティストのコジローだった！モデルに挑戦しようか迷っているシオリに、ティアラは優しくアドバイス。チャレンジしてみようと決心し、スタジオを訪れるシオリだったが、そこには邪魔邪魔団のムダ子によってアキラメストにされてしまったコジローがいた！どうする、シオリ！？
今日はモモカの誕生日！家族で焼肉屋さんに行くと張り切り、朝から何も食べていないモモカ。おなかをすかせて、家族と一緒にいざ焼肉屋さんへ！しかし、店長さんがダメ之丞によってアキラメストにされてしまっていた。おいしい焼肉を食べるためにモモカは全力でアキラメストに立ち向かう！！
新聞部に新しく入部してきた正彦先輩に教えてもらい、モモカはシオリ、スミレ、カイトと一緒に天文教室に出かける。しかし、そこでガイドをしているカイトの従兄がアキラメストに！教室に来ていた子供たちがパニックになる中、シオリは一人でピュアライズに向かう。一方、マジョカポルテを取り出し、変身しようとするモモカ。背後からその様子を見ている怪しい人影が…。
マジマジョピュアーズ！の4人はモモカの家族と共にアスレチックに出かける。ミツキは初めてのアスレチックに大興奮！ しかし、モモカのお父さんの後輩である小岩ミノルとユイのカップルがアキラメストにされてしまう。そんなとき、モモカは正彦先輩に遭遇！さらにマジョカポルテからアキラメストを知らせる音が！モモカたちは、無事、正彦先輩に正体がばれることなく、アキラメストカップルをピュアライズすることができるのか？！
有名ホラー作家・江十川の屋敷へ見学にきたマジマジョピュアーズ！の4人。お化けがでるという噂を聞いて、怖がるミツキ。一方、マジョカポルテをマジマジョピュアーズ！から奪ってこいという邪魔彦の命令で屋敷に来たムリ太郎。無事、マジマジョピュアーズ！はマジョカポルテを守りぬけるのか！？
モモカの家でホームパーティーが開かれることに。リン、ミツキ、シオリはオシャレアクアマリンでかわいい浴衣姿に変身！正彦先輩もやってきてモモカはドッキドキ！そんな中、モモカの妹・スミレの友達がアキラメストにされてしまう。マジマジョピュアーズ！は４人で、いざアキラメストをピュアライズ！
モモカは、正彦先輩と忍者が大好きなミツキと一緒に忍者道場を訪れる。しかし、くノ一の一華がアキラメストにされ、モモカたちに次々と罠を仕掛けてくる！そんな中、正彦先輩はモモカのマジョカポルテをひそかに狙っていた…。 一方、ミツキは一華をピュアライズするため、アキラメストに１人で立ち向かう！
マジョカポルテをなくして落ち込んでいるモモカを、リンはオワライトルマリンで元気づけようとするも失敗…。代わりにモモカを科学博物館へ誘う。しかし、館長さんがアキラメストに！変身できないモモカに代わってリンは１人で変身してピュアライズに向かう！
モモカはお母さんと一緒に書道の体験教室に出かける。しかし、突然書道の先生がアキラメストになってモモカの前に現れる！さらに、なくしたはずのマジョカポルテを手にしていた！変身できないモモカは大ピンチ！一体どうなる！？
変身できないモモカをピンチから救ったのはユリアだった。ユリアはマジマジョピュアーズ！を守るために魔法界からやってきた５人目の魔法戦士。 一方、モモカたちは文化祭でやるクレープ屋さんの準備で大忙し！しかし、クレープ作りを教えてくれていたお姉さんがアキラメストに。マジマジョピュアーズ！は急いでピュアライズに向かう！
文化祭で「ロミオとジュリエット」のジュリエット役をやることになったシオリは、ロミオ役の正彦先輩から邪魔の気配を感じていた。それを聞いて、モモカのことを心配するリン、ミツキ。文化祭当日、シオリと同じ舞台に立つワキコがアキラメストに。何者かにワキコは操られ、シオリは大ピンチ！！
ある日、ユリアは大道芸人・風船太郎に花をプレゼントされる。人間界に来て初めての経験に嬉しさを覚えるユリア。しかし、その大道芸人が邪魔邪魔団によってアキラメストに！ユリアは１人でアキラメストをピュアライズ。圧倒的なパワーで５人目の魔法戦士としての強さを魅せる！
モモカの前に、今まで姿を消していた邪魔彦が突然現れた！正彦先輩の本当の想いを聞きたいモモカだったが、やさしい先輩の姿はもうどこにもなかった。そこへ他の魔法戦士４人も駆けつける！４人は邪魔彦を人間界から消すために戦うが、モモカだけは邪魔彦をピュアライズできると信じていた…。
人間界に来て初めてハロウィンを体験するユリアはモモカ達とハロウィンパーティーを楽しんでいた。マジョカランタンに魔法をかけて、今まで頑張ってきたピュアライズの思い出を振り返る５人。これからもみんなの夢を守るために頑張ろうと一致団結するマジマジョピュアーズだったが、突然怪しいカボチャが現れる…！
怪しいカボチャの力で邪魔界が生み出した空間・アキラメルドに飛ばされていたユリア以外の４人。リンは目覚めると怪しい図書館にいた。そこには魔法戦士として戦う力を奪う恐ろしいアキラメルドの番人が潜んでいた。リンは邪魔の力に打ち勝ち、魔法戦士として成長することができるのか！？
魔法戦士としてパワーアップし「知性の証」を手に入れたリン。そのころ、ミツキとシオリもアキラメルドで戦っていた。２人はそれぞれ苦手を克服し、マジマジョピュアーズとしての成長の「証」を手に入れることができるのか！？
モモカは目覚めると怪しい雰囲気漂う学校にいた。教室に入るとそこでは邪魔彦がモモカを待ち構えていた。邪魔彦との対峙で大ピンチ！モモカが邪魔彦を思う強い気持ちを叫ぶと胸のハートルビーが突然光り出した…！！
マジマジョピュアーズはモモカのロイヤルハートルビーとユリアのアイリスでロイヤルフォームにパワーアップ！変身した５人は邪魔彦をピュアライズし、無事にティアラさんのもとへ帰ることはできるのか…？！
邪魔彦の敵を討つため邪魔界からグラン魔がやってきた！グラン魔はあきらめハットを使ってスペシャルアキラメストを生み出す強いパワーを持っている…。マジマジョピュアーズはロイヤルフォームに変身し、スペシャルアキラメストのピュアライズに挑む！
モモカは梨々花、スミレと買い物中、梨々花の古い友人の淳平に遭遇。モモカは魔法を使って大人の姿に変身し、淳平がDJをしているクラブに潜入！しかし、そこにはスペシャルアキラメストにされてしまった淳平が…！無事、モモカは駆けつけた他の４人と共にスペシャルアキラメストをピュアライズすることはできるのか？！
ある日、梨々花はキャンペーンに当選し、美容研究家・マダムルルドに会いに行く。しかしマダムルルドはグラン魔によってスペシャルアキラメストにされていた！モモカはその知らせを受けとり、ユリアと急いで駆けつける。果たして２人だけでお母さんを助け出すことができるのか！？
なにか隠し事をしている怪しいモモカのお父さん・誠。実は、家族に内緒で料理教室に通っていた。モモカたちは一生懸命料理を学ぶ誠の姿を目撃！しかし、突然教室の先生がスペシャルアキラメストに！マジマジョピュアーズのみんなも駆けつけ、いざピュアライズ！
初めてのクリスマスにワクワクしているユリアは、モモカ達とクリスマス会の手伝いをしに幼稚園へ。すると園長先生がスペシャルアキラメストに！マジマジョピュアーズはロイヤルフォームに変身！５人はピュアライズを成功させ、クリスマスの奇跡を起こすことができるのか…！？
モモカのお母さん・梨々花は、ティアラさんに会いにジュエルショップを訪れる。モモカのハートルビーがロイヤルハートルビーに変化したことを知らされ驚く梨々花。そしてモモカに自分の過去の秘密を打ち明けることを決心する…！
マジマジョピュアーズは、ティアラさんが参加している魔法会議の様子を水晶から見ていた。会議の最後、魔法界のプリンセス候補が誕生したことが発表される。いったいマジョカプリンセスになるのは誰なのか…！？
ユリアは自分に好きなものがないことを悩んでいた。ある日散歩をしているとラーメンのいい香りがユリアを誘う…。しかし、そこで出会ったラーメン屋の店長さんがアキラメストに！大好きなラーメン屋さんの夢を守るためにユリアは１人で立ち向かう！
漫画家を夢見るリンはある日、大好きなマンガ家の担当編集者・今井わかばを訪ねに、カイトと一緒に出版社へ。しかし、わかばがアキラメストにされてしまう！リンはアキラメストをピュアライズし、わかばにマンガの素晴らしさと夢を思い出させることができるのか…！？
ミツキはクラスメイトの菜々美と萌と一緒にダンス大会に出場することに！しかし、自分のダンスに自信が持てない菜々美は大会出場をあきらめようとしていた。そんなとき、３人のダンスの先生がアキラメストにされ、大ピンチ！ミツキたちは再び楽しくダンスを踊ることができるのか…！？
新任の先生たちに学校案内をすることになったモモカ・リン・ミツキ。しかし、その先生たちに扮し、邪魔邪魔団がマジマジョピュアーズの前に姿を現す！さらに担任の大町先生がアキラメストにされ、学校はパニックに！どうするマジマジョピュアーズ！？
あきらめストーンをすべて使い果たしてしまった邪魔邪魔団は自らアキラメストとなり、人間界でインピュアラを増やしていくことを決意。ダメ之丞はかつて働いていたチョコレート屋さんで大暴れ！そこへやってきたモモカ、ダメ之丞にステキな夢を思い出させることはできるのか…！？
ダメ之丞がピュアライズされ、次に立ち上がったのはムダ子！ムダ子はアキラメストとして、みんなの友情をインピュアラで壊していく！と、そこにシオリがやってきて、ムダ子のピュアライズに挑戦！ムダ子の過去にいったい何があったのか…！？
邪魔邪魔団最後の１人・ムリ太郎は、かつて一緒にお笑いコンビとして夢を追いかけていた元相方稲葉の元へ向かう。そこでインピュアラを振りまくムリ太郎。果たしてマジマジョピュアーズの力で、再びムリ太郎に夢を思い出させることができるのか…！？
邪魔男爵が巨大あきらめストーンを掘り当て、邪魔大帝にパワーアップ！人間界にインピュアラが増え、みんなは夢見る力を失い始めていた。そのせいでマジョカセレモニーの開催が早まることになったが、モモカはまだ心の準備ができていなかった。そんなモモカのためにマジマジョピュアーズは力を合わせてセレモニーの成功を誓い、いざ魔法界へ！
魔法界に向かった５人だったが、邪魔大帝のせいで魔法界とのつながりが途絶えてしまう。唯一の通り道であるマジョカゲートに向かうが、そこには邪魔大帝が待ち構えていた！ついに邪魔大帝とマジマジョピュアーズ、最終決戦のときがやってきた！
モモカは邪魔大帝との戦いで大ピンチ！マジマジョピュアーズ全員で魔法界に行き、マジョカセレモニーを成功させるために最後の力を振り絞るモモカだった。そんな絶体絶命のモモカが顔をあげると目の前に現れたのは…！！
無事、魔法界に５人全員でたどり着いたマジマジョピュアーズ。マジョカセレモニーが成功し、モモカも晴れてマジョカプリンセスに！それと同時に、マジマジョピュアーズを待ち構えていたのは、プリンセスになったモモカと４人の別れの時だった…。
