小学五年生の男の子・速杉ハヤトは、冬休みの宿題を約束どおり終わらせたごほうびに、父・速杉ホクトに連れられて東北新幹線「E5系はやぶさ」に乗せてもらう約束をしていた。 ハヤトは新幹線が大好きで、将来の夢は新幹線の運転士になること。普段は忙しい父・ホクトと一緒に新幹線に乗れるということもあって、ハヤトは旅行をとても楽しんでいた。 ところが、突然ホクトに仕事の電話がかかってきて、事態は一変する……。
『シンカリオン E5はやぶさ』を操縦し、見事に敵を撃破したハヤト。 車掌ロボのシャショットは、誰も動かせなかった『シンカリオン E5はやぶさ』を操ることができた運転士であるハヤトのことを「相棒」と呼んで大歓迎する。 しかし、まだ小学生のハヤトを危険な戦いに巻き込むことについて父・ホクトが苦しんでいることを知ってしまったハヤトは、もうシンカリオンには乗らないつもりでいた。 そんなときに、またしても巨大怪物体が現れる……。
日本全国からシンカリオンの新たな運転士を発見するミッションが始まった。一人目の運転士候補がいるという秋田県秋田市を訪れたハヤトは、迷子になったうえに慣れない雪で足を滑らせたところをクールな少年「男鹿アキタ」に助けられる。 その場ではなにげなく別れたふたりだったが、ハヤトが帰りの新幹線「E6系こまち」に乗車すると、偶然にもその少年の隣の席だった。
秋田で出会った少年・男鹿アキタこそがシンカリオンの新たな運転士候補だった。しかし、彼は「そんな暇などない」と運転士になることを拒む。アキタはビームライフル競技というスポーツの選手で、明日行われる大会の決勝戦に出場するために関東にやってきたのだ。 シンカリオンの戦いに巻き込んでしまったお詫びにアキタを自宅に泊めてあげることにしたハヤト。その晩、ふたりはお互いの夢を語り合う。
三人目のシンカリオン運転士候補が見つかった。その名は大門山ツラヌキ。石川県金沢市に住む少年だ。 運転士になることに乗り気ではないツラヌキを説得するため、彼と一緒に一日東京観光をすることになったハヤトたち。張り切ってオススメの鉄道スポットを紹介しようとするハヤトだったが、ツラヌキは電車にも普通の東京観光にも「全くもって興味ナシ！」だと言い放つ。
なんとか敵を一時停止状態に追い込んだハヤトたち。しかし再起動は時間の問題だ。敵を倒しきるためには三機のシンカリオンが力を合わせる必要がある。つまり、ツラヌキの力が必要だった。 金沢市にある彼の実家を訪れ、今回だけでも力を貸してほしいとツラヌキに頼むハヤトとアキタ。しかし、ツラヌキにはどうしても金沢を離れられないわけがあるようで……。
ついに三人揃ったシンカリオンの運転士たち。しかし、エースは自分だと言い張るツラヌキと自分のやり方にこだわるアキタの相性は最悪。彼らの連携がうまくいかず、進化する敵に思わぬ苦戦を強いられてしまう。 ハヤトの父・ホクトはそんなふたりに「このままでは勝てない」と告げる。敵を倒すには、ハヤトたちにあって敵にないものを見つけなければならない。 そんななか、ホクトにもある重大な辞令が下されて……？
ホクト不在となった研究所。シャショットは相棒としていっそうハヤトをサポートしていこうと意気込む。一方、ハヤトもシンカリオンの新たな力『リンク合体』を手に入れようとやる気十分だ。 『リンク合体』のトレーニングで最初から頑張りすぎているハヤトを心配するツラヌキ。「ハヤトをリラックスさせてやれ」という彼のアドバイスを受けて、シャショットは様々な方法でハヤトを手助けしようとする。
ホクトに代わって指導長代理を任された三原フタバは、個性豊かなシンカリオンの運転士たちをどうまとめていけばいいか悩んでいた。その悩みを聞いた指令長の出水シンペイは、ハヤトたちを含めた研究所スタッフ総出での温泉旅行を提案する。 不思議なことに、敵は一行の旅行先近辺に出現した。秘湯めぐりに行ってしまった出水が戻らないなか、ハヤトたちはフタバを中心に敵に立ち向かう。
山形新幹線・大沢駅付近に敵が現れた。そこは在来線の線路を利用している『ミニ新幹線』区間であるため、アキタの『Eシックス』しか運行できない。おまけにハヤトとツラヌキはテストの点が悪くて居残り勉強中だ。 『Eシックス』一機で敵を倒そうとするアキタだが、スピードとパワーを兼ね備えた敵の一撃を受けて大ピンチに陥る。絶体絶命の状況に現れたのは、まだ見ぬ新たなシンカリオンだった。
シンカリオンの整備を手伝うハヤト、アキタ、ツラヌキ。そこに、頑固で口が悪い高齢の作業員・小田原キントキが通りかかる。シンカリオンの廃品を再整備する地味な仕事をしているキントキは、機体を見ただけでハヤトたちの戦い方のクセを見抜いていた。 シンカリオンをもっとうまく運転したいハヤトが助言を求めると、キントキはある課題を出す。それは、彼が集めた大量の「ゴミ」パーツを磨き直すことだった。
ハヤトは出水指令長のはからいで京都にいるホクトに会いに行けることになった。母のサクラ、妹のハルカも一緒だ。久しぶりに家族が揃うこと、そして『東海道新幹線Ｎ７００Ａのぞみ』に初めて乗れることにハヤトは大はしゃぎだ。 ハヤトが安心して家族水入らずの時間を過ごせるよう、「出動があっても任せろ」と彼を送り出したアキタ、ツラヌキ、シャショットたち。だが、そんな彼らの前にかつてない敵が現れる……！
突如として現れた「シンカリオン Ｎ７００Ａのぞみ」は、ハヤトたちには全く歯が立たなかった未知なる敵を圧倒し、撃退した。運転士は東海支部の清洲リュウジ。彼は小学生のハヤトたちより年上の中学生だった。 なんと、彼を鍛えたのはホクトだという。「ハヤトたちのような子どもはいずれシンカリオンから降ろされるのではないか」というリュウジの予想に、ハヤトの心はざわつくが･･･。
ハヤトの同級生・上田アズサは自称大人気JSユーチューバー。その日も新たな動画のネタを求め、お台場で開催される人気アイドルのライブ会場に潜入していた。 そんなアズサの前に新しいエージェントが現れる。巨大怪物体を出現させ、アズサの動画を利用して世界中にその姿を配信するつもりだ。このままではシンカリオンのことが世界中に知れ渡ってしまう。焦るハヤトたちだが……？
ハヤトは出水指令長たちとともに敵の新しいねらいを予想する。そのねらいとは、シンカリオンと巨大怪物体の戦闘を公にすることで人々をパニックに陥れることだった。 その予想どおり、今度の敵は大宮から遠く離れた北海道函館市に現れる。急いで駆けつけようとするハヤトたちだが、間に合いそうにない。危機的状況のなか現場に急行したのは、新たな運転士・発音ミクが運転する「シンカリオン H5はやぶさ」だった。
体調を崩して倒れてしまったハヤト。敵が現れたのに出撃できない彼に、ミクは「運転士失格ですね」と言い放つ。 ハヤト抜きで出撃するミク、アキタ、ツラヌキの三人。だが、進化した敵はアキタの「シンカリオン E6こまち」とツラヌキの「シンカリオン E7かがやき」を絡め取り、動けなくしてしまった！ さらに、ふたりを助けようとするミクの身に異変が起こり…。
ゴールデンウィークがやってきた。京都で働く父・ホクトとの再会を楽しみに関西地方に遊びに来たハヤトは、ホクトの仕事が終わるまで新大阪駅で待つことにした。新大阪駅は三つの路線の新幹線が集結する夢のような場所なのだ。そこでハヤトは、とある新幹線を待つ。 新大阪駅では駅構内で本場・大阪のタコ焼きを食べることもできる。昔ホクトが作ってくれたタコ焼きの味を懐かしく思い出すハヤト。その時、意外な巨大怪物体が現れた！
合同演習のため、全国各地のシンカリオン運転士であるリュウジ、シノブ、ミクが大宮に集結した。しかし、リュウジは年下のハヤトたちと一緒に戦うことに反対という立場を崩さない。かたくなな彼の態度にはわけがあるようで…。 そんななか、またしても「漆黒の新幹線」が現れる。いつものように巨大怪物体を生み出すかと思われた「漆黒の新幹線」だが――今回は突然線路上で停止する･･･。
母親のお見舞いのために名古屋に戻ったリュウジが不在のなか、最強の敵、ブラックシンカリオンに苦戦するハヤトたち。渾身の力を合わせた連携技もしのがれてしまい、絶体絶命の状況に陥る。 そこに、リュウジの「シンカリオン N700Aのぞみ」が駆けつけた！ 持ち前の戦闘力でハヤトたちを間一髪で助けたリュウジは、特殊なフィールドを展開してブラックシンカリオンに一対一で勝負を挑む。
ブラックシンカリオンとの激しい戦闘の後始末で慌ただしい超進化研究所。そんななか、シャショットは仕事がなくて浮いていた。アズサにそのことを指摘されたシャショットは自分がなんのために研究所にいるのか分からなくなってしまう。 自分探しの旅のため研究所からこっそり家出するシャショット。そんなシャショットに接触してきたのは、敵のエージェント・スザクだった！
新しく完成した「超進化研究所・門司支部」へ行くことになったハヤトたち。移動手段は飛行機の予定だったが、ハヤトたっての希望で一行は新幹線に乗って九州に向かう。 九州に着いたハヤトたちを出迎えたのは「シンカリオン ８００つばめ」の新任運転士・大空レイだった。かねてよりハヤトたちに憧れていたというレイに「弟子になりたい」と言われて、ハヤトたちは戸惑う。
先の戦闘で足の関節部を破損してしまった「シンカリオン Ｅ５はやぶさ」。さらに、立て続けに現れた二体目の巨大怪物体の攻撃によって、「シンカリオン Ｅ６こまち」、「シンカリオン Ｅ７かがやき」も出発不可能なダメージを負ってしまう。 残された方法はひとつ。「Ｅファイブ」と「８００つばめ」のリンク合体しかない。しかし、何度シミュレーションしてもリンク合体が成功しない。その原因はハヤトにあった。
母のサクラ、妹のハルカと三人で京都にやってきたハヤトは、今度こそ単身赴任中の父・ホクトと再会する。普段はホクトが全然連絡をくれないため、家族四人が揃うのは久しぶりだ。 しかし、どういうわけかホクトに対するハルカの態度がよそよそしい。ハヤトがその理由を尋ねると、ハルカから驚くべき答えが返ってくる。なんと彼女は、ホクトが浮気しているのではないかと疑っていた！
ハヤトの同級生、上田アズサにはある野望があった。それは、シンカリオンに乗って「JSが初めてシンカリオンを踊らせてみた」という動画を撮影することだ。 その野望達成のためチームシンカリオンのまとめ役を買って出るアズサ。さらに、彼女は出水シンペイ指令長の頼みごとを引き受ける。 出水の頼みごととは、出現した「漆黒の新幹線」の撮影を試みることだった。
病床にいるリュウジの母のお見舞いのため、ハヤトはひとりで名古屋を訪れた。ハヤトはそこで自分の父とリュウジの父の意外な縁を知る。 リュウジの家族と打ち解けながら、彼の抱えている事情を少しずつ知っていくハヤト。だがその時、新たな力を得た「漆黒の新幹線」が大宮に現れた！ 名古屋から大宮へ急行するハヤトとリュウジ。「漆黒の新幹線」の狙いはいったい……？
アキタ、ツラヌキ、シノブの奮闘により、ブラックシンカリオンを超進化研究所の地下試験場に閉じ込めることに成功。リュウジが操る『シンカリオン Ｎ７００Ａのぞみ』がブラックシンカリオンに立ち向かう。 一方ハヤトは、ホクトが運転する『シンカリオン ５００こだま』の到着を待っていた。『シンカリオン Ｅ５はやぶさ』と『シンカリオン ５００こだま』のクロス合体こそブラックシンカリオンに対抗するための新たなる力なのだ。果たしてホクトは間に合うのか……？
ついに完成した『Ｅ５×５００』。ハヤトとホクトは超進化研究所のみんなの思いを背負ってブラックシンカリオン バーサーカーモードと激しい戦いを繰り広げる。 『Ｅ５×５００』の必殺技は大出力のビーム攻撃、「超グランクロス」。しかし、電力の消費が激しく一発しか撃てないその技をブラックシンカリオンに耐えきられてしまう。果たしてブラックシンカリオンを倒す手段はあるのか……？
夏休みがやってきた。休みを使って新幹線に乗りまくろうと企むハヤトは早速、先日の戦いで負傷したリュウジの代役として名古屋支部へ行く任務に立候補する。 名古屋行きの東海道新幹線に乗車するハヤト。すると、隣の席に指令長の出水シンペイが乗ってきた。指令長と二人きりという慣れない状況にハヤトが緊張していると、出水が意外な過去を語り始める。それは、ハヤトの父・ホクトとの思い出の話だった。
リフレッシュのため海水浴に行けることになったハヤトたち。ハヤトの家族だけでなくアキタ、ツラヌキ、シノブの家族もビーチに招待され、久しぶりの再会を喜ぶ。中でもアキタの母・モミジの喜びようは強烈で、四六時中アキタにべったりだ。 その時、巨大怪物体が出現！それぞれの家族に余計な心配をかけないため、ハヤトたちはフタバが提案した「スイカ割り作戦」を実行する。その作戦とは……？
ある任務で京都に行くことになったハヤト。すると、同級生の上田アズサが勝手についてきた。どうにかしてシンカリオンを踊らせる動画を撮りたいアズサは、シンカリオンの運転に必要な「鉄分」を高めるため、ハヤトに鉄道のことを教わりたいという。 それを聞いたハヤトの母・サクラはなぜかデートと勘違い。ふたりの恋のキューピッドになるため、ハヤトにとある命令を送りつける。
三島で新幹線の写真を撮っていたハヤトの前に、走っているはずのない新幹線が現れる。 その新幹線は『500 TYPE EVA』。すでに運行終了したはずの幻の車両だ。 大興奮で『500 TYPE EVA』を追いかけていくハヤト。その先で彼が見たのは、山あいに広がる近未来的な都市だった。偶然通りがかった『洞木三姉妹』に連れられて、ハヤトはその不思議な街の名前を知る。 その都市の名は「第三新東京市」――。
夏休みにもかかわらず、アキタは鬼気迫る雰囲気でシンカリオンの運転訓練をしていた。最近の戦いでどんどん強くなっているハヤトを見て、アキタは自分が何も成長していないのではないかと悩んでいたのだ。 そんな折、ハヤト、アキタたちはとある作戦のために山へキャンプに行くことに。アキタはこれ幸いと、かつて祖父に仕込まれたマタギの修行に打ち込み、自分の五感を研ぎ澄まそうとする。
小学5年生の新多シンは「世界の謎を解き明かす男」を自称するオカルト好き。その日も宇宙人の情報を聞き、JR横川駅周辺の調査に来ていたシンは、碓氷峠鉄道文化むらに謎の新幹線が運び込まれたという噂を聞き...。
正式に「シンカリオンZ E5はやぶさ」の運転士となったシンは、シンカリオンの操縦シミュレーションのため、再び碓氷峠鉄道文化むらを訪れる。そこで待っていたのは、シンと同い年の天才整備士・碓氷アブトだった。
シンたちは「E6系こまち」に乗って、アブトが夢で見た盛岡駅に「Zコード」を探しにいくことになる。Zコードは日本全国に隠されており、それを見つけることで新たなザイライナーが閉塞解除されるという。
「シンカリオンZ E6こまち」の運転士・大曲ハナビは、ロックンロールを愛する熱い少年だった。ハナビは家業である花火師になる夢を追いかけながら、音楽の道も、シンカリオンの運転士の道も本気でやっていると言う。
長野県にある木曽のとある山にやってきたシンたち。アブトによると山奥に3人目のシンカリオン運転士候補・戸隠タイジュがいるらしい。しかし、タイジュは運転士になることに乗り気ではなく、すでに誘いを一度断られていた。
新たなZコードを見つけるため長野駅にやってきたシンたち。アブトはタイジュを運転士に迎えるのは無理そうだと諦めていたが、シンはそれでももう1度タイジュと話してみたいとアブトたちに頼み、再び彼に会いにいく。
シンカリオンの整備士・細川が「妖怪を捕まえた!」と駆け込んできた。細川によると、捕まえたのは人間に化ける“バケダヌキ”だそうだが、シンたちの前にいるのは普通のタヌキにしか見えず...。
シンとE5はやぶさが大宮支部に引っ越す日が近づいてきた。しかし、アブトは同行せず、横川支部に残るという。納得できないシンとスマットが理由を問いただすと、アブトは自分の家族のことを語りだす。
九州に現れた巨大怪物体を退けたのは、空を飛ぶ新たなシンカリオン“シンカリオンZ 800つばめ”だった。運転士の中洲ヤマカサは、シンたちよりひとつ上の小学6年生で、知力・体力共に非常に優秀な運転士だという。
相性は水と油で、打ち解けられないシンとヤマカサ。ヤマカサはシンの「非科学的な」話に興味を示そうとはせず、シンもヤマカサを遠ざけてしまっていた。シンはどうすればヤマカサが自分の話を聞いてくれるか悩み...。
アブトが夢で見た名古屋へやってきたシンたち。同じ頃、超進化研究所 名古屋支部では、安城シマカゼ、安城ナガラという2人の兄弟が「シンカリオンZ N700Sのぞみ」の運転士を決める最終試験に臨んでいた。
華々しい初陣を飾ったN700Sのぞみ。シマカゼに助けられたナガラは、運転士の座をかけて、改めてシマカゼに空手の勝負を申し込む。リュウジが立会人となって、兄弟の拳での語りあいが始まった。
アブトが父の設計図どおりに作った『シンカリオンZ N700Sのぞみ』と『ザイライナー HC85ヒダ』のZ合体テストが失敗してしまう。このままでは父に追いつけないと焦るアブトは、かつての父の職場を訪れる。
鉄道博物館に「謎の巨人」が出現するという噂を聞きつけたシンは、ハナビたちと共に潜入調査を試みる。すると、彼らは本当に巨人らしき人影を発見してしまう。シンたちは鉄道博物館で大捜索を繰り広げるが...。
シンのひらめきで、これまで巨大怪物体が出現した場所が、昔からある街道沿いだということに気づく。それを知ったゲンブは、シンたちを東京都内のさまざまな街道関連スポットに案内することに。
かつての戦いでシンカリオンに手痛い敗北を喫した後、キトラルザスのソウギョクは新たな協力者を探していた。そんな折、彼は故郷の桜島に帰ることになり、盛岡駅から鹿児島中央駅への在来線の旅を始める。
シンがシンカリオンZ E5はやぶさに乗って戦っていることが姉のアユと母のトキにばれてしまった。シンは自分のやっていることを理解してもらうため、2人を横川の鉄道文化むらの“車両ペイントイベント”に誘う。
鮮やかなデビューを飾った「シンカリオンZ 500こだま」の運転士・嵐山ギンガに会うため、シンたちは新幹線超進化研究所 京都支部を訪れる。ギンガは芸能事務所に研究生として所属するアイドルの卵だった。
細川が開発を進める「ザイライナー 323オオサカカンジョウ」が完成間近となる。京都でZコードを探し始めるシンたちだが、「アブトの夢」という手掛かりがなくなったために場所の見当さえつかないでいた。
大宮支部で運転士一同を集めて懇親会が開かれることになった。しかし、スマットは慕っていたアブトが敵になってしまったショックで、無意識のうちにアブトに関わるデータを封印しようとしているようで...。
京都・太秦映画村にヴァルトムが侵入し、アトラクションのエヴァンゲリオン初号機像を巨大怪物体に変えてしまった。だが、巨大怪物体化した初号機像は暴走し、ヴァルトムですら制御できない状態となり...。
「鉄道の日」にちなんだイベントを開催中の鉄道博物館に、アブトの母・シラユキがやってきた。シラユキからアブトへの伝言を受け取ったシンは、何とかしてアブトと連絡を取ろうとさまざまな方法を試す。
横川の地下空間でダークシンカリオンに乗るアブトと再会したシン。シンたちは彼と対話しようと必死に呼びかけるが、アブトからの返事はなく...。一方、上野の地下空間ではドクターイエローとカンナギが対峙していた。
アブトと対話するための強さを求め、シンカリオンZの運転士としてもっと成長したいと願うシン。ゲンブはかつての戦いでシンカリオンに乗り、地球を守り抜いたというセイリュウとシンを引き合わせる。
徳島県大歩危、岩手県遠野。妖怪にゆかりの深いふたつの場所に新たな地下空間が見つかり、シンは興奮を隠せないでいた。その直後、大歩危付近で妖怪の“子泣きじじい”に似た姿の巨大怪物体が出現し...。
遠野で見つかった地下空間の調査のため、現地へ向かうタイジュと大石。お互いに読書好きということがわかり、意気投合したタイジュと大石は、これから行く岩手県が宮沢賢治の故郷という話題で盛り上がる。
チームシンカリオンに、E5はやぶさとドクターイエローによる「超Z合体」という新たな力が加わろうとしていた。最高の機体性能を誇る「超Z合体」だが、成功させるには厳しい条件をクリアする必要があった。
シンとシマカゼが「超X合体」の特訓に励む一方で、北の地に戻ったソウギョクはまたしても宇宙に向けたあてのない定時通信を続けていた。誰からも返事がもらえず、定時通信をやめようと考えるソウギョクだが...。
追い込まれたヴァルトムがテオティの王を手にかけて「王の力」を奪い取り、現場を目撃したセツラをさらって地球へと逃走した。それを知ったアブトは、セツラを救出するためにダークシンカリオンで地球に急行する。
東京駅中央迎撃システムのフィールド内で対峙するシンカリオンZたちとダークシンカリオン。シンたちが必死で呼びかけるものの、様子がおかしいアブトは問答無用でダークシンカリオンを操り、襲いかかってくる。
もうすぐクリスマス。海外での仕事が一段落した父親が久しぶりに帰ってくるとあって、新多家ではシンを中心に入念なクリスマスパーティの準備が進められていた。そんななか、アユは偶然アケノと再会し...。
ある夜、メーテルが無線を聞いていると、不思議な音と共に正体不明の飛行物体が落下してきた。機関車のような外見をしたその飛行物体は、かつてシンカリオンが戦い、退けたはずの機械兵器・ヴァルドルだった。
セツラからもたらされた情報によって、テオティの本拠地・ユゴスピアが宇宙にあることが判明する。ちょうどその時、かつて「シンカリオン E5はやぶさ」で日本を救った運転士・速杉ハヤトがイギリスから帰ってきた。
宇宙にあるテオティの本拠地に行けると聞き、桜島へ向かうシンたち。そこには超進化研究所の実験線があり、シンカリオンZを宇宙に打ち上げることができるのだという。宇宙に運べるシンカリオンZは一編成だけだった。
ダークシンカリオンに敗れて宇宙を漂うE5はやぶさは、テオティの戦士に回収された。シンの無事を喜ぶ一方、敵であるテオティが助けてくれたことを不思議に思うヤマカサたち。そこにアブトの父・トコナミが現れる。
運転士たち、そしてテオティの人々が見守るなか、激しくぶつかりあうE5はやぶさとダークシンカリオン デビルモード。アブトの思いを全て受け止めるため、シンは決死の戦い方を選択することを決意する。
横川の自宅に帰ったアブトを待っていたのは、山積みの宿題だった。シンとスマットにも手伝ってもらい、猛烈な勢いで宿題をこなしていくアブトは、自由研究のテーマを見つけるため、碓氷峠鉄道文化むらへ向かう。
ある日、スマットを操作していたアブトが突然叫びだした。聞けば、スマットと運転士たちのZギアには訪れた駅を自動で記録するアプリがインストールされていて、アブトがいない間に完全制覇目前になっているという。
突如現れた謎の流動体によってカンナギが地下に飲み込まれ、言葉を失うシンたち。同じ頃、ヴァルトムの策略によってブラックストーンが一斉に破壊され、全国各地にも謎の流動体が出現していた。
禁断のテオティコードを使った者の宿命により、カンナギは死ぬまで戦い続ける暴走状態となってしまう。再び立ち向かうアブトだが、カンナギの力はダークシンカリオンアブソリュートをも圧倒する。
アラバキの弱点が塩であることを突き止めたシンたちは、最後の決戦に挑む。この星を守るため、手を取りあう人類、キトラルザス、テオティ。全ての“レール”がつながった時、切り札“ダブルZ合体”が発動する!
E5系はやぶさ、N700Aのぞみ等実在する新幹線が変形するロボット「シンカリオン」の運転士となったハヤトら子供たちが、 新幹線超進化研究所の大人たちと協力して敵に立ち向かう物語を描いたTVアニメ『新幹線変形ロボ シンカリオン』。 劇場版では、次世代新幹線開発のための試験車両「ALFA-X」が早くもシンカリオンへと変形し、新たな運転士とともに日本の平和と安全を守るため、戦いに挑む。 TVアニメでは描かれなかったシンカリオン誕生の秘密、ALFA-Xが繋ぐ現在と未来、ハヤトとホクトの親子の絆…。 シンカリオンだからこそ描ける時空を超えた感動の戦いが今、始まる!!
